Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388160.1
Sequence Length
2939 nt
GC Content
0.5638
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGCACCUUGCUCACCGCCUGCGUCGCCGUCAUCAGAGAUGUCAGCGACGCACUCCCCUGGCUGUGGCUCCCCCAACUGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUACAGCCCUACACGAACCGCCGGCAGAACCGCAAGUGCGGGGCCUGUGCAGCCUGCCUACGGCGGAUGGACUGUGGCCGCUGCGACUUCUGCUGCGACAAGCCCAAAUUCGGGGGCAGCAACCAGAAGCGCCAGAAGUGUCGUUGGCGCCAAUGCCUGCAGUUUGCCAUGAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGUCCAAAGACCUUAAAAAACCUGGAGCUAGAAAGCAGUAGACUGGAGGCUUCUACAGACUGUAGGAUUCAAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1163.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1209.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 775.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).((..((((..((((.(((((..(((((((..((((((((((((..((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.....(....((.((((..((((((.((((((((.((((((((((((((((((((............(((((.((((.((((.(((((((.(((.((......)).))).))))).......)))))).)))).)))))...((((((((..(((........))).)))))).))..)))).)))))))))(((((((((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).))))))))(((((((.(((((((((..((((((((.(((.(((((...((((((((((((...(((((...((((.......))))(((((((((...((......((((((((((...((((((((.(..((..(.(((.((((.(.(((....)))).))))..))).)..))..).))))))))...(((.(((.((((.(((((........)))))..))))))).))).((.....)).((((((((.(.((((...)))).).))))))))......((((((.((((((.......((((....))))((((((..((..((((((.........)))))).))..))))))....))))))))))))....))))).))))))).))))))))).....((.......)))))))..))))))...))))))...)))))((((((.((((..........((((((....((.(........)))))))))))))...))))))...(((....)))((((.(((((((((((((...)))))..(((..((.((....)).)).)))))))).))).))))....)))))))))))...)))..(((((((........))))))).....((((((.(((((........((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((.((.(((..((((((((........))))...........((((((((((((.........)))..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..((((((((((((.......((((((...........)))))))))))))...((....))...(((...))).((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).........)))))))))......(((((((...(((.((..(((((((.((((((((....))))).........))))))))))..)).)))...)))))))(((((((...)))))))....))))..)))..))))).)))))))))))..))))).)))))).....)))).))..)))))))...(.(((....))).).......((((.((((.(((...))).)))).)))).......(.((((((((.....((((((...))))))...)))))))).).)))))))...........)))))))...)))))))).))).))).)))).))..)..))))))).((...((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).))....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..))))))..((......))..)))))).))))))).))))).))))..(((((.((((..........))))))))).......((((((.....)))))).........)))).))..(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).)))))....................((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.((({{(({((((,(((,...||}.(((((((...,|}}|||||,||{(,((.(((((.(((((,(((((((((((((((.((.((((..((...((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...((((((({{,{((........)))..,)}))).))))(((((((.(((({.((((((((((..,{.((({..{{{{({{,,}}}))|},...(((((((....(((((((..{.(((((((({.{{...(((((.......)}})))..((((((((..(((........))).)))))).)){{,...,)).((((.((((.((.((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).))...))))))))}}))))))))).,..)))).)))...))))))){(({(({{...,...(((((.......)))))..)))))))}.)}}),.))))))).))).}))))))))))),{|{..,((,,..}}.}),})))).)))).)).))))))},)))))))).},||||(,,..}|||.||{.{{((..,{(({,..{{{{|,|}|{{|.,,)))})})})}}.,,,,,.((((((((.(.((((...)))).).))))))))})))})|(((((.((((((.......((({....}))){(((((..((,{({({{{,...,|...}}|||},||..}})))),,..))))))))))),|||}}}}}.}}..,.....((((((((.....(((..(((.((.(((,..,((.(((,((((......)))).((((((.((((..........((((((....({.{........}}})))))}))))...))))))..{(((....))))))))))))).))))).....))),,..))))))))|,{|||||{.|||||||,|||,,..{(((......||||||||{{..{{|,.{((((({..,,.,,.||||}}|,..,|{,|{({{(,{(({.....,,||||}|||,{{{(.,,||||,}}|,}}}(((((..(((((......)))))..))))}..(((((((..((((......))))...))))))).{{{{{{{,,({{{.{{,,(,,(((..{{{,||||........}))}...,,,,,|{.,{((((((((||..,,..,,.}}...(((((((.(((........))).))))))}((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))).,(((((((.((((.((((.,((((((((((((.......((((((.,......,..)))))))))))))},,||....|{{.{((....,..}}}.||.{,,(((((((((((....)).)))).)))))...||||||||.,.}}}}}..)))).)))).)))))))..((((....)))).,....,,|)))))))}}|.....(((((({...(((.((..(((((((.((((((((....))))).........))))))))))..)).)))..,)))))))(((((({...}))))))...,}|||,.||}.,|}}||,}}|}}}}|||},{||,,,,||||||,||||{{{|,|||{{{(({(((((({.,({(((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)),)))......))))))}}}}.}}.}}}))}}.})),}||,..,..))}))})}))}}}}}}.{{{{{{......,)),)))).{{((({{,{{{,.....,,.....,.}}}))))))){..{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))}),),}}...,(((((,..,,((((.((((((,,..}}|||}..}}}).,,..,)))|(((((....)))))}.,}},,,..|{|,....}}.,})))))}}})},)))))}},|,}))}})}}|..,.,|},...,||||||||}|||,....,..((((((.....))))))........))},{{,,,|||{||{{{{......{{{{{...{{{{{{{{{|||,.,.,...|((((({,,|{{{,...((((.....)))).,,......,}}}||},,....})..,}|}},}}|||,||}},,}))))))}...(((((((({.......{{{{.,{.....,,.,,}}}}...}))))))))...})))).,{,,||||||,},{((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))),},,.,}}}...,|,,.,,.((((.((((((((....(((((({....}))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))){{{{|||||||,||||{..{{,,...,)),,)}))},|||{..(((((((......)))))))..,,,..))))))),..(((((((....)))))))......))))))).....
Back