Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394362.1
Sequence Length
3111 nt
GC Content
0.5474
AGACCAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCAGCGGUGCUGGAGGCGCAGAGGGCGGCGCAGGCGGAGCCGGGCGGGCGCGCGAGCGAGCGGAGAGCGGGCGGCCGUGCGGGCGGCGGCGGCGGCACCCCCAGGCCGAGCCGGCGCGGAAGGAGUUCCAGGGCGAUGGGGCCGCGGCCGGGGCUGACGCUUUGACAGCUGGAAAGAGCGCGGAGCCAGCGCCUGGGGGGGAGGGAGGGGAGCGCGGCGAGGAGAGCGCCAGCGAGCGAGAGAGCGAGCGAGCGCCGGGGAGGGGGCCGGGAGCGAGGGGCAGCUCGGGAGAGCCGGAGCGGUAGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCGAGGCUCGGCGCCCUCUUCCCUGCAAACCAUGUUUGCCAAAGGCAAAGGCUCGGCGGUGCCCUCGGAUGGGCAGGCUCGGGAAAAGUUAGCUUUAUACGUCUACGAAUAUUUACUGCACGUAGGAGCACAGAAAUCUGCACAGACCUUCUUAUCGGAGAUUCGAUGGGAAAAAAACAUCACGUUGGGAGAACCGCCUGGGUUUUUGCACUCGUGGUGGUGUGUAUUUUGGGACCUUUACUGUGCAGCUCCUGAAAGGAGAGACACUUGUGAACAUUCAAGUGAAGCAAAAGCCUUUCAUGAUUAUAGUGCAGCAGCUGCCCCGAGCCCCGUGCUUGGCAACAUUCCCCCCAACGAUGGGAUGCCGGGAGGCCCCAUCCCGCCAGGUUUCUUUCAGCCUCCGGGAGGAGUUCCUGGGACACAGCCAUUGCUGCCCAAUUCUAUGGAUCCCACACGACAACAAGGCCACCCCAACAUGGGAGGAUCAAUGCAGAGAAUGAACCCUCCCCGAGGCAUGGGGCCCAUGGGUCCCGGCCCACAGAAUUACGGCAGCGGCAUGAGACCACCACCCAACUCCCUCGGCCCCGCCAUGCCCGGGAUUAACAUGGGCCCGGGAGCUGGCAGACCCUGGCCCAAUCCUAACAGUGCUAACUCAAUUCCAUACUCCUCCUCAUCACCUGGUACCUAUGUGGGACCCCCUGGUGGUGGCGGUCCUCCAGGAACACCCAUUAUGCCCAGUCCCGCAGAUUCAACAAAUUCCAGUGACAACAUCUACACAAUGAUUAAUCCAGUGCCGCCUGGAGGCAGCCGGUCCAACUUCCCGAUGGGUCCCGGCUCGGACGGUCCGAUGGGCGGCAUGGGUGGCAUGGAGCCACACCACAUGAAUGGAUCAUUAGGGUCAGGCGACAUAGACGGACUUCCAAAAAAUUCUCCUAACAACAUAAGUGGCAUUAGCAAUCCUCCAGGCACCCCUCGAGAUGACGGCGAGCUAGGAGGGAACUUCCUCCACUCCUUUCAGAACGACAAUUAUUCUCCAAGCAUGACGAUGAGUGUGUGAUCCCCCCUUCUCCGAGACGCUGAGAGAGCAGGCAUUGCAGGCGGGAAGAUGCCAGAAAUUAUGCAAGAAGUGAGGUGUCAUUAUCCAGGAGCUGGUGGGGAGGGCAUCUCCCUGCUCCCCUCAACCCCCUCCCACCCCAUCCACGCCCCCUACCUUUCCCAAUUUUAGUUUCAUGCAAUAAAAAGGCCAAACUUUUUAUUCCAUAAAACAAGAAGGACAAAACUCUCAAAAAUGUAUUUCAAGUCAGUGACCAGAAAAAUCCCACCCCUUGCCCUUUCCCCAAAGGACCUUUUCUGUACAUGACACUUUUUUGUUGUUUUUUGUUUGGGGUUUUACCAUUGUUGGGAUUUUUUUAUUUGUUUUCAGGGGGGUUUUUUGGGGGAAAAUUUUUUUAAAUGGAAGCUUCUAGCAAGCCCCCCACCCCAAUCAACCUCUAUGCUUUCUUCUUAAAAAAAAAAAAAAAGGAAAAAGGAAAAAAAAAAAAGGAAAACCAGAAGCCCUGCUGUCUGUCUGUGCCCAAGCCCUUCCACCAGAAAAGCUAGUCUAGGUGUGAGAGCCCACAUUGUCUGUAGCCAUCAAAAAUAAUAAUAAUAAACUGGACAGUUUACAAUCGUUGGUUUCUUUCAAAAGGCCUUUUUUGGAAAGAAGAAAAGGCAGUCACCGUUUUCCACUUGGGGUUUUGGUUUGUGCAACAGGCAGGGGAGGAGUGGGGACGCGUUUGUUCUAGCUUGAUUUCCAUGGCAACAGCAGCGGCACGCUUGGACCCCAGAACCCAGCACCCUCAUCCUGUGGCCAGAGGGGCCGGACCACUGACCCCUUUCAGGAUUCCACCACAGCCCAGACCGUCACCGUGACCCGGUGGCAUGCACUGUUCCCAGGACACCCUCCUCCUCUCCUGGACCUCCCUUCCGUCCUGGCCUCCCUGCCUCUCCAGCCCCUCCUCUGCCCCCACCCCAGUCUUCCCAGUGAGAAUCCUGCCAGCUGGGUGGUGGCCUGGCGCAGAGUGGGAGAGGCUGCCACUGACAGGAUGGCUAUGACCUGGGACAUGGAAACAGUGACCUCCGCGUUCUGGUCCCGAGAUCCUCGCAUCAGCGUCAUCGUGUGCACCGGCUUGGGGGGCUGGAGUUCCGGUUUUCUUUGUUUUUUCUCUUUAUUCGUCCUUUCUCAAAGAUGGGAUACUGAUCAGAAUUGCUCUGUAUAUGCUUGGGACUGGAUGGAAAGACUUUGGAGCAGCUGUGGGGGGUGGGGGGACACCGACAACCAAACAGACGUGCUGGCUCCAGUCCUGUUUUUACUUUCAAAAACCAACAAGCCCGACAGUGGAGCCUGUCCCCUCCCGGGAGGGUGCUCAUGGCCCCACUCACCUCAUCACCCCACGGAAACCUUUGUGUCUUGCCCUGGAAGACACCCGAAUUCUUUGUACAUUGACAUGCCCUUCUCCUUCCUCCCUCCCCUGUAGCUGGUCUUUGUUUUACUCCCUCCCUUUCUGAUCCAUGUAUAUCAUAUUAUGUGAGAUAUCAUCUGCCUGAAAAAAGACUUUGUGCGGAUUAUUGGGAACAUUGUAGCUGUUUCUGUGUUUUUUCUUACCUUGUAGUCUGGUUCUGAAUUAAGAGAGGAAAAAAAAGUAAUUAUGAUACAUUGUAGUUUGUGUACGAUAUAUGUUGAUAACGUUUUAUUAAAGGGACAUCUUUUUUCCGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1127.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1182.92
Frequency: 0.0000
Diversity: 920.02
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((.((.((.((....)).)).)).)).((((....((((..(((((((.(((((((((.(((((((.((((.(((.((..(.......)..)).))).)))).)))(((.((((..((((........)))).)))).)))((((((((((((.(((.(((((((..(((((.(((((((..((((((.(.(((......))))))))))))))..(((((((((.((.(((((((.(.(((..(((((((((..((..((......))..))..))))..((.((((((((((((..((((((.((.(((((((((..((((.(((((((((.((.((((((.((((......)).)).)))).(((((((...........((((((...)))))).(((..((((((((((((((.(((..((((((((...((((.((((((((.(((...(((......(((((((((((..(.(((((...((((((....((((((((((....)))))))))).....(((((((.((.(((((((.....))))))).))..))))))).))))))))))))..)))..)).))))))(((((...)))))...((((((........))))))..((....))..)))..))))))))...)))))))..)))))))).(((((((((..........((((....))))((((((((((((((((..((((((((.......(((((((.((((((.((((.((((...((((....))))))))(((((.(((((((....(........).....((((...)))).)))))....)).))))))))))))))).))))).))(((((((((((((((((.............(((.(.(((.((((................)))))))).)))....))))))))..)))))))))((((...(((........)))...))))...(((....)))...(((((((.....((.........))......)))))))...))))))))))).)).))))).((((..((..((((((((.(.(((...((((((.....(((..(((.....(((........)))....(((.(((((((((((..(((((((((((.(.....).))))..)))))).).....)))...)))))))))))(((((.....)))))..)))..)))))))))....))).).)).).)))))..))..))))........................))))))........(((.(((....))).))).(((.((.(((...((((((....)))))).))))).)))................)))))))))..(((.(.....).)))..)))...))))))..(((.....))).)))))))).))))))))))((((((((((((.((.(((((((.((((..........((((..(((((((.(((((......))))).)))).)))..)))))))).)))..((((.((((((.((((((..((((.((((.(((.(((((((((......))))))))).))).)))).))))((((((((..(.((((((.((.......(((((((..(((((((.(((......................)))..)))))))))).)))))).))))))..)..))))))))((((((((........(((..(((((((.(((.(((((.(((((((((.(((((((...((((....)))).....))))))).)))))))))...................((((.(((((.............))))).))))))))).))).)))))))..))))))))))).((((((((.((((((((((((((..(((((((........))).))))((((((.(((((((((((((..(((.....................)))))))...))))).).)))...))))))....(((((((((.......)))))))))..................)))).)))))...))))))))))))))))))).))))))..))))...)))).)).)))))))..)))))...)).)).)).))))(((..........)))...........(((((((((((((((.(((....))).)))))))..))......))))))........(((((((.....)))))))..(..(((....)))..))))))))..)))))))))..))))))))..)))))))).)))).))))))).))))))))))).))))).))))))((((......))))..)))))).))(((((((.((((((((((.(((.((((.(((((.(((((((((.((((((...((((.(((((.((((..........)))).)))))))))..(((...)))((....)))))))).))).....((((((.((((((((((..(((((.....(((((((...((((..(((((((..((((((..((...((((.((.((....)).)).))))))..))))))..)))))))))))....)))))))((((.((..((.((......)).))..))..))))....)))))))))))))))((((((......))))))...))))))...))))))))))).)))))))((....)))))).)).)))))))))))))))))).)))...))))......(((((((.(...).)))))))..........(((......))).......))))))))...))))))))).)))).)))))))....)))).(((((((...(((((((((........)))))).)))...((((((.((((.......)))).))))))....(((((((.......)))))))...(((((((((..((((...((.......))..))))..)))))))))..((.((((..(((.((((((.......)))))).)))..)))).))........)))))))..........)))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
......((.((.((.((....)).)).)).)).{{{{,,,.((((..(((((((.(((((((((.(((((((.((((.(((.((..(.......)..)).))).)))).)))(((.((((..((((........)))).)))).)))((((((((,{{{(((((((((((({{({,{({{((((((.,({{{{,.,,(((((.,{{|({((,,,,,,,))})(((((((((.((.(((((((.(.(((..(((({((((..((..((......))..))..)))).,((.((((((((((((..((((((.,(.(((((((((..((((.(((.((,((.{,.|}.||({{({((,(,..}},)).))))((((((((.(((({(...}}}|||,..{{((|{{((({.((((((((((......)))))((((((((...((((.(({,((({.({{...|,,......(((((((((((.,(.(((((...((((({....((((((((({....}))))))))).....(((((((.((.(((((((.....))))))).))..))))))).)))))))))))}..))},,)).))))))(((((...}))))...((((((........))))))..{{....}),,}}}..)},,}}}),},))}))))..)))))))),,{,,,,|||,,.........,,...((((((..(((....)))))))))))))).}}|,,|}}}.,)))|,.}|||||}|.((((((((.{((((,.,,((((|,,,...{{{{(((,,,,............,,,{.,(({,...}))).}|{((((.((..((((((((({{(((((||{{{,{,((((((((({((((((({............(((.(.(((.((((................)))))))).))).,),)))))))}..))))))))){(({.,|({{.,..,}||))),..}))}...,||}}..,}}.........{(((((((((....((((({{(..,{,{((((({{{..{((((,((,{((,({{{{,}..|{{||||,.{{{{{{|||,|||,{{,,.....,,,||,,|||},...{{{........}}}...,(({{{{{{{{|||}|.,,{((((({(((.{.....}.))))..)))))|((({...)))),}))))),,))))|||,{.}}}})}||}.||,...,..||||,....{((((..((.{.(((((((((((.,,,.,,,,,...{{(({(({,.....|{{({....|}....(((.(((....))).))).{((.((.(((,..((((((....|}}))),))}}}.}}}....{{,,.||||||||,..{({{{{.,,{{,{||||{,,{{((.{{{{(((|,,|...})}.))))|{{|,..})))})).)))),,}}}}}|,,,,|}}}||.{|,||||,{{|||,.,......(({{..(({{(((,({({{......}))))})))),,))..)))),,||,||...,||||,,,,.,.,,{{{,..{(((.((((.(((.(((((((((......))))))))).))).)))),)))}||{{{{{{..,.{{{{{{.{{.......((({,{{..(((((((.,,,,......,,.,,,,.....,}})),..})))))),.)})))))).}}}))),,)},}}})))}}}||||....,,,,}}})))}},||||||.,,,,{{{{{.(((((((((.(((((((...{(((....}}}},,...))))))).))))))))).,,,,,.............((((.(((((.............})))),})))}},,........,|)}},,}|||.{{{.,,)}})))))))))))}))..))))},|{{(((((........))).)))),|{((({(,(((((((((((..(((.....................)))))))...))))).)).))}}}|||,,,..,,(((((((((.......)))))))))....}))}))..))))}.))))))))})),.))))..)))),,))))))))))))))).).))))))))).)))))))})))})))...}})))),}}}..(({,((.........,)})))...,,....(((((((({((((((.(((....))).))))))}..))......))))))....}...(((((((.....)))))))..,,.}))))))))))}.)))))))..))))))))).,,}))))))..)))))))).)))).))))))).))))))))))).))))).))))))||||.}|||,|||...,}}}})}))||||{{|.|||||||{||,(((.((((.(((((.(((((((((.((((((..,({,,.(((((.{(((,,{.{{{.....))})))))})))}}{{{...}}}{{.,,,}})))))).))).....((((((.((((((((((..(((((.....,((((((...((((,.{((((((..((((((.,,,,..((((.((.((....}).)).)))),}.}))))))..)))))))))))....))))))|((((.((..((.((......)).))..))..))))....)))))))))))))))((((((......))))))...)))))).}.))))))))))).))))))){{,,,.})}}}),},.)))))))})}.}}}}}}}.,,,,,,|||....,,,|||{{{{,|,,,),))}}}}}..,.......||{......}}}.}},,,.))))))))...))))))))).)))).)))))))....)))).(((((({...(({((((((..,,....}})))).}}}.,.((((((,,{({.......))}}.))))))....(((((((.......))))))),..{((((((((.,(({{.,,{{.....,,),..}))),,)))))))}}..{{.{{{{..{((,(({{{{....,,,))}})),))}..}}}},}).,.,,,,.)))))))..........)))).
Back