Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001394278.1

Sequence Length

1144 nt

GC Content

0.4607

AGUUCGCCCGUUCCUGGCCUGACCCCCACCAAGGCCCAUACCGCAGUAGGCUCCUCGGGCUGCCCCUCGGUUGACAAUGGUCUCCAGGAUGGUCUCUACCAUGCUAUCUGGCCUACUGUUUUGGCUGGCAUCUGGAUGGACUCCAGCAUUUGCUUACAGCCCCCGGACCCCUGACCGGGUCUCAGAAGCAGAUAUCCAGAGGCUGCUUCAUGGUGUUAUGGAGCAAUUGGGCAUUGCCAGGCCCCGAGUGGAAUAUCCAGCUCACCAGGCCAUGAAUCUUGUGGGCCCCCAGAGCAUUGAAGGUGGAGCUCAUGAAGGACUUCAGCAUUUGGGUCCUUUUGGCAACAUCCCCAACAUCGUGGCAGAGUUGACUGGAGACAACAUUCCUAAGGACUUUAGUGAGGAUCAGGGGUACCCAGACCCUCCAAAUCCCUGUCCUGUUGGAAAAACAGCAGAUGAUGGAUGUCUAGAAAACACCCCUGACACUGCAGAGUUCAGUCGAGAGUUCCAGUUGCACCAGCAUCUCUUUGAUCCGGAACAUGACUAUCCAGGCUUGGGCAAGUGGAGUGUCAAUCCAUAUCUACAAGGACAGAGACUGGAUAAUGUUGUUGCAAAGAAGUCUGUCCCCCAUUUUUCAGAUGAGGAUAAGGAUCCAGAGUAAAGAGAAGAUGCUAGACGAAAACCCACAUUACCUGUUAGGCCUCAGCAUGGCUUAUGUGCACGUGUAAAUGGAGUCCCUGUGAAUGACAGCAUGUUUCUUACAUAGAUAAUUAUGGAUACAAAGCAGCUGUAUGUAGAUAGUGUAUUGUCUUCACACCGAUGAUUCUGCUUUUUGCUAAAUUAGAAUAAGAGCUUUUUUGUUUCUUGGGUUUUUAAAAUGUGAAUCUGCAAUGAUCAUAAAAAUUAAAAUGUGAAUGUCAACAAUAAAAAGCAAGACUAUGAAAGGCUCAGAUUUCUUGCAGUUUAAAAUGGUGUCUGAGGUUGUACUAUUUUGGCCAAGUCUGUAGAAAGCUGUCAUUUGAUUUUGAUUAUGUAGUUCAUCCAGCCCUUGGGCAUUGUUAUACACCAGUAAAGAAGGCUGUACUCAAGAGGAGGAGCUGACACAUUUCACUUGGCUGCGUCUUAAUAAACAUGAAUGCAAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-332.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -357.52

Frequency: 0.0000

Diversity: 363.07

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((.(((((..(((((...........))))).....((((((.((((((((((((((..(((.((..(((....))).)))))((((.((((((((((((....(((((((.((((((((((((.(((((((..........((((((((......(((((........)))))......))))))))))))))).)))((((((((....))))))))....((((........)))).(((((((...)))).)))....))))).))))...))))))).....)))))....))))))).))))...((((((((((.(((((((((((((((........))))......((((((.((...((..(((((((((.....(((((((.((.((..((((((((..(.((((..((((..((...(((.(((((......)))))))))))))).)))).).....))))))))..)))))))))))(((((...(((((((.(((....))).)).........))))).)))))((((((.((((..(..((((((((......))).)))))..)..)).)).))))))))))))))).))...)).))))))((.(((((...))))).))..)))))))))))))........((.(((.((((...............)))).))).)).(((((((......)).)))))...)))))))).((((((.((((((((...(((.(((((.(......((....)).......).))))))))..))))..))))))))))..(((((..((((......(.((((((((...(.((((((((.....(((((..((((((..(((((.((......)))))))....))))))(((........))).......((((((...(((.....)))....))))))...(((((((((((.(.......))))))))))))))))).....)))))))).)..)))))))).).....)))).)))))))))))(((((........((((((.........)).)))))))))...))))))))....((.......)))))))).............)))))...)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....((.{({{{..(((((,........,.)))))...,,{({{((.(((((((((((...,}}},,({{{((({{{{((((((((.((((.((((((((((((....(((((((.((({((((((((.((((((({....,,...{(((((((...,..(((((........)))))......))))))))))))))).}}{((((((((....))))))))}...((((........)))).(((((((...}))},))).,},}}))).})}}...))))))).....)))))....))))))),))))(((((((({{{.....}))))))))).|,{{{{.{|.{({,,.,,.}))..)})))).))))))))..,.,,{{,,,(({((((,((,((..((((((((..,.((((..((({.,((..,((,((((((......))))))}}}})))).)))).}.....))))))))..))||||||||}.{{{{.{,|{((((.{((({(.((((((((((({{((,(((...((((..((((.{(.,..}}..,))))..)))}.|||.,,{{{....((((({{,,((...,..{{{..,,})}....,}))))))){,(((({...})))).))}},.)))))}.}}..,,})}},})))))).,.........{{{{,....,,,{(((((.......)))))),,,),..)))))}.))))}}}..((((((.((((((((...((,{(((((.,....,.((....)).,.....}.))))))))..))))..)))))))))).,}}|||}}||||.,,,,}|,|||{|{{{{{,{{((({{{||.,.,,{{{{{||||||,...,(((((,({{{..{|||||,,.{{{{{{{|.{((,....,,.}}}.......((((((...(((.....)))....))))))...{{(((((((((.(.......)))))))))))}}}}}}.,|,.,}},}))).}}}))))))))}))}}}}))))})))),||||}}||}}}}}}|}}},..},,||||...,..,)))),}}},.,,,,)))))))),},.....,,...,,||||||{,...........)))))).,)).