Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388258.1
Sequence Length
3250 nt
GC Content
0.5975
GAACUGCGGCGGCGGCGAGCGCCGGCCGCAUCUGAGCAGAGCUGCAGCGGCGGCCGCGGGCACCAGAGUGCCGAGCCCAGGACGCCCCCGGCCCAGGCCCUUGGGGUGGACAAGUCCUUCACUUCUCGCCGGAGUGUGUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGGGAGAGCCCUCCGGCUGGUCAGAAGACCCCAGACAGCGGGCACGUCUCACAGGAGCCCAAGUCGGAGAACUCAUCCACUCAGAGCUCCCCAGAGAUGCCCACGACCAAGAACAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGGCCCCUCUCGAUCACCCCACCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGGGCUGUUAGCCGGGCCACCCCCUCUGAAGGUGAAACUGAGCAGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1337.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1391.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 1010.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((((.....)))).)))))).((((((((((((((((..((((((.(((((((....)))))..(((..((..(((...))))).))).(((((((((((.........((((((.....)))))).(((((((((..(((((..((((...(((((....(((((....).))))....)))))......))))...))))).)))))))))))))))))))).....(.(((((((((((.....(((((((..((((((.((((((((((..............((((((.((((.((((((......)))).))........(((.(((((........)).)))..))))))).))))))..........))))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.(((((.....((.(((((((((.((.((...((((.(((......((....))......))).))))..........(((.......)))..)).)).))))))...)))))))))).............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).))).)...)).)).))....))..)))))))).)))))))).......((((((((((......))))).....(((.(((.(((((..((.(..((((....(((((.....))))).((((((((.((((((((((......)).))(((((.((((..(.(((..((((((.((((..(((...((((((....))))))....)))....((...((((...))))..))...........)))))))))).)))...)..)))))))))))))))))))))))....(((((((.((......(((((((...)))))))((((((....))))))...)).)))))))..))))..)))..)))))..))).))).(((((((.((.(.((((......((((((((..(((.(((.....(((.((((((...))))).).))).....))).)))..))))))))(((((.(.(((((((((((....(((.((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).)))).)))...(((((((((.(((..((((((((((..((((..((((((((((.....(((((((((.....(((((((...(((((((..........((((((((........))).......(((.(.....((((((....)))))).....).)))...(((((((((((((((((((((((...))))...)))).........((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))))))))(((((((((((.....))))((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))).)))))).))....))))))).....)))))))).((((((.....(((.((...)).)))...........(((.....))).))))))...........)))))))))))))).)))))..))))........))))).....)))))))))).)))).)))))).)))).............)))..)))))))))..(((((....))))).((..((((....)))))).(((((((((((..((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...)))))))))..(((...((...(((((((((((..(((((...........)))))...))...))).)))))).))))).........((((((.(((.(((((((((.((.((((((((.((((..(.....)..))))(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).))))))))))).)).)).)))))))...)))).))))))))).((((((....).)))))...........((((((((..((((.((.....)).)))).)))))))))))))).(((((((..(((((((((..((((...(((.((.......))..)))........((((.((((..(.((((..((....)).)))).)..((((((((((.(((.......(((((((((((((..........................)))))))......))))))..))).))))))))))..((((((.(.(((((((((((.....(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((..(((((...((((((((((((((((....(((..(((((..(((((((..((.(((((.....((((((((....))))))))...))).))))..)))....((((....((((....))))..))))))))..)))))..)))..((((((.........((.(.(.(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).))).).).)).(((((((((((...(((((((((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).(((((.((....))..)))))))))))..)))).)))))))....)))))))))))).))))))))))..))...))).)))).)))))))).).)))))......((......)).))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))).....)))))..)))))).))))))).....(((((..((.((((........)))).))..))))).)))).))))...)))).)))))))))..))))))).))))))))))).))))))(((((......)))))......((((...))))...((((((....))))))((((........))))...))))).)).))))).))....)))))(((((.((...(((((.....)))))...)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,((,((((((((.{{,||||{{||||..((((((,..|||,}}|..|}}})))}}(((((....)))))..,,...(,.((((((.(((....))).,,)))})),.}...{{{{,(((((({{,..||}|||.(((((((((..(((((..((((.{,(((((....(((({....}.))))....)))))...,..))))...))))).))))))))),}})))),.,,....,,.,(({.,,,|||.},..|}}}|}}.}}.||||,((((((.((......}}.}.))))},||}|))))}})}((((......)))).(({......)))..,,((({,({(.{{{{.{{{{.,|{|||,.,,{(||{{{....{((((((((.|..(((((......)))))..,.)))||))))|,..,..,,,.{,........((.{{(((((,.{((.(((((((((.(((..,...{{....)),..}..))).)))..(((((((...(((((({.((,,..||.,..{(((.(({.(((((.{{((({...,,.{{{..,||..,.||})|||}}||{|||{(||,||,,,,,,,,},,,||||,.,,}}|||,|...{,||.,||||||||.||||||,|{,,....|{||{(((((......}}}}}.{{{{(.(((((((({{{..,{.({(((((..,{,,(({{..{{{{{|..{(((((((,((((({((({...,,,|,,||(((((.((((..(.(((.,((({(((((((..,((,..((((((....))))))}},{|||,...{{...,{{,...,))}}}))},.........)))))))))).))).,.,..)))))))))}|||||}}}}}}})|}|||..{(((.((((((.((((((((((((({.{((((((((....))))),.....}))).)))))))))})))).))))))..||||{|||.|||||{((({(,({(({,,,..|||{|||,||||..{((((.......||}|,.,||||}}}})}||,,},}},},.})),,}}}}})},}|||}}},|||.{{||,,}}.}}|||.{{{|{{..(((((.{(({((((.(((..(....)..))).)))).......,,,,.)))).))))}..)).)))),))).((((((((.(((.((..((((((((((..((((..((((((((((..{{,(((((({({.....{(({({{...(((((((.......({{,....|||.,.,,...|||,....,{(((.{....,||||{{...,||}}}}....,||,}|.|,((((((((((((((((((({(((...}))),..)))}.........((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))))))))(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...,))))))).....)))))))).||{|||.,,||(((.((..,}),}}}.......{{{.(((.,...}}))))))))....,,...||||,|||}||||},,.}}))),.)})).....,,.))))},)}}.)))))))))).)))).)))))),})))....))..))).))))))))}||||}|}.|{|||,.,,||}}}.|||}((((....},||||,{.,.{.(((({.,((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).},,....{....{{(((({{{{{,,{((((.....,,....))))),..))...)))))})))).},))},.(((((((((((((({((,,{({(({((,((,{..((,((({((((...((((((.....(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).)))))))))))))..)),))}),)){{{.({{{,,{,,{,.(((((,,,,...|{{,{{{{.,....{(.(((((((((..((((.((.....)).)))).)))))))))))....,}}))).}})||||{||}..||||...}}}.(({{..{.(((......{{{.{.,,(((..((((..{.(((.....((((((((.{....,))))))}))..)))}..))))..))).}}})))}}},.}})))))},},})}}}}}},))}},,.{{{{(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..|)))..,,)})))))))))))))).(((((,.,(((((((((((....)))))))))))..)))}|((((({{{{{,.|({((,||((((({||,,,..}))}||,,}}}|||||})),,,.||||}}}},,((((((((....))))))))}),)))))),,)})})))}}})))}..))))).))).))))}|},.{({...,,.))).))....)).}))))))...))))))).|))),}}.}}},,||||||||,|}}}}))}|||{((((..(((({..{{..(((((((,((((((.{{{{,|.|||,,,(((((((...(((((((,....})).),,)))...})))))){(({{....,,..)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((..............,}......))))))))))).}}})}))({{{{{.,,,((((((((.,.((((.{.{|{,.|{..{|...((((|...}))))..,,)).}).))}}.)))).,.)))))))).}.)))))}.,..((((.(((((...{(((({{{{||,||.|((({|,...{((((((,,{{,|||||{.,{|{((,.....||||....,,,,.}})))),.....|||{,..||,|||,.}}}}}).))))},)}})),,,,},,}})))},.}).))})))))))))..,||||||{..,,))))))).,,.))))).)))),))))))))......((((...))))...((((((....)))))).||..})}}}..))))}}))))),,.)))).)))).)))))))}},||||,{{,,,{{{((.....}})))}}.}}.,,,}}.
Back