Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394360.1
Sequence Length
3195 nt
GC Content
0.5484
AGACCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGUGCUGGAGGCGCAGAGGGCGGCGCAGGCGGAGCCGGGCGGGCGCGCGAGCGAGCGGAGAGCGGGCGGCCGUGCGGGCGGCGGCGGCGGCACCCCCAGGCCGAGCCGGCGCGGAAGGAGUUCCAGGGCGAUGGGGCCGCGGCCGGGGCUGACGCUUUGACAGCUGGAAAGAGCGCGGAGCCAGCGCCUGGGGGGGAGGGAGGGGAGCGCGGCGAGGAGAGCGCCAGCGAGCGAGAGAGCGAGCGAGCGCCGGGGAGGGGGCCGGGAGCGAGGGGCAGCUCGGGAGAGCCGGAGCGGUAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGAGGCUCGGCGCCCUCUUCCCUGCAAACCAUGUUUGCCAAAGGCAAAGGCUCGGCGGUGCCCUCGGAUGGGCAGGCUCGGGAAAAGUUAGCUUUAUACGUCUACGAAUAUUUACUGCACGUAGGAGCACAGAAAUCUGCACAGACCUUCUUAUCGGAGAUUCGAUGGGAAAAAAACAUCACGUUGGGAGAACCGCCUGGGUUUUUGCACUCGUGGUGGUGUGUAUUUUGGGACCUUUACUGUGCAGCUCCUGAAAGGAGAGACACUUGUGAACAUUCAAGUGAAGCAAAAGCCUUUCAUGAUUAUAGUGCAGCAGCUGCCCCGAGCCCCGUGCUUGGCAACAUUCCCCCCAACGAUGGGAUGCCGGGAGGCCCCAUCCCGCCAGGUUUCUUUCAGCCUUUUAUGUCACCGCGAUACGCAGGCGGCCCCAGGCCCCCGAUCAGAAUGGGAAACCAGCCUCCGGGAGGAGUUCCUGGGACACAGCCAUUGCUGCCCAAUUCUAUGGAUCCCACACGACAACAAGGCCACCCCAACAUGGGAGGAUCAAUGCAGAGAAUGAACCCUCCCCGAGGCAUGGGGCCCAUGGGUCCCGGCCCACAGACUGACCCUUGGUUAUCGUUGCAGAAUUACGGCAGCGGCAUGAGACCACCACCCAACUCCCUCGGCCCCGCCAUGCCCGGGAUUAACAUGGGCCCGGGAGCUGGCAGACCCUGGCCCAAUCCUAACAGUGCUAACUCAAUUCCAUACUCCUCCUCAUCACCUGGUACCUAUGUGGGACCCCCUGGUGGUGGCGGUCCUCCAGGAACACCCAUUAUGCCCAGUCCCGCAGAUUCAACAAAUUCCAGUGACAACAUCUACACAAUGAUUAAUCCAGUGCCGCCUGGAGGCAGCCGGUCCAACUUCCCGAUGGGUCCCGGCUCGGACGGUCCGAUGGGCGGCAUGGGUGGCAUGGAGCCACACCACAUGAAUGGAUCAUUAGGGUCAGGCGACAUAGACGGACUUCCAAAAAAUUCUCCUAACAACAUAAGUGGCAUUAGCAAUCCUCCAGGCACCCCUCGAGAUGACGGCGAGCUAGGAGGGAACUUCCUCCACUCCUUUCAGAACGACAAUUAUUCUCCAAGCAUGACGAUGAGUGUGUGAUCCCCCCUUCUCCGAGACGCUGAGAGAGCAGGCAUUGCAGGCGGGAAGAUGCCAGAAAUUAUGCAAGAAGUGAGGUGUCAUUAUCCAGGAGCUGGUGGGGAGGGCAUCUCCCUGCUCCCCUCAACCCCCUCCCACCCCAUCCACGCCCCCUACCUUUCCCAAUUUUAGUUUCAUGCAAUAAAAAGGCCAAACUUUUUAUUCCAUAAAACAAGAAGGACAAAACUCUCAAAAAUGUAUUUCAAGUCAGUGACCAGAAAAAUCCCACCCCUUGCCCUUUCCCCAAAGGACCUUUUCUGUACAUGACACUUUUUUGUUGUUUUUUGUUUGGGGUUUUACCAUUGUUGGGAUUUUUUUAUUUGUUUUCAGGGGGGUUUUUUGGGGGAAAAUUUUUUUAAAUGGAAGCUUCUAGCAAGCCCCCCACCCCAAUCAACCUCUAUGCUUUCUUCUUAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAGGAAAAAAAAAAAAGGAAAACCAGAAGCCCUGCUGUCUGUCUGUGCCCAAGCCCUUCCACCAGAAAAGCUAGUCUAGGUGUGAGAGCCCACAUUGUCUGUAGCCAUCAAAAAUAAUAAUAAUAAACUGGACAGUUUACAAUCGUUGGUUUCUUUCAAAAGGCCUUUUUUGGAAAGAAGAAAAGGCAGUCACCGUUUUCCACUUGGGGUUUUGGUUUGUGCAACAGGCAGGGGAGGAGUGGGGACGCGUUUGUUCUAGCUUGAUUUCCAUGGCAACAGCAGCGGCACGCUUGGACCCCAGAACCCAGCACCCUCAUCCUGUGGCCAGAGGGGCCGGACCACUGACCCCUUUCAGGAUUCCACCACAGCCCAGACCGUCACCGUGACCCGGUGGCAUGCACUGUUCCCAGGACACCCUCCUCCUCUCCUGGACCUCCCUUCCGUCCUGGCCUCCCUGCCUCUCCAGCCCCUCCUCUGCCCCCACCCCAGUCUUCCCAGUGAGAAUCCUGCCAGCUGGGUGGUGGCCUGGCGCAGAGUGGGAGAGGCUGCCACUGACAGGAUGGCUAUGACCUGGGACAUGGAAACAGUGACCUCCGCGUUCUGGUCCCGAGAUCCUCGCAUCAGCGUCAUCGUGUGCACCGGCUUGGGGGGCUGGAGUUCCGGUUUUCUUUGUUUUUUCUCUUUAUUCGUCCUUUCUCAAAGAUGGGAUACUGAUCAGAAUUGCUCUGUAUAUGCUUGGGACUGGAUGGAAAGACUUUGGAGCAGCUGUGGGGGGUGGGGGGACACCGACAACCAAACAGACGUGCUGGCUCCAGUCCUGUUUUUACUUUCAAAAACCAACAAGCCCGACAGUGGAGCCUGUCCCCUCCCGGGAGGGUGCUCAUGGCCCCACUCACCUCAUCACCCCACGGAAACCUUUGUGUCUUGCCCUGGAAGACACCCGAAUUCUUUGUACAUUGACAUGCCCUUCUCCUUCCUCCCUCCCCUGUAGCUGGUCUUUGUUUUACUCCCUCCCUUUCUGAUCCAUGUAUAUCAUAUUAUGUGAGAUAUCAUCUGCCUGAAAAAAGACUUUGUGCGGAUUAUUGGGAACAUUGUAGCUGUUUCUGUGUUUUUUCUUACCUUGUAGUCUGGUUCUGAAUUAAGAGAGGAAAAAAAAGUAAUUAUGAUACAUUGUAGUUUGUGUACGAUAUAUGUUGAUAACGUUUUAUUAAAGGGACAUCUUUUUUCCGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1153.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1211.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 992.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.((.((.((....)).)).)).)).((((....((((..(((((((.(((((((((.(((((((.((((.(((.((..(.......)..)).))).)))).)))(((.((((..((((........)))).)))).)))((((((((((((.(((.(((((((..(((((.(((((((..((((((.(.(((......))))))))))))))..(((((((((.((.(((((((.(.(((..(((((((((..((..((......))..))..))))..((.((((((((((((..((((((.((.(((((((((..((((.(((((((((.((.((((((.((((......)).)).)))).(((((((.((........((((((...))))))(((..(((((.(((...(((((((..((((((((...((((.((((((((.(((...(((......(((((((((((..(.(((((...((((((....((((((((((....)))))))))).....(((((((.((.(((((((.....))))))).))..))))))).))))))))))))..)))..)).))))))(((((...)))))...((((((........))))))..((....))..)))..))))))))...)))))))..)))))))).(((((..((((....((((.........))))))))(((.((((.....((((((((((......)))))...........(((...))).))))).....))))))).......(((((...((((((((.((((((.((((.((((...((((....))))))))(((((.(((((((....(........).....((((...)))).)))))....)).))))))))))))))).))))).)))..)))))((((....))))......(((((...))))).((((((.........))))))))))).........))))..)))...))).)))))..))).(((((.....((((((.(((..........))).)))))))))))..(((((((..(((...(((((((((.((.(((((((.(((......((((((((......(((((((..((((....)).))..))))))).....)))))))).............)))))).....(((........))).......((((((((((((..(((((((((((.(.....).))))..)))))).).....)))...)))))))))(((((.(.(((((((((.((..((((.....))))..))((.(((.((.......((....)).......)).))).)).......)))))...........))))).))))).(((...(((.((.(((...((((((....)))))).))))).)))...)))................)))).)).))))))).))........((((.(.....).)))))))..)))))))...)))))))))((((((((((((.((.(((((((.((((..........((((..(((((((.(((((......))))).)))).)))..)))))))).)))..((((.((((((.((((((..((((.((((.(((.(((((((((......))))))))).))).)))).))))((((((((..(.((((((.((.......(((((((..(((((((.(((......................)))..)))))))))).)))))).))))))..)..))))))))((((((((........(((..(((((((.(((.(((((.(((((((((.(((((((...((((....)))).....))))))).)))))))))...................((((.(((((.............))))).))))))))).))).)))))))..))))))))))).((((((((.((((((((((((((..(((((((........))).))))((((((.(((((((((((((..(((.....................)))))))...))))).).)))...))))))....(((((((((.......)))))))))..................)))).)))))...))))))))))))))))))).))))))..))))...)))).)).)))))))..)))))...)).)).)).))))(((..........)))...........(((((((((((((((.(((....))).)))))))..))......))))))........(((((((.....)))))))..(..(((....)))..))))))))..)))))))))..))))))))..)))))))).)))).))))))).))))))))))).))))).))))))((((......))))..)))))).))(((((((.((((((((((.(((.((((.(((((.(((((((((.((((((...((((.(((((.((((..........)))).)))))))))..(((...)))((....)))))))).))).....((((((.((((((((((..(((((.....(((((((...((((..(((((((..((((((..((...((((.((.((....)).)).))))))..))))))..)))))))))))....)))))))((((.((..((.((......)).))..))..))))....)))))))))))))))((((((......))))))...))))))...))))))))))).)))))))((....)))))).)).)))))))))))))))))).)))...))))......(((((((.(...).)))))))..........(((......))).......))))))))...))))))))).)))).)))))))....)))).(((((((...(((((((((........)))))).)))...((((((.((((.......)))).))))))....(((((((.......)))))))...(((((((((..((((...((.......))..))))..)))))))))..((.((((..(((.((((((.......)))))).)))..)))).))........)))))))..........)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((.((.((.((....)).)).)).)).{{{{,,,.((((..(((((((.(((((((((.(((((((.((((.(((.((..(.......)..)).))).)))).)))(((.((((..((((........)))).)))).)))((((((((,{{{(((((((((((({{({,{({{((((((.,({{{{,.,,(((((.,{{|({((,,,,,,,))})(((((((((.((.(((((((.(.(((..(((({((((..((..((......))..))..)))).,((.((((((((((((..((((((.{(.(((((((((.,((((,(((.{({(({(,((,((,(({((((.({,.,,})).)))),,|{{{((.(((,,(,,,||||||{,,,||{||{((({,(({{{(((((......)))))((((((((...((((.(({,((({,({{...|........(((((((((((.,(.(((((...((((({....((((((((({....}))))))))).....(((((((.((.(((((((.....))))))).))..))))))).)))))))))))}..))},,)).))))))(((((...}))))...((((((........))))))..{{....}),,}}}..)},,,,}),},})}))))..))))))))}}||}}}|||},.........,,,..{|||||.}||{}}},)))))),))))))){||{,.,,...,)))),...,||{,||{|{.,.||}.((|(({(...}}}}||||....,..{||,...}}}|{|||,||((((,({(({((((,.,((((,.,,|||||}},.,{((,(((({{{.............},.,..(((,...}))).}||||{{.{{..||||||||||}||||{|}|||,{|((((((({({((({{({|,....{,.{((((...))))}||(((((.,.....,.)))))|{{.{(((................)))))))},}}},})})))))}|,..}}||||||}(((.,,{{{,.,.,}}|})))},.}}}}...{({|,..,}}....,,,.,((((((((((....(((((({(..,{,{((((({{{..(((((,(({{((,({{{{,}..|{{||||..{((({{|||,|||,{{,,.....,,||,..|{|},...{{{........}}}...{{({{{{{{,{|||}},,,{((((({(((.{.....}.))))..)))))|((({...}))),}))))),,))))|||,{.}}}})}|||.||,...,..|||,,,...(((((..((.(.(((((((((((..,,.,,,{,...{(((((((,.....,{{({....|}...,(((.(((....))).))).{((.((.(((,..((((((....|}}})),))}||.,}}.,,.{{{,.,,,{{{{{,,.((({{{.,,{{,{{{({{,.((((.(((((((,,,,...}}}.))))(({|...})))))).)))}..}}}}}|....}}}}||.,|,,|||,{{|||}.,.....,||{{.,||{||||,|{{{{.,,,,.}))))})))),,}}..)))).,||,|,...,,|||,,.......{{{...{(((.((((.(((.(((((((((......))))))))).))).)))),)))}}|{{{{{{..,.{{{{{,.{{.......((({,{{,.(((((((.,,,,......,,.,,,,,....,}})),..})))))),.)})))))).}}}))),,)}}}}})))}}))))|....,,,,}))))))),|}}}}|.,,,{{{{{{.(((((((((.(((((((...{(((....}}}},,...))))))).))))))))).,,,,,......,,...,.((((.(((((.............})))),}}))}}..........,|)}},,}|,|.{{{.,,)}}))))))))))))))..))))),|{{(((((........))).))))||{((({(,(((((((((((..(((.....................)))))))...))))).)).))}}}|||,,,..,,(((((((((.......)))))))))....})))))..))))).))))))))}))..))))..)))),,))))))))))))))).}.))}}))))).))}))))})))}))),,,}}))))})))..{{{,((......,..,)}))).,,,,....(((((((({((((((.(((....))).))))))}..))......))))))....}.,,(((({{{.....))))))),,},.|}|}}}}})))}.}}})))),.))))))))).,,}))))))..)))))))).)))).))))))).))))))))))).))))).))))))||||.||||,|||...,}}}})}))||||{{|.|||||||{||,(((.((((.(((((.(((((((((.((((((..,{{,,.(((((.{(((,,{.{{{.....))})))))})))}}{{{...}}}{{.,,,}})))))).))).....((((((.((((((((((..(((((.....{((((((...((((,.{((((((..((((((.,,,,..((((.((.((....}).)).)))),}.}))))))..)))))))))))....))))))|((((.((..((.((......)).))..))..))))....)))))))))))))))((((((......))))))...)))))).}.))))))))))).))))))){{,,,.})}}}),},.)))))))})}.}}}}}}}.,,,,,,|||....,,,|||{{{{,|,,,),))}}}}}..,.......||{......}}}.}},,,.))))))))...))))))))).)))).)))))))....)))).(((((({...(({((((((..,,....}})))).}}}.,.((((((,,{({.......))}}.))))))....(((((((.......))))))),..{((((((((.,(({{.,,{{.....,,),..}))),,)))))))}}..{{.{{{{..{((,(({{{{....,,,))}})),))}..}}}},}).,.,,,,.)))))))..........)))).
Back