Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001393900.1
Sequence Length
1692 nt
GC Content
0.4090
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-480.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -513.97
Frequency: 0.0000
Diversity: 475.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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