Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001387832.1
Sequence Length
4244 nt
GC Content
0.3525
AGUCUUUUCACUGCAGCUGAAUGAGUUGUGGCGCCCACAAUGCUCCCAUGACAAGGAGCUGACAAGUUCCAUUUUCCGUCGCGGGCAUCUUGGAAUCAUGACUCCCACAAUGCCUUGGGCACUUGGUCGACAGUGGGGCCGCCUCUGAAAAAAAAAUGUGAGAGGGCCGUUGCUCCAGGGAGAACUGCAAAUAUCUUCAUCCACCCCCACAUUUAAAAACGCAGUUGGAGAUAAAUGGACGCAAUAACUUGAUUCAGCAGAAGAACAUGGCCAUGUUGGCCCAGCAAAUGCAACUAGCCAAUGCCAUGAUGCCUGGUGCCCCAUUACAACCCGUGGUAUGUCGAGAGUACCAACGUGGCAAUUGCAACCGAGGAGAAAAUGAUUGUCGGUUUGCUCAUCCUGCUGACAGCACAAUGAUUGACACCAAUGACAACACAGUCACUGUGUGUAUGGAUUACAUCAAAGGGAGAUGCUCUCGGGAAAAGUGCAAAUACUUUCAUCCCCCUGCACAUUUGCAAGCCAAGAUCAAGGCUGCCCAAUACCAGGUCAACCAGGCUGCAGCUGCACAGGCUGCAGCCACCGCAGCUGCCAUGGCUCUAGCCAACAUGCAGUUACAACAGCAUACAGCAUUUCUCCCACCAGGCUCAAUAUUGUGCAUGACACCCGCUACAAGUGUUGUUCCCAUGGUGCACGGUGCUACGCCAGCCACUGUGUCCGCAGCAACAACAUCUGCCACAAGUGUUCCCUUCGCUGCAACAGCCACAGCCAACCAGAUACCCAUAAUAUCUGCCGAACAUCUGACUAGCCACAAGUAUGUUACCCAGAUGUAGAAUUUUCAUCACUAAACAAUCAUGCUAAAGAGGAAAGGACAGUGUGCUUGGUUAGAGUAAAGGACGAGGUCAUUAGCCAUAUUGUAUAUAUCGUCAAGCAACACACACAAAAGUUCCUCAGCCACAAGACAUCCACAUAUUGCAUGUUAACCAGAAGAAAAGACAACAUUUUCCGGAAAUCCACUGCACACUGUUGCCUAUACACUUUGUACAUUUAAUUGAUAUUUGUGCUGAGGUGAUAUUCCUGUCUAAAAGAACAACAUUGUCUUUCUUUUCUAGCACAGAGUUAUGCAUUCAAAGAUGCAUACCUAGUUAGUUUCCUAUAUAUUCAUGCCAUCUUGAAAAGACAGACUAUGGUGUAACCAUGAUUCUAUUAUGUAUUGGUACGUCUGUAGACCAAGAUAUAAUUUUUUAAAAAUAAGUUUAUUUCUUUCAAGGUUUACAAAUAACAAAGGUGCACCUUGUAUUUAAAAUUGCCAUUAUAGAUGAGAGCGUGCAUGCACAGUCAUUUUUGUUUAAGAGUAAUAUUUUUAAUGUAAUAGAUUGUAAGACGUGGUGAGGGAGGGAUCUGACAGAGAUGAAUGUGCCAAGCAAAACCACAACUGUGUAUAUUUUAAAGCACAUCAUGGCUUUAAGUACCAUGUUGUUAAGGAUUCUCAUGAAGUGCCAUAGACUGUACAUCAAAUUAGAGUAUUAUUUCUUCAGUGUUAUUGUUUUCAGAGCCACAUUUUGUUGCAUAUUUGCUAGUACUAAUCAGUCAAAGGGCACCAUUCUUUUUUUUUUUUUUUGAAACCAAAGCUGUCUCAGAAAUGGCCAAUUUAACUUUACAGUAACAAUAGACAGCACAACACAAACUCUCUCAAUACAGAUAAACUCACACAUACUGGAGAUAUAUAUAUAAUAGAUAUAUAUAAAAUUAUUUUAAUGCAUUGUAGUGUAAUAUUUAUGCAUACUAUACUGUAUAACAUGUUAUUCAAAAGGGAUUGCCAUUUCUGAGACACAGUAACAAAAAAAUGAGGAAAUUAUUUUGCUUCUAUUUAUAGCCUCUGUCAAAAGUCAAAAGACUAUAAAUGCUUUGCAAAAAUGGUUUCACGUUUGCUUAAAUGCUUCAUCACAGUCACAUUCAAAAUAGUGACUCUAAACAAAGAAGAAAGCAGCACUGUCAUCAGAUGCAUGAUAAACCAAAAUAUGAAAAUGGGAAAUGUUUAAUUAACCUAGUAAUUGGGUGGGUUAAGUACAUGGGUGAAUUUUAUAUGUGAUUUUUGUUUUGUUUUGUUUUGUUCAGAUUAACUGCUUAUAGCCUUAGAAAGCCUUUUACAAAAUUAAAAAAAAAAUAGAUGUGCAUUCAGUUUUUAAGAAUGGAAUCAUCCAAAGGAAUUCCUUUUUUUGAGGUUUGGAUGUUGCAGCUAGUAAAGGAUAUUUUUGCUCUGUUCAGCAGUUCUAAAAAUUGCUGAAGUAGGGGCCAGGUCACUGGUAGUUAUAGUAUGGAAUGGGAGAAGUGAAAGUUCAGUUAUAGAACUUUCCAUACUUCCAAGUUUACUGCAAGUUUUUAUGCUUGAGAGAGAUGCUUUCUAAUAUAAGACUGAUGUGUUGAUUUUACUGAUUGUACUGUACAUCUAUUAAAGCCUUAGAUUAUUACAUUACGGGUUGGAACCCAUACCAAUGUAAUUUCAAUCGUGUUAAGAAAGUAAUGGUGACUUCACAUGUUAUUGUAGUUAGUUACAUUAUAGAAUAUUACUUAUUUUUCUUGUUAAAAUGUAGUUUUUCAUUUCCUACAUUUAUUAGAUUUUCAUUUUCUAUUAACAAUUGAAUACCAUUUCAGUUUAUAGACUUGUUUUAUUAGAUUUUACCAAUGAAUUUUUCAAAAUACAAAAAAAAGUAGUUUUUCCUUCAUAACAUACUCAGUUUUGAAUUACAUGUAGUGUCACAUGAAUAUUCGUAUUGUUAACUAAAUGAUUUAUAUUUUACUGAUUUAAUAUUACAGUGUAAGAAUGUCAGUCAUUGUUAGUUCUUGUCUAGUUUUCAUUAAAAGAACAAAGAUCUUUUAUAUGGAUAUCUUAUAAAUAUAUAAUCAUUGCUAAGUAAGAAGUUAAGUUGUUGCUAUCGCAACAAUCCUGGCAGACAAUUGAGUAAUAUUUUGAUGAUUUAUUUUGUUUGUAAUUAGUUAUUAUAAGAAGAUCUAGAUCCUAGAUAUUAGAAUAAAAUUUAUUUUCUACUGUAUCCAUUUCAAAUGUUAAAAUAUUGUUUAAUAUUUUUGAAAUCCCUGAGUAUCAGGCCUUGUUAUAAAUAAGCUGCAUAAUCAAUAAAUAGAACAAGGGACUUUUUGUUGAUAAUCCAAAUACUCAAAGUUUACGUAAUGAAAAUUAUAGCGUGUGUGCAAACUCUUGAGGGUUGAUUAUGCUGCAAUUUAGCAUGUUGGAACGUCUAGGGAGAAGGUUGACUUUUUGCACUUCUGUAUAUAGUCAAAAGAGAGAAACCUGUAUAAUAGUAAGAUCUUAUUUUGAAUAAAAACGUCUAUAAUUACAAGGAGUUUUGUUAAGGCUAAUACAAUGACAGACUGAGCAAAAUUGCUUGCAAAAGUGGCACAGAGUUAGCACUCCAUACCCCUUCAAACAUGUUGCUUUGCUUUCUUGUGGACAGCUUGUAGUUUGCCAGGAUUUUUUCAGCUGGAAAGAUACGCCAUCCUUUCAAACCCUCAUGACUGACAAAAACUCCAUGGGGCCAAAUCUGCCUGAAGAUCAUUACCAAAAAUAGCAGGUACUUCUACCAUUAAGGUGAAAUCAUGGAUCAGAUAUUCCUUACAUUUUUCAAAACUACUGCAUGUUUAAAACUUCAACAAAAAAAGAGAGAAAGAACUAUACUAAGAACAUAUAUUAUUCAGAUCAGUUUCUGCCAAUUUCAGUGGUUUAUUGUUCACAAAAAAAUCUUCAAAACAAGUAUUGACUUUCACAAAAUUUAAAUCAUAAACAGGCAAACCAAACAGCACACUGUAGCUAUAGUUGUUAUGUGAUUGUUUUUUAAUUGCUGUAGGAUCCUGUUCUUUCAGCAGGUGAAAAAUAAAACGCAGUUCAAAUUUCAUGGUUUUAAUUUUCAACUCAGAAGCACUCAAAAAUGCAAAAUGUGAUAAUGGGCACUUGUUUAAAAGAAUUAGUGUAUCCAGCCUUCACUCCAGCUGGUUAAAAAUGUUGCACUUAUCAGCAACCCUACCACUUUCAUCUGCUGAAAGGACAAAUGUGCUUGGUUUUACUAUUAUGUAAUCACAACUUACUUUCUGCUUGUAGUUGCUUAAAAUUAUGUAUUUUGUCUUGGGCUGCAAUUUGUUUUAUGCUUAUUUUAUUAUUACUGCAGUAGUUGACUUUGCUGUAUGGAAAAAUAAAGUGAAAUUGCCCUAAUAAAACUUCUCUUUCUUAAGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1053.34 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1135.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 1001.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((.((...((((((((((((((.(((.(((.....((((........((((((....)))))).......(((..((((((..(((...........)))..))))))..))).(((((.((((.....((((..(((..............)))..))))))))..)))))...((((((................................)))))))))).....))).))).))))))).))))))).......((((((...((((((...((....)).....))))))))))))..((((((((...........((((((((((.......))))).))).)).....((((((((.((........)).)))).))))((((..((((...))))..))))...((((((.((((......)))).)).))))(((.....)))....((((((((((...((((((((((....))))))..))))((((.......(((.(((........)))))).......)))).......((((((((((.....)))))))))).....((((((..((((....))))....))))))............)))))))))).))))))))..........(((((((((......((.((((((((.(..(((.((((((((((.....)).)))))))))))..).)))))))).))......)))).......((((.........))))....((((((.......))))))....(((((((..((((.........))))..)))))))......................))))).....)))))))))).((((((((((...((.......(((((((.....)))...)))).....)).)))))).))))......(((((...(((((.(((((((.......(((((((.(((((.(((((((.....((((((((((((((((..((((((......))).(((.(((((((((((..((.....))..))))).)))))))))...(((((((((((((..((...))..))))))..))).))))((.((((((((....)))))))).)))))..)))))).......((((((.((((.((...((((...((((((...)))))).((((....((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....))))))))....((((.((....)))))).........))))).))))....)))).((((.(((....((.((((((((((.((((..((((((.(((((............((((((((((((.(......(((((((((((((((.(..(((((((((((((((((.((((...(((((((........))))))))))))).)))))...)).(((....)))(((((...(((((.............(((((((........(((...(((....)))...)))........(((....))))))))))...)))))....))))).....(((((((.((((((((..((....(.(((((((((((((((.(((((..((((..(((((((......................(((......)))....(((.((.....))))).(((((((((.....)))))))))...........(((((.((((((((...........)))))))).)))))....)))))))..))))))))))))))))))))))))).))..)))))))).)))))))...))))))))))))))))...))))))))..((((....))))...........(((((..((....))..))))).....).))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).))))))))))))...................))))))))))...((((((((.(.....).)))))))).((((((...........))))))......((..((((((((..(((...((((((((((..(((((....(((.(((..((((..............(((((((((((((((((.(((((((((.(((((..(((...))))))))..))))))))).))))))..(((((.((((((((..........(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....(((((.....((((((....((((((((.......))))))))....))))))....)))))(((((......)))))((((((...))))))....(((.((....)).))).)))))))).)))))..))))))))))).....((((((((((((((((..((..(((...)))..))))))))))...))))....))))...)))).)))...)))....))))).)))))))))))))..))))))))..))...))))))).))))).)))))))................(((.((((.........)))).))).(((((((......))))))).....(((((((((...(((((((.....((((...))))..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((.....((((.....(((.((((((.....(((........))).....)))))).)))((((((((..((((((((((((...((((((.(((((((((((((((((((.......))))))).)))))..((((((....................))))))........((((((....))))))((((((((((((.((((((......))))))((((((..((.((((((((.....))))))))..))..))))))...((((((((((...........)))))..))))).(((((((((((((((......))))))))..))))))).(((((...)))))...........((((((((((((((((((......(((((((....))))))).............((((((((((((((.((((...)))).)))))......)))).))))).))))))))))).((((..(((((((((.(((.(..((.((((...(((((((((.(((((((.((..(((((((((((((((.....((((...)))).....)))).))))))..........)))))....((((.(((((((((.((.................)).))))))))).)))))).)))).))).))))))))).)))).))..).))).)))))))))..)))).(((....))).))))))).))))))))))))......))))))))))).))..))...............)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........))))))))((((.....))))....))))))..........)))))))).))))....))))))))))))))))))............))).).))))))))).....(((((((.((((((.((((..((....))..)))).)))))).)).))))).....)))))))..)))))))))..........(((.(((((.((.((...((((((((((((...((((((......(((((((.((((.............)))).))))))).....((((((((((((((((((((..((((((.((............))))))))(((((.(((.(((..(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....)))).....)))))).)))))(((((........)))))........))))))))))))))))))))..)))))))))))((((......))))...............)))))))...)).)).))))).)))....)))))))))))).)))))(((((((((((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..).))))))))))....))....)))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{{{{{{,((,,(((,((,(({(((((((({((((,...(((((,.......|||||(,,,,||||||.....,.|,,..||((((,.({({,.,,,,,,||}}}..}}}}}},}))}},}|||||,.,.||||((({.,(((,.............})),})}}}(((((..{((((({.(((,,...((((((((........................,.)))))))).{(((..(((((,,((((..(((((((..,..((((((...((((((...((....)).....)))))))))))).{(((((((((.,,...{({{((...))},))}.,.}.))))))....)))}...((((((((.((........)).))))}}})),,.,.))))))),{((((((({{((((,,(({.{{((..{{{{|,,,,))})))}{{{.....}}}....((((((((((...((((((((((....))))))..))))((((.......((|{(((........)))))).......)))).......((((((((((.....))))))))))...{.((((((..((((....))))....)))))).,..........)))),,))))))....}}.}))))))))))).,}..........))))))))))..))))((.((((((((((.....))}})))))))))((((.,.......})))....})),))))))..)..))))).)))))})},...((((((.......))))))....(((((((..((((.........))))..))))))).,,.....,............}}},|||,.||{{||||||||,((((((((({,,,(({,....((((((((.....}}}.,.}}},...,.))}))}}}},,,,,......,,{{{,,,(((({,(((((((,.,({{{{.||{|||||{{{,,((((({,{...,{{{|||||{(({{{{.,{{,|{{...,,||||,{,{.(((({{(((((..{{.....}}..))))).)))))),},...{((({{{{{{{{{,,||..})),,))))))}.))),)}})||,|((((({|,...)))))))}.}||||..||||||{{{.{,,(((((,,((({,((...((((,..((((((...)))))}.{(((..,.((((.(((((....((((((((((((.((((.(((........))).)))).))))....)))))))).,,.,{,{{((....))))))}}},.....))))).)))).}..)))}.{(((.(((....((.(((((((((,{((((..((((((.(((((............((((((((((((.(....,.(((((((((((((((.{..((((((({{{(((((((.((((...(((((((.{....,}))))))))))))).)))))...)}.{{(....|},(((((...(((((,,,........,,(({{{{{.,,,,...((({,.{((....}}},},})).....,..(((....)))}}}}}}}...)))))....)))))..,,|{({{(((,(({{((((..,,,,,.{.(((((((((((((({,(((({..((((..(((((((....,.,,............{,({{,.....,|,....,{{.,,.....))))),(((((((((.....)))))))))...........(((((.{(((((({..,....,},,))}))))}.)))))....)))))))..))))}))))))))))))))))))),.)}..}))))))).)))))),...})))))))})))))))...))))))))..((((....)))).....,.,...(({{{.{((....,,}}))))).....,.))))))))).)))))))).))))))...)))))))))))))).))..))))))))))).)))))))))))).........,,,},...}))))))))}||,,,{{{(((((.,...,,),)))))))),||||}}}}}},......,.||||||||..((,,((({{(((..(((...((((((((((..(((((.,.,(((,(((,,((((.....,........{((((((((((((((((.(((((((((.(((((..(((...))))))))..))))))))).))))))},{((({.{((((({{,,,,..,,..(((((((((((((((.....)))))))))).)))))(((((....))))).....(((((.....((((((..,.((((((((.......))))))))..}.))))))....)))))(((((......)))))((((({...)))))),,,,|||,{{..,.))})},.,})))))).))))).,})))))))))}.......,,(({{((((((({..((..(((...)))..))})))))))...}}}}..,,},},...||}}.}}||..}}),,,.))))).)))))))))))))..))}}}|}|..,}.,,}}}}}}|.}|,,{(((((((...........)))))))}..{{({.........}|||,,|,.{((((((......))))))).}}}}(((((((((...(((((((.....{({,...,}}}..............(((((((((((((............((((((((...((((((((((,....{(({.....(((.((((({...,.{{{.....,,,)}}.,.,.}))))).))){(((((((,,((((((((((,{,,,((((((,,{((((,{(((((((((((.......))))))).))))}..,,((((,....,}},,.....||,..)))))),.,...,{((((((....))))))||((((((((((.,,{(({{,,,,,||||||(((({(,{{{.{(((((((.....)))))))},|}},,|||}}},,,|||{{(((((.,.........)))))..}}}}}.(((((((((((((((......)))))))},.,)))))}.(((((...))))).,,|.|,...,{{(((({(((((((((((......{(((({{....,)))))),............((((((((((((((.((({...)))).))))}.....,)))).))))).))))))))))).((((..(((((((({.(((.{..,,.((((...(((((((((.(((((((.(({.,,{{,(((((({(((.....((((...)))).....)))).))))))..........}},,.....{(((.(((((((((.{(.,,...........}}.)).})))))))).))))}).)))),})).))))))))).)))).,,..,.))).}))))))))..)))).,{{....)}},))))))).))))))))))}},......,,}}|||}||,.....,...,,,,........)))))))))).....((((((((((.......))))((((.....((((..........)))))))){(((.....))))....)))))).......,,.)))))))}.,}}}....})))))))))))))))))............))).))))))))))).....((((({{.((((((,((({..{{.,,,)}..}}}}.)))))).}},})))).....)))))))..)))))))))...,,...,,}}}}}}}..}}}}}}}}...|||,{(((((...((((((..,...(((((((.((((.,.|,....,...)))).))))))).....((((((((((((((((((((..((((((.((............)))))))).,,{({......}},(((........))).....((((...((((((((.((((....)))).)))))..)))....))))....,,||||.......(((((........)))))...}}},.))))))))))))))))))))..}))))))))))|{{|......))},,,}|||}}}}..}}}.)},})))))|||{{{{...,,,},.,,,|||}}}|||}}|,||||,{{,,,,|||((((((((((.(..(((((((((......)))))))).)..}.))))))))))....)),,..)))))),.........,})))},
Back