Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388166.1
Sequence Length
2512 nt
GC Content
0.5800
GGGAGCAACGAACAGCCGCGGAGGCGACAGCUACCGCUUCAGAGGAGGCGGCCGCGGAGGAGGAGGAAGGGGAGGAGGGCGAGGCGGGAGGUGCAGGAGGGACCCUCGCCAUGGGUCCACGGGCCUAGAGUGGCGGAAGAUACCGGCCUGGUGCCAAACUGGCUACUGCUGCUUCCUGUGGCCUCCAUGGCUGAGGACUGGCUGGACUGCCCGGCCCUGGGCCCUGGCUGGAAGCGCCGCGAAGUCUUUCGCAAGUCAGGGGCCACCUGUGGACGCUCAGACACCUAUUACCAGAGCCCCACAGGAGACAGGAUCCGAAGCAAAGUUGAGCUGACUCGAUACCUGGGCCCUGCGUGUGAUCUCACCCUCUUCGACUUCAAACAAGGCAUCUUGUGCUAUCCAGCCCCCAAGGCCCAUCCCGUGGCGGUUGCCAGCAAGAAGCGAAAGAAGCCUUCAAGGCCAGCCAAGACUCGGAAACGUCAGGUUGGACCCCAGAGUGGUGAGGUCAGGAAGGAGGCCCCGAGGGAUGAGACCAAGGCUGACACUGACACAGCCCCAGCUUCAUUCCCUGCUCCUGGGUGCUGUGAGAACUGUGGAAUCAGCUUCUCAGGGGAUGGCACCCAAAGGCAGCGGCUCAAAACGUUGUGCAAAGACUGUCGAGCACAGAGAAUUGCCUUCAACCGGGAACAGAGAAUGUUUAAGCGUGUGGGCUGUGGGGAGUGUGCAGCCUGCCAGGUAACAGAAGACUGUGGGGCCUGCUCCACCUGCCUCCUGCAGCUGCCCCAUGAUGUGGCAUCGGGGCUGUUCUGCAAGUGUGAACGGAGACGCUGCCUCCGGAUUGUGGAAAGGAGCCGAGGGUGUGGAGUAUGCCGGGGCUGUCAGACCCAAGAGGAUUGUGGCCAUUGCCCCAUCUGCCUUCGCCCUCCCCGCCCUGGUCUCAGGCGCCAGUGGAAAUGUGUCCAGCGACGUUGCCUACGGCACCUUGCUCACCGCCUGCGUCGCCGUCAUCAGAGAUGUCAGCGACGCACUCCCCUGGCUGUGGCUCCCCCAACUGGUAAACAUGCCCGCCGCAAGGGAGGCUGUGACUCCAAGAUGGCUGCCAGGCGGCGCCCCGGAGCCCAGCCACUGCCUCCACCACCCCCAUCACAGUCCCCAGAGCCCACAGAGCCGCACCCCAGAGCCCUGGCCCCCUCGCCACCUGCCGAGUUCAUCUAUUACUGUGUAGACGAGGACGAGCUAAAGCGGCUGCUGCCCAGUGUCUGGUCAGAGUCUGAGGAUGGGGCAGGAUCGCCCCCACCUUACCGUCGUCGAAAGAGGCCCAGCUCUGCCCGACGGCACCAUCUUGGCCCUACCUUGAAGCCCACCUUGGCUACACGCACAGCCCAACCAGACCAUACCCAGGCUCCAACGAAGCAGGAAGCAGGUGGUGGCUUUGUGCUGCCCCCGCCUGGCACUGACCUUGUGUUUUUACGGGAAGGCGCAAGCAGUCCUGUGCAGGUGCCGGGCCCUGUUGCAGCUUCCACAGAAGCCCUGUUGCAGGCAGUAGACCCAGGCCUGCCUUCUGUGAAGCAAGAGCCACCUGACCCAGAGGAGGACAAGGAGGAGAACAAGGAUGAUUCUGCCUCCAAAUUGGCCCCAGAGGAAGAGGCAGGAGGGGCUGGCACACCCGUGAUCACGGAGAUUUUCAGCCUGGGUGGAACCCGCUUCCGAGAUACAGCAGUCUGGUUGCCAAGGUAUUACCACCUUGCUCUUGACUGGAAAUGCAACUGUGGUUACCACCUGUGCUGCAGGUCCGUCCUGGUUCCCUGAUUUGUGUUUCCUGUUCUGCCUGGAUCCUGAUUCUCAGAAACCAGUUACUGGACUUCUGAUCCACAUCCUGACCCUGGUCCACUGUGACCCUCAGACUCUUAAUUAUGCUCCACCAGGUCGUGCCACUGCCCCACUAGUCCAUUUGAUCUGCCCCCAUCCUAGGAUAUCCUGAGUCUAAGCCCUGGUUUCUGCCAAUGGCAAAUAGGAAGAUUUUAUUAACAGGUUUUAAAAAAUUAUUAUUAUUACUGGUUAUUUGGUUUGACAAGGCACUUAGGCUCCCUGAGCUUUGCCUUAGCUGGAAAAUAAGGAUAGUAUUACUUGCUAUUCUAUCAACCCUGUAAGAUAUUUGCGGCCACGCGCGGUAGCGCACCCUGUAAUUCCAACACUUUGGGAGGCCGGCGGGAGGGGCAGUGGGGAGGAUCGCUUGAACCCAGGAGCAGGAGUUCCAGCCUGAGCAACAUAGCGGGACCCCCUGUCUCUUCAAAAUUUGUUUUUAAAUUAGCAGGGCGUGGUGGCGCAGGCUUUGUAGUCCCAGAUACUCUGGAGGCUGAGGCCCAGGAGGACGAGGCUGCAGGGAGCCAUGAUCACGCCACUGCACUCCACCCUGGGCGACAGAGCGAGACCUUGUCUCAGAAAAAAUCUGUGAGGUUAAAAGGCUGUGUGUGUGAAAAUAUCUUGGAAAUUGUAAAGAACUACACAAAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1012.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1051.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 480.40
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((.((........)).((((.(((....))).))))......((((((((..((((..(((((((.(((((.(((((((((((((((.((.((((..((...((((((((((((.(((((((....(((((((((.((...((((..((....))..)))))).)))))))))))))))).).))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((((....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...((.(((((........((((((....))))))..((((((((((.(((((.((((((((((...(.((((..(((((....)))))......(((((((....(((((((..(.(((((((((.((...(((((.......).))))..((((((((..(((........))).)))))).))(((...))).((((.((((.((.((((((((.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((((((((((((......))).)))))).....)))))))).((((((....(((.......(((((...((...))..))))))))...)))))).....)))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)).....)).)))))))).))...))))))))))))))))))).)..)))).)))...)))))))((((((((.......(((((.......)))))..)))))))).))))).))))))).))).))))))))))))..)))........))))).)).)).)))).)).)))))).))))))))).).))))..))))(((.(((.((((.(((((........)))))..))))))).)))..))).)))).((((((((.(.((((...)))).).))))))))......((((((.((((((.......((((....))))((((((..((..((((((.........)))))).))..))))))....))))))))))))))))))))......)))..(((((((.....(((((((((((((((...((((....))))...(((((....((((..(((.........)))..)))).)))))..........)))))).....((((...))))..(((((((((((..(((((......))))).........(((((((..((((......))))...)))))))....((..((.....))..))((((......)))).....(((((....(((((........((((.((((.((.(((((((((((((((((((((((.(((.((....((((((((((((((((((((((((....)))))))))))..))).......))))))))))...)).)))(((((.(((((((.......((((((...........)))))))))))))))))).)))))))))..)))....((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))..(((..(((.(((((.(((((((((((...((((((((((..((((((((...((((...))))((..((.((((......))))))..))((((((......)))))).......))))))))....))))))))))....))))))...))))).))))).))))))......))))))))))).))..)))).))))....((((((.((((...))))..))))))..............)))))...)))))..)))))))))))......(((.((((((.(((.(((.((((......)))).((..((((((..((((((..((((....)))).......(((((...(((((((....((((((((..(((((....((((.(((..(((..........)))..))).))))...)))))..)((((((...((((((...)))))))))))).((.((......(((((((((.....)))))))))......)).))....)))))))((((..((((....)))).........((((((....)))))))))))))))))))))).)))))).))))))..)).....(((((((((.(((((.((.((.....))..)))))))..)))).)))))...((((((....)))))).))).))).)))))).))).((((((((((((((((...))))).))))...(((((((..(..(((..(((((((.(.........).)).)))))))))..))))))).)))))))(((((...))))).........))))).))))....)))))))((((((......((((..........))))..))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((.{,........,{{((((.(((....))).(((((((....)))))))}}))||.((,(((((.((((({(((((((((((((((.((.((((..{(...((((((((((((.(((((((....(((((((((.,,...{(({,.,|||,,||..}))))}.)))))))))))))))).}.))))))).))))...((((((.....)))))).(((.((((((((((.....))(((({....))))).)))))))).)))(((((((..((((...............)))).)))))))...(((((({{{{(((........)))...))))).))))(((((((.(((({.((((((((((..,{.((({..{{{{({{,,}}}))}},...(((((((....(((((((..{.(((((((((.{(...(((((.......)}})))..((((((((..(((........))).)))))).))((,...,)).((((.((((.((.((((((({.((..((..(((.(((((((((((..(((((((((((((((((((.(((.(((((((((((,(((((((((......))).)))))).|,.,}}}}}))).{((((({,,.{,{....,,|(((((...{,...}}..)))))),}..,))))))...,})))).))).)))))...)))).)).))))))))...))))).))))))....)))..)}.....)).)))))))).))...))))))))))))))))))).,..)))).)))...))))))),(((((((.......(((((.......)))))..)))))))),)}}),.))))))).))).)))))))))))),|||..,((,,..}}.}),})})).)))).)).))))))}})))))))).}{||||(.,,.)|||.||{.{{((.,,,((,...,{{{|,|}|{{|.,,)))})})}})},.,,}}.((((((((.(.((((...)))).).))))))))})))))|(((((.((((((.......((({....})))((((((..{(.,{|({{(.....,...}})})).))..))))))....))))))))))),.,,))))).}}...))}..((((({(,....(((((((((((((((...{(((,,,.}|||,..{((((....((((..(((.........)))..)))).}))))..}.},....)))))).|||.{{{(,,,}}))..(((((((((((..(((((......))))).........(((((((..((((......))))...))))))).,,.,,..||.....,}.,|,((((......)))).,,.,(((((....(((((........((((.((((.{(.(((((((((((((((((((((((.{((,(({,.,(((((((((,((((((((((((((....)))))))))))..)))..)))}}))))}}))))...},.))}{(((,{(((((((.......((((((.,......,..)))))))))))))))))).)))))))))..}))....((.((.((((((((((((((....)).)))).)))))...))).))))..(((..(((.(((((.(((((((((((...((((((((((..((((((((,..((((,,.|||}((..((.((((......))))))..)){{{||{....,,))))}).....}.))))))))....))))))))))....))))))...))))).))))).))))))......))))))))))).})..)))).))))....((((((.((((...})))..))))))..........,...)))))...)))))..)))))))))))......(((.((((((.(((.((({{(({((((,{{.((({...,|.{{,((({({,.,,((((....)))}.,,,,..(((.((((....))))..)))...||||,,{{{|....{(((.(({..{{{.,,.....,.})}..))}.)))}..,||||,..,((((((,,,((({{{,,,)))}}})))))).|}|||,.....(((((((((.....)))))))))......}|{|{{{,....}|||||,,..((((....))))...}}}}..|||{{,....,)))),))),)))))).)))))))))|||,{{.,,.,,,,,.))}{((((((((.(((((.((.{{.....},..)))))))..)))).))))}...((((((....)))))).))).))).)))))).))).((((((((((((((({...))))).)))),..(((((((.,{..(((..(((((((.(.........,.)).))))))))}.,))))))).}))))))(((((...)))))........}))))).))))....))))))){(((((......((((..........))))..))))))....
Back