Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001393489.1
Sequence Length
2376 nt
GC Content
0.4386
CUUCUUCAGAGCACUUCCUACUGAAAGAGGUAUCUCUCUGGAUAGGAAGAAAUAUAGUAGAACCCUUUGAAAAUGGAUAUUUUCACAUAUUUUCGUUCAGAUACAAAAGCUGGCAGUUACUGAAAUAAGGACUUGAAGUUCCUUCCUCUUUUUUUUAUGUCUUAAGAGCAGGAAAUAAAGAGACAGCUGAAGGUGUAGCCUUGACCAACUGAAAGGGAAAUCUUCAUCCUCUGAAAAAACAUAUGUGAUUCUCAAAAAACGCAUCUGGAAAAUUGAUAAAGAAGCGAUUCUGUAGAUUCUCCCAGCGCUGUUGGGCUCUCAAUUCCUUCUGUGAAGGACAACAUAUGGUGAUGGGGAAAUCAGAAGCUUUGAGACCCUCUACACCUGGAUAUGAAUCCCCCUUCUAAUACUUACCAGAAAUGAAGGGGAUACUCAGGGCAGAGUUCUGAAUCUCAAAACACUCUACUCUGGCAAAGGAAUGAAGUUAUUGGAGUGAUGACAGGAACACGGGAGAACAAUGCUCUGUUUGGGCUGGAUAUUUCUUUGGCUUGUUGCAGGAGAGCGAAUUAAAGGAUUUAAUAUUUCAGGAGCCCCUAUGAUGUAGCCUGUUGUGUCAAGAUGAUUUUAGAAGUUAAGCCCCAGACAAAUGCAUCCUGUGAGUAUUCCGCAUCACAUAAGCAAGACCUACUUCUUGGGAGCACUGGCUCUAUUUCUUGCCCCAGUCUCAGCUGCCAAAGUGAUGCACAAAGUCCAGCGGUAACCUGGUACAAGAAUGGAAAACUCCUCUCUGUGGAAAGGAGCAACCGAAUCGUAGUGGAUGAAGUUUAUGACUAUCACCAGGGCACAUAUGUAUGUGAUUACACUCAGUCGGAUACUGUGAGUUCGUGGACAGUCAGAGCUGUUGUUCAAGUGAGAACCAUUGUGGGAGACACUAAACUCAAACCAGAUAUUCUGGAUCCUGUCGAGGACACACUGGAAGUAGAACUUGGAAAGCCUUUAACUAUUAGCUGCAAAGCACGAUUUGGCUUUGAAAGGGUCUUUAACCCUGUCAUAAAAUGGUACAUCAAAGAUUCUGACCUAGAGUGGGAAGUCUCAGUACCUGAGGCGAAAAGUAUUAAAUCCACUUUAAAGGAUGAAAUCAUUGAGCGUAAUAUCAUCUUGGAAAAAGUCACUCAGCGUGAUCUUCGCAGGAAGUUUGUUUGCUUUGUCCAGAACUCCAUUGGAAACACAACCCAGUCCGUCCAACUGAAAGAAAAGAGAGGAGUGGUGCUCCUGUACAUCCUGCUUGGCACCAUCGGGACCCUGGUGGCCGUGCUGGCGGCGAGUGCCCUCCUCUACAGGCACUGGAUUGAAAUAGUGCUGCUGUACCGGACCUACCAGAGCAAGGAUCAGACGCUUGGGGAUAAAAAGGAUUUUGAUGCUUUCGUAUCCUAUGCAAAAUGGAGCUCUUUUCCAAGUGAGGCCACUUCAUCUCUGAGUGAAGAACACUUGGCCCUGAGCCUAUUUCCUGAUGUUUUAGAAAACAAAUAUGGAUAUAGCCUGUGUUUGCUUGAAAGAGAUGUGGCUCCAGGAGGAGUGUAUGCAGAAGACAUUGUGAGCAUUAUUAAGAGAAGCAGAAGAGGAAUAUUUAUCUUGAGCCCCAACUAUGUCAAUGGACCCAGUAUCUUUGAACUACAAGCAGCAGUGAAUCUUGCCUUGGAUGAUCAAACACUGAAACUCAUUUUAAUUAAGUUCUGUUACUUCCAAGAGCCAGAGUCUCUACCUCAUCUCGUGAAAAAAGCUCUCAGGGUUUUGCCCACAGUUACUUGGAGAGGCUUAAAAUCAGUUCCUCCCAAUUCUAGGUUCUGGGCCAAAAUGCGCUACCACAUGCCUGUGAAAAACUCUCAGGGAUUCACGUGGAACCAGCUCAGAAUUACCUCUAGGAUUUUUCAGUGGAAAGGACUCAGUAGAACAGAAACCACUGGGAGGAGCUCCCAGCCUAAGGAAUGGUGAAAUGAGCCCUGGAGCCCCCUCCAGUCCAGUCCCUGGGAUAGAGAUGUUGCUGGACAGAACUCACAGCUCUGUGUGUGUGUGUUCAGGCUGAUAGGAAAUUCAAAGAGUCUCCUGCCAGCACCAAGCAAGCUUGAUGGACAAUGGAGUGGGAUUGAGACUGUGGUUUAGAGCCUUUGAUUUCCUGGACUGGACUGACGGCGAGUGAAUUCUCUAGACCUUGGGUACUUUCAGUACACAACACCCCUAAGAUUUCCCAGUGGUCCGAGCAGAAUCAGAAAAUACAGCUACUUCUGCCUUAUGGCUAGGGAACUGUCAUGUCUACCAUGUAUUGUACAUAUGACUUUAUGUAUACUUGCAAUCAAAUAAAUAUUAUUUUAUUAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-698.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -741.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 696.90
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((((.(((((((.(.(.((((....)))).).).))))))).....((((.......((((((...((((((......))))))...)))))).......))))...))).)))))....((((.(((((((((((.((((((.((((.(((.......))).)))).))))))..((((((((((...)))))(((((.((....(((((((((((((((.(((............((((((........(((.(((.............))).)))((((((((.......((((.(((((((((((......((((((...))))))...(((((((((..((((...(((((...)))))...))))..))))...)))))....(((((((.................)))))))....(((((((...)))))))...(((...(((((((...((((...........)))).))))))).)))..(((((((((((......(((..((((((((((....((((((((..((((..((((.((.((..((((.(((...................))).))))...)))).))))..))))..))....))))))..)).))))))))...))))))))))....))))(((((((.....(((((......)))))((((((((((..(........)..)))))....))).))...)))))))....)))))))))))...))))))).)))))((....(((((.((....)).)))))...))))))))))).))))))((((...))))....(((((((((((....)))))....(((((.((((.....((.((((((.(((((((...((((....)))).((((....(((...)))....)))).........(((((...))))).(((((.(((((((((.((((.(((((.....((....)).....))))).(((....)))......(((((((((.(((((.....))))).)).....((((((..((((.((((....(((((((((((..(((((((...))))))).............))))))))..)))....)))).))))......)))))).......))))))).)))).))).)))))))))))(((......))))))))))))))))))(((......)))..(((((((((((...((((..(((((((((((.((((((((((.....((.((.((((..((((((....)))))))))).)).))))).))))))))))))))((((((((((........))))))..))))...(((..((.((((((..((.(((((((.((((((......(((((...(((((....)))))((((.....))))..((((((((..(((((.(((((....((((((.((.....((((((..((..(((((((((((((((....))))....(((((((((.......))))))))).......)))))).)))))..))..)))))))).))).)))....))).)).)))))..)))))).)).............)))))...))))))...))))..))).))((((...(((((.(..((((..((((......))))))))...).))))).)))).................)))))).))..)))..((((((.((((((....((((...)))).....((((.((((((((....(((.((..(((....(((((.......(((((((((((((((((((((((((((.....((.(.(.((((((.((((.((.....)).)))).))....))))).)))))))))))).....))))))))....(((((.......((....)).......)))))))))))))))...))))))))..)).)))....))))))))))))(((((((((((((((((..(.((((....)))).).)))).((((.((((((.....)).)))).))))..((((.(((((.((((...)))).))))).))))..((((....)))).)))))..))))).)))...)))))).)))))).....))))..)))).))))).)))))).)))))))))...........))))))(((((...)))))............)))))))))))))))).((......))........)))))......(((....))).)))))))).))).))))....((((.((((((((......))))))))..)))).((.((((((......)))))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,((((((((.((((((({(...((((....})))})}).))))))).......,,.,.....,,{(((,,,{{{,{|..}},.}}}}}},,,|||||,.......||||,,.}}}.)))},...,((((.{(((((((({{.((((((.((({.((({.....,))).)))).))))))..{{(({(((((,,.|||||((((,,((....{((((((((((((((.{{|......{{.{{{((,{{,......,.|||,|{|,............}}}.|||{{{(,{{,|,{{{{.((((.(((((((((((......((((((...))))))...((({{((((..((((...(((((...}))))..,)))},.))))...}}}}).,,,(((((((.................))))))),,..{(((((.(((((,.{{{...}}}....))))).)))))|,.,,||||||,.{{,,{{{,,{{||||}|.(((((((((((......(((..((((((((((....(((((({{..((((..((((.((.((..((((.(((..,................))).))))...)))).))))..))))..}}....))))))..)))))))))))...))))))))))....)))){||||||....,{((({......}}}||({((({{{{|,,|,...,,,,),.}||||,,,.|}}|},,..}}}}}})....}))))))))))...)))){,|||||}}(({...{{(((.{{|,||||.})))|,.,}|)}}))}}}}.)))))}((({..,||||....((((((({(((..,,||}||{{{.{{{{{.||||.,,,,||,((((((.{(((({|,,,((((....)))).{(((....(({...||}....)))}...,,,...(((((...))))).(((((.(((((((((.((({.{((,(.,|||{{.,,,||.....,,},,.{{(.,..}))......,})}}}|{{.(((((.....))))).}},....{((((({.((((.((((,,..(((((((((((..(((((((...))))))).............))))))))..})).,|,}})).))))..}}..,})))).}},....}}}}}}}}))).))).))))))))))){{{,,,.,,)}}}))))))))))))}}{((,.....},...(((((((((({...{{{{..{{{{(((((((.((((((((((,....{(.((.((({.{((((((....)))))))))).)).))))).)))))))))))))){(((((((((........)))))),.}}}},..|{|....||{{,{({{{{,{{{{,,({{({(((,{,..,{{{{{..||||,}}}},}}}))}}.,,|..,{{{|.{({(|,,,({{((((..,,{{({{{{{,,,||}||}..,.,||||}}},{,,|||||||||{{((((....}}}}..,.(((((((((......,)}))))))).,|...,|||||},|||||,}}|,,||||||.,{{||,,,,..,}}}}.))}}},,,..,,,,.||,.{{{|.,,...,}}.)))),.)),,,,,,,.}|||..}})}}.{|||,,,|||{,.|..||||},||{{.,,.,}})))})})|,.|.}}}}}.}}}},..,},}},.......,}))))),},,,)))..|{||{|.{{{|{{,...{(((...}))).....((((.((((((((....(((.((..(((,...{((((.......(((((((((((((((((((((((((((.....((.{.{.((((((.((((.((.....)).)))).))....))))..}}}))))))))}....,)))))))}....(((((.......((....)}.......)))))))))))))))...))))))))..)).)))....))))))))))))(((((((((((((((((..(.((((....)))).).)))).((((.(((({(.....)},)))).)))).,((((.(((((.((((...)))).))))).))))..((((....)))).)))))..))))).)))...)))))).}))))},|}|.))))..)))).))))}.)))))).))))}))}),,,.,,,..,.))}}))(((((...)))))............)))))))))))))))).|||,,,..,,........,,})),,,,,,|||,,..))),}))))))).))).))))....((((.((((((((......))))))))..)))).,,.((((((......)))))).))..
Back