Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394423.1
Sequence Length
2235 nt
GC Content
0.5579
GUGCCGUAGCUCGCUCGUCUCCGCCGGGGACGUGCUGCAGCAACGGCUGCAGGGCCGCUAGGCCGACUGGCGCCAGACGCGGCGCGUGGCCACGUUGGUGGUGACCUUCCACGCCAACUUCAACUACGUGUGGCUGGGCCUGCUGGAGCGCGCGCUCCCGGGCCGAGCGCCGCGCGCCAUGCUGGCCAAGUUGCUGUGCGACCAGGUGGUCGGUGCGCCCAUCGCGGUCUCGGCCUUCUACGCCGGUAUGAGCAUUCUCCAGGGAAAGGAUGACAUAUUUUUGGACCUGAAACAGAAAUUCUGGAACACCUAUAUGCAAACUCAGUCGUGGCUUUGGAGAUCACUUUAAGCUUGUCUCCAGCUGGCACACUAAGGAGGGUAAUGGAGAAGCUCCCCCACCCCCAACCCCACCCCUUCCUUCCGGAAGCAAAUCUAAGUCCAGCCCCGGCUCCAGAUCCCUCCCACAGUGGACCUAGGAAACCCUCAGCUCAGAGAACAACCCUGCAUUCCCCACACAACACCCACAAUCAGCCACUGCGGGCGAGGAGGGCACGAGGCCAGGUUCCCAAGAGCUCAGGUCUUGCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCUGUGGGAUCCUGGCCACUGCAGCCUUGAAUUCCUGGGCUCAAGUGAUUCUCUUGCCUCAGCCUCUGGAGUAGCUAGGACUACAGGCCCUCAUCAUCCUGCCUGCUCUGGCCCCUAGUAGCAGCUCAGUUCCUCAAUGGGCCGUGUUUGUCCUGGAGCCCAGAUGGACUGUGGCCAGGAACAUGGAGCUGAUCCAGGACACCUCCCGCCCGCCACUGGAGUACGUGAAGGGGGUCCCGCUCAUCAAGUACUUUGCAGAGGCACUGGGGCCCCUGCAGAGCUUCCAGGCCCGGCCUGAUGACCUGCUCAUCAGCACCUACCCCAAGUCCGGCACUACCUGGGUAAGCCAGAUUCUGGACAUGAUCUACCAGGGUGGUGACCUGGAGAAGUGUCACCGAGCUCCCAUCUUCAUGCGGGUGCCCUUCCUUGAGUUCAAAGCCCCAGGGAUUCCCUCAGGGAUGGAGACUCUGAAAGACACACCGGCCCCACGACUCCUGAAGACACACCUGCCCCUGGCUCUGCUCCCCCAGACUCUGUUGGAUCAGAAGGUCAAGGUGGUCUAUGUUGCCCGCAACGCAAAGGAUGUGGCAGUUUCCUACUACCACUUCUACCACAUGGCCAAGGUGCACCCUGAGCCUGGGACCUGGGACAGCUUCCUGGAGAAGUUCAUGGUCGGAGAAGUGUCCUACGGAUCCUGGUACCAGCACGUGCAGGAGUGGUGGGAGCUGAGCCGCACCCACCCUGUUCUCUACCUCUUCUAUGAAGACAUGAAGGAGAACCCGAAAAGGGAGAUUCAAAAGAUCCUGGAGUUUGUGGGGCGCUCCCUGCCAGAGGAGACCGUGGACUUCGUGGUUCAGCACACGUCGUUCAAGGAGAUGAAGAAGAACCCUAUGACCAACUACACCACCGUCCCCCAGGAGUUCAUGGACCACAGCAUCUCCCCCUUCAUGAGGAAAGGCAUGGCUGGGGACUGGAAGACCACCUUCACCGUGGCGCAGAAUGAGCGCUUCGAUGCGGACUAUGCGGAGAAGAUGGCAGGCUGCAGCCUCAGCUUCCGCUCUGAGCUGUGAGAGGGGCUCCUGGAGUCACUGCAGAGGGAGUGUGCGAAUCAAACCUGACCAAGCGGCUCAAGAAUAAAAUAUGAAUUGAGGGCCCGGGACGGUAGGUCAUGUCUGUAAUCCCAGCAAUUUGGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCAUUUGAGCCCAGGAGUUCGAGACCAACCUGGGCAACAUAGUGAGAUUCUGUUAAAAAAAUAAAAUAAAAUAAAACCAAUUUUUAAAAAGAGAAUAAAAUAUGAUUGUGGGCCAGGCAGAGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCAAUUUGAGAAGUUGAGGCUAGAGGAUCACUGGAGGACAGGAGUUUGGGACCAGCCUGUUCAACAUUACAAGACAUCAUCCCUACAAAAAUUUGAGAAAAUUAUCUGUACGUGAUGGUGGGCACCUGUAGUCCCAGCUACUUGACAAGUGAAGGCAGGAGGAUCGCCUGAGCCAGGGAGGUUAUGGCUGCAGUGGGCUGACUGGGCUAAUCCACUCAAGCCUGAGGGACAGAGCAAAUCUUGCUUGAGAAAUAAAUAAAAUACAAUUUACUUAACAUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-879.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -918.30
Frequency: 0.0000
Diversity: 518.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((.(((((((...))))))).)).).))).))))).((((((((((..(((.((((.(.(((((.((.((((((((((...(((((((.((......)))))))))....((.....)).(((.((((((..(((((....))))))))))).))))))))))))).)))))))).)))))))..))((((....))))...(((.....)))((((((((((((((.((((.(((((.((..(((((((((..(.((((((((((...((..((.(((.......))).))..))...))))).....))).)).)..))))))))).........(((((((((.((((((..((((..((((((...(((((..........................(((((....)))))...........((......)))))))...))))))...))))..)).(((....))).))))..))).))))....)).........................)))).))).)))).))))))).))))))).(((((....)))))..))))))))((((.((((((((.(((((...(((...((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...(((.(((.(((((((..(((((.((((..((.(((((((....(((..((((((.((((((.....(((((.(((((((.(((...))))))))))..)))))))))))...)))))).((((((.((((.((((((.(((..(((((....((..(((((((((((((..(((.....)))..)))....)))))))))).))....))))))))..)))(((((((.....))))))).........((.((((((......((((.....))))...)))))).))........))).)))).))))))...(((((.(.(((((((.(((((..((.(((......((((((.(........).))))))..))).))))))))))).))).)...)))))....(((((((((((((...((((.(((((...(((...((((.(((..(((...)))..))).)))))))...)))))))))..((((....)))).....((.(((((((((((((....((((((((((((..........)))((((.(((.(((.(((((((((((((.((((((((............)))).))))))))))).)).)))))))..)))...))))))))))))))))))))..)))))).)).(((((((((((..((((((...)))))...)..)))))))......))))((..((....))..)))))).))))))))))))....))))))).))....(((((..((((........))))..))))))))))))))...........((((((.........((((((((((((((((((......((((((...(((((..(((((........)))))..)))))...((((.....))))..((.(((((.......))))).))...((((....((((((..((.(((........)))))..).))))))))).))))))....))))))))))...((((.(....).)))).((...(((....)))....))(((((....................))))).)))))))).))))))))))))).))).)))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))((((..(((((....((..((((..(((((((.........................((((((.....)))))).......(((((((((.(((((((((...))).))))))....)))).))))).(((.(((((.(((((.(((.....((..(((((((.(((...)))...)))))))..))........((((((((.((((..(((((....)))))...)))).).)))))))....))).))))).))))).)))..........)))))))...)))).))..)))))..))))..))))))))))).....))))))))...))))).)))))).))))))((((((...))))))...................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
({((({(.((((((.(((((((...))))))).)).|,|||.}}})),{{,,(({(((,.({{{{,{{||,(((((.((.((((((((((,,,(((((((,{(......}}))))))).....,...,,)}.(((.((((((..(((((....))))))))))).))))))))))))).))))))),.,))}})),,}||{||...,)))}|{|,,({||{{.||((((,{((((((((.,{({,{{,{(,({..((({(((((..(,({((,(((((...((..((.(({.......))).))..))...))))).....}}},}}.|,,|||}|||||,..,,,...{{{{{{{,,.|(((((.,{{{{..((.((((...((((...))))...))))}}..........(((((....))))).........|,,,,||,,.{{|{({|{,{|{{{{|..,||{|{.{{{,{{....|{{{||{{,,|}|......,}}}................{{{,,,,,,,}}||{||,.|}|,,||}}|||,}|,||||{((,(({{{,|,|||{.|||||||,,,,,.,{||||||.||||,,,.|}|}}.|}}|}||{||||{{{(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.,.(((.(((.(((((((..(((((.((((..((.(((((((....(((..((((((.((((((.....(((((.(((((({{(((...))))))))))..)))))))))))...)))))).((((((.((((.((((((.({{.{((((({.,.((..(((((((((((((..(((,...,)))..))).,..}))))))))).)),.}}}))))))}..)))(((((((.....))))))).........((.((((((......((((.....))))...)))))).))........))).)))).))))))...(((((.(.(((((((((((({..((.(((..,,,,{{((((.{.....,}...}))))}..))).))))))))))).))).)...)))))....(((((((((((((.,.((((.(((((...(((...((((.(((..(((...)))..))).)))))))...))))))))).,((((....))))}....((.(((((((((((((,,,,(((((((((.{(.,..{{{..,{{,,,,{}|||.|||,{(((((((((((,.(((({({{,.....,,....)))).))))))))))).)).)))}}||,{,,}...))))))))))))))))))))..)))))).)).(((((((((((..{(((((...|}})}..,)..)))))))......)))).({{(,....))}}}.)))))}}))))))))))....))))))).))....(((((..((((........))))..)))))))))))))).}.........((((((.........((((((((((((((((((......((((((.,,(((((..(((((........)))))..))))}..,((((.....)))).,((.(((((.......))))).}}..}|||,....((((({..{{.(((,{,,....))))}.,)))))))}}}),))))))....))))))))))...((((.(....).)))).((...(((....)))....))(((((..,,.,..........))..))))).)))))))).))))))))))))).))).)))..))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))|{||..|||{|,|..|,|||||..{((((.((..{{{{{,.................}})))}...,}.)))))......))||||||||.(((((((((...))).))))))....}}||,},,,|||{|.|||||,||||{.|||.,}}}||..||{{{||.|||,},},,..,))}}|}}..},........(((((((,.((((..(((((....)))))...)))).).)))))))}}..))).))))},))))).}}})},,,}}..,|||||},...}}})))}.)))))),,))))..))))))})))))),,}}}))})},.,{|,|||{,}},))}))))},{((((,...}))))||{{...{,,,{........})))},}},,}.....
Back