Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001393898.1
Sequence Length
1449 nt
GC Content
0.4141
AGUGACGGUGGCGUUUCCUUGAGGAAGAGUGAGGGUUCCAACUUUUCUGCUUAUCUGGGAGGUGUUGGGCGCGGACAGUCGAGAUGUCAGAGAAAAAGCAGCCGGUAGACUUAGGUCUGUUAGAGGAAGACGACGAGUUUGAAGAGUUCCCUGCCGAAGACUGGGCUGGCUUAGAUGAAGAUGAAGAUGCACAUGUCUGGGAGGAUAAUUGGGAUGAUGACAAUGUAGAGGAUGACUUCUCUAAUCAGUUACGACACAGCAUCAUCUCUACCCAUAAAAGAUGGCAUUCUGCAAGACUGAGAAGAUGCCCACCUCCAUUCCCAGAGUCCAGGCCUUCAUUAACUCACACGAGAACUACAGAAGCAUCACCCCUAGUUCUCCUAUUAGUCACUCCUCCUCAACUGCCUCUAAUCCAUCCAUCCAUCUAUCCGGCAUGGGUCAUGUAAAGUUACAGCUGAGAAGGGCUGGAUACAGUGAACUGGAGGAAUAGCGGGGAGAAUUGCCAAUACUCAGGAGUCAGGCUUCACAUUGAUCAUGCAGCUAAUAAGAAAGAAGGCAAAGGUACCAAGCCCCUUGCCAUAUGAGAGCUUCCAGCAACUUUGGCAGAAGAUAGAAAGGAAAAUACUACUACUAUUUAGAAACUGCACUGAUAUUUCUUGACUUCUCCUGAAUCGACUACUGUUUUCCCCUCAGUGAUUCAAAUACAAGAGAAAUUUUUCUCAUCAUUCUGUGUCUCAAAGCUCUGAAAUAAGGCAUCUUUUCCUGUCUUUUAUUUGAUUUAAGGCCAGCUUCAAGCAUUUAUUGAACUGAUUAGCACAUUAGUUUUAUUUUUUUUUUCCAUGUCCUUUUAUGUUCUGGUGAGUUUAUUAGGUGAGGCCAGUUUCCUUCAGAGAAUUUAAUCCAAAGGCCUUUACUAGAAGGCUGGCAUGUUUCCUUUUCUCAUAAAGAUAAGGAAACAUCAACAGGCAUAACAUAGCAGAAUGUCUAGCCUAAGUUAUGGAAAAGAUUCCAUGCCAUACUCCCUGGUGAGGUUGACUUCACACUUACUGGCUUACUUCUCCUGAUACUUGGUUUACAAGUGAGACAAGUAAUCCCCUCUGAGGGUAACUGGUCAUGUUUCUUUGUUUACUCUGGGGGUCAUUUUGCCACUAACAGCUAUGCUGGCUCUAUGCAGAACUUCAAACCUCAGGCUGUCUACCUGAGCUAUAGGGAAGAAGAAGCUACAGAGUUCCCUUUAAUAAGACAUCAGCAAUACAUUUAGCUGUCAGAGAAGAUGGGUCAUAUUUAGGAAUACAUGGAGAAUAAGUUUUAAAAGAGAGAGAAUCCAAAUGUAUUGUACUCUUAAUUAGAGGUCCCUAAACUGCAAAUUCAUUUGCUAAUAUAAUUUCUCAUGCUUUUUAUUUCAAUAAUGUAUGUAUUCGGUAAUGUCUGAUAAAUACUUGCACUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-382.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -414.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 379.08
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(.((((....)))).)....((((((.(((((((.((((.(((((((((((((..(((((((((...))))(((((((((((..((..(((.....((((((((((....(((..(((((((.((((((.(((........(((((.......((((((..((((((((((((((..((((((((((((.(((.(.((((.........(((((((((.(..(((((((((....))))))...........)))..))))))))))..))))....).)))))))).....((((.(((((((((((..(((((((((.(.(.((((((.(((((....(((.....((((((((..(.........)..)))))))).....))).........(((.(((.((.((....((((((((........)).))))))....)).))...))).)))))))).)))))).).).))).))))))......(((((((((.........((((((((((((..........(((((((((..............(((((.((........)).))))).........((.((((.....)))).)).((((((..((..........)).)))))).....))))).))))....))))))...))))))..........)))))))))((((.(......(((((.(((((....))))).......))))).......).)))).....)))))))))))..))))))))))).)))))).))))))))....((((((.((((((.(((((.((((..............................)))).))))).)))))).)))))).((((((((.(((((((((.............(((((((....)))))))(((((((((((((.(((.....))).))))))))))....((((...((((......))))...)))).....((((((....))))))))).........((((((..((....))..))))))((.(((((((((.....(((((.....)))))))))..))))).)).))))))))).)))))))).....))))))...)))))....))).)))).)).)))))))))))))))))....))).....)))..))))).))))))))..(((((((.............)))).)))..)))))....)))))....((((..........)))).)))))))).)))).....((((((((((((((((.......((((....)))).....))))..))))))(..((((.....))))..)))))))..(((((....))))).........))))))).))))))..........((((.((((((((......))))...)))).)))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{{(,(({{.{(,{((({{{{{|{||({{({,({(,,((({({{{(((,{,,.,,.|||}}|,}||}}}},}.,,||{||,{{.|{||||{||,...||{||||,{(,,,...|},||||{{{.(((({,{,.(,.,,.|}.,|,,|}}},{{{((((,{{,((((((((((((((.{((((((((((((.(((.{.((((.,,......(((((((((.{..{{(((((((....))))))}..........,,,..,))))))))),.))))....,.)))))))},}..{((((.(((((((((((..(((((((((.{.,.((((((.(((((....{{{.....((((((((..{.........,..)))))))).....}}}.........(((.(((.{{,{,....((((((((........)).))))))....},.))...))).)))))))).)))))).,.}.))).))))))......(((((((((.........((((((((((((..........((((((((({{............(((({.((,.....}})}.)))))........,((.{,||}....}))),}).{{((((..{(.......}}.,}.)))))),....))))).))))....)))))),.}))))))..........))))))))),|{(,(,{....,,,,,.(((((....))))).......}}}}}.,,,...,.}))).....)))))))))))..))))))))))).))))))))))))))},,.{(((((({((((,({(,,(({(,,,....,,,,...,..,{{{{{{{{{,{{..,|||}.|||||,}}}})),)))},}.((((((({.(((((((((.............{((((((....))))))){{{((((((((((.(((.....))).))))))))))...,((((...((((......))))...))))..|,|((((((....)))))))}},........{((((({.,{.,,,))}.}}}}}}||.(((((({((.....(((((.....))))))))).,))))).}}.))))))))).}))))))).....,}}}|||..}||||{{{{||,.,|||,)).}},|{(((|{||||||||,,..}}....,|||...,{{|,{{||,,,..}}}})),|..|||{{,,,.,..}},..,,,,))}})|.,,,,,}}....}|||},......}}))))}}))}}}})})))}.,,},,,,||||,,|||||||}},..,.,,,|,,,,||||{{..,|,||,,||}}||{,.((((.....))))..,,,,,,...(((({....)))))........,})))).)})),,))}.}))))}}}}||,.}|,|||||},...,)))},..,}}),}})))}...
Back