Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394286.1
Sequence Length
2128 nt
GC Content
0.5061
AUCCUGUGUCUGAUCCUUGCUGCUGUGCAGCUGCCUGGAGCACUGGAUUGAGGAGUCCCAGGUGGGAUGGGUGCUCGGUGGGAGAGAGCUCUAGAACUGCUAAGCUACACUGCACGGGUGCGGGAGUGGAGAGCGGCAAUGGGAUUACCGAGAGGAUGGGAUGGAUCUAGGCAGUGACGCCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGUUCACAGUCCAACUCCACCAAAGUGACCCCUUGCUCCGAGUGCAAAUCUUCAUCGUCGCCGGGGGGCAGCCUGGACUUGGUGUCUGCCCUGGAGGACUAUGAGGAGCCCUUCCCGGUCUACCAGAAGAAGGUGAUUGAUGAGUGGGCGCCGGAGGAGGACGGGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGACGAGCGCGACCAGCGAGGGUACCGGGAUGACCGCUCUCCGGCCCGGGAACCGGGGGACGUAAGCGCCAGGACCCGCAGCGGCGGCGGCGGGGGCAGGAGCGCCACCACCGCCAUGCCGCCCCCGGUGCCCAACGGCAACCUCCACCAGCACGACCCCCAGGACCUCAGGCACAAUGGCAACGUGGUGGUGGCUGGCCGGCCGAGCUGUUCCCGGGGCCCCCGCCGGGCGAUCCAAAAGCCCCAGCCGGCUGGGGGCCGGCGCAGUGGCCGCGGCCCGGCGGCUGGGGGGCUCUGCCUUCAGCCCCCAGACGGCGGGACGUGCGUCCCCGAAGAGCCCCCGGUGCCACCUAUGGAUUGGGAGGCGCUGGAGAAGCAUCUGGCCGGGCUGCAGUUCCGGGAGCAGGAGGUACGGAACCAGGGCCAGGCGAGGACCAACUCCACCUCCGCACAGAAAAAUGAGAGAGAGUCUAUCAGACAGAAGUUGGCACUUGGAAGCUUCUUUGAUGAUGGCCCAGGAAUUUAUACCAGCUGUAGCAAAAGUGGGAAGCCAAGCCUUUCCUCCCGACUGCAGAGUGGGAUGAACUUGCAGAUAUGCUUUGUCAACGACAGUGGCAGUGAUAAGGACAGUGAUGCUGAUGACAGUAAGACUGAAACCAGCUUGGACACCCCCUUGUCUCCCAUGAGCAAACAGAGUUCUUCCUAUUCUGAUAGAGACACUACUGAAGAGGAGUCUGAAUCCUUGGAUGACAUGGACUUCCUUACAAGGCAAAAGAAAUUGCAAGCUGAAGCCAAAAUGGCCCUUGCCAUGGCCAAACCAAUGGCCAAAAUGCAAGUAGAAGUGGAGAAACAGAACAGGAAAAAGUCUCCCGUCGCUGAUCUUCUGCCACACAUGCCUCAUAUAAGUGAAUGCUUGAUGAAAAGAAGUUUAAAACCCACCGACCUGAGAGACAUGACUAUUGGGCAGCUACAAGUGAUAGUCAAUGAUCUCCAUUCCCAGAUAGAAAGCUUGAAUGAAGAGUUGGUCCAGCUGCUUCUCAUCCGAGAUGAGCUGCACACAGAGCAGGAUGCCAUGCUGGUGGACAUUGAAGACUUGACCAGACAUGCUGAAAGUCAGCAGAAGCACAUGGCAGAGAAAAUGCCUGCAAAGUGAAAAGAAGCCAUUCAACCAGAGAACAAGCUAGAAUUUAUUUUGCUUCUGUGGUUGUAAAAAUGCUGUUGCUAAAGGUGGCGCAGAAACAAAUAUCAGUGUUAGUCAUUGAUAAUGUCUGAAGCUUAAUGUCCAGUGAUUGGCCUUUGCUUCUUAAUUUAUUUUAAUUUUUUACUUGUGCCACUUAAUAUCAGGCAUUUUAAUAAAAUAUUGUUACAAAAAAUGUACAGUACUGACACCACCACAAAUCAUGGUUAAUAAAAGAGAGUAGUUUUAACUUUAUUUUUAUUUGUUUAGAGAUUUUAAGUUGGAACAGUAUUUUCCCAUUGACUACUUUUCAUUCUUCACUGUAGUUUUAAAGAAGAACUGUAAAUGACGGUGCUAUACAAGUCAAAAAAUACAUGCCUGCCUCGUAGUGAAGUUGUAGCUCUCCGUAAUAUGUAUAUUUUACUCAGUUUUCAACAUUUUGUGAAUGUUGACUACCUGAAGUUCCUUUUUAGAUGUGCUAUUAACAUUCUGUUGGAUUCAGAGGGUUCCUUGAAAGUUUUAUGUAUAAAUAUGUAAAAUAAAAAUUAAAACUUUGUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-745.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -786.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 666.10
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((.((((..(((((((((((((((.((((((.((.((((((....((...((((((.............(((((((((((....))))....(((((...((((.(((((....)))))..))))..))))).........)))))))....))))))...))....))))).).)))))))).))).))))))))).(((((..((((.(..(((..((((.((...((....((((.(((((.((((..((..(((((((((((((.(((((.((.......))))))).))((((.(((((..((((....))))..))))).)))).....))))).))))))))..)))))))))))))))..)).))))..)))....).))))..)))))........((((((((((.....((.(((((((........))))))).))...(((........))).((((((((((.((.(((......))).)).)))))..))))).))))))))))..((((.....((((((.((((....((((..((...))..)..)))...)))).))))))...))))(((...((((((((((((((((((((((((.........)))).....))).)))))))(((......)))((((((((((.(((((((((((........)))))))...))))(((((....)))))...(((((.(((((((((.((((.....)))).)))))))).)..)).))).))))))))))....))))))))))..)))..)))....))))))))((((((((..(((....((((.((((((....(((.(((((.((((((...(((((((..(....)..)))))))....))))))((((........(((.....))).......)))).........))))))))....(((((((((((((.(((((((((....))).((((((.(....)))))))......((.((((..(((((....)))))..))))...)).(((((((((......))))).....)))).....)))))).)))))))))).)))((.(((..(((((((((((.((........(((.(((...((((((.((((.(((((...(((((((((.(.((((((((...)))).(((((..((((((......))))))....))))).....((((((((.(((.((.(((.......))).))..)))...)))).)))).......((((.(((((....)))))))))....((((((..........((..((.((((((((((((((..((........))))))))).))).)))))).)).........))))))(((((((((((.(((((((((.(.((((....)))).))))))......(((((((..((((..(.(.((((((((((.(.(((...((((((((((((...)))))....(((...((((.......)))))))..((((.........))))((((((.((((((((.((.....)).)))).)))).))))))........((((.((((....)))))))).......((((((((.....))))))))))))))))))))))))))))).))..)))).)))))))..............(((((......(((((...........)))))......)))))(((((.(((.....)))))))).........((((.......))))........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..))))))).....))))))))))))))))))))))))))))).....((.(((((.....))))).)).......................))))).)))).))))))...).)))))((((..........))))(((((..(((((((((...)))))))))..).)))))))))))))))))..))))).......))))))))))....))))).))))))(((((((((........................)))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{((,{(((,,,,(((,{(((((({{{{,||{{{{.||}||||{|,,,,(({,,({(((({{{.{{.{{{{{{((({{{{{{{{,,,|||}|,...{{{||..{(({(,((((,....}))||,.}|||{{|||||{{.{,{{..||||.,..,,.|||},}...))..{{|,}}}.,}))|||,||.||..},)),)),)}|((((..((((.{..(((..((((.((...{{..,{((((.(((((.((((..{,,,(((((((((((((.(((((,((.......))))))).))((((.(((((..((((....))))..))))).)))).....))))),}))))))}..))))))))),))),,,})).))))..)))....}.))))..))))}.||.,|,.{|||,||{|{.,},|}||||,|||{|||(((.{(((((({......(((........))).{(((((((((.((.(((......))).)).)))))..)))))))))))).)))..,{{|..||.((((((.((((....({{{..((...))..)..}))...)))).))))))..))}}})||),,|{||||||||{{|||{((((((((.........)}}},.,||}}}.)))))))(((......))){((((((({{|||||(((((((..,,,.,,})))}}}.,,,)))(((((....)))))...|||||||((((((((.((((.....)))).)))))))).|,,||.}||,})}))))))},,..}|||||||||..((({.|{{.((.((((({.{{((({.....|}}..}||{|,|,,,......}}.|.},}.|||{(((({,.{((((((..{....}..)))))))}))))).)))))).))..,},.}})).,}))),}}...,|.(((,,{{,,,||}}}}|}||||}||||||||(({({|,(({({{(((....))).,((((,.,,,,.|||||||....,{((.((((,,(((((....}}}}}..))))...,),))}}||,,..,,,}})}))}},},,)))),...{{{,||,{({({,{{{{{.,.....((({.(({,,({(((((((,.{((....}},,....))))}})))}.,.,,((({......})))........((({...}))).(((((..((((((......))))))....))))),}}.}|||,,,,..}}}}}.}}}}}.,}.}}),,.}}},))}.,|||)},)}}}.,,.{{.((((.,{{||,,..))}))}))}..,,)))}))}...)))))}.}}}|{,((((((({((((({{,({,,,,,,..||||}|||}||||.}||}||{{{..||.......,}},|||||,||||||||{||||{{||.|(((....}})).}))||)|||.,,(((((((..((((..(.(.((((((((,,,(.(((...((((({((((((...))))),...{(({..{(((,......}})))))...|||.........,,{,((((((.((({,,(({.({,......))))})))).))))))....,,||(((,,({(,..,,|}))|||}.......((((((((.....)))))))),))))))|))|))}))))))).,}..)))).}))))))},,{{......,,}}.,,,,....,|||||,,,........))))),,,...,,,.((((({,(((.....))))))))).......,{{{,.......}))}........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..)))))))..}}})))))}}}}}}}}}|,||}}||||||{{|.....}}}||||{...{{||}||{,,..,}..}}},.......,...,}))))),)))))}}.,,))),})))))}|{{{,{.{{{,,,,|}||{{{((..(((((((((...)))))))))..),|||||},,{,....{||||||},,,,,.}}},,}})..)))}))))}))))}}}}},{{{((((((,,{,....,}}}}},,}}......}}}}}}}}}......
Back