Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394288.1
Sequence Length
2124 nt
GC Content
0.5085
GUAUGAAAAGUGUGCGCGCUGGUGGCUGGGCACCCCUUUGCUAAUUUGAGGGUUAGUUACCGGCAGGAAGUCUGGUUGUGCGAGAGGAAAGGCGGGCAGGAGGGAAGCCUCAGGCUGGUGCUGGCUCCCGCCCCCAGGCCUCCUUGGGGGACGCACCUCUGACCCAGCGGGCGCAGGGAUUACCGAGAGGAUGGGAUGGAUCUAGGCAGUGACGCCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGUUCACAGUCCAACUCCACCAAAGUGACCCCUUGCUCCGAGUGCAAAUCUUCAUCGUCGCCGGGGGGCAGCCUGGACUUGGUGUCUGCCCUGGAGGACUAUGAGGAGCCCUUCCCGGUCUACCAGAAGAAGGUGAUUGAUGAGUGGGCGCCGGAGGAGGACGGGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGACGAGCGCGACCAGCGAGGGUACCGGGAUGACCGCUCUCCGGCCCGGGAACCGGGGGACGUAAGCGCCAGGACCCGCAGCGGCGGCGGCGGGGGCAGGAGCGCCACCACCGCCAUGCCGCCCCCGGUGCCCAACGGCAACCUCCACCAGCACGACCCCCAGGACCUCAGGCACAAUGGCAACGUGGUGGUGGCUGGCCGGCCGAGCUGUUCCCGGGGCCCCCGCCGGGCGAUCCAAAAGCCCCAGCCGGCUGGGGGCCGGCGCAGUGGCCGCGGCCCGGCGGCUGGGGGGCUCUGCCUUCAGCCCCCAGACGGCGGGACGUGCGUCCCCGAAGAGCCCCCGGUGCCACCUAUGGAUUGGGAGGCGCUGGAGAAGCAUCUGGCCGGGCUGCAGUUCCGGGAGCAGGAGGCACAGAAAAAUGAGAGAGAGUCUAUCAGACAGAAGUUGGCACUUGGAAGCUUCUUUGAUGAUGGCCCAGGAAUUUAUACCAGCUGUAGCAAAAGUGGGAAGCCAAGCCUUUCCUCCCGACUGCAGAGUGGGAUGAACUUGCAGAUAUGCUUUGUCAACGACAGUGGCAGUGAUAAGGACAGUGAUGCUGAUGACAGUAAGACUGAAACCAGCUUGGACACCCCCUUGUCUCCCAUGAGCAAACAGAGUUCUUCCUAUUCUGAUAGAGACACUACUGAAGAGGAGUCUGAAUCCUUGGAUGACAUGGACUUCCUUACAAGGCAAAAGAAAUUGCAAGCUGAAGCCAAAAUGGCCCUUGCCAUGGCCAAACCAAUGGCCAAAAUGCAAGUAGAAGUGGAGAAACAGAACAGGAAAAAGUCUCCCGUCGCUGAUCUUCUGCCACACAUGCCUCAUAUAAGUGAAUGCUUGAUGAAAAGAAGUUUAAAACCCACCGACCUGAGAGACAUGACUAUUGGGCAGCUACAAGUGAUAGUCAAUGAUCUCCAUUCCCAGAUAGAAAGCUUGAAUGAAGAGUUGGUCCAGCUGCUUCUCAUCCGAGAUGAGCUGCACACAGAGCAGGAUGCCAUGCUGGUGGACAUUGAAGACUUGACCAGACAUGCUGAAAGUCAGCAGAAGCACAUGGCAGAGAAAAUGCCUGCAAAGUGAAAAGAAGCCAUUCAACCAGAGAACAAGCUAGAAUUUAUUUUGCUUCUGUGGUUGUAAAAAUGCUGUUGCUAAAGGUGGCGCAGAAACAAAUAUCAGUGUUAGUCAUUGAUAAUGUCUGAAGCUUAAUGUCCAGUGAUUGGCCUUUGCUUCUUAAUUUAUUUUAAUUUUUUACUUGUGCCACUUAAUAUCAGGCAUUUUAAUAAAAUAUUGUUACAAAAAAUGUACAGUACUGACACCACCACAAAUCAUGGUUAAUAAAAGAGAGUAGUUUUAACUUUAUUUUUAUUUGUUUAGAGAUUUUAAGUUGGAACAGUAUUUUCCCAUUGACUACUUUUCAUUCUUCACUGUAGUUUUAAAGAAGAACUGUAAAUGACGGUGCUAUACAAGUCAAAAAAUACAUGCCUGCCUCGUAGUGAAGUUGUAGCUCUCCGUAAUAUGUAUAUUUUACUCAGUUUUCAACAUUUUGUGAAUGUUGACUACCUGAAGUUCCUUUUUAGAUGUGCUAUUAACAUUCUGUUGGAUUCAGAGGGUUCCUUGAAAGUUUUAUGUAUAAAUAUGUAAAAUAAAAAUUAAAACUUUGUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-757.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -796.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 492.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((...(((((.((((((((((((((....(((((.........)))))))))))))))))(((((((((.(((((.(((((((((((((((((.((((((.(.((((..(((((((((.(((((((((((((((....)))))))).))..(((((..(((...((((((.((.....))....((.((((.((((.((..(.(.((.(((.(((.((.((....)).)).)))))).)).).)..)))))).).)))))...))).)))(((.(((((.((((..((..(((((((((((((.(((((.((.......))))))).))((((.(((((..((((....))))..))))).)))).....))))).))))))))..))))))))).)))..)))..))))).......))))..).)))...)))))))))).)..(((.....))))))))).))))(((.(((((((.......(((........))).((((((((((.((.(((......))).)).)))))..)))))))))))).)))..((((.....((((((.((((....((((..((...))..)..)))...)))).))))))...))))(((...((((((((((((((((((((((((.........)))).....))).)))))))(((......)))((((((((((.(((((((((((........)))))))...))))(((((....)))))...(((((.(((((((((.((((.....)))).)))))))).)..)).))).))))))))))....))))))))))..)))..................((((...)))).....(((((.(((((..(((((......)).))))))))........((.(((........))).))..)))))))))))))))....(((((((((((((.(((((((((....))).((((((.(....)))))))......((.((((..(((((....)))))..))))...)).(((((((((......))))).....)))).....)))))).)))))))))).)))((((.((........)).))))......))).)))))..)))))))))......((((......))))........((((...)))).(((((..((((((......))))))....))))).......(((((..(((.((.(((.......))).))..))).))))).))))))).....))))))((((....))))..(((((.(((((((..(((((........(((((((((.(((((.(((((((((((.(((((((((((((.(((.(((((..((........)).))))).)))..((((.(((((.(.((((....)))).)))))).)).))(((((((..((((..(.(.((((((((((.(.(((...((((((((((((...)))))....(((...((((.......)))))))..((((.........))))((((((.((((((((.((.....)).)))).)))).))))))........((((.((((....)))))))).......((((((((.....))))))))))))))))))))))))))))).))..)))).)))))))..............(((((......(((((...........)))))......)))))(((((.(((.....)))))))).........((((.......))))........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..))))))).)))))))))...........))))))))).........((.(((((.....))))).))......................)))))).))))).)...)))..))))).((((..........))))...((..(((((((((...)))))))))..))(((((..(((....(((((((.......))).))))..)))))))).)))))........((((((((((....))))))))))........))))))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((...(((((.{{((((((((((((....(((((.........)))))))))))))))))(((((((((,(((((.(({((((((((((,(((.,((((,...||||..(((({(((({(((((({((((((((....)))))))).||{.((((({.(((.|,||||||.|||.,,.||.,,.||.||||.{{{{||,.{{{..,{.,||}|||,{|.{|.,,.}}.)).))||||{,.{|{|.|.,||{..{{||,||...||,.|||(((.(((((.((((..,,,,(((((((((((((.(((((,((.......))))))).))((((.(((((..((((....))))..))))).)))).....))))),}))))))}..))))))))).)))..))),.)))),.)),...,}.)))).,)))}},}}}}},.||{{{{((({....||||||||||}}}|(((.,(||({{|.,....{{(........))).((((((((((.((.(((......))).)).)))))..)))))}))))))})))..((((.....((((((.((((....({{{..((...))..)..}))...)))).))))))...))))(((...((((((((((((((((((((((((.........}}},...,}))).)))))))(((......)))((((((((((,(((((((((((........)))))))...})}}(((((....)))))...{({((,,((((((((.((((.....)))).)))))))).}..)).))).))))))))))....))))))))))..))).,,......,,.......{|({((((,,.{((((((..{....|..})))))}.,..)))}))||||||........{|.|{|,,......,,)}),..)))..))))))))))....(((((((((((((.(((((({{,....|||{(((((,.{....}}})}}|.{{{{{((.((((..(((((....)))))..))))...|},||,|||,||...}}})))),.....)))),....)))))).)))))))))).)))((((.{{.,.....|)|.)))}.....}))).))))).,)))))))))......((({......})))........((({...}))).(((((..((((((......))))))....))))).....,,(((((..(((.{{.(((.......))).})..))).}))))}))))))),)...)))))){(({....)))}..{((({.(((((((..(((((......,{(((((({((,(((((,((({(((((({{(((((((((((((.{((.{{{{{..||,,.....,}}.|||||.|||{,{(((.(((((.(.((((....)))).)))))).}}.,,(((((((..((((..(.(.(((((((({{{(.(((...((((((((((((...)))))....,(({..{(((,......}})))))...||}.........,,|{((((((.((({,,(({.({,......))))})))).))))))......,,(((,{((({....)))))))).......((((((((.....))))))))})))))))))))))))))))).))..)))).))))))).,,{{......,,}},,{,,,....(((((...........)))))......}}},((((({,(((.....))))))))).......,({{{.......))))........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..))))))).)))))))))....})}},|,|||||||||{(({.....}}}}}||,...{{({|{{{{....}..}|,,.......,..,.,}))}).)))))}),},)))}}))})),||||}}.||,.,,.}),)||||{..(((((((((...)))))))))..,,(((({..(((....(((((((.......)))}})))..)))})))).)))))........((((((((((....))))))))))........))))))).})))}
Back