Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388291.1
Sequence Length
3344 nt
GC Content
0.5975
GCGUUGCCAAGGUGACCCGGGCGCGGGAAGGCGGCUCCGGCUCGCGCGGGCCGGGCCGGGCGGCGGCGGCGGCACCAUGAGCGGCCGGAAGCGCAGCUUCACCUUCGGGGCCUACGGCGGGGUGGACAAGUCCUUCACUUCUCGCCGGAGUGUGUGGAGGAGCGAUGGGCAGAACCAGCACUUCCCUCAGGCACUAGACCUGUCACGAGUGAACUUAGUUCCCUCCUAUACUCCUUCACUCUACCCUAAGAACACAGAUCUAUUUGAGAUGAUUGAGAAGAUGCAGGGAAGCAGGAUGGAUGAACAACGCUGCUCCUUCCCGCCGCCCCUCAAAACAGAGGAGGACUACAUUCCAUACCCGAGCGUGCACGAGGUCUUGGGGCGAGAAGGACCCUUCCCCCUCAUCCUGCUGCCCCAGUUUGGGGGCUACUGGAUUGAGGGCACCAACCACGAAAUCACCAGCAUCCCCGAGACAGAGCCACUGCAGUCGCCCACAACCAAGGUGAAGCUCGAGUGCAACCCCACAGCCCGCAUCUACCGGAAGCACUUUCUCGGCAAGGAGCAUUUCAAUUACUACUCACUGGACGCUGCCCUCGGCCACCUUGUCUUCUCACUCAAGUACGAUGUCAUCGGGGACCAAGAGCACCUGCGGCUGCUGCUCAGGACCAAGUGCCGGACAUACCAUGAUGUCAUCCCCAUCUCCUGCCUCACCGAGUUCCCUAAUGUUGUCCAGAUGGCAAAGUUGGUGUGUGAAGACGUCAAUGUGGAUCGGUUCUAUCCUGUGCUCUACCCCAAGGCUUCCCGGCUCAUCGUCACCUUUGACGAGCAUGUCAUCAGCAAUAACUUCAAGUUUGGCGUCAUUUAUCAGAAGCUUGGGCAGACCUCCGAGGAAGAACUCUUCAGCACCAAUGAGGAAAGUCCCGCUUUCGUGGAGUUCCUUGAAUUUCUUGGCCAGAAGGUCAAACUGCAGGACUUUAAGGGGUUCCGAGGAGGCCUGGACGUGACCCACGGGCAGACGGGGACCGAAUCUGUGUACUGCAACUUCCGCAACAAGGAGAUCAUGUUUCACGUGUCCACCAAGCUGCCAUACACGGAAGGGGACGCCCAGCAGUUGCAGCGGAAGCGGCACAUCGGGAACGACAUCGUGGCUGUGGUCUUCCAGGAUGAGAACACUCCUUUCGUGCCCGACAUGAUCGCGUCCAACUUCCUGCAUGCCUACGUCGUGGUGCAGGCUGAGGGCGGGGGCCCUGAUGGCCCCCUCUACAAGGGGCCUGAGUUCCAGGAAUUUUUGCUGACAAAGCUGAUCAAUGCUGAAUAUGCCUGCUACAAGGCAGAGAAGUUUGCCAAACUGGAGGAGCGGACGCGGGCCGCCCUCCUGGAGACGCUCUAUGAGGAACUACACAUCCACAGCCAGUCCAUGAUGGGCUUGGGCGGCGACGAGGACAAGAUGGAGAAUGGCAGUGGGGGCGGCGGCUUCUUUGAGUCUUUCAAGCGGGUCAUCCGGAGCCGCAGCCAGUCCAUGGAUGCCAUGGGGCUGAGCAACAAGAAGCCCAACACCGUGUCCACCAGCCACAGCGGGAGCUUCGCGCCCAACAACCCCGACCUGGCCAAGGCGGCUGGAAUAUCAUUGCUUAUUCCUGGGAAAAGUGCGAGUAGAUUCGGACGCCGGGGCAGUGCCAUAGGCAUAGGAACCGUGGAAGAGUCACUGAUUGUCCCUGGGAAGAGCCCCACGAGGAAGAAGUCGGGCCCGUUCGGCUCCCGCCGCAGCAGCGCCAUUGGCAUCGAGAACAUACAGGAGGUGCAGGAGAAGAGGGAGAGCCCUCCGGCUGGUCAGAAGACCCCAGACAGCGGGCACGUCUCACAGGAGCCCAAGUCGGAGAACUCAUCCACUCAGAGCUCCCCAGAGAUGCCCACGACCAAGAACAGAGCGGAGACCGCAGCGCAGAGAGCAGAGGCGCUCAAGGACUUCUCCCGCUCCUCGUCCAGUGCCAGCAGCUUCGCCAGCGUGGUGGAGGAGACGGAGGGUGUGGACGGAGAGGACACAGGCCUGGAGAGCGUGUCAUCCUCAGGAACACCCCACAAGCGGGACUCCUUCAUCUAUAGCACGUGGCUGGAGGACAGUGUCAGCACCACUAGUGGGGGCAGCUCCCCAGGCCCCUCUCGAUCACCCCACCCAGACGCCGGCAAGUUGGGGGACCCUGCGUGUCCCGAGAUCAAGAUCCAGCUGGAAGCAUCUGAGCAGCACAUGCCCCAGCUGGGCUGUUAGCCGGGCCACCCCCUCUGAAGGUGAAACUGAGCAGAUGAGGCCACAGAAGCACAAGGGGAAGGUGCCGUGUCAAGCCCAGGCAGACGAGACCUCUGCCCUGAAGACCAACACCAGCCCGUGGGCUGCCCCCUGCCUCCCCACCCUCCCCAUGGCCCACCCAUCUGGGCUGUCUCUGCAGGGCAGAGCCGUCCAGACCUGGGAUCAGGGAAGCUGCUGGCAUCGUCCCCACCCCCAGCCUGGGGGUCUGGGCUGGGGCAGGGAUUGCUCAGUGGAAGCAGGACUGGGGGUCUGGCUUGCCCCCUCCCUGGGCCUCCAUCACCCCUGAGCAUCCCUCUGGACUCAGAGGGAACAAGGUGGGAGAGAGAGUUUGAGACAGCUCCGUGUGGAGAGCUUAGCCCCUGGAGGCAGCACAAGGAGGAUGUGAUAUGUGGGGGAGUGAGCACUGGGUUGGGAGCCGGGUCCUGGUUUCCAAUUUGGGUUCUGCUGUGUGACUCUGGGCAAGUCACUCUCCCUCUCUGGGCAUGUCUGCUACAAAUGGACAAGAUUAUUUCAGAGGUCACUGAAGACUGUGAUUACAUGCACCUGCCUUAGAAGGUAGGAUUUUCUUCCCAGGGACCUCCUAUCACCCUACCCUGCUUCUUGAGGUCCCUGGAGCCCCAGGUGGGCUGAGGGGCAGGGAGCCGGCUGUGCCCAGUAUGCCUCCUGGACCCUCCAGUUCUGCCACAGGUCUGCCGAUGCCCUGUCCACUGCCUACACAUGACAGACAAGUAACCCCCUCAUGGGGGAUGGGGACCUACCUGGCUCCUCAGCCAGCACCCAGCUUAACCCCUGCCAUCCCAUGCUGGGCCCUCCAGGCCAAGAGUCUCAGCUGGCCGAGAGUCCAGGCCUUGCCUCCCCCGACCGCCAUGGAGGGGGCAGCCCGGCACAGCUGCUGGGAGCCCUUGUGUGUCUGGUCACACUUUUUAGGCGUCACGCCAAAGGCCAGCCUCCUGGCCCCAAUACCCAUUUUGGAAGCCCCUGUGGCCGUGUGGAUGUCGGUAACAGUUGUAUAAAAUAAAUUCUAUUUAUCGCUAUUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1377.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1430.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 814.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((.(((((((.((.((((((.(((((((....))))))))))(((.(((((.((((((.((((..(.((((....((.(((.((((((((((((((((((((.((((((((.((((((((((((((.....)))))).(((((((((..(((((..((((...(((((....(((((....).))))....)))))......))))...))))).)))))))))....((((..((..(((..((((((((((.....(((((((..((((((.((((((((((..............((((((.((((.((((((......)))).))........(((.(((((........)).)))..))))))).))))))..........))))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.(((((.....((.(((((((((.((.((...((((.(((......((....))......))).))))..........(((.......)))..)).)).))))))...)))))))))).............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).)))))..)))))).......((..((((((((.((((((.((........)).(((((......))))).(((((.((((((((........(((((((..(((.((....((((((...(((((((((((.(((((....((((.((((((((.((((..(.(((..((((((.((((..(((...((((((....))))))....)))....((...((((...))))..))...........)))))))))).)))...)..)))))))))((((((.......))))))..((((.((((((.((((((((((((((.(((((((((....)))))......)))).)))))))))))))).))))))..)))).))).))))..(((((((.(((.....))).))).))))...((((.......))))...))))))))))....))))))..)))))))))))..)))))))((...((....)).))(((.((((((..(((((.((((((((.(((..(....)..))).))))............)))).)))))..)).)))).))).((((((((.(((.((..((((((((((..((((..((((((((((.....(((((((((.....(((((((...(((((((..........((((((((........))).......((((((....((((((....))))))....(((..(.(.(((((((((((((((((((((((...))))...)))).........((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))))))))(((((((((((.....))))((((.((.....)).)))).((((((((((((...)))).)))))).))....))))))).....)))))))).))..))).)))))).(((.((((((((......(((.(((.....))))))..((((((........)))))))))).....))))))).(((((...(((.((..(.(((((...)))))..)..)))))...))))).....)))))))))))))).)))))..))))........))))).....)))))))))).)))).)))))).))))....))..))).)))))))))))))))).).)))).((((....))))((((....)))).......(.(((((..((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).)...........)))))))).)))))).))...((((......)))))))))))).).)))))))))))..)).)))..((((((.(((.(((((((((.((.((((((((.((((..(.....)..))))(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).))))))))))).)).)).)))))))...)))).)))))))))((((.......(((.((((.(....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).))))))))))).....))))).))))))).))))))))))).))).))......)))).)...........(((..((((..(.(((.....((((((((.......)))).))))..))))..))))..))))))))))))).)).))).)))..(((((.(((((((.......(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..(((((((((((.....(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((..(((((...((((((((((((((((....(((..(((((..(((((((..((.(((((.....((((((((....))))))))...))).))))..)))....((((....((((....))))..))))))))..)))))..)))..((((((.........((.(.(.(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).))).).).)).(((((((((((...(((((((((((((...((((((((....))).).))))...)))))))(((((........)))))........(((((((....))))))).........(((((((((((......................))))))))))).(((((.((....))..)))))))))))..)))).)))))))....)))))))))))).))))))))))..))...))).)))).)))))))).).)))))......((......)).))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))).....)))))..)))))).((.((((((((..(((((.(........))))))..)))....))))).))...........))))))).)))))...(((((((....))))))).))).)).))))))))))))).)))....))))..))))....((((((....))))))((.(((.((((..(((..((....))..))).)))).))).))..(((((.((...(((((.....)))))...)).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,(((((({((((((({((((((((.((.((((((.(((((((....))))))))))(((.(((((.((((((.((((,.(,((((....((.(((.(((((((((((((((..,||}(((((((,.((((((((((((((.....)))))).(((((((((..(((((..((((.,,(((((....(((({....}.))))....)))))..,,..))))...))))).)))))))))....((((..{{..{,,.,((((((((((.....((((((({,{{((((.((((((((((..,.........{.((((((.((((.{{((((......)))).||,......,||,.,{((({{{.{...,,,,)}}}))))))).))))))...,,,....})))))))))(((((......)))))...(((.(((((((((.(..(((.((({{.....((.(((((((((.,(,((,,,({,{,({(,.....||...})))..}}})||{|||,.,,.......,{{.......}))..)),)),))))))...)))))}}}}}.............)))..).))))))))))))))))))))))))))))))))).)})))..)})))).....,,((..((((((((.((((((.{({{,....{||,(((((......))))).(((((.((((((((......,.{((((({..,{{{(({,..{{{{{|..{((((((({(((((((((,...{{{|,{||(((((.((((..(.(((.,((({(((((((..,((,..((((((....))))))}},{|||,...{{...,{{,...,))}}}))},.........)))))))))).))).,.,..)))))))))||||||,,,,,,,)}}|||..(({(.((((((.((((((((((((((.(((((((((....)))))......)))).)))))))))))))).)))))).,||||,|||.}}}||,((((({(,(({,,,..|||,|||.||||..,((((.......))}|...|}}}}}}))),,,.}}}}}}.,}))}}},}}})},}))))))||...{{....)).))|||.{{{|{{..(((((.{(((((((.(((..(....)..))).)))).......,,,..)))).))))}..)).)))),))).((((((((.(((.((..((((((((((..((((..((((((((((..{{,(((((({({.....||||(|{...(((((((....,,.({{{.,..||{.,.,,...}}},.....,(((,{,....||||{{...,||}}|}....{{{.,{.(.((((((((((((((((((({(((...}))),..)))}.........((((.((((.(((((..((..((((........))))..))..)))))...)))).)))))))))))(((((((((((,...,))),((((.((.....)).)))).((((((((((((...))))))))))).))...,))))))).....)))))))).))..)),,}}}|||,||,||{|{{|{,.....,(((.(((.....)))))),,{{((({........})))))}|}|....|}}}}|{{.(((((...(({{((..(.(((((...)))))..)..)))))...)))))}}},,}}.}}))}))))}}.)))))..}})).....,,,)))}},)}}.)))))))))).)))).))))))}})))....))..))).)))))))))))))))).).)))).{{|{.,,,))))|{{{....}}}}.......{.(((({.,((((...((((((..(((.(((.......))))))..).)))))...))))))))).}...........)))))))).)))))).)).,,(,((....},}))))))))))).,,|||||||||,,{{{,{((,.((,,,,,.||,.||||||,,|}||}|.|||,(((((,({.,.{{((((.....(((((((.((((.(((..(((...)))...((((((.((.((((((((((((.((((.....)))).)))))))....)))....)).)).))))))))))))).)))))))))))))..}}.))}))))}..,},|{|||,,||||((({{{.....|||}||||.,....((.(((((((((..((((.((.....)).)))).)))))))))))....})))))}))))))},))))))))))).))).))......)))).,...........(({..((((..(.(((.....{{((((((.{....}))))))}))..)))}..)))).,))))))))))))).})}))).)))..{{{{{,{{(((((.......(((((((.(.((((((...))))))).)))))))..(((((((((((,,,,,(((((....(((((((((((((....((((((.(((((.(((((((((((((,.({({{,..((((((((((((((((.,,.{((,.(((({.,(((((((,.((.(((((.....((((((((....))))))))...})).))),,,},)||,,,,,|..,||||{..,,)))).}))}})}}}..))})),,)),..((((((,{{,,....{{{({(,(((((((.((((((((((((((((...)))))))))))))))))))).|}}.},|.||.{{{{{{|{{||,},|||||{{{(((((,,,((({(((,....}}}.,.,}}}...}))}|||((({(.,..,,..||}}}........(((((((....))))))).....,,,.{{{{{{|||||...........,,,||,,,,,.}}|}|||||||.{{{||}||.}}.)),,))))))))))),.)))},))))))),},,)))))))))))).))))))))))..)....},).)))).)))))))).).))))).....,,,...,,.},.))))))...)))))).)))))))....((((((....))))))...))))),....)))))..)))))).|||||||,,,{.,((((..({.{{{{..,,,,},)))),})..))))}.}|,,,,,|,,...})))))).)))))...(((((((....))))))).))).)).))))))))))))).))}....((((,,{|||,...((((((....))))))(({(...,,,..))))..{||...}})})}),))}}})))})))))){{{.{{,,,{{{{{.....}})))}}.))..,.,..
Back