Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001389607.1
Sequence Length
4407 nt
GC Content
0.5852
GCGCCGGAACCGGAACGGAGAGCGGGUUGCCAGGGCCCGAAGAGGGCUGGCUGCGGCGGUCUCGCUCGGCUGUCCGUUCCUUGCUGGAGAAUUUGGCCACAAAGAGUUGCCAAGAUAGCUGGGCCAGGAAGAAAGCGCCGCAGCCCUGACCCAGACGCUGUUGCCGACCCCGGGGCACUCUGGCUGUCGACCAAGCGGCUCAAGAUGUCUGGCGGGGCCAGUGCCACAGGCCCAAGGAGAGGGCCCCCAGGACUGGAGGACACCACUAGUAAGAAGAAGCAGAAGGAUCGAGCAAACCAGGAGAGCAAGGAUGGAGAUCCUAGGAAAGAGACAGGGUCUCGAUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUUGAACCUCUGGCCUCAGGUGAUCCUUCUGCCUCAGCCUCCCAUGCAGCUGGGAUCACAGGCUCACGCCACCGUACCCGGCUGUUCUUUCCUUCAUCGUCAGGGUCAGCAUCCACUCCUCAAGAGGAGCAGACCAAAGAGGAGUUGUUGCUCGAUUGGAGGCAGAGUGCAGAAGAGGUGAUUGUCAAGCUUCGUGUGGGAGUAGGUCCCCUGCAGCUGGAGGAUGUAGAUGCUGCUUUCACAGAUACAGACUGUGUGGUGCGGUUUGCAGGUGGUCAGCAGUGGGGUGGUGUCUUCUAUGCUGAGAUAAAAAGCUCUUGUGCUAAAGUGCAAACCCGCAAGGGCAGUCUCCUGCACCUGACACUGCCCAAAAAGGUGCCUAUGCUCACGUGGCCCUCCCUCCUGGUUGAGGCUGAUGAACAGCUUUGCAUACCACCGCUGAACUCCCAAACCUGCCUCCUGGGCUCAGAGGAGAAUUUAGCCCCUUUGGCAGGAGAGAAAGCAGUGCCUCCCGGGAAUGACCCAGUCUCUCCAGCCAUGGUCCGGAGCAGAAACCCUGGGAAAGAUGACUGUGCCAAGGAGGAGAUGGCAGUGGCAGCAGAUGCUGCAACCUUGGUGGAUGAGCCCGAGUCGAUGGUGAACCUGGCGUUUGUCAAGAAUGACUCGUAUGAGAAGGGCCCGGAUUCAGUGGUGGUGCACGUGUACGUGAAGGAGAUCUGCAGGGACACCUCAAGAGUACUUUUCCGUGAGCAGGACUUCACGCUCAUCUUCCAGACCAGGGAUGGAAACUUCCUGAGGCUGCACCCGGGCUGUGGGCCCCACACCACCUUCCGUUGGCAGGUGAAGCUCAGGAAUCUGAUUGAGCCAGAGCAGUGCACCUUCUGUUUCACGGCUUCUCGCAUCGACAUCUGCCUUCGUAAGAGGCAGAGUCAGCGCUGGGGGGGCCUGGAGGCCCCGGCUGCACGAGGUGCAGUGGGUGGUGCAAAGGUUGCCGUGCCGACAGGUCCAACCCCUCUGGAUUCAACCCCACCAGGAGGUGCUCCCCACCCCCUGACAGGCCAGGAGGAGGCCCGGGCUGUGGAGAAGGAUAAAUCCAAGGCACGAUCUGAGGACACAGGGCUAGACAGUGUGGCAACCCGCACACCCAUGGAGCAUGUAACCCCAAAGCCAGAGACACACCUGGCCUCGCCCAAGCCUACAUGCAUGGUGCCUCCCAUGCCCCACAGCCCAGUUAGUGGAGACAGCGUGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGAAGAAGGUGUGUCUGCCAGGCUUCACUGGCCUUGUCAAUUUAGGCAACACCUGCUUCAUGAACAGCGUCAUUCAGUCUCUGUCCAACACUCGGGAACUCCGGGACUUCUUCCAUGACCGCUCCUUUGAGGCUGAGAUCAACUACAACAACCCACUAGGGACUGGUGGGCGUCUGGCCAUUGGCUUUGCCGUGCUGCUUCGGGCGCUGUGGAAGGGCACCCACCAUGCCUUCCAGCCUUCCAAGUUGAAGGCCAUUGUGGCGAGUAAGGCCAGCCAGUUCACAGGCUAUGCACAGCAUGAUGCCCAGGAGUUCAUGGCUUUCCUGCUGGAUGGGCUGCACGAGGACCUGAAUCGCAUUCAGAACAAGCCCUACACAGAGACCGUGGAUUCAGAUGGGCGGCCCGAUGAGGUGGUAGCUGAGGAAGCAUGGCAGCGGCACAAGAUGAGGAAUGACUCUUUCAUCGUGGACCUAUUUCAGGGGCAGUACAAGUCGAAGCUGGUGUGCCCUGUGUGUGCCAAGGUCUCCAUCACUUUUGACCCGUUUCUUUAUCUGCCGGUGCCCUUGCCACAAAAGCAAAAGGUUCUCCCUGUCUUUUAUUUUGCCCGAGAGCCCCACAGCAAGCCCAUCAAGUUCCUGGUGAGCGUCAGCAAGGAGAACUCCACUGCGAGCGAAGUAUUGGACUCCCUCUCUCAGAGUGUUCAUGUGAAGCCUGAGAACCUGCGUUUGGCGGAGGUAAUUAAGAAUCGUUUUCAUCGUGUGUUCCUACCCUCCCACUCACUGGACACUGUGUCCCCAUCUGAUACGCUCCUCUGCUUUGAGCUGCUAUCCUCAGAGUUGGCUAAGGAGCGGGUAGUGGUGCUAGAGGUGCAACAGCGCCCCCAGGUGCCCAGCGUCCCCAUCUCCAAGUGUGCAGCCUGCCAGCGGAAGCAACAGUCGGAGGAUGAAAAGCUGAAGCGCUGUACCCGGUGCUACCGUGUGGGCUACUGCAACCAGCUCUGCCAGAAAACCCACUGGCCUGACCACAAGGGCCUCUGCCGACCUGAGAACAUUGGCUACCCCUUCCUGGUCAGUGUACCUGCCUCACGCCUCACUUAUGCCCGCCUCGCUCAGUUGCUAGAGGGCUAUGCCCGGUACUCUGUGAGUGUAUUCCAGCCACCCUUUCAGCCAGGCCGCAUGGCCUUGGAGUCUCAGAGCCCUGGCUGCACCACACUGCUCUCCACAGGUUCCCUGGAGGCUGGGGACAGCGAGAGAGACCCCAUUCAGCCACCUGAGCUCCAGCUGGUGACCCCUAUGGCUGAGGGGGACACAGGGCUUCCCCGGGUGUGGGCAGCCCCUGACCGGGGUCCUGUGCCCAGCACCAGUGGAAUUUCUUCUGAGAUGCUGGCCAGUGGGCCCAUUGAGGUUGGCUCCUUGCCAGCUGGCGAGAGGGUGUCCCGACCCGAAGCUGCUGUGCCUGGGUACCAGCAUCCAAGUGAAGCUAUGAAUGCCCACACACCCCAGUUCUUCAUCUAUAAAAUUGAUUCAUCCAACCGAGAGCAGCGGCUAGAGGACAAAGGAGACACCCCACUGGAGCUGGGUGACGACUGUAGCCUGGCUCUCGUCUGGCGGAACAAUGAGCGCUUGCAGGAGUUUGUGUUGGUAGCCUCCAAGGAGCUGGAAUGUGCUGAGGAUCCAGGCUCUGCCGGUGAGGCUGCCCGGGCCGGCCACUUCACCCUGGACCAGUGCCUCAACCUCUUCACACGGCCUGAGGUGCUGGCACCCGAGGAGGCCUGGUACUGCCCACAGUGCAAACAGCACCGUGAGGCCUCCAAGCAGCUGUUGCUAUGGCGCCUGCCAAAUGUUCUCAUCGUGCAGCUCAAGCGCUUCUCCUUUCGUAGUUUUAUCUGGCGUGACAAGAUCAAUGACUUGGUGGAGUUCCCUGUUAGGAACCUGGACCUGAGCAAGUUCUGCAUUGGUCAGAAAGAGGAGCAGCUGCCCAGCUACGAUCUAUAUGCUGUCAUCAACCACUAUGGAGGCAUGAUUGGUGGCCACUACACUGCCUGUGCACGCCUGCCCAAUGAUCGUAGCAGUCAGCGCAGUGACGUGGGCUGGCGCUUGUUUGAUGACAGCACAGUGACAACGGUAGACGAGAGCCAGGUUGUGACGCGUUAUGCCUAUGUACUCUUCUACCGCCGGCGGAACUCUCCUGUGGAGAGGCCCCCCAGGGCAGGUCACUCUGAGCACCACCCAGACCUAGGCCCUGCAGCUGAGGCUGCUGCCAGCCAGGCUUCCCGGAUUUGGCAGGAGCUGGAGGCUGAGGAGGAGCCGGUGCCUGAGGGGUCUGGGCCCCUGGGUCCCUGGGGGCCCCAAGACUGGGUGGGCCCCCUACCACGUGGCCCUACCACACCAGAUGAGGGCUGCCUCCGGUACUUUGUCCUGGGCACCGUGGCGGCUUUGGUGGCCCUCGUGCUCAACGUGUUCUAUCCUCUGGUAUCCCAGAGUCGCUGGAGAUGAGCUCGCCUGCAGGCAGCUGCUGUGAGCUGGCCUACCUGCCUGCCCCAGGCCAUGCCUGCCUUUGUUGUGGGGAACACCUCUGGGCUUUGGGCCUCAGCUUAUGCAUCUGGUGGGAGAGGGUGGGGAGGUUGUGGCCCCUGCAGGGGCAGAGUAUCCUAGGGUGUGUAUCCAUCUGGCUGUCUGUCCAUUCAUCCUGCUGCUCUGACCCUUGGCCUCAGGCUUGGCCCUGCCCAAGCUACUUCCUGUACUUAAAAGUGUUAAUAAAACCAGACUAUUCAGGCCCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1838.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1912.66
Frequency: 0.0000
Diversity: 794.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((...((((((((.....((((...((((((((.....)))))((((((((((.(.(((((((((((((..((((.....))))...(((((.((.....)).))))))))))))))))......)).).))))))))))))))))).....))))).)))...)))).))......(((........)))((((......(((((((((((((((.(((..(((((.((((..(((((...(((((.(((((((((.............(((((...(((.(((((...(((((....((((.(((.((((((((.(........))))))))).)).).)))).....)))))))))).))).((((....(((.(((((((((((((.((((((...(((((((((......(((....)))......))))))))).....(((........)))(((((((.(.(((((((....((......))...))))))).).)))).))).)))))).))).))))))).))).))))))).)))))....((((.(.((((.((((.....(((((.......((((((((((.......((((((((.....))))))))..((.(((((((.(((((((((((((.....(((.(((((.....(((((((((..............))))))))).)))))..)))...))))))))))....(((.(((.(((....))))))))).((....))..(((((((.....)))))))......))).)))).))).))...((((((....(((((.(((......))))))))....))))))...)))))))))))))))))))...)))).).))))..((((((.(((..((((((...(((((((((...((..((((.((..(.(((....((((.(((((((...(((.((.(((((((.((((((((..(((((.....((((((.(((.(((.(((.((.....))...))).))).))).)).))))(((......)))((.((((.(((((...(((..(((....)))..)))...))))).)))).))..)))))...)))))))).)))...((((((.(....)))))))..(((((((((((((((.((((((((...(((((.((...)).)))))..((((((........))))))..((((((........))))))...((((((((((.(.(((.((((((((.....))))))))))).).))..))))))))))).))))))))))...)).)))))))))))).)))))...)))))))))))....(((((((((((((....(((...((((((((((((((.(((((((.....(((((((.(((((((((((.(((((((((....(((....))).((((((.((((((((.....((((.((...((((((....))))))...((((...))))..........(((((........))))))).))))...))).)).).)).))))))........))))))))).((((((((.((((..((((((..(((((...(((((.(((((.(((((((((((((((......)))))...........)))).)))))).))))(((((.((((((......((((((.((((.((.((((..(((.(((.((((...(((((.(((((...(((((..(((................((((((((((((((((((....((((...))))((((.(((..((((((((((.((((((((((((((..((((((.((((.((((((......)))))).....((((.......))))((((.(((((.((((((((...))))...(((((.((((((((((.((((.((.((...(((((..........((((((...))))))....)))))..))))))))))))))))))...))))))))).).)))).))))......))))))))))....((((...(((((((((((..((.......((((((((....((((((((.(((.(((....))).)))))))))...)).....)))..))))).......))..)).)))))))))))))))))))))).)))))((((((...((....)).)).)))).....))))))).)))..))).))))))))))).))))))))))).((....))..((((...((((.(((.......))).))))))))))))))))))))).))))).))))))))))..)))).)))))))))))).......))..)))))))))....).)))))..)))))..)))......)))..)))).))).))))).((((((((.((((((((........)))))))).)....)))))))(((((.(((((...(((((.(((.(((((....))))).(((((((((((.(((((.(((.......(((((((...(((....(((....))).....)))..(((((((....)))))))(((..(((((((((((...((((((((...(((((..(((((((.(((..((((.(((((((.(((((..((....)))))))...........((((((.(...(((((.(((((((.......(((((((((((..(((.(((...((((...))))))))))..))))).))..........((((((((((((((.(((..(((..(((((.(((((.(...((((((..........((((((.(..((((((........)))))).).).)))))........)))))))))))))))))))).))).))....)))))))))))).....))))......)))))))))))).).)))))))))))))))))..)))..)))))))..)))))....))).))))).)))).)))))))...)))((((.....)))))))))))...(((((((((...((..(((((((((..((.(((....((((.(((((...))).)).))))..........(((((............))))).........))).)).)))))))))...)).....)).))))))))))))))).)))).)))).)))((((((((((((((((((.(((((((.((.(((((.((((.((((.((.((((..(((((...((.((((...(((((((.((..((((((.((.(((((((((..(((......)))..))))))).(((.(((((((((((.((.........))..)))))))))))...))).)))))))))).....))..)))))))..)))).))..)))))..)))))))))).))))...)))))....))..)))))..(((((..((((..((((((((((.((((.....((((((.(((((((.....)).))).)).))))))(((((......)))))...((((...(((.....)))...)))).))))))))))).)))....))))))))).....((((((((((((.((....((((((.((((.(((((........))))).)).)).)))).))..........(((.((((((.((......)).))))))))))).)))))))))))).........)).))))))))))))))))))......))).)))))..)))))...))))).(((((((..((((((...))))))((((....))))(((.(((..(((((((.((((((.((((((((((.((((...((((.((.((((((.(((((((((....)))..))))))...))))).).)).))))...).))).))))))))))...))))))....(((((((((........).))))))))......((((.....)))).......((((((((((.(((.(((..((((...))))..))).)))....)))))))))))))))))..))).)))...((((((....))))))))))))).....(((((((..((((....)))).)))))))))))).))).)))))).(((((...)))))....))))))))))).)))))).(((((...)))))..((....))..)))))))).)))...)))).))))).))))))).).)).)))).)).))))))))).))).))))))))))))..))))).)))))))))..)))))...)))))))))..)))))))))))))..(((.(((.....)))))).................)))))......))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((((...((((((((.,...((((,..{{{(((((.....)))))((((((((((.({({(((((((((((..{(((.....)))}...(((((.((.....)).)))))))))))))))).,,,..}}.}.))))))))))}})))))...,.))))).)))...)))).))....,,(((........}))((({...{,.(((((((((((((((.(((..((((({((((..(((((...(((((.(((((((((..{{,(({.{{{.{((((((((((.(((((...(((((..{.((((.(((.((((((((.(........))))))))).)).).)))).,...)))))))))).,(((((({{((((({.(((((((((((((.((((((...(((((((((......(((....)))...},.))))))))).....(((........)))(((((((.(.(((((((....((......))...))))))).).)))).))).)))))).))).))))))).))).}},....,(((({(((((((.(((((...))))}.{(((((((({,.,{.,(((((((((,{.....((((((({.....))))))}|,.((|({(,|((,||{((((((((((.....(((.(((((.....(((((((((,......,,.....})))))))).)))))..)))...))))))))))....(((.(((.(((....))))))))).((....}}.,(((((((.....)))))))},..||)))|||||||}||}}...((((((....(((((.(((......))))))))....)))))).,.}}}}}}}}}},|},..(((.....))).})),))))})|((((((((((.((({...{(((((,........|,.{{(({.,..,,...})))),|,(((((....))))).,|{{(((.((((((((,,{{{((...,,((({((.(((.(((.(((.{,.....,).,.))).))).))).)).))))|||,,|,,.|}|({.{{((.(((((.,.(((,.(((....)))..)))...})))),)))}.))..})))),..)))))))).)))}.))))))..{|,..,.)))}..,})))),.}})))))}}}}..))))))){((((.((...)).)))))}}))|(((....)}},,))))))))))..,....))))))))))|((((((((((.(((((((.((((((((,....)))))))))))..,,..(((((((((((..((({((.(((((((...))))))).)).{{{((,...,,}))),.)))..)))))))..)))},,|,....,...((((((((((((((.(((((((.....((((((,{(((((((((((.(((((((((.,..(((....})).((((((.((((((((.,...((((.((...((((((....)))))).....(({.,.........}},..(((((........))))))).))))..,))).)).).)).))))))......,.))))))))).((((((((.((((..((((((..(((((...(((((.(((((.(((((((((((({((,,,...}}))),,.,.......))))}}))))).))))(((((.((((..,{{,.,((((((.((((.((.((((..(({{(((.((((...(((((.(((((...,((((..(((.,{{,.{{{.......((((((((((((((((((....((((...))))((((.(((..((((((((({.((((((((((((((..((((({{((((.((((((......)))))).....((((.......)))}((((.(((({.((((((((...)))),..(((((.((((((((((.(((,{((.((...(((((..........((((((...))))))....)))))..))))))))))))))))))...))))))))).).)))).))))......))))))))))....(((,..,(((((((((((..{{.......{(((((((,,..{{((((((.(((.(((....))).)))))))))..,,},,...}))}|,,}}}.......))..))))))))))))))))))))))))).))))}{{{(|{..{((....,),),.)))),....,))))))})))..))).))))))))))),})))))))))).|({{..||{.(((,...|||,.|||..}},..))),))),))))))),},,,))))).))))).))))))))))..)))).)))))))))))).......)},.)))))))))....).)))))..)))))..)))......)))..)))).))).))))).((((((({.((((((((........)))))))}.)}...)))))))(((((.(((((...(((((.(((.(((((....))))).(((((((((((.(((({,(((,,,{{{{({{((((...{{(....(((....))).....))),.||{||||,,..}||}|||(((..(((((((((((...((((((((...(((((..(((((((.(((..((({{((((({,.(((((..{,....,,))))).........,,((((((.(...(((((.(((((((.......(((((((((((..((,,(((...((((...))))))))))..))))).))..........((((((((((((((,({{..|||,.(((((.(((((.(...((((((..........(((((,.{..((((((.,....,.)))))).}.),)))))........))))))))))))))))))}}|}}}.,},,..)))))))))))).....))))......)))))))))))).,,)))))))))))))))))..)))..)))))))..)))))....))).))))).))))})))))))...)))||||.,|,{|||,,,,))))}}.(((((((((..,((..(((((((((..((.(((....(({(.{{{({,,.))).}}.})))..........|||{,.,,,,.........,}),........})).)).)))))))))...)).....)).))))))))))))))).)))).)))).)))((((((((((((((((((.(((((((.,{.(((((.((((.((({{((.{(((..(((((...((.((((...(((((((.((..((((((.((.(((((((((..(((......)))..))))))).,((.(((((((((((.{(,........))..)))))))))))...))}.)))))))))).....}),.)))))))..)))).))..)))))..)))})))))).))))...)))))....,,..)))))..(((((,.{(((..((((((((({{((((..,{.,..,{{,|||,.,.|,,{,|{,,,|,}}|},||{.(((((......)))))}}.{{((.,.(((.....})).}.)))).))))))))))).))),...}))}))))},..,.((((((((((((,({...,||(((({{{..,((({{..,,..,,})))),,},||{|||,{{|{,.,{.,{{.,((.{{{{||,|{.,,,,,))})),)))),,,}.))))))))))))....,....)).))))))))))))))))))......))).}))))..)))))...))))).(((((({..((((((...))))))((((....))))(({.(((..(((((((.((((((.((((((((((.((((...((((.((.((((((.(((((((({....}))..))))))...))))).).)).))))...),})).))))))))))...))))))....(((((((((........}.))))))))......((((.....)))).......((((((((((.(((.(((..((((...))))..))).)))....)))))))))))))))))..))).}))...((((((....))))))})))))).....(((((((..((((....)))).)))))))))))).))).))))}).(((((...)))))....})))))))))).)))))),(((((...)))),,,((....))..)))))))).},,))))))))))))))}(((((....)))))........},.||||,...}))).))),)))),.))))).)))))))))..)))))...)))))))))..)))))))))))))}.,{(.{((.....))}}}}....|,,,,.......,}))))..,,..))))...
Back