Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388234.1
Sequence Length
3765 nt
GC Content
0.5931
GAACUGCGGCGGCGGCGAGCGCCGGCCGCAUCUGAGCAGAGCUGCAGCGGCGGCCGCGGGCACCAGAGUGCCGAGCCCAGGACGCCCCCGGCCCAGGCCCUUGGGGUUUGGUGCCAGCUGCGGGGCGCCUGGGCUUGGGGAAGAAACCUUGUGUACGCACACCUGCACACACACACAGUCUCCGGAGCAAUAUUUCAGGGCAGGCGCUGAAGCCUCCAUUGCACAGGUGAGGAAACUGAGGCUCGGAGAGGCUAAAUGAACUGCCUGAGGUCACCUAGUCACCUUCAGCAAGGUCUAGAAUCGUGGUACUCUGACUCUUGAUGGGAGAAGAUCUCCACAGCGGUGGAGAGGAGGAAGGGUGAACGCCGUGGUGGAGUGGUCCAUGUGGACCUGCUCCCCUUUGCUGCCAGGAGGUUAAUACCUCUGCCAACCGAGGCCACCCUCCCUCGGACCCCCAUUCGGAGGAAGCAGACCCAAGUUCGAAUUCUGACAUUGCCACUGAGCAGCCGUACAACUUUUGGGUGGACAAGUCCUUCACUUCUCGCCGGAGUGUGUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGUCUCUGUCACUGCAAGAGAUGAUGUGCCCUUCUUUGGACCCCCCCUCCCGGACCCCGCUGUGUUCAGGAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCAUUGCUUAUUCCUGGGAAAAGUGCGAGUAGAUUCGGACGCCGGGGCAGUGCCAUAGGCAUAGGAACCGUGGAAGAGUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGGGAGAGCCCUCCGGCUGGUCAGAAGACCCCAGACAGCGGGCACGUCUCACAGGAGCCCAAGUCGGAGAACUCAUCCACUCAGAGCUCCCCAGAGAUGCCCACGACCAAGAACAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGGCCCCUCUCGAUCACCCCACCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGGGCUGUUAGCCGGGCCACCCCCUCUGAAGGUGAAACUGAGCAGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1554.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1617.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 766.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((.....)))).))))))((((.(((...(((.(((((((((((((((....(((((((((((((((((.((((((((((((((((((...)))))))).....)))).)))))))))))))))))(((.((.....(((((..(((....)))..))))).....)))))((((........(((((.((((......)))))).)))....((.((((.((((((((((((((.((((((.......(((((((((....((((..(((((....)))))))))....(.(((.((((..((((.((((((......(((((((....))))))).((((.((((((...(((.((((((((((((((....))))).)))))........((..((((((....))))))))..)))).))))))))).)))).....)))))).))))..)).))))))((((.(...(((((.((((((...((..((.(((.........))).))..))..((((((((..(((....)))...))))))))))))))..)))))...).)))).))))))))).))).))).)).)))))...))))))).))))))...))))..)))))).((((..((..(((..((((((((((.....(((((((..((((((.((((((((((..............((((((.((((.((((((......)))).))........(((.(((((........)).)))..))))))).))))))..........))))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.(((((.....((.(((((((((.((.((...((((.(((......((....))......))).))))..........(((.......)))..)).)).))))))...)))))))))).............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..))))))..........)))))))))))))))))).......)))))))..((((..((((((.(((((.((((((((...(((....(((...(((((.((..((((.(((...((((((((....))......((((((((((....((.(((((((..(((((.(((.(((.((((..((((((....))))))((.((....)))).....(((((((...((((((......(((....)))((((((((((.(((......)))(((((((((.....))(((((((.((......(((((((...)))))))((((((....))))))...)).)))))))..(((((.(((.(((((.(((..((((...))))..)))..((((.(((((...(((((..(((.(((.....(((.((((((...))))).).))).....))).)))..)))))(((((.((((((.(((((.((.(((....)))...)).)))......))...))))))..))))).((.(((((((...)))).))).)).(((((((((((((.....)))))))...(((..((((((((....)).))))))..))))))))).))))).)))).)))))))))))))(((.(((.(((.(((((.((((.....))))..))))).)))))).))).......)))))))..(((((......))))))))..))))))).....(((((.((((.(....))))))))))....)))))))).))))).........(((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))(((.((((((((..(((.((........)).)))...)))))))).)))))))...))).))).)))))..)))).))).))........)))).))))))..((..(.(((((((((.((.((((.((....(((.(((.....))))))..((((((........)))))).((((..(((.(.(((.(((((...(((.((..(.(((((...)))))..)..)))))...)))))))))))).))))((((......))))..........)).)))).))...))))))))).)..)).))))))))).)))))).)))))...)))))))))))))).).)))).((((....))))((((....))))((((((.(.(((((..((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).)(((...((...(((((((((((..(((((...........)))))...))...))).)))))).)))))...((((((..((((((((.(((((((((.((.((((((((.((((..(.....)..))))(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).))))))))))).)).)).)))))))...)))).))).((((((((((((....).)))))...........)))))).)))))..))).)))(((((.((((((((..((((((..(((((((..(((((((((..((((...(((.((.......))..)))........((((.((((..(.((((..((....)).)))).)..((((((((((.(((.......(((((((((((((..........................)))))))......))))))..))).))))))))))..((((((.(.(((((((((((.....(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((..(((((...((((((((((((((((....(((..(((((..(((((((..((.(((((.....((((((((....))))))))...))).))))..)))....((((....((((....))))..))))))))..)))))..)))..((((((.........((.(.(.(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).))).).).)).(((((((((((...(((((((((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).(((((.((....))..)))))))))))..)))).)))))))....)))))))))))).))))))))))..))...))).)))).)))))))).).)))))......((......)).))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))).....)))))..)))))).))))))).....(((((..((.((((........)))).))..))))).)))).))))...)))).)))))))))..))))))))))))))))))).))...))))))))))).(((((......((((...))))...((((((....))))))((((........))))..(((.....))).)))))))))))))))(((((.((...(((((.....)))))...)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((((.((((((((.(({(({{((((((..((((((...))).)))..)))))))))(((((....)))))(((((((((.((((((((((((((((((...)))))))).,,,.}}}).))))))))))))))){{(((.,,.....(((((..(({....))),,)))}}.....)))))((((({....,,{{,((.((((......)))))).,}|,...((.((((.((((((((((((((.((((((.......(((((((((....((((..(((({....}))))))))....{.(((.((((..((((.((((((.,....(((((((....))))))).((((.((((((...(((.((((((((((((((....))))).))))).......,(,..((((((....)))))))}},)))).))))))))).)))).....)))))).))))..)).)))))}|{({.|...{{{{(.({((((,,{(,,,{(,{{,.....,,.,)}),)),.}},,((((((((,.(((....))).,.))))))))})}}}|,.}}}}},..).})},.))))))))).))).))).)).)))))...))))))).))))))...{(({.(({((({.,,,,.........,{{{|....|}}.})},})}}..,.}..}|||.||{|||,{|,,....}}.,.})))))))))))))))))((((......)))).(((......))).,,,((({,(((.((((.((((..(((({....(((((((....(((((((((.{..(((((......)))))..}.))),})))))..........,.........((.,,(((((..(((.(((((((((.(((..,...{{....)),..,..))).)))..(((((((...(((((((.((....{{....((((.(((.(((((.((((((..,{,,(((...((......})(((..(((((((((...,........,..{(((((({,{(({,.,.....|{.}}}||,((((((((.,.((,,...,..)},(((((......))))).((.((((((..((((((.(((.({((,,.....{(.(((((.((((({,{(((((((.{(((({{{{{......}},}}(((((.((((,.(.(((.,(({{{((((((..{((,..((((((....))))))}},{|||,..,{{....,{,...,}}}}}))},.........)))))))))).))).,.}..))))))))))))))}))))))}}..,,(((((((.((..,,..(((({{(,.,))}}}}}((((((....))))))...)).)))))))..(((({{(((.(((((..(((((((((..,,(((((({,.((((.{{...((((((((..(((.(((,,.......|||({.{((({,..})}))},....,)).)))..)))))))).{|||.|.)}}...{{((,(,,..,,,)))).)).))))))...,).))))))))}.,..((((({,,{(......,.))))))))..{((((((((((((.....)))))))...(((..((((((({....}),})))))..)))))))))..,,||..,,)})))))))))))))(((.(({{(((.(((({.((((.....))))..))))).)))))).)))...,....|||,,...(((((......)))))....,})))))))..))))).))}.)))).)))(((((((((.(((((...))))).)))}|........,||{.{(((,{((,,.,,},)))}|)))))))...)))).)))))))).},.{(((.(((((.((((.(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...,))))))).....)))).)))))..)))}..(((((((((.((.((((.{{...,(((.{((,,,,.}}}}))}}||.........((({.((((.((((..{{{.{.(((.(((((...(({{((..(.(((((...)))))..)..)))))...))))))))}})}.)))).|||}.}}}},||....)).....)).)))).))...))))))))).))))))))}},..)))))))),..,,...{,(({((({{{((((..(((((....))))).(((.(((((((...((((((...{.(((({.,((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).},,,...{,...(((((((((((..(((((...........)))))...))...)))})})))).},}}},.(((((((((((((({((,,,({((,(({((,{..((,(((,({((...((((((.....(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).)))))))))))))..})}))}),)){{(.((((..(,,{..(((((.,.....{{(.((((.,....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).))))))))))).....})))).))))))),})}..))))...)}}.(({{..{.(((......{((.{.,.(((..((((..{.(((.....((((((((.{....,))))))}))..)))}..))))..))).)}})))}}),.))))))))}},})}})}}}}))}}...((({(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..))))....)))))))))))))))).{((((...(((((((((((....)))))))))))..))))}(((((....},})))}}.)))))).))))))).))){{|,,}}}),)}))))..}},}}}))},..((((((((....)))))))))))))))))..))),))))))))))..))))).))).))))|||..(((......))).))....)).)))))))...))))))).}))).)).)))..))))),)).))))))),||((((((..(((((..((..((((((({((((((.{{{{,,.......(((((((...(((((((,....})).),})))...)))))))|{{,{....},..))))),.......(((((((....))))))).........(((((((((((...............}......))))))))))).)})))))((((((.,..((((((((...((((.{.(((..({..((...(((((...)))))....)).}).)))}.))))...)))))))).}.)))))).,,.((((.(((((...(((((((((((.((.,(((({....(((((((,,((.((((((.,{{{((,,....,,,,....,,,..}})))).....,|||{...|}}},,..)))))).))))).)))))....}..}}))),,.)).))))}}))))))...(((((({....)))))))....))))).)))),))))))))......((((...))))...((((((....)))))).))..)))))..))))))))))),..)))).)))).))))))),,.))))},,,..,,{{{.....,})))},.}}....,,.
Back