Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001394291.1

Sequence Length

2142 nt

GC Content

0.5009

AUCCUGUGUCUGAUCCUUGCUGCUGUGCAGGGCUGGCAAAUAGAUUUUUAACUUGUCUGUCAACUCCAAUUCAUUGGCAGCAGCUGCCUGGAGCACUGGAUUGAGGAGUCCCAGGUGGGAUGGGUGCUCGGUGGGAGAGAGCUCUAGAACUGCUAAGCUACACUGCACGGGUGCGGGAGUGGAGAGCGGCAAUGGGAUUACCGAGAGGAUGGGAUGGAUCUAGGCAGUGACGCCGGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCCGCGCCAGUUCACAGUCCAACUCCACCAAAGUGACCCCUUGCUCCGAGUGCAAAUCUUCAUCGUCGCCGGGGGGCAGCCUGGACUUGGUGUCUGCCCUGGAGGACUAUGAGGAGCCCUUCCCGGUCUACCAGAAGAAGGUGAUUGAUGAGUGGGCGCCGGAGGAGGACGGGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGACGAGCGCGACCAGCGAGGGUACCGGGAUGACCGCUCUCCGGCCCGGGAACCGGGGGACGUAAGCGCCAGGACCCGCAGCGGCGGCGGCGGGGGCAGGAGCGCCACCACCGCCAUGCCGCCCCCGGUGCCCAACGGCAACCUCCACCAGCACGACCCCCAGGACCUCAGGCACAAUGGCAACGUGGUGGUGGCUGGCCGGCCGAGCUGUUCCCGGGGCCCCCGCCGGGCGAUCCAAAAGCCCCAGCCGGCUGGGGGCCGGCGCAGUGGCCGCGGCCCGGCGGCUGGGGGGCUCUGCCUUCAGCCCCCAGACGGCGGGACGUGCGUCCCCGAAGAGCCCCCGGUGCCACCUAUGGAUUGGGAGGCGCUGGAGAAGCAUCUGGCCGGGCUGCAGUUCCGGGAGCAGGAGGCACAGAAAAAUGAGAGAGAGUCUAUCAGACAGAAGUUGGCACUUGGAAGCUUCUUUGAUGAUGGCCCAGGAAUUUAUACCAGCUGUAGCAAAAGUGGGAAGCCAAGCCUUUCCUCCCGACUGCAGAGUGGGAUGAACUUGCAGAUAUGCUUUGUCAACGACAGUGGCAGUGAUAAGGACAGUGAUGCUGAUGACAGUAAGACUGAAACCAGCUUGGACACCCCCUUGUCUCCCAUGAGCAAACAGAGUUCUUCCUAUUCUGAUAGAGACACUACUGAAGAGGAGUCUGAAUCCUUGGAUGACAUGGACUUCCUUACAAGGCAAAAGAAAUUGCAAGCUGAAGCCAAAAUGGCCCUUGCCAUGGCCAAACCAAUGGCCAAAAUGCAAGUAGAAGUGGAGAAACAGAACAGGAAAAAGUCUCCCGUCGCUGAUCUUCUGCCACACAUGCCUCAUAUAAGUGAAUGCUUGAUGAAAAGAAGUUUAAAACCCACCGACCUGAGAGACAUGACUAUUGGGCAGCUACAAGUGAUAGUCAAUGAUCUCCAUUCCCAGAUAGAAAGCUUGAAUGAAGAGUUGGUCCAGCUGCUUCUCAUCCGAGAUGAGCUGCACACAGAGCAGGAUGCCAUGCUGGUGGACAUUGAAGACUUGACCAGACAUGCUGAAAGUCAGCAGAAGCACAUGGCAGAGAAAAUGCCUGCAAAGUGAAAAGAAGCCAUUCAACCAGAGAACAAGCUAGAAUUUAUUUUGCUUCUGUGGUUGUAAAAAUGCUGUUGCUAAAGGUGGCGCAGAAACAAAUAUCAGUGUUAGUCAUUGAUAAUGUCUGAAGCUUAAUGUCCAGUGAUUGGCCUUUGCUUCUUAAUUUAUUUUAAUUUUUUACUUGUGCCACUUAAUAUCAGGCAUUUUAAUAAAAUAUUGUUACAAAAAAUGUACAGUACUGACACCACCACAAAUCAUGGUUAAUAAAAGAGAGUAGUUUUAACUUUAUUUUUAUUUGUUUAGAGAUUUUAAGUUGGAACAGUAUUUUCCCAUUGACUACUUUUCAUUCUUCACUGUAGUUUUAAAGAAGAACUGUAAAUGACGGUGCUAUACAAGUCAAAAAAUACAUGCCUGCCUCGUAGUGAAGUUGUAGCUCUCCGUAAUAUGUAUAUUUUACUCAGUUUUCAACAUUUUGUGAAUGUUGACUACCUGAAGUUCCUUUUUAGAUGUGCUAUUAACAUUCUGUUGGAUUCAGAGGGUUCCUUGAAAGUUUUAUGUAUAAAUAUGUAAAAUAAAAAUUAAAACUUUGUUUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-744.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -785.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 664.19

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((.((((....(((..((((((((...(((.(((...((((((.........)))))).....))).)))....)))))))).....))))))).)))((((((((.(((((((.((.((((((((((.(((((((.(((.........)))..(((((...(((....)))(((..((((((((((((.(.((..((((....(..(((..........(((......)))(((.((.((....)).)).)))((((..((((.(..(((..((((.((...((....((((.(((((.((((..((..(((((((((((((.(((((.((.......))))))).))((((.(((((..((((....))))..))))).)))).....))))).))))))))..)))))))))))))))..)).))))..)))....).))))..))))..))).)...)))))).)..)).)))))))))).)))(((.(((((((.......(((........))).((((((((((.((.(((......))).)).)))))..)))))))))))).)))..((((.....((((((.((((....((((..((...))..)..)))...)))).))))))...))))(((...((((((((((((((((((((((((.........)))).....))).)))))))(((......)))((((((((((.(((((((((((........)))))))...))))(((((....)))))...(((((.(((((((((.((((.....)))).)))))))).)..)).))).))))))))))....))))))))))..)))..................((((...))))...((((((..(((((..(((((......)).))))))))........)))))))))))..(((.(((...((((((..(((.((((.(((....))))))).)))...(((....))).((((((.(....)))))))......((.((((..(((((....)))))..))))...)).))))))...))).))).))))))))))))....(((.((.(((((.(((((.......((((.((((((.(((((((..(((....))).....)))))))))).....((((......))))........((((...)))).(((((..((((((......))))))....)))))))).))))......))))).))))).)).)))........(((.(((((....((((.((.((((....))))..)).)).))...))))).)))..))))))).))))(((((((((.(((((.(((((((((((.(((((((((((((.(((.(((((..((........)).))))).)))..((((.(((((.(.((((....)))).)))))).)).))(((((((..((((..(.(.((((((((((.(.(((...((((((((((((...)))))....(((...((((.......)))))))..((((.........))))((((((.((((((((.((.....)).)))).)))).))))))........((((.((((....)))))))).......((((((((.....))))))))))))))))))))))))))))).))..)))).)))))))..............(((((......(((((...........)))))......)))))(((((.(((.....)))))))).........((((.......))))........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..))))))).)))))))))...........))))))))).........((.(((((.....))))).))......................)))))).))))).)...)))..))))).((((..........))))...((..(((((((((...)))))))))..))(((((..(((....(((((((.......))).))))..)))))))).)))))))))))..((((((((((....)))))))))).....................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,,((((((((..,,{,{(({{((((((,{{((((((,.,{({{{........,|}||||{,.,,{{,.....}}|||||},||{{{{{|{||{|{{,|,{{.,{{{({((({{{{||,.{{({|{{((,,,,{,{||}|||}}},...,||||..|({{(,{{{{|,,,.,))))|.,|||{{|||||{{.|,|||||,||..|,,,.|{|}.||.,}}},|||,},...)))|||.{|.||,.,,)),)).}}|((((..((((.{..(((..((((.((...,{..{{((((.(((((.((((..{,,,(((((((((((((.(((((,((.......))))))).))((((.(((((..((((....))))..))))).)))).....))))),}))))))}..))))))))).))),,}})}.))))..)))....,.))))..)))),.,,.||,.((({{{((({..,.||||||}|||||||(((.,({{({({......(((........))).((((((((((.((.(((......))).)).)))))..)))))}))))))})))..{(({..||.((((((.((((....({{{..((...))..)..}))...)))).))))))..))}}}}||}..(((((((((((((((((((((({{.........}}||..,||))).)))))))(((......)))((((((((((,(((((((((((...,,.,,))))}}}.,.}))}(((((....)))))...{{||||,((((((((.((((.....)))).)))))))).}..}}.))}.))))))))))....)))))))))).|))),|},.....|{{{{.,{,({{{((((,,.(((((((..{....|..})))))}.,..}))}))}}}|{{........|},|||||||,...,|,(({,,{|,,,||}}}}|)||||,,|||||||(((((|,(((((((((....))).,((((..,,,,,|||||||.,.,,{((.((((,,(((((....}}}}}..))))...,)}}}}}||,|,...,}})}))}},,,,)))),...,||}||,{||||,|||||.,,,...((({.(({,,({(((((((,.,{{...,||,,,...})}|||}}}|.,.,,((({......})))....,,..((({...}))).(((((..((((((......))))))....))))),,}.}|||,,,,..|||}}.}||},.,,.}})},.}}},))).,|}})),)))).,,.{{.((((.,{{||,,..))}))}))}..,,)))}}}}...})))),.}},|{,(((((((((((((({,{{.,,,.,..|||})))))||}}.})))||,,|..,|.,.....}}},(((((((((({{((({(((((.(.{(((....)))).)))))),,,..,(((((((..((((..(.(.(((((((({{{(.(((...((((((((((((...))))),...,(({..{(((,......}})))))...|||.........,,|{((((((.((({,,(({.({,......))))})))).))))))......,,(((,{((({....)))))))).......((((((((.....))))))))})))))))))))))))))))).})..)))).))))))),,,,,......,,}},,{{,,....(((((...........)))))......}}},((((({,(((.....))))))))).......,({{,.......))))........(((((((((((((((((.(((((((......)))))))...))))))))))..)))))))..,,,))))))))))))))).}}}}||||||{{|.....}}}||||{...{{||}||{,...,}..}}},.......,.,.,}))))),))))},},)})}}.})))))}|{{{,,.{{,.,,.}}}}{((({..(((((((((...)))))))))..),|))}|},|||....|||||||}},,...}}},}}}),,)))}}))}}}}}},}}}},|,,((((((((({....}}))))}})).......,,,))))).}}}}.