Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388216.1
Sequence Length
3165 nt
GC Content
0.5962
GAACUGCGGCGGCGGCGAGCGCCGGCCGCAUCUGAGCAGAGCUGCAGCGGCGGCCGCGGGCACCAGAGUGCCGAGCCCAGGACGCCCCCGGCCCAGGCCCUUGGGGUGGACAAGUCCUUCACUUCUCGCCGGAGUGUGUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGUCUCUGUCACUGCAAGAGAUGAUGUGCCCUUCUUUGGACCCCCCCUCCCGGACCCCGCUGUGUUCAGGAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGGCCCCUCUCGAUCACCCCACCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1303.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1356.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 720.79
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((.....)))).)))))).((((((((((((((((..((((((.(((((((....)))))..(((..((..(((...))))).))).(((((((((((.........((((((.....)))))).(((((((((..(((((..((((...(((((....(((((....).))))....)))))......))))...))))).)))))))))))))))))))).....(.(((((((((((.....(((((((..((((((.((((((((((..............((((((.((((.((((((......)))).))........(((.(((((........)).)))..))))))).))))))..........))))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.(((((.....((.(((((((((.((.((...((((.(((......((....))......))).))))..........(((.......)))..)).)).))))))...)))))))))).............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).)...)).)).))....))..)))))))).)))))))).......((((((((((......))))).....(((.(((.(((((..((.(..((((....(((((.....))))).((((((((.((((((((((......)).))(((((.((((..(.(((..((((((.((((..(((...((((((....))))))....)))....((...((((...))))..))...........)))))))))).)))...)..)))))))))))))))))))))))....(((((((.((......(((((((...)))))))((((((....))))))...)).)))))))..))))..)))..)))))..))).))).(((((((.((.(.((((......((((((((..(((.(((.....(((.((((((...))))).).))).....))).)))..))))))))(((((.(.(((((((((((..(((((.((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).)))).))).....(((((..(((........))))))))..(((((((((((((.....))))))).......((.(((((((.(((((.(((((..(((((..((((.(((.((((((.(((.((((........)))).))).))))((((.....)))).......(((.....)))(((((.(((((((....(((((((.(..((((((....))))))....(((..(.(.(((((((((((((((((((((((...))))...)))).........((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))))))))(((((((((((.....))))((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))).)))))).))....))))))).....)))))))).))..)))..(((((((((.((.((((.....(((((.(((.....))))))..)).........((((.((((((((......)))).).)))...)))))))).))...))))))))).).))))).))..)))))))...............(((((.(((..((.(((((((((((..(((((...........)))))...))...))).))))))))..))).)))))..((((((.(((.(((((((((.((.((((((((.((((..(.....)..))))(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).))))))))))).)).)).)))))))...)))).))))))))).((((((....).)))))..))))).....(((((((..((((.((.....)).)))).)))))))....))))).))))))))).(((((.((((..((((......((((((((.......)))).)))).......))))(((((....))))).............)))).)))))..((((((......)))))))))))))))))))))))))..((((.(.(((((((((((.....(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((..(((((...((((((((((((((((....(((..(((((..(((((((..((.(((((.....((((((((....))))))))...))).))))..)))....((((....((((....))))..))))))))..)))))..)))..((((((.........((.(.(.(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).))).).).)).(((((((((((...(((((((((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).(((((.((....))..)))))))))))..)))).)))))))....)))))))))))).))))))))))..))...))).)))).)))))))).).)))))......((......)).))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))).....)))))..)))))).))))))))))).(((((..((.((((........)))).))..)))))(((((((.(((.......))).))))))).....)).))))))))))).))))))(((((......)))))......((((...))))...((((((....))))))((((........))))...))))).)).))))).))....)))))(((((.((...(((((.....)))))...)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((((.((((((((.(({(({{((((((..((((((...))).)))..)))))))))(((((....))))).......(..((((((.(((....)))...))))))..)...{((({((((((((,..((,(((.(((((((((..(((((..((((.{,(((((....(((({....}.))))....)))))...,..))))...))))).))))))))).|}))))........{{.,((,....}),.)}..})))))).)).)))}}((((((.((......)).).))))).}))}))))))))((((......)))).(((......))).,,,((({,(((.((((.((((..(((({....(((((((....(((((((((.{..(((((......)))))..}.)))}})))))..........,.........((.{,(((((..(((.(((((((((.(((..,...{{....)),..,..))).)))..(((((((...(((((((.((....{{....((((.(((.(((((.((((((..{((.(((.{{(,.((((((.(((.((...(((.(((((((((((..(({,{(((({,,{((,{.{,,,..{{.,}|||,((((((((.,.((,,...,..)},(((((......))))).((.((((((..((((((.(((.((((,{,....{(.(((((.((((({,{(((((((.{(((({{{{{......}},}}(((((.((((,.(.(((..(({{{((((((..,((,..((((((....))))))}},{|||,..,{{...,,{,...,)}}}}))},.........)))))))))).))).,.}..))))))))))))))}))))))}}..,,(((((((.((.,,,..(((({((|.,}}}}}}}((((((....))))))...}).)))))))..(((({{(((.(((((.,(({{((((,..}}||,{|||,.((((.(((,.{(((((({,{((,.(((((,,.....|||{,.,,{||,,,,}||||||.||.,,.}}}..,,}})))}.|||},,,)}}.||,,,,)},}}|||.{|||{{..((({{.{{{{((((.(((..(....)..))).)))).......,},,.))}),))))}..}).))))}))),....((((({,,{(......,.))))))))..{((((((((((((.....)))))))...(((..((((((({....}),})))))..))))))))}.,}}}}.},}),)))))))))))))(((.(({{(((.(((({.((((.....))))..))))).)))))).)))...,,...|||,,...(((((......)))))....,})))))))..))))).))}.)))).)))(((((((((.(((((...))))).))|||........,||{.{(((,(((,,.,}},))))|)))))))...)))).)))))))).}}.{(((.(((((.((((.(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...,))))))).....)))).)))))..)))}..(((((((((.((.((((.....,,{((.(((,,,,.}}}})),,)}.........{{{{.((((((((......)))).).)))...}))})))).))...))))))))).))))))))}),.,)))),))),..,,,)))..))}})).)))))).})).)).)))...))))))}}}.({((....,,)))).......{(((((({{,,,......(((((((((((((({((,,,({(({((,(({.(((,(((((((({,,.((((((.....(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).)))))))))))))..))}),||.|{{,,{{........}))))||}||}}}.})).))),,.,,.....,}}(((((((..((((.((.....)).)))).)))))))..(((((......(((.{.,.(((..((((..(.(((.....((((((((.{....,))))))}))..)))}..))))..))).),,))).......))))).}},}),}}}}},))}),,.{{{{(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..))))....)))))))))))))))).{((((...(((((((((((....)))))))))))..))))}(((((((((((.{((((...((((({,......))))))..)))}.,}.))))......)))))))((((((((....)))))))).,.,)))))))))))))))))))))..))))).))).))))|||..(((......))).))....)).)))))))...))))))).}))).)).)))..))))),)).))))))),||((((((..(((((..((..((((((({((((((.{{{{,,.,,....(((((((...(((((((,....})).),})))...)))))))|{(,{....,,..))))),.......(((((((....))))))).........(((((((((((...............}......))))))))))).)})))))((((((.,.,((((((((...((((.{.(((..({..((...(((((...)))))....)).}).)))}.))))...)))))))).}.)))))).,..((((.(((((...(((((((((((.((.,(((({....(((((((,,((.((((((.,{{(((,.....,,,,....,,,..}})))).....,|||{...||}},,..)))))).))))).)))))....}..}})))},.)).))))}}))))))...(((((({....)))))))....))))).)))).))))))))......((((...))))...((((((....)))))).))..)))))..))))))))))),,.)))).)))).))))))),,.})))},,,,.{{{{{.....,})))},.}}....,,.
Back