Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388144.1
Sequence Length
2624 nt
GC Content
0.5595
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUAAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1034.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1074.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 642.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).((..((((..((((.(((((..(((((((..((((((((((((..((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.....(....((.((((..((((((.((((((((.((((((((((((((((((((............(((((.((((.((((.(((((((.(((.((......)).))).))))).......)))))).)))).)))))...((((((((..(((........))).)))))).))..)))).)))))))))(((((((((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).))))))))(((((...((((.(((((((((((((((((......))).))))).((((.((....))))))((((.(((.((((((...((((((...((.(..(((((((.((.(((.(..(((((.((((.(.((....))..).))))....)))))..)))))).))))))))))((((((....)))).))..((((.(((((........)))))..)))).(((((....))))).)))))).)))))).))).)))).....))))).)))).))))....)))))(((((..((((......(((((.(((((..(((((.....((((((.((((((...((((....))))...(((((....((((..(((.........)))..)))).)))))..........)))))).(((.((((...)))).)))....(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((.((.(((..(((((((..............((((((((...(((((((((((.........)))..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..((((((((((((.......((((((...........)))))))))))))...((....))...(((...))).((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).........))))))))((((.....))))...........)))))))))))))))...)))..))))).)))))))))))........)))))).....).))))...((((...)))).....(((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......)))))).))).))))).)))))....)))).....)))))...)))))))...........)))))))...)))))))).))).))).)))).))..)..))))))).((...((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).))....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..))))))..((......))..)))))).))))))).))))).))))..(((((.((((..........))))))))).......((((((.....)))))).........)))).))..(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).)))))....................((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(({..{((((((,(((,...|||.(((((((....)))))))}}}|||{((,{((((((((({.(((((((((((((((.((.((((..((,..((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((,,,,,(....,,.,|||..{||}||.||||(((({((,(((((,((((((((((,.,,.{{{{..,{((({{.,|||}||||...((((({(,,.,({{{{{{,,,,||{|||||,.{{...|||||,...,..)}}))}..((((((((..(((........))).)))))).)),,|,,,.)),||||,|(((,((,((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))),||,,.}}||||}||||||||||||,|..|}}}.}}),,.)))))}|(((,((,,..,,,,,|((((.{,,.{,||||}..||||||,,.}|,|,.}||||||.||},|}}}}}|||||}{{{{..,((....}}.}),})))}.}})),)).})))))},)))))))).}{|{{((....)}}},|}..((((....{{.{{{|{{..{|||{|,,.{{((((,..,.,|||}.||}},,,)},))),))|.||||.....|||}|{|,,}.))))}}..))))},,,,({{((({,(({.{{..(((((((.((({({(((((.{,..(((((((((...((((....))))...{((((,,..((((..(((.........)))..)))).})})).,}.,.....)))))).)))....}..)))))...),}.)))..)))))))..||.{{,|{(|(((|(({(.(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((,({.(((..(((((((.....,,...,,..((((((((...((((((((({{.........}},..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..((((((((((((.......((((((.,......,..)))))))))))))}..||....||,.,((,...},,,||.||.{{,(((((((((((....)).)))).)))))...}}).)}}}...)))))..)))).)))).)))))))..((((....))))........}))))))))((({.....})))...........)))))))))))))))...)))..}}))).)))))))))))..))}}.)})}))).},,,}}))}..))))}|.||||{||.}|}||{||||||...,,,(((({((((.(((...))).)))).)),)}}......,||||||||,.,,.||||||,..}}})))...}}}))))).,})))))))}.{{{{{{...,,,,)),}}}),||||||,||{{,,,.,,}}.,.....})))))))}|,..{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))))}),}}...{((((({..{{((((.(((((({{..,}|||,..,,}}.,,,..)))((((((....)))))).,,,,,,..{(,,....)).}))))))}))),.))})))),,,)))))|{{,....||}....}}}}})}}))))),....,..((((((.....))))))........|||{{,.,,|||{((((((......(((({...{(((((((((((,.,.....,(((((({.,(((,...((((.....)))).,,......,}}}|{,......))..})}}},})))).|))),}}))))))}...(((((((((.......{{{{.{{.....,,...}}}}...)))))))))...}))))..,..)))))),,,(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))).,....}|,,,,,|,.....((((.((((((((....(((((({....}))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))){((((((({{{.{((((..((......))..))))|.}||,..(((((((......))))))).......)))))))}..(((((((....)))))))..,,,.))))))).....
Back