Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388162.1
Sequence Length
2605 nt
GC Content
0.5820
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUACAGCCCUACACGAACCGCCGGCAGAACCGCAAGUGCGGGGCCUGUGCAGCCUGCCUACGGCGGAUGGACUGUGGCCGCUGCGACUUCUGCUGCGACAAGCCCAAAUUCGGGGGCAGCAACCAGAAGCGCCAGAAGUGUCGUUGGCGCCAAUGCCUGCAGUUUGCCAUGAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGUAUUACCACCUUGCUCUUGACUGGAAAUGCAACUGUGGUUACCACCUGUGCUGCAGGUCCGUCCUGGUUCCCUGAUUUGUGUUUCCUGUUCUGCCUGGAUCCUGAUUCUCAGAAACCAGUUACUGGACUUCUGAUCCACAUCCUGACCCUGGUCCACUGUGACCCUCAGACUCUUAAUUAUGCUCCACCAGGUCGUGCCACUGCCCCACUAGUCCAUUUGAUCUGCCCCCAUCCUAGGAUAUCCUGAGUCUAAGCCCUGGUUUCUGCCAAUGGCAAAUAGGAAGAUUUUAUUAACAGGUUUUAAAAAAUUAUUAUUAUUACUGGUUAUUUGGUUUGACAAGGCACUUAGGCUCCCUGAGCUUUGCCUUAGCUGGAAAAUAAGGAUAGUAUUACUUGCUAUUCUAUCAACCCUGUAAGAUAUUUGCGGCCACGCGCGGUAGCGCACCCUGUAAUUCCAACACUUUGGGAGGCCGGCGGGAGGGGCAGUGGGGAGGAUCGCUUGAACCCAGGAGCAGGAGUUCCAGCCUGAGCAACAUAGCGGGACCCCCUGUCUCUUCAAAAUUUGUUUUUAAAUUAGCAGGGCGUGGUGGCGCAGGCUUUGUAGUCCCAGAUACUCUGGAGGCUGAGGCCCAGGAGGACGAGGCUGCAGGGAGCCAUGAUCACGCCACUGCACUCCACCCUGGGCGACAGAGCGAGACCUUGUCUCAGAAAAAAUCUGUGAGGUUAAAAGGCUGUGUGUGUGAAAAUAUCUUGGAAAUUGUAAAGAACUACACAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1046.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1086.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 659.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((.((((((..(..((((((.(((....))).(((((((....)))))))))))))..)..((((.(((((.(((((((((((((((.((.((((..((...((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...((.(((((........((((((....))))))..((((((((((.(((((.((((((((((...(.((((..(((((....)))))......(((((((....(((((((..(.(((((((((.((...(((((.......).))))..((((((((..(((........))).)))))).))(((...))).((((.((((.((.((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).)))))))).))...))))))))))))))))))).)..)))).)))...)))))))((((((((.......(((((.......)))))..)))))))).))))).))))))).))).))))))))))))..)))........))))).)).)).)))).)).)))))).))))))))).).))))..))))...(((...((((......))))))).))))))))...(((((....)))))((((..(((..(((((((...(((((((((((((.((((((((((..((((..(((...))).))))..........(((((((((.....(((..(((.((.((((...((.(((.((((......)))).((((((.((((..........((((((....((.(........)))))))))))))...))))))..((((....))))))))))))).))))).....)))....))))))))).(((((((.((((((.(((.....((((........)))).)))..)))))))))....)))).....))))))...))))))))...((......))((((.(((.((((...)))).)))))))(((((..(((((......)))))..)))))..(((((((..((((......))))...))))))).)))))))))...))).....))))..)))))))(((((((((((((......((((.(((.((((.((((.((.(((((((((((((((((((((((.(((.((....((((((((((((((((((((((((....)))))))))))..))).......))))))))))...)).)))(((((.(((((((.......((((((...........)))))))))))))))))).)))))))))..)))....((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))..(((..(((.(((((.(((((((((((...((((((((((..((((((((...((((...))))((..((.((((......))))))..))((((((......)))))).......))))))))....))))))))))....))))))...))))).))))).))))))......))))))))))).))..)))).))))....((((((.((((...))))..))))))........((((....((((......)))).))))...........(((.((((((.(((.(((.((((......)))).((..((((((..((((((..((((....)))).......(((((...(((((((....((((((((..(((((....((((.(((..(((..........)))..))).))))...)))))..)((((((...((((((...)))))))))))).((.((......(((((((((.....)))))))))......)).))....)))))))((((..((((....)))).........((((((....)))))))))))))))))))))).)))))).))))))..)).....(((((((((.(((((.((.((.....))..)))))))..)))).)))))...((((((....)))))).))).))).)))))).))).((((((((((((((((...))))).))))...(((((((..(..(((..(((((((.(.........).)).)))))))))..))))))).)))))))(((((...)))))(((.....)))))).))))....)))))))))))))................((((......))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((.((({{{..,..((((((.(((....))).(((((((....))))))))))))).,|.,((((.{((((.(((((((((((((((.((.((((..{(...((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((({{{{(((........)))...))))).))))(((((((.(((({.((((((((((..,{.((({..{{{{({{,,}}}))}},...(((((((....(((((((..{.(((((((((.{(...(((((.......)}})))..((((((((..(((........))).)))))).))((,...,)).((((.((((.((.((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).))...))))))))))))))))))).,..)))).)))...))))))),(((((((.......(((((.......)))))..)))))))),)}}),.))))))).))).)))))))))))),,||..,((,,..}}.}),})))).)))).)).))))))}})))))))).).))))..}}}).,,(((,..((((......}))}}}}.})))))}}.,,(((({....})))){((,,{{{(..(((({{{.,.(((((((((((({{((((((((((..((((..{{{...))),))))...........((((((((.....(((..(((.((.((({..{((.((({((((......)))}.((((((.((((..........((((((....({.{........}}}))))}}))))...))))))..{(((....))))))))))))).))))).....))),,..))))))))|,{{(((((.((((((.(((.....{(((......}})}}}.))}..}}))))))},|,.,}},.....))))))...)))))))},..((,.....)}|||{.(((.((((...)))).)))}}}}(((((..(((((......)))))..))))}..(((((((..((((......))))...))))))).}))))))))...}}).....}|||..}}}}))){((((((((((((..,,{,((({.,{{,((((,((({.,{.{(((((({(((((((((((({{{.{{{,|||,,|(((({((((,((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))},))))||))))...}|,}}}{((({{(((((((.......((((((.,......,..))))))))))))))}})).}}))))}}),.,}},...((.((.(({(((((((((((....)).)))).)))))...))).))))..{|{..(((.(((((.((((({(((((...((((((((((..((((((((|,.(((({,.|||}((..((.{(((......))))))..)){{{(((....,,))))}),....,.)))))))).,..))))))))))....}))))),,.))))).))))).)))))},.....}}))))}}}}}.}},,|}}}.}}||....((((((.((({...})))..))))))........{{({...,(({{....,,)}}),})))...........(((.((((((.(((.((({{(({((((.,{.{(({...,|,{{|{(({{{,.,,((((....)))}.,,,,..(((.((((....))))..)))...||||,,{{{|....{(((.(((..(({.,,.....,.})}..))).)))}.,,||||},.,((((((,,,((({{{,,,)))}}})))))).|}|||,.....(((((((((.....)))))))))......}|{||,,,....}}||||,,..((((....))))...}}}}..{||{{,....,))))}))),)))))).)))))))))|||,||.,,.},,,..})}{((((((((.({(((.({.{{.....},.,)))))))..)))).))))}...((((((....)))))).))).))).)))))).))},((((({((((((((((...))))).)))),..(((((((.||..{{{..{((((|{.|,........,|)).))))))))}..))))))).,)))}))(((((...))))){{,.....)))))).))))....))))))))))))}......{{{{......,{{,,,,,..}}}},.....
Back