Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394284.1
Sequence Length
2131 nt
GC Content
0.5063
AUCCUGUGUCUGAUCCUUGCUGCUGUGCAGCAGCUGCCUGGAGCACUGGAUUGAGGAGUCCCAGGUGGGAUGGGUGCUCGGUGGGAGAGAGCUCUAGAACUGCUAAGCUACACUGCACGGGUGCGGGAGUGGAGAGCGGCAAUGGGAUUACCGAGAGGAUGGGAUGGAUCUAGGCAGUGACGCCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGUUCACAGUCCAACUCCACCAAAGUGACCCCUUGCUCCGAGUGCAAAUCUUCAUCGUCGCCGGGGGGCAGCCUGGACUUGGUGUCUGCCCUGGAGGACUAUGAGGAGCCCUUCCCGGUCUACCAGAAGAAGGUGAUUGAUGAGUGGGCGCCGGAGGAGGACGGGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGACGAGCGCGACCAGCGAGGGUACCGGGAUGACCGCUCUCCGGCCCGGGAACCGGGGGACGUAAGCGCCAGGACCCGCAGCGGCGGCGGCGGGGGCAGGAGCGCCACCACCGCCAUGCCGCCCCCGGUGCCCAACGGCAACCUCCACCAGCACGACCCCCAGGACCUCAGGCACAAUGGCAACGUGGUGGUGGCUGGCCGGCCGAGCUGUUCCCGGGGCCCCCGCCGGGCGAUCCAAAAGCCCCAGCCGGCUGGGGGCCGGCGCAGUGGCCGCGGCCCGGCGGCUGGGGGGCUCUGCCUUCAGCCCCCAGACGGCGGGACGUGCGUCCCCGAAGAGCCCCCGGUGCCACCUAUGGAUUGGGAGGCGCUGGAGAAGCAUCUGGCCGGGCUGCAGUUCCGGGAGCAGGAGGUACGGAACCAGGGCCAGGCGAGGACCAACUCCACCUCCGCACAGAAAAAUGAGAGAGAGUCUAUCAGACAGAAGUUGGCACUUGGAAGCUUCUUUGAUGAUGGCCCAGGAAUUUAUACCAGCUGUAGCAAAAGUGGGAAGCCAAGCCUUUCCUCCCGACUGCAGAGUGGGAUGAACUUGCAGAUAUGCUUUGUCAACGACAGUGGCAGUGAUAAGGACAGUGAUGCUGAUGACAGUAAGACUGAAACCAGCUUGGACACCCCCUUGUCUCCCAUGAGCAAACAGAGUUCUUCCUAUUCUGAUAGAGACACUACUGAAGAGGAGUCUGAAUCCUUGGAUGACAUGGACUUCCUUACAAGGCAAAAGAAAUUGCAAGCUGAAGCCAAAAUGGCCCUUGCCAUGGCCAAACCAAUGGCCAAAAUGCAAGUAGAAGUGGAGAAACAGAACAGGAAAAAGUCUCCCGUCGCUGAUCUUCUGCCACACAUGCCUCAUAUAAGUGAAUGCUUGAUGAAAAGAAGUUUAAAACCCACCGACCUGAGAGACAUGACUAUUGGGCAGCUACAAGUGAUAGUCAAUGAUCUCCAUUCCCAGAUAGAAAGCUUGAAUGAAGAGUUGGUCCAGCUGCUUCUCAUCCGAGAUGAGCUGCACACAGAGCAGGAUGCCAUGCUGGUGGACAUUGAAGACUUGACCAGACAUGCUGAAAGUCAGCAGAAGCACAUGGCAGAGAAAAUGCCUGCAAAGUGAAAAGAAGCCAUUCAACCAGAGAACAAGCUAGAAUUUAUUUUGCUUCUGUGGUUGUAAAAAUGCUGUUGCUAAAGGUGGCGCAGAAACAAAUAUCAGUGUUAGUCAUUGAUAAUGUCUGAAGCUUAAUGUCCAGUGAUUGGCCUUUGCUUCUUAAUUUAUUUUAAUUUUUUACUUGUGCCACUUAAUAUCAGGCAUUUUAAUAAAAUAUUGUUACAAAAAAUGUACAGUACUGACACCACCACAAAUCAUGGUUAAUAAAAGAGAGUAGUUUUAACUUUAUUUUUAUUUGUUUAGAGAUUUUAAGUUGGAACAGUAUUUUCCCAUUGACUACUUUUCAUUCUUCACUGUAGUUUUAAAGAAGAACUGUAAAUGACGGUGCUAUACAAGUCAAAAAAUACAUGCCUGCCUCGUAGUGAAGUUGUAGCUCUCCGUAAUAUGUAUAUUUUACUCAGUUUUCAACAUUUUGUGAAUGUUGACUACCUGAAGUUCCUUUUUAGAUGUGCUAUUAACAUUCUGUUGGAUUCAGAGGGUUCCUUGAAAGUUUUAUGUAUAAAUAUGUAAAAUAAAAAUUAAAACUUUGUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-749.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -789.25
Frequency: 0.0000
Diversity: 497.27
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((.((((....(((..((.(((((...))))).))..))))))).)))((((((((.(((((((.((.((((((((((.(((((((.(((.........)))..(((((((((((....)))(((..((((((((((((.(.((..((((....(..(((..........(((......)))(((.((.((....)).)).)))((((..((((.(..(((..((((.((...((....((((.(((((.((((..((..(((((((((((((.(((((.((.......))))))).))((((.(((((..((((....))))..))))).)))).....))))).))))))))..)))))))))))))))..)).))))..)))....).))))..))))..))).)...)))))).)..)).)))))))))).)))(((.(((((((.......(((........))).((((((((((.((.(((......))).)).)))))..)))))))))))).)))..((((..((.((((((.((((....((((..((...))..)..)))...)))).))))))..))...))))..((((((((((((((((((((((((.........)))).....))).)))))))(((......)))((((((((((.(((((((((((........)))))))...))))(((((....)))))...(((((.(((((((((.((((.....)))).)))))))).)..)).))).))))))))))....))))))))))..((((.(((.((.((((((..((((..((((((.(..((((.((........)).).))).((((...)))).).))))))..))))................)))))).))..))).)))))).))))))..(((.(((...((((((..(((.((((.(((....))))))).)))...(((....))).((((((.(....)))))))......((.((((..(((((....)))))..))))...)).))))))...))).))).))))))))))))....(((.((.(((((.(((((.......((((.((((((.(((((((..(((....))).....)))))))))).....((((......))))........((((...)))).(((((..((((((......))))))....)))))))).))))......))))).))))).)).)))........(((.(((((....((((.((.((((....))))..)).)).))...))))).)))..))))))).))))(((((((((.(((((.(((((((((((.(((((((((((((.(((.(((((..((........)).))))).)))..((((.(((((.(.((((....)))).)))))).)).))(((((((..((((..(.(.((((((((((.(.(((...((((((((((((...)))))....(((...((((.......)))))))..((((.........))))((((((.((((((((.((.....)).)))).)))).))))))........((((.((((....)))))))).......((((((((.....))))))))))))))))))))))))))))).))..)))).)))))))..............(((((......(((((...........)))))......)))))(((((.(((.....)))))))).........((((.......))))........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..))))))).)))))))))...........))))))))).........((.(((((.....))))).))......................)))))).))))).)...)))..))))).((((..........))))...((..(((((((((...)))))))))..))(((((..(((....(((((((.......))).))))..)))))))).)))))))))))..((((((((((....)))))))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((.((((....(((..((.(((((...))))).))..))))))).)))}{((((((.(((((((.((.((((((((({{(((((((.{((,.......,|||.,((({(({(({,..|,|||(((..((((((((((((.(.((..{{((....,{.{,{,....,}},.(((......)))(((.((.((....)).)).)))((((..((((.{..(((..((((.((...,{..{{((((.(((((.((((..{,,,(((((((((((((.(((((,((.......))))))).))((((.(((((..((((....))))..))))).)))).....))))),}))))))}..))))))))).))),,}})}.))))..)))....,.))))..))))..||,.}...)))})).}..)).)))))))))).||}(((.((((((({......(((........))).{(((((((((.((.(((......))).)).)))))..)))))))))))).)))..{{{{..{{.((((((.((((....({{{..((...))..)..}))...)))).))))))..))||||||}..((((((((((((((((((((((((.........}}},...}}))).)))))))(((......)))((((((((((,(((((((((((.......,)))))))...}))}(((((....)))))...{{{({,,((((((((.((((.....)))).)))))))).}..)).))).))))))))))....))))))))))..|||,.||,.((.((((((.{,(((,.....}}}..}||||,|.,.......}}.}.},}.|||{(((({,.{((((((..{....}..)))))))}))))).)))))).))..,,,.}}))})}))))))..,{{.(((..,((((((..|{(,({{{,{((,,,.}||}|}}.|||...(((....))).{(((({.{..,.}}}))}}.....,((.((((..(((((....)))))..))))...}}.)))))).,.,))}))).)))))))))))),...(((,({.{((((.((({{.,.....({((.(({,,({(((((((,.{((....}}}.....))))}})))).....((((......))))........((({...}))).(((((..((((((......))))))....))))),}}.}|||,,,,,.|||}}.}||}}.}}.}}),,.}}..,||,.{||||.,}}|,{{.{{.((((..,,||}}..)),)),)),..}}))).)}}..})))))).))))(((((((((.(((((.((((((((((,,(((({((({{{{{.{((.{{{{{..||,,.....,}}.|||||,|||{,{(((,(((((.(.((((....)))).)))))).},.,,(((((((..((((..(.(.(((((((({{{(.(((...((((((((((((...)))))....,(({..{(((,......}})))))...||}.........,,|{((((((.((({,,(({.({,......))))})))).))))))......,,(((,{((({....)))))))).......((((((((.....))))))))})))))))))))))))))))).})..)))).))))))).,,,{......,,}},,{{,,....(((((...........)))))......}}},((((({,(((.....))))))))).......,({{{.......))))........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..))))))).}}))))))),,,,}}}}}}.}))))}}||{{{{.....}|,|||{{...{{{||||{,...,}..}}},......,,..,.}))))).))))).}.,,)))..))))).{{{{.,.,,,.,,.}))),,,((..(((((((((...)))))))))..)}(((({..(((....(((((((.......))),})))..)))})))).)))))))))}{{{((((((,,{,....,}},,,,,}}......}}}}}}}}}......
Back