Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394003.1
Sequence Length
1619 nt
GC Content
0.5571
GAUUCCCGGGACUAGGUUGCGGGAGAAAGCCUGUUGCGUGGAAGAUAAGGCGGCGCGGGAAGUGGACACAGGGUGGGCUGGAGCUCAGAUCUAACUGGACUCUCGCUCCUGCUGGCUGGACAUGGAGGAUUUGGAGGAAGAUGUAAGGUUUAUUGUGGAUGAGACCUUGGACUUUGGGGGGCUGUCACCAUCUGACAGCCGUGAGGAGGAAGACAUAACAGUGUUGGUGACUCCAGAGAAACCACUUCGACGGGGCCUCUCCCACCGAAGUGACCCAAAUGCAGUGGCACCUGCCCCCCAGGGUGUGAGGCUCAGCCUAGGCCCCCUCAGUCCAGAGAAGCUGGAGGAGAUCCUCGAUGAGGCCAACCGGCUGGCCGCUCAGCUGGAGCAGUGUGCCCUGCAGGAUCGGGAGAGCGCAGGCGAGGGCCUGGGGCCUCGCCGAGUGAAGCCCAGUCCUCGGCGGGAGACCUUUGUGCUGAAGGAUAGUCCUGUCCGAGACCUGCUGCCCACUGUGAACUCUUUGACGCGGAGCACCCCCUCCCCAAGCAGCCUGACGCCUCGACUCCGGAGUAAUGAUAGGAAGGGGUCAGUCAGGGCUCUCCGGGCUACAUCUGGAAAGAGGCCCUCCAACAUGAAGAGGGAGUCACCCACUUGCAAUCUGUUCCCUGCAUCCAAAAGCCCAGCAUCUUCUCCUCUUACCCGAUCGACUCCCCCAGUCCGGGGGAGAGCCGGGCCCAGUGGGAGAGCAGCAGCCAGUGAGGAGACCAGAGCAGCCAAGUUGCGGGCCUGCCAGCCGAAUGCCACUCACCAGCCGGAGUGUGCCACCUGGCAGAGGUGCCCUACCUCCGGAUUCUCUGUCAACUCGAAAAGGGCUUCCAAGACCAAGCACUGCAGGACACAGAGUGCGGGAAAGUGGACACAAGGUUCCUGUUUCCCAGCGACUAAAUCUUCCUGUCAUGGGUGCCACUCGCAGCAAUCUGCAGCCCCCCAGGAAAGUGGCAGUCCCAGGACCUACCAGGUAAAGAGAUCAGGACAGCAAGCAAGACUUCAGUAGCAAACCACUACAGUCAGUACCUGGACUCGCCUCUACCCAGCAGACCCUGACUCCAGCAGAUUCUGGCCCAGGGACAGGAGGAAGAGAUGCCACCAGGGCUGGUCUCCCAGGAGUAGAGACCAUGGGAAAUGGGGUGGAUUAGGAUUGAGCUGGAGAAGACUUAAACUCUCUGGGUUGAAAGAAGAUUAGGGGAAAAGAGGUCACCUUCCAGCAGUGAAAUGAACAAAUAGAAGAUGAGAAGUACAGGCAAGUGGUUUGUCUUUAUCCACCCCCACUGUUGUGGUCAGCCCCAGAGAAUUUUAUCUUCUUCCUUGGCAUUGGUUCACUGGACAUUUCCACGUGAGCGGCCUCCGUAGCUAACCUCCCUGCCCUCUGAGGAGCCAUCUUCCUGAAUCGCAUUCUCUACUGGACUCUGGCCUGCUUGGAGAGGUGGCAGCAGGCACCUGGUCUUCAGAAAUUGUUUCCUGUGAAUUCUGUGACUCCUAAUAGGCCAGUUUGUGAUAAGCUUACUCUAUGAGUCUUCAUUUUUCUAAAAUAAAGUGAAUGUAUUUUUAUAUUCUCUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-608.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -637.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 578.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((...(((((((((((((........((((((.(((((..((..((((((((...(((((.(((((((.(((((((.((((......)))).)))).(((((.((((((....(((.((((((((.((((.........((((((....((.((((.(((((.(((((((((((((((((.....))))))))....((((...(((((....))))).....))))........(((((((..(((......)))..)))))))........((((......)))).))))))))).))))))))).)))))))).))))..(((((.....)))))..)))))))).))).(((((......))))))).)))).)))))))).)))))))..((((.(((....(((.(((((((.(....).)))))))..)))...))).))))((((((.((.....)).))))))((((...)))))))))...))))).)))..))......))))).))))))........)))))...))))))))...))..(((((.((((((((((((((((((....(((((((((((((((((.....))))))..)).)))))........(((.(((.....))).)))(((.(((((..((((((((...((((((.((...(((((((((..((((..(..(((((((.....))))))).).))))...)).)))))))..))......((((..(((.((((...((.((.((.(((((((((((......(((((((........))))).))...)))))))....)))))).))..))...)))))))..))))....))))))....))........))))))..))))).)))((((((..(((........)))..))))))...))))...))))))))))))((((((((((.((((....))))...((....))..)))))))..))).((.((((..(((...(.(((.....((((.((((((((((...((((.......)))))))).((.((((...((((((((.((.(((((.((..((.(((((.(((...((((((((((.(((((((....(((((((...(((((((..(((((((........)).)))))...(((((((((.(((((...(((((((..(((((....(((((.((((.......)))).)))))....)))))...))))))).((.......)).............(((.(((......))).)))))))).)))))))))(((....))).)))))))..(((((.......)))))...))))))).((((((((((....)))).))))))(((.......)))..))).))))))))....)).)))).......((((...))))))).))))).)).)).))))).))))))))))...)))).))(((.....)))...)))))).))))....))).)....)))..))))))((((((...))))))))))))..)))))..................((.(((((((....))))))).))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,{{{({({{,,{|||{|||||{..,({.{{((((((,(((((..,,({(({{((((,{{((({{.((((((((((((((({{(((.,,,..||||.||||,{{((({(((((((,,.{((,((((({{{,((((,{{{{,{..(((((,....((|(({{.((({{.,{{{{{{({((((((((.....))))))))....(({(..,(({{{...,|||},{{{{{||||........(((((((..((({....})))..)))))))..,,...{((((.{{{{{||||.}}|||||}|,,|}|||,||{||},||||.||||..(((((.....))))).|})}})))).)}).)))),...|||))))).}.)),)))).)))).})))))))))|||..|(({{{{(.(,((({{,,|||,,,|||}||||}..))},.}))).{||{(((((({((..{{{||.,,,}))})),...))))),)))}}.)||||,}}},.}}{{....}}}}).)))}||||,.....))))}...))))||||{{,||{{{{{((,,{{{{,,{{{{{|||{||}}|.,|||||||||||||(((,,...|||}}..})))))))}........,,{.{||}}}},))),))}{{{.{{{{|,,|{{{||||,..|||||{.||,}||{((((({{..((((..,..(((((((.....))))))).}.)))).,,}}.)))})}}..}}.}},..|{||,,{{,,{{{(,{,({..|,||,(((((((((((..,...(((((((........))))).)),..)))))))....)))),,,}},.)),,.))))))}..}}}}....)))}}}....},....,,..})))))..})))),)))((((((..(((,.....},)))..)))))).,,}}))...}}}))))|}},|((((((((((.((((....)))).,|{{....))..)))))))..)))|{{,(((,..|{{|..,,(({,{{{,,{{{.,,{{..((((...(({(.......))}})))).||.||||,.,|{({((((.{(.{{(((.{(|,({.{((((.{{{.,|||{{{{((((,{{(((((,,{{{(({{{,...(((((({..(((((((........)).)))))...(((((((((.,,,,....(((((((..(((((....(((((.{(((.......)))}.)))))....)))))..}})))))).,{.......,}......,,,,,..{((.{((,,,,..}}},))))))))})))))))))(((....)))}}))))))..|{|,,.....)))))))}}.})}},,}.((((((((((....)))).)))))){{|,,||.,,}}}..}}}}}}))}}}},,,.)),)))}.,,}}}}),,}}}}..}}))).)}}}).}}.}},))))}.))}))))))},..)})),}}||{|,,.,|||,..|}},}}}}}}},..,})),,.,,,))}.,))))))||||||}},}},))))}}}}}..))))}.,,,,,,,........,.{{.(((((((....))))))).))...
Back