Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388287.1
Sequence Length
3200 nt
GC Content
0.5972
GCGUUGCCAAGGUGACCCGGGCGCGGGAAGGCGGCUCCGGCUCGCGCGGGCCGGGCCGGGCGGCGGCGGCGGCACCAUGAGCGGCCGGAAGCGCAGCUUCACCUUCGGGGCCUACGGCGGGGUGGACAAGUCCUUCACUUCUCGCCGGAGUGUGUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGUCUCUGUCACUGCAAGAGAUGAUGUGCCCUUCUUUGGACCCCCCCUCCCGGACCCCGCUGUGUUCAGGAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGGGCUGUUAGCCGGGCCACCCCCUCUGAAGGUGAAACUGAGCAGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1316.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1371.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 679.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.(.((.((.(((.((((((....((((.(((((((....)))))))))))((((((((((((.((.......)).))))(((((...))))).((....))(((...)))((((((((.........((((((.....)))))).(((((((((..(((((..((((...(((((....(((((....).))))....)))))......))))...))))).)))))))))))))))))..........((((.(((((.....))))).))))..(((((.(((((.((......)).).))))))))).))))))))((((......))))((((((...((((..((((.((.((.(((...(((((((((...((((....)))).(((((((((.(..(((((......)))))..).))).))))))........................)))))))))........((((.(((......((....))......))).)))).(((((((...(((((((.((....((...(((((.(((.(((((.((((((..(((.(((.(((..((((((.(((.((...(((.(((((((((((..(((((((((((..((.........((....)).((((((((...((........)).(((((......))))).((.((((((..((((((.(((.((((.((.....(.(((((.((((((.((((((((.((((((((((......)).))(((((.((((..(.(((..((((((.((((..(((...((((((....))))))....)))....((...((((...))))..))...........)))))))))).)))...)..)))))))))))))))))))))))....(((((((.((......(((((((...)))))))((((((....))))))...)).)))))))..(((((.(((.(((((.(((..((((...))))..)))..((((.(((((((((((((..(((.(((.....(((.((((((...))))).).))).....))).)))..)))))))).(((....))).((....))...(((.((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).)))).))).....(((((..(((........))))))))..(((((((((((((.....)))))))...(((..((((((((....)).))))))..))))))))).))))).)))).)))))))))))))(((.(((.(((.(((((.((((.....))))..))))).)))))).)))........(((.....(((((......)))))....)))))))))..))))).))).)))).)))(((((((((.(((((...))))).))))..........(((.((((.(((...))).))))))))))))...)))).)))))))).)).((((.(((((.((((.(((((((((((.....))))((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))).)))))).))....))))))).....)))).)))))..))))..(((((((((.((.((((.....(((((.(((.....))))))..)).........((((.((((((((......)))).).)))...)))))))).))...))))))))).)))))))).))..))))))))......)))..)).))).)))))).))).)).)))...))))))))).((((......)))).......(((((((((.........((((((((((((((((((....(((((.((((.(((.(((((((..(.....)..))).(((((.(...((((.(((((.(((((....((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))((((.(((((.(((........))).)))))..))))(((.((((.(....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).))))))))))).....))))).)))....))))).))))).))...))...).))))).....(((.(.(.(((..((((..(.(((.....((((((((.......)))).))))..))))..))))..))).).)))))))).))).))))))))).......))))...(((((((((((.(.((((((...))))))).)))))))..))))......)))))))))))))).(((((...(((((((((((....)))))))))))..)))))(((((((((((..((((...((((((.......))))))..))))....))))......)))))))((((((((....))))))))....)))))))))))))))))))))..))))).))).)))))....(((......))).))....)).)))))))...)))))))..))).)).))))))..))))...))))))(((((((((..(((((..((..((((((((((((((..............(((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).).)))))((((((....((((((((...((((.(.(((..((..((...(((((...)))))....)).)).)))).))))...))))))))...))))))....((((.(((((...(((((((((((.((.(((((......((((((....))))))..((((((...................))))))......(((((..((.((((........)))).))..)))))......))))).)).)))).)))))))...(((((((....)))))))....))))).)))).))))))))......((((...))))...((((((....)))))).))..)))))..))))))))))))))).))).))..)).).))))))....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((.{.{(.((.(((.((((((....((((.(((((((....)))))))))))((((((((((((.((.......)).))))(((((...))))).,({{.{|{({(,.((((((((((((.......})))),,}}))))).}).|,(((((((((..(((((..((((.,,(((((....(((({....}.))))....)))))..,,..))))...))))).))))))))).,..))).,}).......((((.{{{{|.....})))).))})..{((({{(((((.((......)).).))))))))).))))))))((((......))))((((((...((((..(((({{(.((,({(...(((((((((.,.((((....)))),(((((((((.{..(((((......)))))..}.))),})))))........................)))))))))...{,,{{({{(.((({,,...,,...,))}..}},}}),))),.(((((((...(((((((.((....{{....((((.(((.(((((.((((((..(((.(((.{{(..((((((.(((.((...(((.(((((((((((..((({{(((({,,{((,{.{,,,..{{.,}||{,((((((((.,.((,,...,..)},(((((......))))).((.((((((..((((((.(((.((((,{,....{(.(((((.((((({,{(((((((.{(((({{{{{......}},}}(((((.((((,.(.(((..(({{{((((((..,((,..((((((....))))))}},{|||,..,{{...,,{,...,)}}}}))},.........)))))))))).))).,.}..))))))))))))))}))))))}}..,,(((((((.((.,,,..(((({((|.,}}}}}}}((((((....))))))...}).)))))))..(((({{(((.(((((.,(({{(((({..}}||,{|||,.((((.(((,.{(((((({,{((,.(((((,,.....|||{,.,,{||,,,,}||||||.||.,,.}}}..,,}})))}.|||},,,)}}.||,,,,)},}}|||.{|||{{..((({{.{{{{((((.(((..(....)..))).)))).......,},,.))}),))))}..}).))))}))),....((((({,,{(......,.))))))))..{((((((((((((.....)))))))...(((..((((((({....}),})))))..))))))))).,}}}}.},}),)))))))))))))(((.(({{(((.(((({.((((.....))))..))))).)))))).)))...,,...|||,,...(((((......)))))....,})))))))..))))).))}.)))).)))(((((((((.(((((...))))).))|||........,||{.{(((,(((,,.}}},))))|)))))))...)))).)))))))).}}.{(((.(((((.((((.(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...,))))))).....)))).)))))..)))}..(((((((((.((.((((..,..,,(((.(((,,,,.}}}})),,)).........{{{{.((((((((......)))).).)))...}))})))).))...))))))))).))))))))}),.,))))}))),..,,,)))..))}})).)))))).))).)).)))...))))))}}}.((((......)))).......(((((((({..,......((((((((((((((((({,.(.(((((.((((.(((.(((((((..(.....)..))),(((((.{...(({{.(({((,(({({....((((((.((.(({{((((((((.((((.....)))).)))))))....}}}....)).)).))))))((((.(((((.(((........))).)))))..))))(((.((((.{....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).))))))))))).....})))).))).,,,})))}.))))}.,},,.))...}.))))).....(((.{.{.(((..((((..(.(((.....((((((((.{....,))))))}))..))))..))))..))).),,)))}))).))).))))))))),.}},,.)))),,.{{{{(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..})))..,.)))))))))))))))).{((((...(((((((((((....)))))))))))..))))}(((((((((((.{((((...((((({,......))))))..)))}.,}.))))......)))))))((((((((....)))))))).,.,)))))))))))))))))))))..))))).))).))))|||..(((......))).))....)).)))))))...)))))))..))).)).)))))),,)))}...))))))(((((((((..(((((..((..((((((({((((((.{{{{,,.......(((((((...(((((((,....})).),})))...)))))))|{{,{....,,..))))),.......(((((((....))))))).........(((((((((((...............}......))))))))))).)})))))((((((.,..((((((((...((((.{.(((..((..((...(((((...)))))....)).)).)))}.))))...)))))))).}.)))))).,,.((((.(((((...(((((((((((.((.,(((({....(((((((,,((.((((((.,{{{((,,....,,,,....,,,..}})))).....,|||{...|})},,..)))))).))))).)))))....}..}}))),,.)).))))}}))))))...(((((({....)))))))....))))).)))),))))))))......((((...))))...((((((....)))))).))..)))))..))))))))))))))).))).))..}).).)))))),{{.{,{,,{{{{{.....,})))}}.)}.......
Back