Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388200.1
Sequence Length
3534 nt
GC Content
0.6013
GAACUGCGGCGGCGGCGAGCGCCGGCCGCAUCUGAGCAGAGCUGCAGCGGCGGCCGCGGGCACCAGAGUGCCGAGCCCAGGACGCCCCCGGCCCAGGCCCUUGGGGUGGACAAGUCCUUCACUUCUCGCCGGAGUGUGUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGUCUCUGUCACUGCAAGAGAUGAUGUGCCCUUCUUUGGACCCCCCCUCCCGGACCCCGCUGUGUUCAGGAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCAUUGCUUAUUCCUGGGAAAAGUGCGAGUAGAUUCGGACGCCGGGGCAGUGCCAUAGGCAUAGGAACCGUGGAAGAGGUUGUCGUCCGCGGGGCCGCCGGCUCUGGAGGCUGCCUGCACGCGCUGUUCUCUGCUCGCUCUCAGGACGGAGGCCAUAUUGGGGACGUUGCCCCUCUGCCCCCGGGACAGGCCCCAGGGCGUGCGGGAUGGAGUGGCGGCAGCUCCGAUGGCACUCAGCACCUGCUUUGGGGCCUGUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGGGAGAGCCCUCCGGCUGGUCAGAAGACCCCAGACAGCGGGCACGUCUCACAGGAGCCCAAGUCGGAGAACUCAUCCACUCAGAGCUCCCCAGAGAUGCCCACGACCAAGAACAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGGCCCCUCUCGAUCACCCCACCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1481.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1539.81
Frequency: 0.0000
Diversity: 835.17
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.((((((((.((((((.((((((..((((((...))).)))..)))))))))(((((....))))).......(..((((((.(((....)))...))))))..)...((((((((((((((..((.(((.(((((((((..(((((..((((...(((((....(((((....).))))....)))))......))))...))))).)))))))))..)))))........((..((.....))..))..))))))).)).)))))((((((.((......)).).))))).))).))))))))((((......)))).(((......)))....((((.(((.((((.((((..(((((....(((((((....(((((((((.(..(((((......)))))..).))).))))))....................((...(((((..(((.(((((((((.(((......((....))......))).)))..(((((((...(((((((.((....((...(((((.(((.(((((.((((((.....((((...((......))(((..(((((((((...............((((...)))).((((...((((..((((((((.((((((.((........)).(((((......))))).(((((.((((((((...(((....(((...(((((.((..((((.(((.((((((((.((((((((((......)).))(((((.((((..(.(((..((((((.((((..(((...((((((....))))))....)))....((...((((...))))..))...........)))))))))).)))...)..))))))))))))))))))))))).......((((.((((((.((((((((((((((.(((((((((....)))))......)))).)))))))))))))).))))))..))))(((...)))(((((((.((((.((...((((((((..(((.(((.....(((.((((((...))))).).))).....))).)))..)))))))).))((.(((.((((..(((((((((((((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).))))((((((...(((((..(((........))))))))..(((((((((((((.....)))))))...(((..((((((((....)).))))))..)))))))))..)))))).((((.(((.((((........)))).))).))))((((.....))))...)))))))).))).)))).(((....)))...(((((......)))))..(((((((.((....(((..(.(.(((((((((((((((((((((((...))))...)))).........((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))))))))(((((((((((.....))))((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))).)))))).))....))))))).....)))))))).))..)))....))))))))))))))((((..((((((..(((((.((((((.((......))))))))..((((((((.....(((((((((..(((.(((..(((((((.(((.((.(...((..(((((((.((.....)).)))))))..))...).)).)))..)))))))....))))))...)))))))))))))))))....)))))..))))))..))))))))))))))).((((((((((((((((((((((.(..((((((.......)))))).).)))).........))))))))))))))).)))....((((((((......)))).).)))........((((.(((((((....)))).))).).))).))).)))))).)))))...)))))))))))))).).)))).((((....))))((((....)))).......(.(((((..((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).)...........)))))))).))))))......((((......))))..(((....))).))))...)))).(((((((((((((((((.(((((((((.((.((((((((.((((..(.....)..))))(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).))))))))))).)).)).)))))))...)))).)))...((((((.((.....)).))))))..........(((((((..((((.((.....)).)))).))))))).((.(((((...........(((((.((((..((((......((((((((.......)))).)))).......))))(((((....))))).............)))).))))).)))))))(((((((((((.(.((((((...))))))).)))))))..))))......)))))))))))))).(((((...(((((((((((....)))))))))))..)))))(((((((((((..((((...((((((.......))))))..))))....))))......)))))))((((((((....)))))))))))))))))..))).))))))))))..))))).))).)))))....(((......))).))....)).)))))))...))))))).)))).)).)))..))))).)).)))))))...((((((..(((((..((..((((((((((((((..............(((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).).)))))((((((....((((((((...((((.(.(((..((..((...(((((...)))))....)).)).)))).))))...))))))))...))))))....((((.(((((...(((((((((((.((.(((((......((((((....))))))..((((((...................))))))......(((((..((.((((........)))).))..)))))......))))).)).)))).)))))))...(((((((....)))))))....))))).)))).))))))))......((((...))))...((((((....)))))).))..)))))..)))))))))))...)))).)))).)))))))...)))))................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((((.((((((((.(({(({{((((((..((((((...))).)))..)))))))))(((((....))))).......(..((((((.(((....)))...))))))..)...{((({((((((((,..((.(((.(((((((((..(((((..((((.{,(((((....(((({....}.))))....)))))...,..))))...))))).))))))))).|}))))........{{.,((,....}),.)}..})))))).)).))))}((((((.((......)).).))))).}))}))))))))((((......)))).(((......))).,,,((({,(((.((((.((((..(((({....(((((((....(((((((((.{..(((((......)))))..}.))),})))))..........,.........((.,,(((((..(((.(((((((((.(((..,...{{....)),..,..))).)))..(((((((...(((((((.((....{{....((((.(((.(((((.((((((..,{{,(((...((......}}(((..(((((((((...,........,..{{((({{|||{{((,{...,,({.,||{{{((({((((,{.(({,...,.{||,(((((......})))}.((,(({(((,{((({{{,(({.,,(({,..,,{{(.((,,({((|({{.{(((((((.{(((({|{{{...,,,}},}}(((((.((((,.(.(((.,((({(((((((..{((,..((((((....))))))}},{|||,...{{...,,{,...,))}}}))},.........)))))))))).))).,.,..))))))))))))))|}))))}}),,||{,,((((.(({{{{.{((((((({{{|||.{{{((((((....))))),...,,,))),)))}}||||}}|||.|||||}.,|}}|{{{..,}}|((((({{.((((.(({..{(((((({,{((,.(((((,,.....|||{,.{{{||,,,,)||||||.||.,}.}}}..,}}})))}.||||.|,)}}.||,,||||,|||||,{|||{{..((({{.,{{{{{{{,(((.,(...,|,,}}}.)))}.,....,,,,..})}},))))}..}).)))){|||{,...((((({,,{(......,.))))))))..{((((((((((((.....)))))))...(((..((((((({....}),})))))..))))))))}..})))}).||{|||||,||||}},,,,.,|}}|,|}|{||}}((((.....))))..,}}}}|}}},}}.})),,.,,,..||}},...{((((......)))))},,.,|}})}})}..))))}}}}|,((|{{|||((((((((({(((((...))))}.,)))}.........((({.((((,(((({..|{,,||{|,,,,,,..}))),.)).,))))}...}|||.|||||}||||}(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...,))))))).....))))}))),},.)))),.((({({{{|,||}|||((((..((((((..(((((.{(((((.((,.....))))))))..((((((((.....(((((((((..(((.(((..(((((((.(((.((,(...((..(((((((.((.....)).)))))))..))...},)).)))..)))))))....))))))...)))))))))))))))))....)))))..))))))..)))}}}))}}})))}.{|{((((((((((((((((((({(,.(((((({....,.,)}))}.}..}}))}.}}}}..))))))))))))))).}}|,{,.((((((((......)))).).)))...,})})}||,}}|,,|)|}}}}))})}))),))})}.,))})})))}.,}},,.,.|||||||||||||,.(((((....)}))).|||,(((({{{...|{{{{{...{.(((({.,((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).},,,...{,...(((((((((((..{((((...........)))))...))...)))))})))).},})},.(((((((((((((({((,,,({(({((,(({.(((,(((((((({,,.((((((.....(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).)))))))))))))..))}),||.|{{,,{{........}))))||}||}}}.})).))),,.,,.....,}}(((((((..((((.((.....)).)))).)))))))..(((((......(((.{.,.(((..((((..(.(((.....((((((((.{....,))))))}))..)))}..))))..))).),,))).......))))).}},})}}}}}},))}),,.{{{{(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..))))....)))))))))))))))).{((((...(((((((((((....)))))))))))..))))}(((((,,,,||,}||||.}}||||,}}}}}}}.)))||},.}})).)}}))),.,,,,,)))}},,((((((((....)))))))))))))))))..))),))))))))))..))))).))).))))|||..(((......))).))....)).)))))))...))))))).}))).)).)))..))))),)).))))))),||((((((..(((((..((..((((((({((((((.{{{{,,.,.....(((((((...(((((((,....})).),})))...)))))))|{{,{....,,..))))),.......(((((((....))))))).........(((((((((((...............}......))))))))))).)})))))((((((.,..((((((((...((((.{.(((..({..((...(((((...)))))....)).}).)))}.))))...)))))))).}.)))))).,..((((.(((((...(((((((((((.((.,(((({....(((((((,,((.((((((.,{{{((,,....,,,,....,,,..}})))).....,|||{...|}}},,..)))))).))))).)))))....}..}}))),,.)).))))}}))))))...(((((({....)))))))....))))).)))),))))))))......((((...))))...((((((....)))))).))..)))))..))))))))))),,.)))).)))).))))))),,.))))},,,,.,{{{{.....,})))},.}}....,,.
Back