Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001393578.1
Sequence Length
1446 nt
GC Content
0.5014
GACUCCAGCUCCUGUAUGCAUCUCCUGAAUUAAGCAACACAGAAGGGUUCUCUGAAGUCACUGAAUCCCAGAAAGGCCCUCCACCUUUAGCACAAGGGACGUCUUCACCACUGGACAAAGGAGAAAAAGAUAAGGGGUCACCAGACUAGGGUUUCUGAGCAUGGAUCCAACCAUCUCAACCUUGGACACAGAACUGACACCAAUCAACGGAACUGAGGAGACUCUUUGCUACAAGCAGACCUUGAGCCUCACGGUGCUGACGUGCAUCGUUUCCCUUGUCGGGCUGACAGGAAACGCAGUUGUGCUCUGGCUCCUGGGCUGCCGCAUGCGCAGGAACGCCUUCUCCAUCUACAUCCUCAACUUGGCCGCAGCAGACUUCCUCUUCCUCAGCGGCCGCCUUAUAUAUUCCCUGUUAAGCUUCAUCAGUAUCCCCCAUACCAUCUCUAAAAUCCUCUAUCCUGUGAUGAUGUUUUCCUACUUUGCAGGCCUGAGCUUUCUGAGUGCCGUGAGCACCGAGCGCUGCCUGUCCGUCCUGUGGCCCAUCUGGUACCGCUGCCACCGCCCCACACACCUGUCAGCGGUGGUGUGUGUCCUGCUCUGGGCCCUGUCCCUGCUGCGGAGCAUCCUGGAGUGGAUGUUAUGUGGCUUCCUGUUCAGUGGUGCUGAUUCUGCUUGGUGUCAAACAUCAGAUUUCAUCACAGUCGCGUGGCUGAUUUUUUUAUGUGUGGUUCUCUGUGGGUCCAGCCUGGUCCUGCUGAUCAGGAUUCUCUGUGGAUCCCGGAAGAUACCGCUGACCAGGCUGUACGUGACCAUCCUGCUCACAGUACUGGUCUUCCUCCUCUGUGGCCUGCCCUUUGGCAUUCAGUUUUUCCUAUUUUUAUGGAUCCACGUGGACAGGGAAGUCUUAUUUUGUCAUGUUCAUCUAGUUUCUAUUUUCCUGUCCGCUCUUAACAGCAGUGCCAACCCCAUCAUUUACUUCUUCGUGGGCUCCUUUAGGCAGCGUCAAAAUAGGCAGAACCUGAAGCUGGUUCUCCAGAGGGCUCUGCAGGACGCGUCUGAGGUGGAUGAAGGUGGAGGGCAGCUUCCUGAGGAAAUCCUGGAGCUGUCGGGAAGCAGAUUGGAGCAGUGAGGAAGAGCCUCUGCCCUGUCAGACAGGACUUUGAGAGCAACACUGCCCUGCCACCCUUGACAAUUAUAUGCGUUUUUCUUAGCCUUCUGCCUCAGAAAUGUCUCAGUGGUUCCUCAAGGUCUUCAAAUAGAUGUUUAUCUAACCUGACAGUUGCGGUUUUCACCCAUGGAAAGCAUUAGUCUGACAGUACAAUGUUUAGAUUCUCCUUGAUAUUACCAACACAUUUUCCCUGUUAUCUCACACUGAAUCUUUCCUACAGAACACUUUUUCUGCAAUUUUCUUUGUAAUAAAAGGAGUUCCUGUACAAAACCCUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-469.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -495.87
Frequency: 0.0000
Diversity: 279.23
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...........((((.(((..............)))..)))).(((((((((.(((((..(((.....)))....((((((((((((((((((((((((.(((..((((((((((((..((((.....(((((((((........(((((((...((((.((((......)))))))))))))))...(((..(((...........)))..)))..(((.(((((((((...))))))....))).)))(((((((......))))))).)))))))))((((.((((((...(((....(((((((((((((((.((........)).)))))............................((((((.(..((........))..).))))))((.(((............))))).......((((.....))))...(((..(((..(((...(((((((...............)))))))...))).)))..))).)))).))))))...)))...)))))).))))...((((((.(.((.(((((.((((((((...(((....)))..))))))))))).)))).)...))))))........((((((.(((((((......))))))).))))))))))))))))))))))..)))))).))).))))...((((.(((..(((((((......)))).)))..)))..))))(((((((((((.(((((((....(((((((.....))))))).....)))))))))).))).))))).(((((((((((..(((.......)))..))))).)))))).(((.((((..((((((((....(((.(((((................)))))))).((((((((((((((...(((...............)))....))))))))))))))........)))).))))..(((((.............))))).......((((.(((((.......(((((.(((....((((....)))).))).)))))..))))))))))))).))))))))))))))))).)))))..)))((((..(((.((((((((((.....(((.((.(((..((((.....))))))))).)))....(((((((((((.(((....)))...(((((....((((............(((((.((.(....).)).)))))))))...)))))..)))))))))))....(((((....))))).)))))))))).))).))))......((((((..(((((.(((.(..((((((((.((......)).))))).................)))..).))).)))))..))))))((((((((.(((((..(((((......)))))..)))))..))).)))))...))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,,,,.(((((.{{.(((...((((({.....,,.........((((((..((....))..)))})),......(((((((((((((({((({(((((.(((..(((((((((((,.,((((.....((((((((({{,...|.(((((((...((((.((((......))))))))))))))).,.,.|...||},.,,.......))...||{{(,,.(((((((((...))))))....)))})))(((((((......)))))))..))))))))((((.((((((...(((....(((((((((((((((.((........)).)))))...........................,((((((.(.{((......,,,,,,,.))))))|.,{{{.........,|.,}}}|.......{{{{.....}}}}...(((..{{{..(((...(((((({.|..{........,.)))))))...))).})}..))).)))).))))))...)))...)))))).)))).,.((((((.,.((.(((((.((((((((...(({....)))..))))))))))).)))).}...)))))),.......((((((.(((((((......))))))).))))))))))))))))))))))..)))}}}.))}||}||...||||.|{{..((((({({{.{,,||}},}}}..,,,..},}}(((((((((((.(((((((....(((((((.....))))))}.....))))))))))},)).))))).(((((((((((..(((,......,)}..))))).)))))).,,,.{{((((((({{{((({{((((,{((({({,,,{(({{,,,..,,}}}.,,,.((((((((((((((...{,,.,{........,...}},....))))))))))))))........}|}}||}}},.(((((.............)))))...,.,,,|||,||||{,,,,,,}|,|||,||}}},,||||....))))))))}.}})))))})))),)))})),))})))))))))))))){(({{({.,(((....))})))))),)))))).))).,,.))))).|,|||(.,{{,||,|,{{.(((((((..{((((((((((.(((....)))...(((((....((((.......,,,..,,,,,.||}.,{{{|...})))),))))...)))))..)))))))))))....(((((....)))))..)))))))..))))}}}},......((((((..(((((.((({({.,.((((({.,(..,,..,,.)),}},....,.}}}},....})))....})).)))))..))))))((((((((.(((((..(((((......)))))..)))))..))),,)))).....,,......
Back