Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388254.1
Sequence Length
3262 nt
GC Content
0.5944
GAACUGCGGCGGCGGCGAGCGCCGGCCGCAUCUGAGCAGAGCUGCAGCGGCGGCCGCGGGCACCAGAGUGCCGAGCCCAGGACGCCCCCGGCCCAGGCCCUUGGGGUGGACAAGUCCUUCACUUCUCGCCGGAGUGUGUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGUCUCUGUCACUGCAAGAGAUGAUGUGCCCUUCUUUGGACCCCCCCUCCCGGACCCCGCUGUGUUCAGGAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCAUUGCUUAUUCCUGGGAAAAGUGCGAGUAGAUUCGGACGCCGGGGCAGUGCCAUAGGCAUAGGAACCGUGGAAGAGUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGGGCUGUUAGCCGGGCCACCCCCUCUGAAGGUGAAACUGAGCAGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1337.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1393.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 778.84
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.((((((((.((((((.((((((..((((((...))).)))..)))))))))(((((....))))).......(..((((((.(((....)))...))))))..)...((((((((((((((..((.(((.(((((((((..(((((..((((...(((((....(((((....).))))....)))))......))))...))))).)))))))))..)))))........((..((.....))..))..))))))).)).)))))((((((.((......)).).))))).))).))))))))((((......)))).(((......)))....((((.(((.((((.((((..(((((....(((((((....(((((((((.(..(((((......)))))..).))).))))))....................((...(((((..(((.(((((((((.(((......((....))......))).)))..(((((((...(((((((.((....((...(((((.(((.(((((.((((((..(((.(((.(((..((((((.(((.((...(((.(((((((((((..(((((((((((..((.........((....)).((((((((...((........)).(((((......))))).((.((((((..((((((.(((.((((.((.....(.(((((.((((((.((((((((.((((((((((......)).))(((((.((((..(.(((..((((((.((((..(((...((((((....))))))....)))....((...((((...))))..))...........)))))))))).)))...)..)))))))))))))))))))))))....(((((((.((......(((((((...)))))))((((((....))))))...)).)))))))..(((((.(((.(((((.(((..((((...))))..)))..((((.(((((((((((((..(((.(((.....(((.((((((...))))).).))).....))).)))..)))))))).(((....))).((....))...(((.((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).)))).))).....(((((..(((........))))))))..(((((((((((((.....)))))))...(((..((((((((....)).))))))..))))))))).))))).)))).)))))))))))))(((.(((.(((.(((((.((((.....))))..))))).)))))).)))........(((.....(((((......)))))....)))))))))..))))).))).)))).)))(((((((((.(((((...))))).))))..........(((.((((.(((...))).))))))))))))...)))).)))))))).)).((((.(((((.((((.(((((((((((.....))))((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))).)))))).))....))))))).....)))).)))))..))))..(((((((((.((.((((.((....(((.(((.....))))))..((((((........)))))).((((..(((.(.(((.(((((...(((.((..(.(((((...)))))..)..)))))...)))))))))))).))))((((......))))..........)).)))).))...))))))))).)))))))).))..))))))))......)))..)).))).)))))).))).)).)))...))))))))).((((......)))).......(((((((((.........((((((((((((((((((....(((((.((((.(((.(((((((..(.....)..))).(((((.(...((((.(((((.(((((....((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))((((.(((((.(((........))).)))))..))))(((.((((.(....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).))))))))))).....))))).)))....))))).))))).))...))...).))))).....(((.(.(.(((..((((..(.(((.....((((((((.......)))).))))..))))..))))..))).).)))))))).))).))))))))).......))))...(((((((((((.(.((((((...))))))).)))))))..))))......)))))))))))))).(((((...(((((((((((....)))))))))))..)))))(((((((((((..((((...((((((.......))))))..))))....))))......)))))))((((((((....))))))))....)))))))))))))))))))))..))))).))).)))))....(((......))).))....)).)))))))...))))))).)))).)).)))..))))).)).)))))))...((((((..(((((..((..((((((((((((((..............(((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).).)))))((((((....((((((((...((((.(.(((..((..((...(((((...)))))....)).)).)))).))))...))))))))...))))))....((((.(((((...(((((((((((.((.(((((......((((((....))))))..((((((...................))))))......(((((..((.((((........)))).))..)))))......))))).)).)))).)))))))...(((((((....)))))))....))))).)))).))))))))......((((...))))...((((((....)))))).))..)))))..)))))))))))...)))).)))).)))))))...)))))................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{{((.((((((((.(({(({{((((((..((((((...))).)))..)))))))))(((((....))))).......(..((((((.(((....)))...))))))..)...{((({((((((((,..((,(((.(((((((((..(((((..((((.{,(((((....(((({....}.))))....)))))...,..))))...))))).))))))))).|}))))...,....{{.,((,....}),.)}..})))))).)).)))}}((((((.((......)).).))))).}))}))))))))((((......)))).(((......))).,,,((({,(((.((((.((((..(((({....(((((((....(((((((((.{..(((((......)))))..}.)))}})))))..........,.........((.{,(((((..(((.(((((((((.(((..,...{{....)),..,..))).)))..(((((((...(((((((.((....{{....((((.(((.(((((.((((((..{((.(((.{{{,.((((((.(((.((...(((.(((((((((((..(({,{(((({,,{((,{.{,,,..|{.,}}||,((((((((.,.((,....,,,}},(((((......))))).((.((((((..((((((.(((.((((,{,....{{.(((((.((((({,{(((((((.{(((({{{{{......}},}}(((((.((((,.(.(((..(({{{((((((..,((,..((((((....))))))}},{|||,..,{{...,,{,...,)}}}}))},.........)))))))))).))).,.}..))))))))))))))}))))))}}..,,(((((((.((.,,,..(((({((|.,}}}}}}}((((((....)))))}...}).)))))))..(((({{(((.(((((.,(({{((((,..}}||,{|||,.((((.(((,.{(((((({,{((,.(((((,,.....|||{,.,{{||,,,,}||||||.||.,,.}}}..,,}})))}.|||},,,)}}.||,,,,)},}}|||.{|||{{..((({{.{{{{((((.(((..(....)..))).)))).......,},,.))}),))))}..}).))))}))),....((((({,,{(......,.))))))))..{((((((((((((.....)))))))...(((..((((((({....}),})))))..))))))))}.,}}}}.},}),)))))))))))))(((.((|{(((.(((({.((((.....))))..))))).)))))).)))...,,...|||,,...(((((......))))),...,})))))))..))))).))}.)))).)))(((((((((.(((((...))))).))}}|........,||{.{(((,{(({,.}}}|)))}|)))))))...)))).)))))))).},.{(((.(((((.((((.(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...,))))))).....)))).)))))..)))}..(((((((((.((.((((.{{...,(((.{((,,,,.,}}}))}}||.........((({.((((.((((..{{{.{.(((.(((((...((,{((..(.(((((...)))))..)..)))))...))))))))}})}.)))).|)}}.}}}},||....)).....)).)))).))...))))))))).))))))))}},.,)))),))),..,,,)))..))}})).)))))}.})).)).)))...))))))}}}.({((....,,)))).......{(((((({{,,,......(((((((((((((({(({,.(.(((((.((((.(((.(((((((..(.....)..))),(((((.{...(({{,({{((,(({({....((((((.((.(({{((((((((.((((.....)))).)))))))....}}}....)).)).))))))((((.(((((.(((........))).)))))..))))(((.((((.{....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).))))))))))).....})))).))).,,,})))}.))))}.,},,.})...,.))))).....(((.{.{.(((..((((..(.(((.....((((((((.{....,))))))}))..))))..))))..))).),,)))}))).))).))))))))),,},,,.)))),,.{{{{(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..})))..,,)))))))))))))))).(((((,..(((((((((((....)))))))))))..))))}(((((((((((.{((((...((((({,......))))))..)))}.}}.))))......)))))))((((((((....)))))))).,.,)))))))))))))))))))))..))))).))).))))|||..(((......))).))....)).)))))))...))))))).}))).)).)))..))))),)).)))))))|||((((((..(((((..((..((((((({((((((.{{{{,,.,,,...(((((((...(((((((,....})).),})))...))))))){{(,{....,,..))))),.......(((((((....))))))).........(((((((((((...............}......))))))))))).)})))))((((((.,.,((((((((...((((.{.(((..({..((...(((((...)))))....)).}).)))}.))))...)))))))).}.)))))).,..((((.(((((...(((((((((((.((.,(((({....(((((((,,((.((((((.,{{{((,.....,,,,....,,,..}})))).....,|||{...||}},,..)))))).))))).)))))....}..}})))},.)).))))}}))))))...(((((({....)))))))....))))).)))),))))))))......((((...))))...((((((....)))))).))..)))))..))))))))))),,.)))).)))).)))))))},.}}}}},,,,.{{{({.....,})))},.}}..,.,,.
Back