Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388205.1
Sequence Length
3541 nt
GC Content
0.6018
GAACUGCGGCGGCGGCGAGCGCCGGCCGCAUCUGAGCAGAGCUGCAGCGGCGGCCGCGGGCACCAGAGUGCCGAGCCCAGGACGCCCCCGGCCCAGGCCCUUGGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGUCUCUGUCACUGCAAGAGAUGAUGUGCCCUUCUUUGGACCCCCCCUCCCGGACCCCGCUGUGUUCAGGAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCAUUGCUUAUUCCUGGGAAAAGUGCGAGUAGAUUCGGACGCCGGGGCAGUGCCAUAGGCAUAGGAACCGUGGAAGAGGUUGUCGUCCGCGGGGCCGCCGGCUCUGGAGGCUGCCUGCACGCGCUGUUCUCUGCUCGCUCUCAGGACGGAGGCCAUAUUGGGGACGUUGCCCCUCUGCCCCCGGGACAGGCCCCAGGGCGUGCGGGAUGGAGUGGCGGCAGCUCCGAUGGCACUCAGCACCUGCUUUGGGGCCUGUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGGGAGAGCCCUCCGGCUGGUCAGAAGACCCCAGACAGCGGGCACGUCUCACAGGAGCCCAAGUCGGAGAACUCAUCCACUCAGAGCUCCCCAGAGAUGCCCACGACCAAGAACAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGGCCCCUCUCGAUCACCCCACCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGGGCUGUUAGCCGGGCCACCCCCUCUGAAGGUGAAACUGAGCAGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1479.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1536.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 1175.22
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((.....)))).)))))).((((((((((((((((..(((((((.((((.((.(.((.....)).).))..)))).)))))((((((((.((((((.((..(((......))))).))))))..))).....).))))....(((((((...(((..........)))..)))))))..((((..((..(((..((((((((((.....(((((((..((((((.((((((((((..............((((((.((((.((((((......)))).))........(((.(((((........)).)))..))))))).))))))..........))))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.(((((.....((.(((((((((.((.((...((((.(((......((....))......))).))))..........(((.......)))..)).)).))))))...)))))))))).............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..)))))).......))..)))))))).)))))))).......((((((((((......))))).(((((.((((((((...(((....(((...(((((.((..((((.(((.((((((((.((((((((((......)).))(((((.((((..(.(((..((((((.((((..(((...((((((....))))))....)))....((...((((...))))..))...........)))))))))).)))...)..))))))))))))))))))))))).......((((.((((((.((((((((((((((.(((((((((....)))))......)))).)))))))))))))).))))))..))))(((...)))(((((((.((((.((...((((((((..(((.(((.....(((.((((((...))))).).))).....))).)))..)))))))).))((.(((.((((..(((((((((((((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).))))((((((...(((((..(((........))))))))..(((((((((((((.....)))))))...(((..((((((((....)).))))))..)))))))))..)))))).((((.(((.((((........)))).))).))))((((.....))))...)))))))).))).)))).(((....)))...(((((......)))))..(((((((.((....(((..(.(.(((((((((((((((((((((((...))))...)))).........((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))))))))(((((((((((.....))))((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))).)))))).))....))))))).....)))))))).))..)))....))))))))))))))((((..((((((..(((((.((((((.((......))))))))..((((((((.....(((((((((..(((.(((..(((((((.(((.((.(...((..(((((((.((.....)).)))))))..))...).)).)))..)))))))....))))))...)))))))))))))))))....)))))..))))))..))))))))))))))).((((((((((((((((((((((.(..((((((.......)))))).).)))).........))))))))))))))).)))....((((((((......)))).).)))........((((.(((((((....)))).))).).))).))).)))))).)))))...)))))))))))))).).)))).((((....))))((((....))))((((((.(.(((((..((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).)(((...((...(((((((((((..(((((...........)))))...))...))).)))))).)))))...((((((..((((((((.(((((((((.((.((((((((.((((..(.....)..))))(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).))))))))))).)).)).)))))))...)))).))).((((((((((((....).)))))...........)))))).)))))..))).)))(((((.((((((((..((((((..(((((((..(((((((((..((((...(((.((.......))..)))........((((.((((..(.((((..((....)).)))).)..((((((((((.(((.......(((((((((((((..........................)))))))......))))))..))).))))))))))..((((((.(.(((((((((((.....(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((..(((((...((((((((((((((((....(((..(((((..(((((((..((.(((((.....((((((((....))))))))...))).))))..)))....((((....((((....))))..))))))))..)))))..)))..((((((.........((.(.(.(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).))).).).)).(((((((((((...(((((((((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).(((((.((....))..)))))))))))..)))).)))))))....)))))))))))).))))))))))..))...))).)))).)))))))).).)))))......((......)).))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))).....)))))..)))))).))))))).....(((((..((.((((........)))).))..))))).)))).))))...)))).)))))))))..))))))))))))))))))).))...)))))))))))((((((......((((...))))...((((((....))))))((((........))))..(((.....))).))))))....)))))(((((.((...(((((.....)))))...)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,(({(((((((,.,,.||}}||||||,.(((((({{{|||{|||..|||||||,|(((,(,.,.||||}..||{|.}}.,}|||.|}})},.||||,,.{(((({,({..{({|,...,|,||{{(({,,,.(((({....}.))))....|||||,,....||}}...,,,,,.}}|.}}|||||..,,,,.,{{..,,,..{{{{{{{|||.,,..{|||{{{,,|{||(|.(((((({(({..,..,,.,.,,|,|{||||,||||}||((((......)))).||{......}}}..,,((({{(,(.,,||.||||,}|||||}.}}||||{,{....,,{||||||}|}}(((((......)))))...,||,{{|||||{{.{..{{{.{{,,,.....((.((((((({{,((.(({{(((((.(((..,...{{...,))}..},.)}),)))..{{,,,,,...((,,,{,.,|}}..||.}}.||||}|,,.|||||,||||,,......,,,..}||..}.}}))}||}}|||||||||}}}}}}}}}}}}}}}.|||||..}}}}||.|,..,.}|..)}}}}|||.||||}}}||......{((({(((((.,,,,.|||||.(({((,((((((((,,{,((,.,.(((...{{(((.((,.({((,(({.{(((((((.((((({{({{......}},}|(((((.((((,.(.(((.,((({(((((((..,((,..((((((....))))))}},{|||,...{{...,,{,...,))}}}))},.........)))))))))).))).,.,..))))))))))))))})))))))),.||,..((((.((((((.((((((((((((({.{((((((((....))))),.....}))).))))))))}})))).))))))..)))|{{{.,|},|(((((((.((((.{({..((((((((,,(({.(((((,,.....|||(,.{{{||,,,,)|}}|||.||.,}.}}}..}}}})))}.||(|.|,},|,{{,,|||||||||||{|||{{..((({{.,{{{{{{{,(((,,(.,.,|,,|||,}}||.,,...,,,...}}|},}}))}..)).}}}}(({({,...((((({,,{(......,.))))))))..(((((((((((((.....)))))))...(((..((((((({....}),})))))..))))))))}..}))))).|(((|(((.((((,,......)))).))},))))((((.....))))...,}}}|||}.}}.})),}.,|,..},}},...{((((......)))))},|.,|}}},|}}..}}||}}|}{,((((((((((((((((({(((((...}))),.,)))}.........((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))))))))(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...,))))))).....)))))))).}},})))}.{{(|(||||}}|}|}|((((..((((((..(((((.{(((((.((,.....))))))))..((((((((.....(((((((((..(((.(((..(((((((.(((.{(,(...((..(((((((.((.....)).)))))))..))...},)).)))..)))))))....))))))...)))))))))))))))))....)))))..))))))..)))}))))}}})))).{{{((((((((((((((((((({(,.(((((({....,.,))))}.}..}}))}.}}}}..))))))))))))))).}}|,{,.((((((((......)))).).)))...,}}}}|||{,|{{{|||,,,,))}),))).),))}.})),)))))}.}))}}...}|}}||}}}||}}}.|,|||}.{{||,,,.|||}((((....}}||{{{{,{,{.((((,.,((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).}{,,...{,...(((((((((((..(((((...........)))))...))...)))})})))).},}}},.{((((((((((((({((,{{{{(({((,(({{,,(({((({((({.,.((((((.....(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).)))))))))))))..))})}}),}}{{{,{||,,,|..|||{{(({||,,..,|||}|||{.,....,{.{((((((((..((({.((.....)).}))).)))))))}|||,,..{|||||{,,|||||{|||..||||...|||.(({{..{.{{{..,,,.,{{.{..{(((..((((..{,(((...,.{{((((((.{....|))))}}|}}..}}},..}}}|,,||},||||}}|},..,,)}}}}},},}),}}}}},})}},,.|{{,{{{||||,{.{|{{{|.,,))))))}.||||||},.||||,,{{|||}}}}}|||||}},.((((({,{((((({{{{((,,,,}|||||}||||,,|||||((({(,{{{|..|({(({||((((({||,||,,||},{{{{|,,|{|||||}.,{.{{{||,.,..((((((((....)))))))),},})),))},}}),)}}|}}}}}}..}||||.}}},)))}}}}},|||,..}},))},))...,||{||}||}}...,||||||.||||{||.|||{{|||||{||{||,,,))}}}||||||}}|||||,,{|,,,|{{{||,{(((({,{{{|,|,|||||,(((((((..,(((((((,....})).},,))}...}))))))((({(.,..,,..))))}........(((((((....))))))).........(((((((((((..............,}......))))))))))).||||}}}{,||{|,,,}||||||||,}.,|||.|}|||}}||,.||}}}|||||,}},))))}}}})).,).}},}.)})),}.)))))))).).))))),.,..{{{{.,{{,|..,|||||,,,|||}||.}|||||}...,((((((..,{,|||||{..|||||,....,}}}}..,,}}}}.))))))}.....{((({..{|,|{{,.}}}}}}.))))},),,))}}},}}})}))),..,),)),)))))))))..}|||||||,,}}))))))).}}.}}))),))))}))})}}}}......((((...))))...((((((....)))))){||{.,,,,,..)))),,}}}}},,.)))),)))),))))))))}{||||.({,,,{{{((.....}))))}}.}}.}}})}.
Back