Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394303.1
Sequence Length
3579 nt
GC Content
0.5404
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCGGGGGAGGGGCCGGGGGAGCCCCCGCCCCGCCCCCCGCCUCAGCCGCCACCGCCAGCUCGGUGGAGCCCCCCGCCGCCCGCCCGCCGCUCUCCCGAGCCGCCCGCCCGCCCCCUUCCCGCGUCUCCGCUCCCUCCCUGCGCAGCGGAAACAUGGCGGCGGGAAGAGAGUGAGCCGCCCCGCGCCCCCGCCGCGCCCUCAGAUGGAGAAAUUAGCAUACAAAGAAACUGACUUGUCAGAAGUCAGAGCAAGGUAUUGGUGGAUCCAGGGAUAAAUCCCAAACUUCUUAACCCCUAGACCGGUUUUUAGUCCAUUGACUAUGCAGCCUAAUGUGAUAGACUGGAGUGAUGUUAGAAAACACAAAUAUGGUCACCUAUCAGAGUCUGCAUCCCAAUAUCAAGAAGCUGCUGACAUCCUGGAUCUAGGGUUGUAAAGAAGAUUACAUGAGCUAAUGGAUGUGAAAACAUCUUAAAAACUCUCAAAUACUUUUCAACUUUGGAGGAUUAUUAUGAUUUUCAUUCUGUUCAGCGGCUAUACUCAGACUUUACUCUAAAAGUCAAAUCUUCUGACAUUCUUUGAAGUGAAGCAUUCUAUGAAUGUGAGCUGAAGAAAUGAAUGAAAUGAAAUAAUGCAGGUCAUUUUACCUGGGACAAAUACCUAAAAGAAACAUGUUCAGUCCCAGCGCCUGUCCAUUGCUUCAAGCAGUCCUACACACCUCCAAGCAACGAGUUCAAGAUCAGUAUGAAAUUGGAAGCACAGGACCCCAGGAACACCACAUCCACCUGUAUUGCCACAGUAGUUGGACUGACAGGUGCCCGCCUUCGCCUGCGCCUUGAUGGGAGCGACAACAAAAAUGACUUCUGGCGGCUGGUUGACUCAGCUGAAAUCCAGCCUAUUGGGAACUGUGAAAAGAAUGGGGGUAUGCUACAGCCACCUCUUGGAUUUCGGCUGAAUGCGUCUUCUUGGCCCAUGUUCCUUUUGAAGACGCUAAAUGGAGCAGAGAUGGCUCCCAUCAGGAUUUUCCACAAGGAGCCACCAUCGCCUUCCCACAACUUCUUCAAAAUGGGAAUGAAGCUAGAAGCUGUGGACAGGAAGAACCCUCAUUUCAUUUGCCCAGCCACUAUUGGGGAGGUUCGGGGCUCAGAGGUGCUUGUCACUUUUGAUGGGUGGCGAGGGGCCUUUGACUACUGGUGCCGCUUCGACUCCCGAGACAUCUUCCCUGUGGGCUGGUGUUCCUUGACUGGAGACAACCUGCAGCCUCCUGGCACCAAAGUUGUGAUUCCAAAGAAUCCCUAUCCUGCCUCCGAUGUGAAUACUGAGAAGCCCAGCAUCCACAGCAGCACCAAAACUGUCUUGGAACAUCAACCAGGGCAGAGGGGGCGUAAACCAGGAAAGAAGCGGGGCCGGACACCCAAGACCCUAAUUUCCCAUCCCAUCUCUGCCCCAUCCAAGACAGCUGAACCUUUGAAAUUCCCAAAGAAGAGAGGUCCCAAACCUGGCAGCAAGAGGAAACCUCGGACUUUGCUGAACCCACCACCUGCCUCACCAACAACCAGCACUCCUGAACCGGAUACCAGCACUGUACCCCAGGAUGCUGCCACCAUCCCCAGCUCAGCCAUGCAGGCCCCAACAGUUUGUAUCUACUUGAACAAGAAUGGCAGCACAGGCCCCCACUUAGAUAAGAAGAAGGUCCAGCAACUCCCUGACCAUUUUGGACCAGCCCGUGCCUCUGUGGUGUUGCAGCAGGCUGUCCAGGCCUGUAUCGACUGUGCUUAUCACCAGAAAACCGUCUUCAGCUUCCUCAAGCAAGGCCAUGGUGGUGAGGUUAUCUCAGCCGUGUUUGACCGGGAACAGCAUACCCUCAACCUCCCAGCAGUCAACAGCAUCACCUACGUCCUCCGCUUCCUGGAGAAACUCUGCCACAACCUUCGUAGUGACAAUCUGUUUGGCAACCAGCCCUUUACACAGACUCACUUGUCACUCACUGCCAUAGAGUACAGCCACAGCCACGACAGGUACCUACCAGGUGAAACCUUUGUCCUGGGGAAUAGUCUGGCCCGCUCCUUGGAACCACACUCAGACUCAAUGGACUCUGCCUCAAAUCCCACCAACCUUGUCAGCACCUCCCAAAGGCACCGGCCCUUGCUUUCAUCCUGUGGCCUCCCACCAAGCACUGCCUCAGCUGUGCGCAGGCUAUGCUCCAGGGGAGUGUUAAAAGGAUCAAAUGAAAGAAGGGAUAUGGAAUCAUUUUGGAAACUAAAUCGUUCCCCAGGGUCGGACCGAUACCUGGAGAGCCGCGAUGCCUCUCGACUGAGUGGCCGGGACCCCUCCUCAUGGACAGUCGAGGAUGUGAUGCAGUUUGUCCGGGAAGCUGAUCCUCAGCUUGGACCCCACGCUGACCUGUUUCGCAAACACGAGAUCGAUGGCAAGGCCCUGCUGCUGCUGCGCAGUGACAUGAUGAUGAAGUACAUGGGCCUGAAGCUGGGGCCUGCACUCAAGCUCUCCUACCACAUUGACCGGCUGAAGCAGGGCAAGUUCUGAACCAGGAGAGGCAGCCUAGACAACCAAGUGGCAGCAGGUGGGGGCAUUCUUCUAGGAAUGAGGGGCAUCAGCCCACCCCAGGCACCUCAGUGGGGUUCCGGGCCACCUCAGGACUCCAAGAGGCUGUGUGGAGCCACCACUCCUAGCCACAGCUGCCAUGAUAAGUCCUUCCAUGAAGGACUGAGGAGGGAGAGUGGGGGUCCAGGGCUGGUGCUGCUCUUCCCUCAGCUCUGCCGGGGCUCUAAGGUCCCUCUAUUUAUUUCUCAACCCUGGCUGGCCUCUCACCAGGAGUUUAGGCUGAAUGCCUUCCACGUGAUGGAGGAAAAGGCCAACUCUGUCCUGGUCUUGCUGUGGCACCCCAUCGCCCCACAGCUCGUACCUUCUCACCAGAUUCCCCUGAAUCCAAACUCGUGGUGCAAACCUCUACCUUUUUUACAAAAAGAUCUUAUUGUUAAUUUAUUGUUUCUGGCACUUGGGCAAACCCUGUAGUUAAUACUCCUCCCACACUAGACACUGGGUUUCAGGAGGAGGGAGACUGCCCUGCUUUGGUCCCAGAGAGGCCCUCUGCAGAUAGGCGUGGCCCCUCUUCAGAGGACACUACCCUAGGGCACUUUCUCUUUGAGGUGGAGAGACCCAUAAAGCCUUGACCACAUCACUCCAUAUGGGGAGGAGAAGGAUCCCUGUCACCUUCUCCUCUCUUCACGGGGCCCUUUUGCAGCCCUAGGCCUCAUCUGUGGGAAGGGAGUCCCUGGCUUAUACUGCCCCCACCACAGCUCCUUGCCCUGGCCAGAACUGCUGUCGAAGAAAAUCAGGCCGGAAGGCCAAGAAGGCGCUAAGGGGGAUGGGAGGGCAGGUUUUCCAGGCUGGAGUCGGUUCCACCCACUCGCCUGUCCACAGGCUUCCUUGUAAGCAAGUCAGCAGCACAGCUACUCACGCUGCCAUCUGGACUUAUUUUAUGUCAAUCUGUUUAUAAAUAAAAACCAAUAUAGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1283.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1345.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 1015.39
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.....(((((.((((.((..((((((...((((((((((.(((((.(((((.((((....))))))))).)))))))))))..))))..(((((.....))))).....(((((((((.((..((.((((....)))).))..)).(((.........)))..((((((.((.....).).)))))).....)))))))))..))).))).)))))).)).)))...)))))))...(((((((((......((.(((((.(((.(((((((.....))))))).(((((((..((((((.....((((....))))...((((((.(((((((((((((....(((((....))))).(((((......(((((...(((...(((((.(((...........((((.....))))...))))))))))).)))))....))))).......)))).)))))))..)).)))))).......(((.....((((((....))))))......))).................(((((((...(((((...((((((((..(((..(((((.......((((((......))))))..........((((((...(((........)))...)))))).)))))..)))..))))))))....)))))((((((........(((((((........................))))))).))))))..((((((...))))))........)))))))(((..(((((((.....(((.(((...(((...((.((((((((((((.((.......((((((((.((((...((.(((((.(((((((((((..((....))..))))))..((((.((.((..((((...(((..((((..(((((((((.((((((((.....))))....)))).(((((....((..((((((((((((....((.(((((((...((((((((...((((((((..((........))....))))))))...((((.((((((((((.(((.....)))...(((....)))(((.((...(((((((((...(((((((.......))).)))).(((..((((.((.((((..(((.......))).))))))))))..))).)))))))))..)))))((((((((.((((((((((.....))))))))))..))))))))...(((((.(((((((..(((((((((((((..(((...)))..)))))..))))...))))(((((.((..(((....)))..))..)))))(((((....)))))(((....(((((((..((((.((.(((.......))).)).))))............(((((((((........))))))))).)))))))......)))...))))))).))))).........................)))))))))).))))......)))))))).(((((.......)))))..(..((((.....))))..)..))))))).....((((((...(((((((((((((((.((((..........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))...........(((.((((.(((((((((...(((((((((.......((((((...((((..((((.(((.....(((....))).....(((((((................))))))).))).))))..))))..)))).)))))))))))...))))))))).).))).))).......(((......)))...((((....)))).))))...))))))).)))....)))))...))))))..))....))))))))))))..))....))))).(((((..((((.((((..(((((.....)))))..................))))))))....)))))...))))))))).......)))).))).))))...)).)).))))...)).))).).)))).))....))))..)).)))))).......))))))))))...............))))))...)))...))).)))...))))))))))........))))))))))))).....(((.....)))......(((((.((((((((((.(((((((((....((((..((((..((...))..))))..))))....))))).))))..)))).....)))))))))))....(((((.((((.(....).)))).)))))...((((.((((((((.(((((((((((((....((((((.....((((((((((((((((.((((((((.......(((.((((((((((.((...((((((((((...)))))))...))))).))))..(.((((((......)))))).).(((((((((.((((.((....))))))...((((((......)).))))(((((.......)))))..........((((((.(((.((..(...(((((((((((((((..((((...(((((((((((((((.((..........(((((.((.((((((.(((((....)))))(((.((((((((((((((((.(((.....((((((((((((.((..((((..(....)..))))..)).))))))).)))))....))).((.((.((.(....((((((((...))))))))...).)).))..)))))))...))))))))))).)))..)))))).)))))))((((((....))))))..................)))))).)))))))((((.((((((((((.....)))).....((((.(((((..(((((((.........)))))))(((((((..(......)..))))))).....)))))))))..(((((....))))).)))))).))))............((((((...)))))).......................)))).(((.(((....)))...))).....(((((((....((((...))))......)))))))))))..)))))))))))))))..(((((((((((........(((.((((..((((....))))...)))))))))))).)))))))..)).))))))))).........)))))).))))))))))))....(((((((((((((..........)))))))))))))....((((((..............)))))).)))))))).)))).))))).))))...))).(((((.....(((.(((((((((((((.((....((.....))....)).))))))..)))....)))).)))..)))))..)))))))).))))))))))).....)))))))).))))....(((((....)))))))).))))).)).(((.(((......))))))....)).)))))))(((.........))).((((((..................)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((,,(({{..,((,(({((((.((((((,,{{.,.((((((((((.(((((.(((({,((((....))))))))).)))))))))))..)))),,((({,....}))))).(({{(.((((((({{,..((.((((....)))).))..||.(((.{.{{{{(((((({((((((.{{.....).).)))))).....)))))))))}}),).))).)),|||{||.|||.,,|||||,,...(((({{({{,.,{{{{{,{{{.......(((((((.....))))))).....,||||(((.,,..}},((((....))))...((((((.(((((((((((((....(((((....))))).(((({.,....(((((,,,(({..,(((({{{{,..,,.,...,,,||},.,})))},.,,}))))))}))}.))))}....))))).,.....)))).)))))))..}}.}))))).,,....{{|,,,,,((((((....))))))......||},{{{{{,,{|{{{,.,|||})}|||,||||.|,,}||||{{||}},,,.}||||,.......((((((......))))))...,{..{{.((((((...(((,,...,,.)))...)))))).))}}),.}}}..||||||||{{{.,,,,,,,{{{{,.,....,(((((((..,.,..............}},..))))))).}(((((((((.(((((.(((.(((({.....,,(({{{.,,{{||,,,.....||.}}.))...))))).}...})))).{{{(({,.,{,.....(((((((....((({....},}))....))))))).,.(({.,,{|{{{(,(((....})).})}...........,....,.))}|||.||,.|,,((((((((((((((,((,...)),..{{......}}...((((((..((....)).})))))))))))))))))))..|.)}|||}}})),,{,{,(((({((((((((.,......(((({.(({.(((((((.....(({...)))....))))))).}.))},}}))|.....,.)))))))),.)))))},..))).))))).}))))))))..,...,,}}}}}}}}}}|,{{(({......,))))|,|||,|||||}(((((((({,,,,,|||||}}}}.)))))))),))}))},,}},....||||||}|||||}.....,||{...,}.,,,||||)))|||)))},.,{{{{{{((({(((((.((..(((....)))..))..)))))(((((....)))))......,,{,}}},|,{(({.|,.(({.,.,,.,)})}))}}}}}))}),,,,,...((((((((((..........((((((((((((.,.......(((((..,,.(({,..((....))..,.))))..)))))..,))).}))))))))..)))))))))),}}...(((((.......)))))|{|{||((({{......(((((((,,((((...)))).{,,,||||||........((((((((,.........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))...((((((((,{{,,,(((.((((((((((,.{{.(((((.((.....))))))}..}}..,((.(((((((((((..((.,,....{..(((((((.........,......)))))))..}...}}.))..)))).((((..(((((((.....)))))))..))))(((((((((((.((....((.(((({..((({....})))}))))..,((.(((((((.(((((...(((.{{...}})))....)).))).))))},)).})}|((((.{{.(((((...(((.{(((.((.((((((((((.((((,.{((((((.((({{(.(((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))),{(({{,,{,({(|,,.,{{.,.{{,,{|,{{{||||||,..|}}}}...,,,,(((((((((((...(((((((,,({{{..{((.........((((.((....)).)))).........)},........||||}.,..,.,,..((((((((((((((.((((((((((.(((((((((....((((..((((..((...)),.))))..))))....))))).))))..)))).....))))))}))))....(((((.{{({.{,...}.}))}.)))))(((((((((...)))).)))))...}))).}.))))),},,,,.)))))))}))),}...)))))),))})))}})))).))))..))))))).)))))))))).)}...(((((.(((...))).)))))...((((((......)))))).))}),,.)))...))))).))))))...))....)).))))}}}))))).)))))))..)))))))))))))....,,{{{{{{.,{{.{,..|,..(((((((((((((({,(({(({..{{{{(((((((((((,(({{......,,(((((.((.((((((,(((((....)))))|((.((((((((((((((((.,{(.{{{{((((((((((((.((..((((.,(...,)..))))..)).))))))).)))))..,,||}.,.}||,((.,....((((((((...))))))))...},)),}).,)})))))...))))))))))).)))..)))))).)))))))((((((....)))))).................{||||}|||}}}}))||||}|{||||||||,,...}|||,,,..{{{{.|||||..{((((({......,..))))))}(((((((..,......)..)))))))..,,,||}}}}}}}..(((((....))))).,,,,,,.})))},....,,,,..((((({...}))))).......,,,,,,......,,,.,{|{{{,..(((....))).}},)}}}..,(((((((.{,.((((...))))}}....)))))))}}}}}})))))))))))))}),,{(((((((({,{{{,,,,.{((.{,{|||{{||,.,,)})),..},,||}}}}))}.,}}))}),.})|)||||||||.{{{{{{..|.,,|{,...,.})}||,,.}}}|||((((((((((..........))))))))))))),,.,))))|}}}}}}},})}},.,))}})}.,}}|||||.||||,},,}}}(((.......)))},,.},,,||{.,{{{{{{((((((.{{....{{.....))....}).))))))..)))}.,,}}))}))}..,))))))))},))))))))...,||||{,,((((.(({...))).))))|||||...,}|||}...}|}},.,}))))))|||,|,...)}}......))))))),,})|||},.,,,,..))),{{{(((,,................)))))).
Back