Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388233.1
Sequence Length
3361 nt
GC Content
0.5965
GAACUGCGGCGGCGGCGAGCGCCGGCCGCAUCUGAGCAGAGCUGCAGCGGCGGCCGCGGGCACCAGAGUGCCGAGCCCAGGACGCCCCCGGCCCAGGCCCUUGGGGUGGACAAGUCCUUCACUUCUCGCCGGAGUGUGUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGUCUCUGUCACUGCAAGAGAUGAUGUGCCCUUCUUUGGACCCCCCCUCCCGGACCCCGCUGUGUUCAGGAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCAUUGCUUAUUCCUGGGAAAAGUGCGAGUAGAUUCGGACGCCGGGGCAGUGCCAUAGGCAUAGGAACCGUGGAAGAGUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGGGAGAGCCCUCCGGCUGGUCAGAAGACCCCAGACAGCGGGCACGUCUCACAGGAGCCCAAGUCGGAGAACUCAUCCACUCAGAGCUCCCCAGAGAUGCCCACGACCAAGAACAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGGCCCCUCUCGAUCACCCCACCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGGGCUGUUAGCCGGGCCACCCCCUCUGAAGGUGAAACUGAGCAGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1384.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1438.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 976.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((.....)))).)))))).((((((((((((((((..((((((.(((((((....)))))..(((..((..(((...))))).))).(((((((((((.........((((((.....)))))).(((((((((..(((((..((((...(((((....(((((....).))))....)))))......))))...))))).)))))))))))))))))))).....(.(((((((((((.....(((((((..((((((.((((((((((..............((((((....((((((..........)))))).))))))..........))))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.(((((.....((.(((((((((.((.((...((((.(((......((....))......))).))))..........(((.......)))..)).)).))))))...)))))))))).............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).)...)).)).))....))..)))))))).)))))))).......((((((((((......))))).(((((.((((((((...(((....(((...(((((.((..((((.(((...((((((((....))......((((((((((....((.(((((((..(((((.(((.(((.((((..((((((....))))))((.((....)))).....(((((((...((((((......(((....)))((((((((((.(((......)))(((((((((.....))(((((((.((......(((((((...)))))))((((((....))))))...)).)))))))..(((((.(((.(((((.(((..((((...))))..)))..((((.(((((((((((((..(((.(((.....(((.((((((...))))).).))).....))).)))..)))))))).(((....))).((....))...(((.((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).)))).))).....(((((..(((........))))))))..(((((((((((((.....)))))))...(((..((((((((....)).))))))..))))))))).))))).)))).)))))))))))))(((.(((.(((.(((((.((((.....))))..))))).)))))).))).......)))))))..(((((......))))))))..))))))).....(((((.((((.(....))))))))))....)))))))).))))).........(((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))(((.((((((((..(((.((........)).)))...)))))))).)))))))...))).))).)))))..)))).))).))........)))).))))))..((..(.(((((((((.((.((((.((....(((.(((.....))))))..((((((........)))))).((((..(((.(.(((.(((((...(((.((..(.(((((...)))))..)..)))))...)))))))))))).))))((((......))))..........)).)))).))...))))))))).)..)).))))))))).)))))).)))))...)))))))))))))).).)))).((((....))))((((....))))((((((.(.(((((..((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).)(((...((...(((((((((((..(((((...........)))))...))...))).)))))).)))))...((((((..((((((((.(((((((((.((.((((((((.((((..(.....)..))))(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).))))))))))).)).)).)))))))...)))).))).((((((((((((....).)))))...........)))))).)))))..))).)))(((((.((((((((..((((((..(((((((..(((((((((..((((...(((.((.......))..)))........((((.((((..(.((((..((....)).)))).)..((((((((((.(((.......(((((((((((((..........................)))))))......))))))..))).))))))))))..((((((.(.(((((((((((.....(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((..(((((...((((((((((((((((....(((..(((((..(((((((..((.(((((.....((((((((....))))))))...))).))))..)))....((((....((((....))))..))))))))..)))))..)))..((((((.........((.(.(.(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).))).).).)).(((((((((((...(((((((((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).(((((.((....))..)))))))))))..)))).)))))))....)))))))))))).))))))))))..))...))).)))).)))))))).).)))))......((......)).))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))).....)))))..)))))).))))))).....(((((..((.((((........)))).))..))))).)))).))))...)))).)))))))))..))))))))))))))))))).))...)))))))))))((((((......((((...))))...((((((....))))))((((........))))..(((.....))).))))))....)))))(((((.((...(((((.....)))))...)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
...(((.(((((((.....))))((((((..((((((...))).)))..))))))..,(((((....)))))..))))))(((({({{(((((((((..(((((((((((.........((((((.....)))))).(((((((((..(((((..((((.,,(((((....(((({....}.))))....)))))..,,..))))...))))).)))))))))))))))))))).......((((.((({(,....}}}}},}}}}((.((((((((((.((......)).}.))))}..|))))}}((((((..........))))))...(((((((....(((((((((.{..(((((......)))))..}.)))||)))))..........,.........((.{,(((((..(((.(((((((((.(((..,...{{....)),..,..))).)))..(((((((...(((((((.((,...{{....((((.(((.(((((.((((((...,,.(({...{{....,,))|{{..(((((((((,,,|,,,,,,,.|,.,{(((({,.{{{{|.{,....||.,}}|||{(((((((,|,({,....,,,||,(((((......}}}}}.((,((((((.,((((((.(((.{{(({,....,{(.(({{(,(({(({,{(((((((.((((({{{{{...,,,}},}|(((((.((((,.(.(((.,((({{((((((..{((,..((((((....))))))|},{|||,..,{{....,{,...,}}}}})}},.........)))))))))).))).,.}..)))))))))))}|||}}}}}}}}..,|(((((((.((.,,,.,(((((((|,,}}},|||((((((....)))))}...}}.)))})))..(((({|(((.(((((.,(({{(((({..}}||{{|||,.((((.(((,.{(((((({,{((,.(((((,,.....|||{,.,{{||,,,,)||||||.||.,}.|}}..,,}}}))}.||||,,,)}}.||,,,,}},}}|||.{|||{{..((({{.{{{{((((.(((..(....)..))).)))).......,},,.))}),))))}..}).))))})))}....((((({,,{(......,.))))))))..{((((((((((((.....)))))))...(((..((((((({....}),})))))..))))))))}.,}}}}.},}},)))))))))))))(((.{(||(((,(((({.((((.....))))..))))).)))))).)))...,,...|||},...{((((......))))),,..,}))))))}..))))),}}|,||||.|||(((((((((,(((((...))))}.}))}|........,{{{,,((({{(({{,,,||}}||||}}}}}}..,)))}.))}})))),},.||||.|||||,((|(,(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...}))))))).....)))),)))))..)))}..(((((((((.((.((((.{{...,(((.{((,,,,.,}}}))}}||,,,......(((|.{(((.((((..{{{.{.(((.(((((...(({{((..(.(((((...)))))..)..)))))...))))))))}}}}.)))),|||}.}}}},||....)).....)).)))).))...))))))))).))))))))})}.,))))))))}.,},,,.,,((|(((|||(({(,.(((((....))))).(((.(((((({...((((((.,.{.(((({.,((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).},,,...{,...(((((((((((..(((((...........)))))...))...)))))})))).},}}},.(((((((((((((({((,,{({(({((,((,{..((,((({((((...((((((.....(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).)))))))))))))..))}))}),)){{{.({{{..{,,{,.(((({,,,,...|{{,{|{{.,....{(.(((((((((..((((.((.....)).)))).)))))))))))....,}}))).}})||||{||}..}|||...}}}.(({{..{.(((......{{{.{.,,(((..((((..{.(((.....((((((((.{....,))))))}))..)))}..))))..))).}}})))}}},.}})))))},},})}}}}}},))}},,.{{{{(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..|)))..,,)})))))))))))))).(((((,..(((((((((((....)))))))))))..)))}|(((((....},,))|||,)}}))),})))))}.))),{|},},})|)}))))..|,||||}),,..((((((((....))))))))}))))))))..))),))))))))))..))))).))).))))|||,.(((......))).))....)).)))))))...))))))).}))).)).))).,))))}|}|.)))))))(((((((((..(((((..{{..(((((((,((((((.{{{{,{.|,,,,,(((((((...(((((((,....})).),,)))...})))))){(({{....,,..)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((..............,}......))))))))))).}}})}))((((((.,.,((((((((.,.((((.{.{{(,.{{..{{...(((({...}))))....)).}).))}}.)))).,.)))))))).}.)))))).,..((((.(((((...(((((((((((,({.|(((({....{((((((,,{(.({{(((.,{{{((,,....,|||....,,,,.}})))),.....|||{,..||}|||..}))))).))))).)}})),...}..}}))),,.)).))))})))))))...(((((({....))))))).,,.))))).)))),))))))))......((((...))))...((((((....)))))).}}..)))))..))))))))))))).))))).).)).))))....(((((.(({{,(((((.....)))))}}.)).))))).
Back