Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388209.1
Sequence Length
3957 nt
GC Content
0.5984
GAACUGCGGCGGCGGCGAGCGCCGGCCGCAUCUGAGCAGAGCUGCAGCGGCGGCCGCGGGCACCAGAGUGCCGAGCCCAGGACGCCCCCGGCCCAGGCCCUUGGGGUUUGGUGCCAGCUGCGGGGCGCCUGGGCUUGGGGAAGAAACCUUGUGUACGCACACCUGCACACACACACAGUCUCCGGAGCAAUAUUUCAGGGCAGGCGCUGAAGCCUCCAUUGCACAGGUGAGGAAACUGAGGCUCGGAGAGGCUAAAUGAACUGCCUGAGGUCACCUAGUCACCUUCAGCAAGGUCUAGAAUCGUGGUACUCUGACUCUUGAUGGGAGAAGAUCUCCACAGCGGUGGAGAGGAGGAAGGGUGAACGCCGUGGUGGAGUGGUCCAUGUGGACCUGCUCCCCUUUGCUGCCAGGAGGUUAAUACCUCUGCCAACCGAGGCCACCCUCCCUCGGACCCCCAUUCGGAGGAAGCAGACCCAAGUUCGAAUUCUGACAUUGCCACUGAGCAGCCGUACAACUUUUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGUCUCUGUCACUGCAAGAGAUGAUGUGCCCUUCUUUGGACCCCCCCUCCCGGACCCCGCUGUGUUCAGGAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCAUUGCUUAUUCCUGGGAAAAGUGCGAGUAGAUUCGGACGCCGGGGCAGUGCCAUAGGCAUAGGAACCGUGGAAGAGGUUGUCGUCCGCGGGGCCGCCGGCUCUGGAGGCUGCCUGCACGCGCUGUUCUCUGCUCGCUCUCAGGACGGAGGCCAUAUUGGGGACGUUGCCCCUCUGCCCCCGGGACAGGCCCCAGGGCGUGCGGGAUGGAGUGGCGGCAGCUCCGAUGGCACUCAGCACCUGCUUUGGGGCCUGUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGGGAGAGCCCUCCGGCUGGUCAGAAGACCCCAGACAGCGGGCACGUCUCACAGGAGCCCAAGUCGGAGAACUCAUCCACUCAGAGCUCCCCAGAGAUGCCCACGACCAAGAACAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGGCCCCUCUCGAUCACCCCACCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGGGCUGUUAGCCGGGCCACCCCCUCUGAAGGUGAAACUGAGCAGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1664.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1728.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 1066.60
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(((((((.((((((.((((((..((((((...))).)))..)))))))).(((((....)))))(((((((((.((((((((((((((((((...)))))))).....)))).)))))))))))))))(((((........(((((..(((....)))))))).......))))).((((.......(((((((((.(((((.(((((....(((((((..((((...((((((..((((((((..........))))..((.(((...(((.......((((.(((.((((((((((..((((..((((.((((((......(((((((....))))))).((((.((((((...(((.((((((((((((((....))))).)))))........((..((((((....))))))))..)))).))))))))).)))).....)))))).))))..)).))..)))....)).)))))))).))))..(((((((((((((...((((((((((((..(((((..((((...(((((....(((((....).))))....)))))......))))...))))).)))))........((((..((..(((..((((((((((.....(((((((..((((((.((((((((((..............((((((.((((.((((((......)))).))........(((.(((((........)).)))..))))))).))))))..........))))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.(((((.....((.(((((((((.((.((...((((.(((......((....))......))).))))..........(((.......)))..)).)).))))))...)))))))))).............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..)))))).)))))))....))))))...))))))))))...))))).(((((......)))))........)))).))))))((((..(((.((.((.((((((.(((.((....)).))).))..)))).)).)).)))))))))))..)))))))....(((((((((((((.(((...((((((....))))))....)))...((((((..((((.(((((((((..((((.((.....((((((......)))))).........(((((((((.....))(((((((.((......(((((((...)))))))((((((....))))))...)).)))))))..(((((.(((.(((((.(((..((((...))))..)))..((((.(((((((((((((..(((.(((.....(((.((((((...))))).).))).....))).)))..)))))))).(((....))).((....))...(((.((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).)))).))).....(((((..(((........))))))))..(((((((((((((.....)))))))...(((..((((((((....)).))))))..))))))))).))))).)))).)))))))))))))(((.(((.(((.(((((.((((.....))))..))))).)))))).))).......)))))))..(((((......))))))).)))).))))))))).))))...(((((((((((((((((((((((...))))...)))).........((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))))))))(((((((((((.....))))((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))).)))))).))....))))))).....)))))))).((((((.....(((.((...)).)))...........(((.....))).))))))......))))))...((((((((.....(((((((((..(((.(((..(((((((.(((.((.(...((..(((((((.((.....)).)))))))..))...).)).)))..)))))))....))))))...))))))))))))))))).)))))))...))))))..((((((((.((.((((((...((.(((....))).))))))..)))).)).))))))...)).)))..))))).)))))))))(((((((..(((.....((((((((......)))).).)))...)))))))))))))).))))))))))).))))....(((((((((.(.(...((((((.(((.(((((...(((((....))))).((((((((....((((.((.((((.((((.((((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))..(((......((...(((((((((((..(((((...........)))))...))...))).)))))).)).....)))(((((((((..(((.(((((((((.((.((((((((.((((..(.....)..))))(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).))))))))))).)).)).)))))))...)))).)))...((((((.((.....)).)))))).....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).)))))))))))....(((((((..(((((((((..((((...(((.((.......))..)))........((((.((((..(.((((..((....)).)))).)..((((((((((.(((.......(((((((((((((..........................)))))))......))))))..))).))))))))))..((((((.(.(((((((((((.....(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((..(((((...((((((((((((((((....(((..(((((..(((((((..((.(((((.....((((((((....))))))))...))).))))..)))....((((....((((....))))..))))))))..)))))..)))..((((((.........((.(.(.(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).))).).).)).(((((((((((...(((((((((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).(((((.((....))..)))))))))))..)))).)))))))....)))))))))))).))))))))))..))...))).)))).)))))))).).)))))......((......)).))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))).....)))))..)))))).))))))).....(((((..((.((((........)))).))..))))).)))).))))...)))).)))))))))..)))))))..)))))))))..)))))))).))...))))..........((((...))))...)))))))))))))...((((........))))..)))))))))....).).))))))))).(((((.((...(((((.....)))))...)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{(((.((((((((.((,(({{((((((..((((((...))).)))..)))))))))(((((....)))))(((((((((.((((((((((((((((((...)))))))).,,,.}}}).)))))))))))))))|{(((.,,.....(((((..(({....))).,)))}}.....)))))((((({....,,{{,((.((((......)))))).,|||...((.((((.((((((((((((((.((((((.......(((((((((....((((..(((({....}))))))))....{.(((.((((..((((.((((((.,....(((((((....))))))).((((.((((((...(((.((((((((((((((....))))).))))).......,(,..((((((....)))))))}},)))).))))))))).)))).....)))))).))))..)).)))))}|{({.{...{((((.((((((..((,,{.{{..,.....},.,}}}}},.))))))..))))}...}.}))}.))))))))).))).))).)).)))))...))))))).))))))...|((|.(({{(({.{{{{..,......,,{{|.,,,||}.,}},}}}}.,,.}.,}|||.||{|||,{|,,....,,.,.,))))))}))))))))))((((......)))).(((......))).,,,((({,(((.((((.((((..((({{....(((((((....(((((((((.{..(((((......)))))..}.)))}})))))......,,..,.........((.{,(((((..(((.(((((((((.(((..,...{{....)),..,..))).)))..(((((((...(((((((.((....{{....((((.(((.(((((.((((((..,,,,(((...((.....,}){((..(((((((((.,,,,,.,.,..,..,{{({{,,|||{{{.{,,.,,{{.,|||{{(({{{{((,{,(({,...,.{||{(((((......}}}|}.{(,(({(((,{((({{{,{({.,,{({....,{{{.((,,{{((|({{.{{((((({.{({{{|||{{...,,,}},}}(((((.((((,.(.(((.,(({{{((((((..{((,..((((({....))))))}},{|||,...{{...,,{,...,}}}}}))},.........)))))))))).))).,.,..)))))))))))}|||}}}}}}}),,||{,,((((.(({{{{.{((((((({{{|||.{{{((((((....))))),...,,,))),)))}}||||}}|||.|||||}.,||||{{{..,}}|((((({{.((((.(({..{(((((({,{((,.(((((,,.....|||{,.{{{||,,,,)||||||.||.,}.}}}..,}}})))}.||||.|,)}}.||,,||}|,|||||,{|||{{..((({{.,{{{{{{(.(((..(...,|,.}}}.)))}.,....,,,,..})}},))))}..}).))))||||{,...((((({,,{(......,.))))))))..{((((((((((((.....)))))))...(((..((((((({....}),})))))..))))))))}..})))}),||{|||||,||||}},,,,.,|}}|,|}|{|||}((((.....))))..,}}}}|))},}}.})),,.,,,..}|}},...{((((......)))))},,.,|}})}})}..})))}}}}|,(({({{{{((((((((({(((((...)))),.,)))}.........((({.((((.(((({..{{,,|{{|,,,,....})))..))..))))}...}}}).}|))|}||}|}(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...,))))))).....)))))))),},.}))),.{{({({|||,||}|||({((..((((((..(((((.{(((((.((,.....))))))))..((((((((.....(((((((((..(((.(((..(((((((.(((.{(,(...((..(((((((.((.....)).)))))))..))...},)).)))..)))))))....))))))...)))))))))))))))))....)))))..))))))..))}}}}}}}}})))}.{|{((((((((((((((((((({(,.(((((({....,.,)}))}.}..)}))}.}}}}..))))))))))))))).}}|,{,.((((((((......)))).).)))...,})})}||,}}|,,|}|}}}}))})}))),)}}}}.,))})})))}.,}},}.,,|||||||||||||,.(((((....)}))).|||,(((({{,.,.||{{{{.,.{.(((({.,((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).},,,...{,...(((((((((((..(((((...........)))))...))...)))))})))).},})},.(((((((((((((({((,,,({(({(({((,{..((,(((,({((...((((((.....(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).)))))))))))))..))}))}),)){{{.((((..{,.{..(((((.,,....|{{.({{{.,....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).)))))))))))....,})))).}})}}}},}}}..}}}}...}}}.(({{..{.(((......{{{.{.,,(((..((((..{.(((.....((((((((.{....,))))))}))..)))}..))))..))).)}})))}}},.)))))))),},})}}}}}}}))}}.,.{{{{(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..))))....)))))))))))))))).(((((,..(((((((((((....)))))))))))..)))}}(((((,,,,|,.|||||.}}||||,||}}}}}.)))|||,,}}}),}}}))),.,,,,,}))}},.((((((((....))))))))}))))))))..))),))))))))))..))))).))).))))|||,.(((......))).))....)).)))))))...))))))).}))).)).)))..)))))})}.)))))))|||{(((((..(((((..((..((((((({((((((.{{{{,,.,,,..,(((((((...(((((((,....})).),,)))...))))))){((,{....,,..))))),.......(((((((....))))))).........(((((((((((...............}......))))))))))).)}}))))((((((.,.,((((((((...((((.{.(((..{{..((...(((({...)))))....)).}).)))}.))))...)))))))).}.)))))).,..((((.(((((...(((((((((((.((.,(((({....(((((((,,((.((((((.,{{{((,,....,,,,....,,,..}})))).....,|||{,..||}|,,..)))))).))))).)))))....}..}}))),,.)).))))})))))))...(((((({....)))))))....))))).)))),))))))))......((((...))))...((((((....)))))).}}..)))))..))))))))))),,.)))).)))).)))))))},.|||}}{,,,.{{{({.....,})))},.}}..,,,,.
Back