Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394306.1
Sequence Length
3656 nt
GC Content
0.5418
GCGCGAGCCCAACGGCCGAGGCGCGCGCCACCUCGCAGCGGGAGGCGCGGGGGAGGGGCCGGGGGAGCCCCCGCCCCGCCCCCCGCCUCAGCCGCCACCGCCAGCUCGGUGGAGCCCCCCGCCGCCCGCCCGCCGCUCUCCCGAGCCGCCCGCCCGCCCCCUUCCCGCGUCUCCGCUCCCUCCCUGCGCAGCGGAAACAUGGCGGCGGGAAGAGAGUGAGCCGCCCCGCGCCCCCGCCGCGCCCUCAGAUGGAGAAAUUAGCAUACAAAGAAACUGACUUGUCAGAAGUCAGAGCAAGGUAUUGGUGGAUCCAGGGAUAAAUCCCAAACUUCUUAACCCCUAGACCGGUUUUUAGUCCAUUGACUAUGCAGCCUAAUGUGAUAGACUGGAGUGAUGUUAGAAAACACAAAUAUGGUCACCUAUCAGAGUCUGCAUCCCAAUAUCAAGAAGCUGCUGACAUCCUGGAUCUAGGGUUGUAAAGAAGAUUACAUGAGCUAAUGGAUGUGAAAACAUCUUAAAAACUCUCAAAUACUUUUCAACUUUGGAGGAUUAUUAUGAUUUUCAUUCUGUUCAGCGGCUAUACUCAGACUUUACUCUAAAAGUCAAAUCUUCUGACAUUCUUUGAAGUGAAGCAUUCUAUGAAUGUGAGCUGAAGAAAUGAAUGAAAUGAAAUAAUGCAGCAUCUAGUGCUUUUUGCAUGGCCCAAAGGGGCUCUGUGCUGCUCCACUACAGAGGAAACUUCAAGAAAUGCUGGUUUGCUACAGUGUUUUAGCUUGUGAGAUUCUCUGGGACCUUCCCUGCUCCAUCAUGGGGUCACCUCUAGGUCAUUUUACCUGGGACAAAUACCUAAAAGAAACAUGUUCAGUCCCAGCGCCUGUCCAUUGCUUCAAGCAGUCCUACACACCUCCAAGCAACGAGUUCAAGAUCAGUAUGAAAUUGGAAGCACAGGACCCCAGGAACACCACAUCCACCUGUAUUGCCACAGUAGUUGGACUGACAGGUGCCCGCCUUCGCCUGCGCCUUGAUGGGAGCGACAACAAAAAUGACUUCUGGCGGCUGGUUGACUCAGCUGAAAUCCAGCCUAUUGGGAACUGUGAAAAGAAUGGGGGUAUGCUACAGCCACCUCUUGGAUUUCGGCUGAAUGCGUCUUCUUGGCCCAUGUUCCUUUUGAAGACGCUAAAUGGAGCAGAGAUGGCUCCCAUCAGGAUUUUCCACAAGGAGCCACCAUCGCCUUCCCACAACUUCUUCAAAAUGGGAAUGAAGCUAGAAGCUGUGGACAGGAAGAACCCUCAUUUCAUUUGCCCAGCCACUAUUGGGGAGGUUCGGGGCUCAGAGGUGCUUGUCACUUUUGAUGGGUGGCGAGGGGCCUUUGACUACUGGUGCCGCUUCGACUCCCGAGACAUCUUCCCUGUGGGCUGGUGUUCCUUGACUGGAGACAACCUGCAGCCUCCUGGCACCAAAGUUGUGAUUCCAAAGAAUCCCUAUCCUGCCUCCGAUGUGAAUACUGAGAAGCCCAGCAUCCACAGCAGCACCAAAACUGUCUUGGAACAUCAACCAGGGCAGAGGGGGCGUAAACCAGGAAAGAAGCGGGGCCGGACACCCAAGACCCUAAUUUCCCAUCCCAUCUCUGCCCCAUCCAAGACAGCUGAACCUUUGAAAUUCCCAAAGAAGAGAGGUCCCAAACCUGGCAGCAAGAGGAAACCUCGGACUUUGCUGAACCCACCACCUGCCUCACCAACAACCAGCACUCCUGAACCGGAUACCAGCACUGUACCCCAGGAUGCUGCCACCAUCCCCAGCUCAGCCAUGCAGGCCCCAACAGUUUGUAUCUACUUGAACAAGAAUGGCAGCACAGGCCCCCACUUAGAUAAGAAGAAGGUCCAGCAACUCCCUGACCAUUUUGGACCAGCCCGUGCCUCUGUGGUGUUGCAGCAGGCUGUCCAGGCCUGUAUCGACUGUGCUUAUCACCAGAAAACCGUCUUCAGCUUCCUCAAGCAAGGCCAUGGUGGUGAGGUUAUCUCAGCCGUGUUUGACCGGGAACAGCAUACCCUCAACCUCCCAGCAGUCAACAGCAUCACCUACGUCCUCCGCUUCCUGGAGAAACUCUGCCACAACCUUCGUAGUGACAAUCUGUUUGGCAACCAGCCCUUUACACAGACUCACUUGUCACUCACUGCCAUAGAGUACAGCCACAGCCACGACAGGUACCUACCAGGUGAAACCUUUGUCCUGGGGAAUAGUCUGGCCCGCUCCUUGGAACCACACUCAGACUCAAUGGACUCUGCCUCAAAUCCCACCAACCUUGUCAGCACCUCCCAAAGGCACCGGCCCUUGCUUUCAUCCUGUGGCCUCCCACCAAGCACUGCCUCAGCUGUGCGCAGGCUAUGCUCCAGGGGGUCGGACCGAUACCUGGAGAGCCGCGAUGCCUCUCGACUGAGUGGCCGGGACCCCUCCUCAUGGACAGUCGAGGAUGUGAUGCAGUUUGUCCGGGAAGCUGAUCCUCAGCUUGGACCCCACGCUGACCUGUUUCGCAAACACGAGAUCGAUGGCAAGGCCCUGCUGCUGCUGCGCAGUGACAUGAUGAUGAAGUACAUGGGCCUGAAGCUGGGGCCUGCACUCAAGCUCUCCUACCACAUUGACCGGCUGAAGCAGGGCAAGUUCUGAACCAGGAGAGGCAGCCUAGACAACCAAGUGGCAGCAGGUGGGGGCAUUCUUCUAGGAAUGAGGGGCAUCAGCCCACCCCAGGCACCUCAGUGGGGUUCCGGGCCACCUCAGGACUCCAAGAGGCUGUGUGGAGCCACCACUCCUAGCCACAGCUGCCAUGAUAAGUCCUUCCAUGAAGGACUGAGGAGGGAGAGUGGGGGUCCAGGGCUGGUGCUGCUCUUCCCUCAGCUCUGCCGGGGCUCUAAGGUCCCUCUAUUUAUUUCUCAACCCUGGCUGGCCUCUCACCAGGAGUUUAGGCUGAAUGCCUUCCACGUGAUGGAGGAAAAGGCCAACUCUGUCCUGGUCUUGCUGUGGCACCCCAUCGCCCCACAGCUCGUACCUUCUCACCAGAUUCCCCUGAAUCCAAACUCGUGGUGCAAACCUCUACCUUUUUUACAAAAAGAUCUUAUUGUUAAUUUAUUGUUUCUGGCACUUGGGCAAACCCUGUAGUUAAUACUCCUCCCACACUAGACACUGGGUUUCAGGAGGAGGGAGACUGCCCUGCUUUGGUCCCAGAGAGGCCCUCUGCAGAUAGGCGUGGCCCCUCUUCAGAGGACACUACCCUAGGGCACUUUCUCUUUGAGGUGGAGAGACCCAUAAAGCCUUGACCACAUCACUCCAUAUGGGGAGGAGAAGGAUCCCUGUCACCUUCUCCUCUCUUCACGGGGCCCUUUUGCAGCCCUAGGCCUCAUCUGUGGGAAGGGAGUCCCUGGCUUAUACUGCCCCCACCACAGCUCCUUGCCCUGGCCAGAACUGCUGUCGAAGAAAAUCAGGCCGGAAGGCCAAGAAGGCGCUAAGGGGGAUGGGAGGGCAGGUUUUCCAGGCUGGAGUCGGUUCCACCCACUCGCCUGUCCACAGGCUUCCUUGUAAGCAAGUCAGCAGCACAGCUACUCACGCUGCCAUCUGGACUUAUUUUAUGUCAAUCUGUUUAUAAAUAAAAACCAAUAUAGAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1316.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1377.53
Frequency: 0.0000
Diversity: 878.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((.....(((((.((((.((..((((((...((((((((((.(((((.(((((.((((....))))))))).)))))))))))..))))..(((((.....))))).....(((((((((.((..((.((((....)))).))..)).(((.........)))..((((((.((.....).).)))))).....)))))))))..))).))).)))))).)).)))...)))))))...(((((((......((((...........(((((((.....)))))))....((((..((((((.(((.((((....))))...((((((.(((((((((((((....(((((....))))).(((((......(((((...(((...(((((.(((...........((((.....))))...))))))))))).)))))....))))).......)))).)))))))..)).))))))....((((((((...((((((....))))))......(((.((((...........)))))))....(((((...((((((((..(((..(((((.......((((((......))))))..........((((((...(((........)))...)))))).)))))..)))..))))))))....)))))(((((((...((((.....))))(((((....)))))..)))))))(((........)))........(((((((((........)))))))))))))))))(((((((.(((((((.((.(((((((((((...((((.((...((((((((((..(((((((........................)))))))..(((((((..((((((................(((........)))..(((..(((...)))..)))))))))..))))...)))...........(((((((....((((....).)))....)))))))...((....)).(((.(((....))).)))......))))))))))..)).))))...))..((((((((((((((.((....))...((......))...((((((..((....)).))))))))))))))))))))..((((((((..((........))....))))))))...))))))))).)).)).)))))..))))))).......))).))))))..))))(((((..............))))).....))))(((((((((((((((......((((.((((.(((((((((......)))))(((((((((((.((((((((.((((((((((.....))))))))))..))))))))))..((((((.((((((.....))))..........((((((((((..((((((.((((((((((((.((..(((....)))..))..)))))(((((....)))))..........)))))..)).))....).)))..)))))..))))))).))))))...((((((((((..........((((((((((((.........(((((..((.((....((....))....))))..)))))...))).)))))))))..))))))))))))))))))).........)))))))).)))).......(((((((((((((((...)))).....))))))........((((((((..........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))...((((((((.((((((((.((((((((((..((.(((((.((.....)))))))..))..(((.(((((((((((..((.((....(..(((((((................)))))))..)...)).))..)))).((((..(((((((.....)))))))..))))(((((((((((.((....((.(((((..((((....)))))))))...((.(((((((.(((((...(((.((...)))))....)).))).)))).))).))..((((.((.(((((...(((.((((.((.((((((((((.(((((..((((((.(((.((.(((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))).((((((((.(((....((((((((((.(((((((((((...))))...)))..)))).)))(((...(((((((........(((.........((((.((....)).)))).........)))........))))).)).)))(((.(((....))).)))........))))))).((((.....((((.((....)).))))((.((((...(((((((..((((...)))).)))))))))))))...(((.(((....))).))).))))......))))))).))))))))).))))..))))))).)))))))))).))...(((((.(((...))).)))))...((((((......)))))).))))...)))...))))).))))))...))....)).))))).)))))).)))))))..))))))))))))).((((..............))))..))))).))).(((((.((..(((.(((((((((((((((.((..........(((((.((.((((((.(((((....)))))(((.((((((((((((((((.(((.....((((((((((((.((..((((..(....)..))))..)).))))))).)))))....))).((.((.((.(....((((((((...))))))))...).)).))..)))))))...))))))))))).)))..)))))).)))))))((((((....))))))..................)))))).))))))(((((.((((((((((.....)))).....((((.(((((..(((((((.........)))))))(((((((..(......)..))))))).....)))))))))..(((((....))))).)))))).)))))...........((((((...))))))........................((((((..(((....))).)).))))..((((((((((((...((..(((((((.((((((((((((((.(((((((....((((((((((.((((...(((......))).)))).))))...).)))).).....))))))).))))))).(((.((((.(((...........)))..)))).)))((((....(((((((((((((..........)))))))))))))....)))).))))))).))))).))...))...)))))))..))))).))))).))).))))))).......(((.(((((((((((((.((....((.....))....)).))))))..)))....)))).)))...))))))))..))))))))...)))))...((((.(((...))).)))).)))))))))).)))))((((....)))).........((((.......)))))))))))(((.........))).((((((..................)))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((.....(((((.(({(,({{{((((((...((((((((((.(((((.(((({,((((....))))))))).)))))))))))..)))),.((({,....|))))}.,,..({(((((((.{{..((.((((....)))).))..||.{((.........|||,.((((((.{{.....).).)))))).....)))))))))..))).))).)))))),)).)))...)))))))...(((((((.,....,.((.{{{,,.....(((((((.....))))))).,..{(((..((((((.{((.((((....))))...((((((.(((((((((((((....(((((....))))).(((((.,....(((((,,,(((..,(((({{{{,...,.,...,,,||},.,}})),,..,)))))))}}}}.)))))....))))).......)))).)))))))..)).)))))).,..,,{((({{,..((((((....))))))......|{|.{{{{....,,,,...}}})))),{{{(((,{...((((((((..(((..(((((.,,.,,,((((((,,,...||}|||,.......,}||{{{{.,.|{|}}},,}..}))...))}))).)))))..)))..))))))))....)))))(((((((...((((.....))))(((((....)))))..))))))){{{......,,}}}..,,,,..{((((((((........)))))))))}}}|||||{(({{{{.(((((((.((.((((((((({,,{{((((.((...{(({{,,,,,.,{((((((..,.,..............}},..))))))|,|{(((({,.,((((,,.||}|{{{,..,....{({.,,.,...||}{{{{{..{{,,,.}))..))))).},|,|}))},,,,((,...,,...,,|{{((((....{{{|.,..)}})),,.,)))))))|,.((,.,,||,{((.(({....))).)))......,,,,}},}},..))}))}}}},,}..((((((((((((((.((,...)),..{{......}}...((((((..({....)).})))))))))))))))))))..((((((((..((........))....))))))))...})))))))).)).)).)))))..})))})},,},,,,))).))))))..))))|{(({.....,,,......})))),....}},.(((((((((((((((..,...((((.{(((.{{{{(((({......}))))(((((((((((.((((((((.((((((((((.....)))))))))),.))))))))}}..((((((.(({{{{.....}}}|,,,,|..,,{,{{|||{{||}||{{|||,,,{{{{{(((((.((..(((....)))..))..)))))(((((....)))))..........}}}}},,|||,||.|||.}.},,))))}},,)}}))).)))))}...((((((((((..........((((((((((((.,.......(((((..,,.(({,..((....))..,.))))..)))))..,))).}))))))))..))))))))))))))))))}.........)))))))).)))),.,,,..(((((((((((((((...)))).....))))))........((((((((,.........(((((.(((((....((.(((.......))).))))))))))))...((((((((,{{,.,(((.((((((((((,.{{.(((((.((.....))))))}..}}..{((.(((((((((((..((.,,....{..(((((((.........,......)))))))..}...}}.))..)))).((((..(((((((.....)))))))..))))(((((((((((.((....((.(((({..((({....})))}))))..,((.(((((((.(((((...(((.{{...}})))....)).))).)))),,)).})}|((((.{{.(((((...(((.{(((.((.((((((((((.((((,.{((((((.((({{(.(((((((((((((..(((.....)))......))))).....)))))))).((((((((.(((....(((((((,((.(((((((((({...}))),..}))}.}))).))|(((...(((((((........(((.........((((.((....)).)))).........)))........))))).)).)))|,{{(((,...}}}.,)),,,,....))))))).((((.....((((.((....)).))))((.((((...(((((((..((((...)))).)))))))))))))...(((.(((....))).))).))))......))))))).))))})))).))))..))))))).)))))))))).)}...(((((.(((...))).)))))...((((((......)))))).))}),,.)))...))))).))))))...))....)).))))}}}))))).)))))))..)))))))))))))....,,{{{{{{.,{{.{,..|,..(((((((((((((({,(({((,..{{{((((((((((((,(({{......,,(((((.((.((((((,(((((....)))))|((.((((((((((((((((.,{(.{{{{((((((((((((.((..((((.,(...,)..))))..)).))))))).)))))..,,||,.,.}||,((.,....((((((((...))))))))...},)),}).,)))))))...))))))))))).)))..)))))).)))))))((((((....)))))).................{||||}|||}}}}))||||}|{||||||||,,...}|||,,,..{{{{.|||||..{((((({......,..))))))}(((((((..,......)..)))))))..,,,||}}}}}}}..(((((....))))).,,,}}}.})))},....,,,,..((((({...}))))).......,,,,,,......,,,.,{||{{,..(((....))).}},)}}}..,(((((((.{,.((((...))))}}....)))))))}}})}}))))))))))))))).,{(((((((({,{{{,,,,.{((.{,{{||((||,.,,)}))...},,||}}}}))}.,}}))}),.}),)||||||||.{{{{{{..{.,,|{,...,.})}||,,.}}}|||((((((((((..........))))))))))))},,,,}}}||}}}}}}},})}},..))}})}.,|}|||||.{|||,},,}}}(((.......)))},,.},,,||{.,{{{({{((((((.{{....((.....))....}).))))))..)))}..,,,))}))}..,))))))))},))))))))...))))).,,((((.(((...))).)))).))))))))))}}))))|}}}},.}),}||.{{{,,,.,,||,......)))))))))))(((.........))).{(((((.,................)))))).
Back