Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001388391.1
Sequence Length
4874 nt
GC Content
0.6332
AGUUUCCGAGGAACUUUUCGCCGGCGCCGGGCCGCCUCUGAGGCCAGGGCAGGACACGAACGCGCGGAGCGGCGGCGGCGACUGAGAGCCGGGGCCGCGGCGGCGCUCCCUAGGAAGGGCCGUACGAGGCGGCGGGCCCGGCGGGCCUCCCGGAGGAGGCGGCUGCGCCAUGGACGAGCCACCCUUCAGCGAGGCGGCUUUGGAGCAGGCGCUGGGCGAGCCGUGCGAUCUGGACGCGGCGCUGCUGACCGACAUCGAAGACAUGCUUCAGCUUAUCAACAACCAAGACAGUGACUUCCCUGGCCUAUUUGACCCACCCUAUGCUGGGAGUGGGGCAGGGGGCACAGACCCUGCCAGCCCCGAUACCAGCUCCCCAGGCAGCUUGUCUCCACCUCCUGCCACAUUGAGCUCCUCUCUUGAAGCCUUCCUGAGCGGGCCGCAGGCAGCGCCCUCACCCCUGUCCCCUCCCCAGCCUGCACCCACUCCAUUGAAGAUGUACCCGUCCAUGCCCGCUUUCUCCCCUGGGCCUGGUAUCAAGGAAGAGUCAGUGCCACUGAGCAUCCUGCAGACCCCCACCCCACAGCCCCUGCCAGGGGCCCUCCUGCCACAGAGCUUCCCAGCCCCAGCCCCACCGCAGUUCAGCUCCACCCCUGUGUUAGGCUACCCCAGCCCUCCGGGAGGCUUCUCUACAGGAAGCCCUCCCGGGAACACCCAGCAGCCGCUGCCUGGCCUGCCACUGGCUUCCCCGCCAGGGGUCCCGCCCGUCUCCUUGCACACCCAGGUCCAGAGUGUGGUCCCCCAGCAGCUACUGACAGUCACAGCUGCCCCCACGGCAGCCCCUGUAACGACCACUGUGACCUCGCAGAUCCAGCAGGUCCCGGUCCUGCUGCAGCCCCACUUCAUCAAGGCAGACUCGCUGCUUCUGACAGCCAUGAAGACAGACGGAGCCACUGUGAAGGCGGCAGGUCUCAGUCCCCUGGUCUCUGGCACCACUGUGCAGACAGGGCCUUUGCCGACCCUGGUGAGUGGCGGAACCAUCUUGGCAACAGUCCCACUGGUCGUAGAUGCGGAGAAGCUGCCUAUCAACCGGCUCGCAGCUGGCAGCAAGGCCCCGGCCUCUGCCCAGAGCCGUGGAGAGAAGCGCACAGCCCACAACGCCAUUGAGAAGCGCUACCGCUCCUCCAUCAAUGACAAAAUCAUUGAGCUCAAGGAUCUGGUGGUGGGCACUGAGGCAAAGGCCAUCGACUACAUUCGCUUUCUGCAACACAGCAACCAGAAACUCAAGCAGGAGAACCUAAGUCUGCGCACUGCUGUCCACAAAAGCAAAUCUCUGAAGGAUCUGGUGUCGGCCUGUGGCAGUGGAGGGAACACAGACGUGCUCAUGGAGGGCGUGAAGACUGAGGUGGAGGACACACUGACCCCACCCCCCUCGGAUGCUGGCUCACCUUUCCAGAGCAGCCCCUUGUCCCUUGGCAGCAGGGGCAGUGGCAGCGGUGGCAGUGGCAGUGACUCGGAGCCUGACAGCCCAGUCUUUGAGGACAGCAAGGCAAAGCCAGAGCAGCGGCCGUCUCUGCACAGCCGGGGCAUGCUGGACCGCUCCCGCCUGGCCCUGUGCACGCUCGUCUUCCUCUGCCUGUCCUGCAACCCCUUGGCCUCCUUGCUGGGGGCCCGGGGGCUUCCCAGCCCCUCAGAUACCACCAGCGUCUACCAUAGCCCUGGGCGCAACGUGCUGGGCACCGAGAGCAGAGAUGGCCCUGGCUGGGCCCAGUGGCUGCUGCCCCCAGUGGUCUGGCUGCUCAAUGGGCUGUUGGUGCUCGUCUCCUUGGUGCUUCUCUUUGUCUACGGUGAGCCAGUCACACGGCCCCACUCAGGCCCCGCCGUGUACUUCUGGAGGCAUCGCAAGCAGGCUGACCUGGACCUGGCCCGGGGAGACUUUGCCCAGGCUGCCCAGCAGCUGUGGCUGGCCCUGCGGGCACUGGGCCGGCCCCUGCCCACCUCCCACCUGGACCUGGCUUGUAGCCUCCUCUGGAACCUCAUCCGUCACCUGCUGCAGCGUCUCUGGGUGGGCCGCUGGCUGGCAGGCCGGGCAGGGGGCCUGCAGCAGGACUGUGCUCUGCGAGUGGAUGCUAGCGCCAGCGCCCGAGACGCAGCCCUGGUCUACCAUAAGCUGCACCAGCUGCACACCAUGGGGAAGCACACAGGCGGGCACCUCACUGCCACCAACCUGGCGCUGAGUGCCCUGAACCUGGCAGAGUGUGCAGGGGAUGCCGUGUCUGUGGCGACGCUGGCCGAGAUCUAUGUGGCGGCUGCAUUGAGAGUGAAGACCAGUCUCCCACGGGCCUUGCAUUUUCUGACACGCUUCUUCCUGAGCAGUGCCCGCCAGGCCUGCCUGGCACAGAGUGGCUCAGUGCCUCCUGCCAUGCAGUGGCUCUGCCACCCCGUGGGCCACCGUUUCUUCGUGGAUGGGGACUGGUCCGUGCUCAGUACCCCAUGGGAGAGCCUGUACAGCUUGGCCGGGAACCCAGUGGACCCCCUGGCCCAGGUGACUCAGCUAUUCCGGGAACAUCUCUUAGAGCGAGCACUGAACUGUGUGACCCAGCCCAACCCCAGCCCUGGGUCAGCUGAUGGGGACAAGGAAUUCUCGGAUGCCCUCGGGUACCUGCAGCUGCUGAACAGCUGUUCUGAUGCUGCGGGGGCUCCUGCCUACAGCUUCUCCAUCAGUUCCAGCAUGGCCACCACCACCGGCGUAGACCCGGUGGCCAAGUGGUGGGCCUCUCUGACAGCUGUGGUGAUCCACUGGCUGCGGCGGGAUGAGGAGGCGGCUGAGCGGCUGUGCCCGCUGGUGGAGCACCUGCCCCGGGUGCUGCAGGAGUCUGAGAGACCCCUGCCCAGGGCAGCUCUGCACUCCUUCAAGGCUGCCCGGGCCCUGCUGGGCUGUGCCAAGGCAGAGUCUGGUCCAGCCAGCCUGACCAUCUGUGAGAAGGCCAGUGGGUACCUGCAGGACAGCCUGGCUACCACACCAGCCAGCAGCUCCAUUGACAAGGCCGUGCAGCUGUUCCUGUGUGACCUGCUUCUUGUGGUGCGCACCAGCCUGUGGCGGCAGCAGCAGCCCCCGGCCCCGGCCCCAGCAGCCCAGGGCACCAGCAGCAGGCCCCAGGCUUCCGCCCUUGAGCUGCGUGGCUUCCAACGGGACCUGAGCAGCCUGAGGCGGCUGGCACAGAGCUUCCGGCCCGCCAUGCGGAGGGUGUUCCUACAUGAGGCCACGGCCCGGCUGAUGGCGGGGGCCAGCCCCACACGGACACACCAGCUCCUCGACCGCAGUCUGAGGCGGCGGGCAGGCCCCGGUGGCAAAGGAGGCGCGGUGGCGGAGCUGGAGCCGCGGCCCACGCGGCGGGAGCACGCGGAGGCCUUGCUGCUGGCCUCCUGCUACCUGCCCCCCGGCUUCCUGUCGGCGCCCGGGCAGCGCGUGGGCAUGCUGGCUGAGGCGGCGCGCACACUCGAGAAGCUUGGCGAUCGCCGGCUGCUGCACGACUGUCAGCAGAUGCUCAUGCGCCUGGGCGGUGGGACCACUGUCACUUCCAGCUAGACCCCGUGUCCCCGGCCUCAGCACCCCUGUCUCUAGCCACUUUGGUCCCGUGCAGCUUCUGUCCUGCGUCGAAGCUUUGAAGGCCGAAGGCAGUGCAAGAGACUCUGGCCUCCACAGUUCGACCUGCGGCUGCUGUGUGCCUUCGCGGUGGAAGGCCCGAGGGGCGCGAUCUUGACCCUAAGACCGGCGGCCAUGAUGGUGCUGACCUCUGGUGGCCGAUCGGGGCACUGCAGGGGCCGAGCCAUUUUGGGGGGCCCCCCUCCUUGCUCUGCAGGCACCUUAGUGGCUUUUUUCCUCCUGUGUACAGGGAAGAGAGGGGUACAUUUCCCUGUGCUGACGGAAGCCAACUUGGCUUUCCCGGACUGCAAGCAGGGCUCUGCCCCAGAGGCCUCUCUCUCCGUCGUGGGAGAGAGACGUGUACAUAGUGUAGGUCAGCGUGCUUAGCCUCCUGACCUGAGGCUCCUGUGCUACUUUGCCUUUUGCAAACUUUAUUUUCAUAGAUUGAGAAGUUUUGUACAGAGAAUUAAAAAUGAAAUUAUUUAUAAUCUGGGUUUUGUGUCUUCAGCUGAUGGAUGUGCUGACUAGUGAGAGUGCUUGGGCCCUCCCCCAGCACCUAGGGAAAGGCUUCCCCUCCCCCUCCGGCCACAAGGUACACAACUUUUAACUUAGCUCUUCCCGAUGUUUGUUUGUUAGUGGGAGGAGUGGGGAGGGCUGGCUGUAUGGCCUCCAGCCUACCUGUUCCCCCUGCUCCCAGGGCACAUGGUUGGGCUGUGUCAACCCUUAGGGCCUCCAUGGGGUCAGUUGUCCCUUCUCACCUCCCAGCUCUGUCCCCAUCAGGUCCCUGGGUGGCACGGGAGGAUGGACUGACUUCCAGGACCUGUUGUGUGACAGGAGCUACAGCUUGGGUCUCCCUGCAAGAAGUCUGGCACGUCUCACCUCCCCCAUCCCGGCCCCUGGUCAUCUCACAGCAAAGAAGCCUCCUCCCUCCCGACCUGCCGCCACACUGGAGAGGGGGCACAGGGGCGGGGGAGGUUUCCUGUUCUGUGAAAGGCCGACUCCCUGACUCCAUUCAUGCCCCCCCCCCCAGCCCCUCCCUUCAUUCCCAUUCCCCAACCUAAAGCCUGGCCCGGCUCCCAGCUGAAUCUGGUCGGAAUCCACGGGCUGCAGAUUUUCCAAAACAAUCGUUGUAUCUUUAUUGACUUUUUUUUUUUUUUUUUUCUGAAUGCAAUGACUGUUUUUUACUCUUAAGGAAAAUAAACAUCUUUUAGAAACAGCUCGAUACACACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-2174.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -2258.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 1282.96
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.(((((.....((((((.(((((..(((((((((....)))))..............))))..))))).))))))(((((.(((((((.(((((.((..((..((.(((((.(((......)))((((((((.(((((((((((.(((((((((.(((.(.((((((.............(((((..((((((((((...((((.(.((((......((((.(((((.((((((((((((((..(.(((.......)))).))))).......(((......(((........)))......)))..((((((((...)))).))))(((((((((...((((.((((((((..........))).....)))))...))))...)))))))))......((((((.(((....((((.(((((.(((((((...(((...))).....(((((((((((..((((((.((.(((((.(((..((.(((((.((.((((((((((((..(((((((.(((((.(((((((((((.((((((.((((((((.(((...)))......(((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.(((.(((((..((.(((((..((((((...(((((....((((.((.((((....(((...((((((((((((((.....))))).))))))))).......((((((..((((((((((((...(((((......)))))((((...))))...............))))))..(((((.(((....((((((......((((.....((((((.....))))))..))))...((((...(.(((((.((.......)))))))).))))))))))..))).))))).....))))))....)))))).)))..))))...)).))))..))))).))))))..)).))).(((.((((.((...))...)))).)))..(((((((((..((((((((((......(((((..(((((..((((((((((..((((...)))))))).))))).)......)))))..)).)))(((((......(((((..((((....)))))))))..)))))(((........)))...((((((..(((((..(((.((((....)))).)))..(((((((.....)))))))...........))))))))))).....))))))))))..(((......))).(((((((......................))))))).......))))))))).((((.........))))..........))..)))).)..)))))))))))..)))))).(((......(((((.(((((((.((((((.((((((.((.((..............))))))))))...))...))))))))))))))))......)))))))))))...)))))).))))....))))))))))))).)))))).(((((((((((((((((((....)))).....(((...))).(((((((((((((((((((...((((((((..((.(((....))).))...)))))).))(((((.((.....((((......(((...(((((.(((((((.....))))))).))))).....))).....))))....)).)))))........((((.(.(((...))).).)))).......)))))))))))).(.((((((..((((....))))..)))))).)....)))))))..))))))))))).))))...))))))))))).......(((((.(((.(((((((.(((((((((......))....))))))))))..((...((...))...)))))).))))))))..))))))))))))....(((..((((((...))))))..))).......))))))).))))).)).....(((....(((.....)))...))).((((((......((((......))))......)))))))))))))))))))))..)).)))))).)))..)))))))))))))))..)))))..).)))....))).))).))))))))).))).)).))))))))))).))))).))).)))))))..).))))....)))))).).)))...((((.((((((.(((.(((((......))))).)))))))))....)))).....((((.((((((((((...((((((((.((.(((((.(....(((((((((...))))))..))).....).))))).))))))))))...))))))))))))))))))))))).).).)).))))))).)))))))).(((((.(((...))).)))))((((((((.((.((((((((.((.(((...)))((((.(......)))))((((((((((((....)).)))).)))))))).))))))...)).)).))).)))))...((((((.(((((..((((((((..(((.(((.....((((...))))....))))))(((......)))((((((((..(.......)..))))))))(((((((((((..((.......(((..(((((((((((.(.(((((((.....)))))))...).)))).)))))))..))).......)))))))))))))....(((((((((((((((((((.(....)))))))).....))))))((.((((((((((..((((....)))).(((((((((.((.((.((((.((((((..(.((.(((((((((((((.((((((((...)))))))).)(((.((((...)))).)))((((.((((((((.((........)).))))))))))))...(((((.(((.((((.(((...))))))).))))))))((.((.....)).))...))))))))))))..)).)..))))).).)).)).)))).))).))))))((........)).((((((((.....(((.((((((.((((((((.(((((((.((.((((((((.(((.(.....(((((((((((.(((.......)))..)))).(((.((((.((((...((((((((((((....(((((((((......(((((((((.((((((......)))).)).))).).)))))....))))))))))))))).........))))))..))))..)))).))))))))))).))))))).........((((((((.(.(((((.((((..(.((.((((.....)))).)).).....))))))))).).))))))))(((((((((((((((((((((((((...(((((((........))))))))))).))))))(((.(((..((....)).))).)))....)))))))).))).)))).)))))).)))))).).))))))))..))...)))))))..)))))))).))))))).))).)))))))))))))))))).))).))))))...)))))))..)).))))))).)))))))))))).((((((.(((..(((((((..((((((((((((........))))).))...(((((.....)))))((((.(((((.((....(((((((.(((((((.(((((((.((((((((.((((((.(((.....)))))))))))))..(((((....)))))(((((((((((.(.(((....)))..).))))))).)))))))))))))))...))))).....)))))))))....))))))).)))).)).)))..))))))).......(((((....))))).))).))))))......((((((((...(((((((((...))))))..)))....))..))))))(((((...)))))((.(((((((((......))))))))).))(((((.(((.((((((((.(.((...))..)))))))))..)))..)))))...(((((.....))))).(((((((((..(((.(((((((((((((((((((((..(((((.((((.....((((((....((((((.((((.(((((..(((((...((((((((..((.(((((.(((.....))).)))))))((((..(((.....)))..))))..(((((...(((.................((((((((((.((.........)).))))))))))((((((((((((.....((((...((((((((((((...(((((....))))).))).)).))))))).)))).......((((....((((((((((..(((((((.((((......(((.((.....((((((..((.((((((...((((((.(((((.(((((((((((((((((((((.......)).)))))..))))...))))...))))))......))).)))))))))))))).))..)))))).....)).)))...((((((((((((.((((....((((.((.(......).)).))))..)))).)))))))))))).......))))))))..)))...))))))))))....))))......)))).)))))))).......................))))))))(((((...)))))...)))))))).)))))..))))).))))....))))))....)))))).............)))).)))))..)))))))..))))).))))...))))).)))....)))))))))..)))))..)))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,.((((((,{{....|||(({((.((((((({((((.,{{(({..({((((((((.(((,((((((((.(((((.((.(.(((((.(((((((,({(((,(({.((,,,,.||{{|.|||||.,,.}))((,((((((...)))))},}|{({((((((((({((((({(({,{(((((.{(({,....}})).))))}||{,{|||{|||{((({(,({{((((,.,,,{{.||,|{({{(((((.,{,...{,((((,,..{{{|||||,,............{.{{(.{....,.})),.....,,}..,,,,,,,..{{{|||{{,({((((((((,...,(.{.(((((.(({{{{.....{({{{....(((({...||....})...))))).....)))))...({{..{{|...}))..)))))))..)}.))))).),,,,..))))))))))))))))))),,}}.,}..,|||.,,|,.|,||....})))||||{{,({{{{{{{..({(((|,{{,..{{,{((..((((((.((((((((.(((...}))......(((((((((.((((((((((((((((((((((((((((.(((.{((((..((.(((((..((((((...(((((....((((.((.((((.....}}}}.{(((((((((((((.....)))))))}))))))).......((((((.,(((((((({{(({..(((((......)))))((({...||}},{,..,,,{......}})),|,,{{{{{,((,,,..((((((...,||{{{(,.,.,((((((.....))))))..})))...{{|{.{{(,({{{{,||,,...,,|||||}}..})})))))))..}}}.},}}|.....}))})).,..}))))},|||..}}}}..,)).))))..))))).))))))..)).))).||{.{(((.,,..,)}...}}||,|}|..(((((((((.((((((((((({,..,{(((({..(({{{..,||{({{|({|,{|{,||..||))|}|,.|.}}||||||.,)}})}..}}..||||({{...,,}|||||..||||,,.{||||,||||{{|,|||((({......{|,}...||||||..(((({..{{{.{{((,...|))|{||,..(((((((.....))))))).....}}},..))))))))))).}}}.)))).)))))..{{{......}}},|{{{((|......},...,}},..,,,..,,||}}}...,,..))))))))).{(((.........))))..........))..)))).)..)))))))))))..)))))).,{(.{{...(((((.(((((((.((((((.(((((({((.((.{,...,}.}}))}}},.})))))...))...))))))))))))))))....,,))))))))))),..}))))).))))....))))))))))))).)))))).,,,)))))})))}}}),,,..))))},)))..|||,..}))}},}}|}))}))))))}|{|,|.{{{((({{..((,(((..|,|||,|||,,||||,|||||.|}.|||||,,,,|||,{(((((((((((((.(((((((.((((({(((((((((((((((....)))))))......(((((((((.........,.,,(((((((...((((({{{(((((...((((((((((.(((,{((((((((((((.((((.,...(((((.(.,.(((((({...{((((.(((((.((..((((((((((.(((.......(((((.(((.(((((((.(((((((,(,.....))....))))))))))..{{,..{{...,}..,}.)))).))))))))..)))))))))))))...)))))}}).)))))))))))}).)))))....)))).)))))))))(((((((((((....((((((((((....(({{(((((......((((......))))......)))))))),..))))))))))..,..{{{{.,..))))))))))))))))..))))))).)))).))))))...))).)))))))))..))))))},}..((((,{{((({........{((((...)))))((((..,.{.((((((....((((,((((({{(((.(((((......))))).))))))))).,..))))...(((((((((((((((((.,.((((((((.((.(((((,{....((({{((((...}}))))..))).....).))))).))))))))))...)))))))))).))))))))))))).),..))))..)))})).)))),.((((({,.{{.(((((((((((((((((((,,.}}|||,,,,(((((,,..,|{((((((..{{{.{||||.(((((,,(((.{{{{{{{,,||.||||,,|(({,{(||{(..{,{(({(((((((..,(,...))....))))))),))})}.,.}}))}.})))|||.,,.,|||...,}}.}}|(((......)))|(((((((..{.......)..)))))))|(((((((((((..{(,......,(((.(((((((((((.,.(((((((.....)))))))...}.)))).)))))))))).}.......},))))))))))),..})))))))||||,|||||,|}}.}}}.,))))))}}..},))))).,(((.(((.(((((((((....)))).)))))))).)))...)))))))}})))))).)))))))))))))))))((((((((...))))))))(((((.((((...)))).)))))...((((((((.((........)).)))))))))))))).((({{{(((.(((,,(((...))))))).))))))))....}}}...))))).))))))).))))...)))))))))),((((((........))))))..,,....,((((,,(..((((((((.,..,(.({(({,((.((((((((.(((((((.((.((((((((.(((.{.....(((((((((((.(((.......)))..)))).(((.((((.((((...((((((((((((....(((((((((......(((((((((.((((((......))))},).))).).)))))....))))))))))))))).........))))))..))))..)))).))))))))))).))))))).........((((((((.(.(((((.((((..,{(,{((((.....)))},),}).....))))))))).).))))))))(((((((((((((((((((((((((...(((((((........))))))))))).)))))),(({(((..((....)).)}),)))....)))))))).))).)))).)))))).)))))).).))))))))..))...,))),)),.)))))))).)))))))|||}|||.,.,)))}}})|||||||}},.}}}}))}.}})))))}.,).)))))}).))))))))))))).)).))))).)).((({...}))).)))))).}.))))))))))),||{..|||,||.||||{,..{({((.{{{,{.{{,,.,|||||{|},||||||,|{{((((.(({(,((({(((({(.(((.,..,|}}}||||||}}},.(((({....})))}(((((((((((.(.(((....)))..}.))))))).))))|||}}}}}}||{{{|||||,....,||||||}}.,,,)))||||,}|||{({{(({,,.|||{{{,{{{({,,{(((....)))))}}}}||{{((,,,.,,,{{{|||||,,.{((((((({...})))))}}}}},.},))||}}}|}}||||}}}})||||||}(((((((((......))))))))).{{(((((.(((.((((((((.(.((...))..,)))))))},.)))..))))).}}.,,||||,,{(((((({,,.,{{(((.....)))))))}}}}))}{||{|.,{({.{{(({....}}))),},,)}}}||}}}||}}|,.(((((..........)))))......{{.(((({,(((.....,))})))))}}}||||}}||...}})))}.}}}},,}}))}}}}))),},,,,,....,,,..,{({(,,,,,|,.|,,.,,..,,}}|}|||||||||(((({(((((((..,..{(((...((((((((((((...(((((....))))).))).))},)))))),|||},{,,...((((,,..(((((({(((..(({{{{{.,,,,....,,||,,||.,,,,||{|||.,||.||||||,,.((((((.{(((({((((((((((((((((((((.{,|..,,||.}}})),.}})),..})}),..)))))).}}.,.))),,,))))))}}}}}}.)),,))))}},...{||{||,...((((((((((((,{(((....((((.((.{......}.)).))))..)))).)))))))))))).}...}}))))}))),,))}...}}))}})))}..,.))))......))))))))))))}.,.,,,,...,............))))))))))))..|{{|,.,,,.))}})))))).,..(((((((...{{{{{{{((((((.((((((((((.............................),})))))))).)))))).....,,..,|||}}}}.....|||,..})}..)))))))..........
Back