Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001394279.1

Sequence Length

1141 nt

GC Content

0.4601

AGUUCGCCCGUUCCUGGCCUGACCCCCACCAAGGCCCAUACCGCAGUAGGCUCCUCGGGCUGCCCCUCGGUUGACAAUGGUCUCCAGGAUGGUCUCUACCAUGCUAUCUGGCCUACUGUUUUGGCUGGCAUCUGGAUGGACUCCAGCAUUUGCUUACAGCCCCCGGACCCCUGACCGGGUCUCAGAAGCAGAUAUCCAGAGGCUGCUUCAUGGUGUUAUGGAGCAAUUGGGCAUUGCCAGGCCCCGAGUGGAAUAUCCAGCUCACCAGGCCAUGAAUCUUGUGGGCCCCCAGAGCAUUGAAGGUGGAGCUCAUGAAGGACUUCAGCAUUUGGGUCCUUUUGGCAACAUCCCCAACAUCGUGGCAGAGUUGACUGGAGACAACAUUCCUAAGGACUUUAGUGAGGAUCAGGGGUACCCAGACCCUCCAAAUCCCUGUCCUGUUGGAAAAACAGAUGAUGGAUGUCUAGAAAACACCCCUGACACUGCAGAGUUCAGUCGAGAGUUCCAGUUGCACCAGCAUCUCUUUGAUCCGGAACAUGACUAUCCAGGCUUGGGCAAGUGGAGUGUCAAUCCAUAUCUACAAGGACAGAGACUGGAUAAUGUUGUUGCAAAGAAGUCUGUCCCCCAUUUUUCAGAUGAGGAUAAGGAUCCAGAGUAAAGAGAAGAUGCUAGACGAAAACCCACAUUACCUGUUAGGCCUCAGCAUGGCUUAUGUGCACGUGUAAAUGGAGUCCCUGUGAAUGACAGCAUGUUUCUUACAUAGAUAAUUAUGGAUACAAAGCAGCUGUAUGUAGAUAGUGUAUUGUCUUCACACCGAUGAUUCUGCUUUUUGCUAAAUUAGAAUAAGAGCUUUUUUGUUUCUUGGGUUUUUAAAAUGUGAAUCUGCAAUGAUCAUAAAAAUUAAAAUGUGAAUGUCAACAAUAAAAAGCAAGACUAUGAAAGGCUCAGAUUUCUUGCAGUUUAAAAUGGUGUCUGAGGUUGUACUAUUUUGGCCAAGUCUGUAGAAAGCUGUCAUUUGAUUUUGAUUAUGUAGUUCAUCCAGCCCUUGGGCAUUGUUAUACACCAGUAAAGAAGGCUGUACUCAAGAGGAGGAGCUGACACAUUUCACUUGGCUGCGUCUUAAUAAACAUGAAUGCAAGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-330.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -354.94

Frequency: 0.0000

Diversity: 360.68

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.....((.(((((..(((((...........))))).....((((((.((((((((((((((..(((.((..(((....))).)))))((((.((((((((((((....(((((((.((((((((((((.(((((((..........((((((((......(((((........)))))......))))))))))))))).)))((((((((....))))))))....((((........)))).(((((((...)))).)))....))))).))))...))))))).....)))))....))))))).))))...((((((((((.(((((((((((((((........))))......((((((.((...((..(((((((((.....(((((((.((.((..((((((((..(.((((..((((.(((....(((....)))......)))..)))).)))).).....))))))))..)))))))))))(((((...(((((((.(((....))).)).........))))).)))))((((((.((((..(..((((((((......))).)))))..)..)).)).))))))))))))))).))...)).))))))((.(((((...))))).))..)))))))))))))........((.(((.((((...............)))).))).)).(((((((......)).)))))...)))))))).((((((.((((((((...(((.(((((.(......((....)).......).))))))))..))))..))))))))))..(((((..((((......(.((((((((...(.((((((((.....(((((..((((((..(((((.((......)))))))....))))))(((........))).......((((((...(((.....)))....))))))...(((((((((((.(.......))))))))))))))))).....)))))))).)..)))))))).).....)))).)))))))))))(((((........((((((.........)).)))))))))...))))))))....((.......)))))))).............)))))...)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.....((.{({{{..(((((,........,.)))))...,,{({{((.(((((((((((...,}}},,({{{((({{{{((((((((.((((.((((((((((((....(((((((.((({((((((((.((((((({....,,...{(((((((...,..(((((........)))))......))))))))))))))).}}{((((((((....))))))))}...((((........)))).(((((((...}))},))).,},}}))).})}}...))))))).....)))))....))))))),))))(((((((({{{.....}))))))))).|,{{{{.{|.{({,,.,,.}))..)))))).))))))))..,.,,{{,,,(({((((.((,((..((((((((..,.((((..((((.{((.,,{(((....))}...,}})}},,)))).)))).}.....))))))))..))||||||||}.{{{{.{,|{((((.{(((((.((((((((((({{((,(((...((((..((((.{(.,..}}..,))))..)))}.|||.,,{{{....((((({{,,((...,..{{{..,,})}....,}))))))){,(((({...})))).))}},.)))))}.}}..,,})}},})))))).,.........{{{{,....,,,{(((((.......)))))),,,),..)))))}.))))}}}..((((((.((((((((...((,{(((((.,....,.((....)).,.....}.))))))))..))))..)))))))))).,}}|||}}||||.,,,,}|,|||{|{{{{{,{{((({{{||.,.,,{{{{{||||||,...,(((((,({{{..{|||||,,.{{{{{{{|.{((,....,,.}}}.......((((((...(((.....)))....))))))...{{(((((((((.(.......)))))))))))}}}}}}.,|,.}}},}))),}}}))))))))}))}}}}))))})))),||||}}||}}}}}}|}}},..},,||||...,..,)))),}}},.,,,,)))))))),},.....,,...,,||||||{,...........)))))).,)).