Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388161.1
Sequence Length
2762 nt
GC Content
0.5619
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUAAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGAGGCCCAGUGCUCUGGCCUGAGUUGGGUUGUGGCCUUACCCCAGGUGAAGCAAGAGAAGGCGGAUACCCAGGACGAGUGGACACCAGGCACAGCUGUCCUGACUUCUCCCGUAUUGGUGCCUGGCUGCCCUAGCAAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGGCAGGCACUCGGGAAGGGAAGAUGGAUGUAAAGUGUGGGAGACCGAGGACACAGUGGAGCCCACGAGCACGAGCUGGAACCCACGAGGAUGGCCUGGAACCCAUGUCAGUCUCUCACCACCUCCAGCUUCGAUGAUGUGGGUGUCCUGCAGAAGAAGCUGGUGCCCUUCCUCACAGAGUUAAAUAUGCAUCUGGCCCAGGAAUUAGAGAAGCUGAAAGGAUGAUCCUGGGGAAGGUGGAGCAGCUGCAGGCCUGGCUGCAGGCCUGACUACUGCCCACACCAACGAGGUGAUCUAGCAGAUACAUGGCAACGUGUGAACUGCAACAACGCCUGGUGCCCCAGCACCAACCUUCCAAGUGUAAAAACAAUGUGCUGCUGCUUCACUUCCGCCCUCCGGUUAUCAAGCAAAAUGUCUCUUGUGGCCCAUCUUACUGGAAGAGAGUUCCGGGAAACAUAGCCUCACCAAGGUGACACAUUACAAAGCCACCCUACCAUGAAUCCGCUCCCAAGGGUCUCACUGCUCACCUGAGGAUAACUCAAUAUAACUAUGUGGCUGAAAAUGCAAAGCUGAAGACCAUGGAUUUCAUGGUGAUUCCAGCAAGUACAGAGAUUCUAUGAAGCCCACCCAGAAAAAACUUGCUGGUCCUGGCUAUUUUUGUGUCAUUUAUUCAAGUAUUGAGAACCUGGCCUGUGGUAGGCACUGUACUUAAUACUAGGAUACAGAAAUGCAAAAGAUACGGCCCAUGCAAUUUUAUUAAAUGCAUCAAUAUGUAUUACAAAUGGUGAAUGGAUUUCCAACUUUAUCAUGGAAUUUAAUGCUGAAUAUAUAGAAUUCAGAAAAUUGUUGGGAGGACAGCCCUUUUGUGAACCUUGUUUGGGGCACAGUAGGAAUUGGAAAUAAUUUAGUUUCUAUCUCUAAGCUGUUCUAUUUUAAAAUUAUUUUUAAAUUUUUAUUGUCCCACUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1093.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1136.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 684.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.(((.(((...((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).((..((((..((((.(((((..(((((((..((((((((((((..((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((.....(....((.((((..((((((.((((((((.((((((((((((((((((((............(((((.((((.((((.(((((((.(((.((......)).))).))))).......)))))).)))).)))))...((((((((..(((........))).)))))).))..)))).)))))))))(((((((((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).))))))))(((((...((((.(((((((((((((((((......))).))))).((((.((....))))))((((.(((.((((((...((((((...((.(..(((((((.((.(((.(..(((((.((((.(.((....))..).))))....)))))..)))))).))))))))))((((((....)))).))..((((.(((((........)))))..)))).(((((....))))).)))))).)))))).))).)))).....))))).)))).))))....)))))(((((..((((......(((((.(((((..(((((.....((((((.((((((...((((....))))...(((((....((((..(((.........)))..)))).)))))..........)))))).(((.((((...)))).)))....(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((.((.(((..(((((((..............((((((((...(((((((((((.........)))..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..(((((........((((...))))(((((.((....)))))))...((((((((((((.(((((...))))).((.(.(((((((((....((((.(((.(.(((...((((.((....))))))...))).)))).)))).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...))....)))))..))))))).((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....)))).........))))))))((((.....))))...........)))))))))))))))...)))..))))).)))))))))))........)))))).....).))))...((((...)))).....(((((((((......(((((((((.(((...))).)))).)).)))......)))))).))).))))).)))))....)))).....)))))...)))))))...........)))))))...)))))))).))).))).)))).))..)..))))))).((...((((.((((..(((((((((....)))))))).)..)))))))).))....(((((.....((((.((((((....))))))..)))).....)))))(((((....)))))..))))))..((......))..)))))).))))))).))))).))))..(((((.((((..........))))))))).......((((((.....)))))).........)))).))..(((((((((......(((((...(((((((((((((........(((((((..(((....((((.....)))).............((.......))..))))).))))).)))).)))))))))...(((((((((.......((((.((.....))...))))...)))))))))...))))).....)))))))))(((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).)))))....................((((.((((((((....(((((((....)))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......))))))))))))))))))(((((((((((.(((((..((......))..))))).)))...(((((((......))))))).......))))))))..(((((((....)))))))..))).))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((.(((.(({..(((((((,(((,...|||.(((((((....)))))))}|}|||{((,{((((((((({.(((((((((((((((.((.((((..((,..((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((((,,,,,(....,,.,|||..{||}||.||||(((({((,(((((,((((((((((,.,,.{{{{..,{((({{.,|||}}|||...((((({(,,.,({{{{{{,,,,||{|||||,.||...|||||,......)}}))}..((((((((..(((........))).)))))).)),,|,,}.))}||||,|(((,((,((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))),||,,.}}||||}||||||||||||,|..|}}}.}}),}.)))))}|(((,((,,..,,,,,|((((.{{{.{,||||}..||||||,,.}|,|,.|||||||.||},|}}}}}|||||}{{{{..,((....}}.}),})))}.,})),)).})))))},)))))))).}{|{{((....)}}},|}..((((....{{.{|||{{..{|||{|,,.{{((((,..,.,|||}.||}},,,)}}))),))|.||||.....|||}|{|,,}.)))),}..))))},|,,({{((({,(({.{{..(((((((.((({({(((((.{,..(((((((((...((((....))))...{((((,,..((((..(((.........}))..)))).})})).,}.}.....)))))).)))....}..)))))...),}.)))..)))))))..||.{{,|{(|(((|(({{.(((((((..((((......))))...))))))).(((((((..((((.(((,({.(((..(((((((.....,,...},..((((((((...((((((((({{.........}},..(((((((.(((........))).)))))))((((.((((((((((((((....)))))))))))..)))..))))..(((((((.((((.((((..(((((.,......((((...))))((({{{((....)))))))...{((((((((((({(((((...))))}.((.(.(((((((((....{(((,(((.(,(({,..{{{{,{|...}))))))..,}}},}}}}.,})).(((((((((((.......))))).....))))))))))))))).)...)).,}.)))))..))))))}.((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))...)))))..)))).)))).)))))))..((((....))))........}))))))))((({.....})))...........)))))))))))))))...)))..}}))).)))))))))))..))}}.)})}))).},,,}}))},.))}}||.||||{||.}||||{||||||...,,,(((({((((.(((...))).)))).)),)}}......,||||||||,.,,.||||||,..}}})))...},}))))).,})))))))}.{{{{{{...,,,,)),}}}),||||||,||{{,,,.,,}}.,.....})))))))}|,..{((((.((((..(((((((((....)))))))).)..))))))}),}}...{((((({..{{((((.(((((({{..,}|||,..,,}}.,,,..)))((((((....)))))).,,,,,,..{(,,....)).}))))))}))),.))})))),,,)))))|{{,..,.||}....}}}}})}}))))),....,..((((((.....))))))........|||{{,.,,|||{((((((......(((({...{(((((((({((,.,.....,(((((({.,(((,...((((.....)))).,,......,}}}|{,......))..})}}},})))).|))),}}))))))}...(((((((((.......{{{{.,{.....,,...}}}}...)))))))))...}))))..,..)))))),,,{((((.(((((((((.((...(((((...)))))...)).))))))))).))))).,....}|,,,,,|,.....((((.((((((((....(((((({....}))))))....(((((((((((....)))..))))))))...........((((((.......)))))))))))))))))){(({{{{{{{{.|((((..((......))..))))|,}||,..(((((((......))))))).......)))))))}..(((((((....)))))))..,,,.))))))).....
Back