Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394691.1
Sequence Length
2714 nt
GC Content
0.5965
AUGCUGACUCAUGUGCCCGCAGCUAGCAGGAGCUGGCAGCAUGGGCUCCCCAGGGGCUACGACAGGCUGGGGGCUUCUGGAUUAUAAGACGGAGAAGUAUGUGAUGACCAGGAACUGGCGGGUGGGCGCCCUGCAGAGGCUGCUGCAGUUUGGGAUCGUGGUCUAUGUGGUAGGGUGGGCUCUCCUCGCCAAAAAAGGCUACCAGGAGCGGGACCUGGAACCCCAGUUUUCCAUCAUCACCAAACUCAAAGGGGUUUCCGUCACUCAGAUCAAGGAGCUUGGAAACCGGCUGUGGGAUGUGGCCGACUUCGUGAAGCCACCUCAGGGAGAGAACGUGUUCUUCUUGGUGACCAACUUCCUUGUGACGCCAGCCCAAGUUCAGGGCAGAUGCCCAGAGCACCCGUCCGUCCCACUGGCUAACUGCUGGGUCGACGAGGACUGCCCCGAAGGGGAGGGAGGCACACACAGCCACGGUGUAAAAACAGGCCAGUGUGUGGUGUUCAAUGGGACCCACAGGACCUGUGAGAUCUGGAGUUGGUGCCCCGUGGAGAGUGGCGUUGUGCCCUCGAGGCCCCUGCUGGCCCAGGCCCAGAACUUCACACUGUUCAUCAAAAACACAGUCACCUUCAGCAAGUUCAACUUCUCUAAGUCCAAUGCCUUGGAGACCUGGGACCCCACCUAUUUUAAGCACUGCCGCUAUGAACCACAAUUCAGCCCCUACUGUCCCGUGUUCCGCAUUGGGGACCUCGUGGCCAAGGCUGGAGGGACCUUCGAGGACCUGGCGUUGCUGGCAUCAGAGUUCACUGGGAUUGUGACCUGGACACCGGGGACUCUGGCUGCUGGCCUCACUACUCCUUCCAGCUGCAGGAGAAGAGCUACAACUUCAGGACAGCCACUCACUGGUGGGAGCAACCGGGUGUGGAGGCCCGCACCCUGCUCAAGCUCUAUGGAAUCCGCUUCGACAUCCUCGUCACCGGGCAGGCAGGGAAGUUCGGGCUCAUCCCCACGGCCGUCACACUGGGCACCGGGGCAGCUUGGCUGGGCGUGGUCACCUUUUUCUGUGACCUGCUACUGCUGUAUGUGGAUAGAGAAGCCCAUUUCUACUGGAGGACAAAGUAUGAGGAGGCCAAGGCCCCGAAAGCAACCGCCAACUCUGUGUGGAGGGAGCUGGCCCUUGCAUCCCAAGCCCGACUGGCCGAGUGCCUCAGACGGAGCUCAGCACCUGCACCCACGGCCACUGCUGCUGGGAGUCAGACACAGACACCAGGAUGGCCCUGUCCAAGUUCUGACACCCACUUGCCAACCCAUUCCGGGAGCCUGUAGCCGUUCCCUGCUGGUUGAGAGUUGGGGGCUGGGAAGGGCGGGGCCCUGCCUGGGGAUCUCAAGGAUGAGGCCCCAGCAUGGAGGAUUGGGGGUAGAAUUCCACCCUUGAACCCCAGCAGACAGUCCCUCCCCUGACUCCCACCUUGGUAGGGUGCUGCCUCAGGGAGCCAUAGAAGUCGGCUGUGUUUUGAGACGGCGACAGAACCUGACCCGUGGAGACUGGGAGAGCCCAGCAGGCACCUGUAUUGCAGGGCUCCGACUGCAUGUGGCAGGGGCUCCUGCUGCGUCUGGGCCUGGAGGUCUCUCUCCCAGUGCUCUGUCCCCAGUGUUCCUAGCAGAGGUAUGCUUACCAGCUGUCAGCACAGACCCUCCUGCUGCCUGGGUCCUGGCCCUCCUCCCCCAUCUGCACCCCCAUCAUAGGUAGAGACCCCACCCUCCCAUCGGUCCUACAUGGGGCUGUGCAGCUGGAGCCAAAAAGGCAAGGUAGAAAGAGGAGUGAUGGGGGAGGGGGAUUGUUUCAGCUUCUCUGGUGCUGUGAUGCCCCAGGAGAGUCCUAAUCUAGGGAAUGGGGUGGAGUAGGCAGAUAAUCCACCUCCCUAUCCCCCAGGCAAGGGCGGAGCAUGUGUCUUGGGCCCACACCUGCUUAGUUUAUGAGGACCGGCUGCUUUCCAGUGGUAGCCCUUUUGCCAUGGAGGUCUGGGAGAGAGAGCAGAGGGCGGCAGGGCUAAGUUGGUGAUCAUUGGGUUCUUCAGGACCUUCUAUAUCCCUCCUCGGUAACCCCCCAGCCCAACCCCUUGGAAUCUUUCCUCCAGGCUUCCUGAGAGCCCUGGGGGUGGGAGGCUGUGGGAGGCUGUACAUCUGAAAUUCACUUCAGUCCAAGUCAUACCUAGGAAGCUGUCUGGGCAGCUGCUCGAGGGAGGCCCUGGCUCUGAUCCCAGGCUGGAUGGAGUGGCUGGAAGGAAUGGUUCCAAACAACACCACCGAGAUCUCCCUCAGGCUGGCCAGGUUUUGCAGCUGGAAUUCUCCUCUUGGUCCCAGGGCGGGGCAGGGAAUUCUAAGUGUCCACCCCAGGGAGGCAAGGGGCUGCUUUCCACUGUGGGUACCUGGUGAUCAGGGCAAGCUGUGGAGGGCCAGGGGUGGGGCUGAGACUGGGCUGACAUCUAGAAUCACCUGCCACCUGGAGCCUCAGUAAAAUGCCUGGGGUCCCUGCUGCCUCUCAAUCUCCAGAGCCAUGUCCAUGGGGAGGUGGGCUCUGAAGGGCGAAGGUGGGAGAGCAGGGCCCCUGAGGCCUGGGUAUCCAAGGAGGGGCACGUGCACCUGAUUCUCCUUGGGGCCCAGAGGAAGCUGAUGUCAUGGCUGGACAAAGUCACGGAGUAAAGCCAGCAAAGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1183.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1228.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 456.53
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((....((((.(((.(((((((((((((((((...(((((((..(((((.......(((((.((((((((((((((((..((......)).)))))).....((...(((((((((((.....(((((..((((..((.(((((((((....((((.(.(((((((((((((((((...(((......)))..((((((((....(((((...((((((............((.........))((((((((...(((........)))..))))))))((((((((((((.(.((((....(((....))).((((((((((......))))))))))......((((((((((...(((((.....((((.((((....)))).))))((......))....)))))...(((((.(((.((((((((.((...(((((.(((....(((((...((((..(((.......(((((((....(((((.((((....))))))))))).))))).....)))..)))))))))((((((((((((((..(((.(((.((((((((((((.((((((((....((((((...(((((...........)))))..........))))))....((((((((........)))))))))))))).))............(((......)))..((((.((....(((......)))....)))))).)))..)))).))))).))((..((((((((((((((...)))...(((.(..((((((((((((((((.((((..((........))..))))))))))))).)))))))..).))).)))))))))))...)).((((........)))).).))))))))))....((..(((((...((((((((....)))))))))))))..)))))))))..))).))))).))))))))))))).))))))))))))))))))).).))).))))))))).....))))))..)))))...))))..))))(((.((((((........)))))))))..((((.....))))...))).)))))).)))))))).))))).........((.(((....)))))....((((..((((.((((.(....).)))).))))..)))))))))))))(((.(((((.....)))..)).))).)).))))..)))))((((((((....)))).)))).((((((.((.((((...((....)).))))...)))))))).)))))))))))..))...)))))))))).)))))((.((((((((((.(.((((((((((..(((((((((...)))))...(((((.(((((....))))))))))((.(((.((.((((((((........)))))))).)))))))......)))).))))))))))).)))..))))))).)).))))).)))))))......((((.((((........)))))))).(((((((......((((((((((((((.((..(((((.((((((..((((((((((...(((.....)))))))).)))))))))...)))))))..))...)))))))))).)))).....))).))))........((((....)))).)))))))))........)))))))).))).)....)))(((((((((((((((((((((((((.....((((.((((.............))))))))))))))..)))))(((...(((.....)))..)))............))))))))))))))......(((((((((((((.........((((((((((((((......((((((....((((((.((......)).))))))))))))((((((......))).)))(((((((((((((((((((((..((((.(((..(((..(((((.(((((..(((((((((((((((.(((..(((((((((((.((((((...(((((.(((.(((((.((..((.(((....((((((....)))))).....)))))..)).))......))).)))....)))))....)))))).)))))))))))......((((((((...(((.(((.((((.((((......(((((......)))))....))))...))))...((((((((((.(((((....((((((((.(((((........))))).(((.(((.(((..(((((.......)))))..).)).))))))...)))))))).))))).)))).....))))))(((((((.((((((.(((....))).))).)))))))))).))).))).)))))))).))))))))))))....)))))).))))).)))))..))).))))))).)))((((.(((((((((((..(((..(((((......)))))..))))))))).)))))..))))........((((((((.(((((((..((((((..((((((((((((.(((....))).)).)))))))..)))......)))))))))))))))))..)))).)))))..))).....))))))))))....)))))))).))))))))))).))))))))...(.(((((......))))).))))).....)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((.,{{((((,{{(,{((((((((((((((((.{{(((((((..(((((.......(((((.((((((((((((((((..((......)).)))))}.....((...(((((((((((.....(((((..((((..((.(((((((((,{(((((,.(.{(((((((({(((((((.,.(((......)))..{{{{|{{{,,..|||{{..,{{||{{...,,.......||,,,,,....}}((((((((...(((........)))..))))))))((((((((((((.(.((({,,..,{,..,.|||,.,((((((((......})))))))))|}...,((((((((((...(((((.....((((.((((....)))).)))),,......,}....)))))...(((((.(((.((((((((.((...(((((.(((....(((((...((((..(((..,....(((((((....(((((.((((....))))))))))).)))))...}})))..)))))))))(((((({((((((({{(,({,((,((((({(((({(,(((({{((,,..((((({...{((({...........}}})}........,.})))))....((((((((........))))))))}}}|||.|}............(((......)))..(((,,((....(((......)))....)))))).))}..)))).)))}).))}|..||||||||||{||,.,|})).,,{((.(..((((((((((((((((.((((..((........))..))))))))))))).))))))),,).}}.,||||}}}}}}}..,)),|{{{........)}))},})).)))))))...,((..(((((...((((((((....)))))))))))))..)))))))))..))).))))).))))))))))))).))))))))))))))))))).).))))))))))))).....}|}|||,.|}}||.{,||||,{|||{(((.((((((........))))))}))|,{{|||.,..,}}}.,,}}},,))))}}}})))))).}}}))..,,}},,.((.(((....)))))....((((..((((.((((.(....).)))).))))..)))),})))))))|{{.|||{|,..,.))).})).))).)).))))..)))))((((((((....)))).)))).((((((.{{.((((.{{((.....),))))...)))))))).))))))))))).,)}..,)))))))))).)))))((.((((((((((.(.((((((((((..(((({((((...)))))|||(((((.(((((....))))))))))||.(((.((.((((((((.{....,.)))))))).)))))}}......)))).)))))))))),})))..))))))).)).))))).)))))))......((({{((((........)))))))).(((((((.....,((((((((((((((.((..(((((.((,(,,..((((((((((..{({{....,)}}))))).))))),,,,...)))))))..))...)))))))))).))))}....))).))))..{{{{..,,,,}}}},,}),)))))))))........)))))))),}))})|,,.|||(((((((((((((((((((((((((.....((((.((((.............))))))))))))))..)))))(((...(((.....)))..)))............))))))))))))))......(((((((((((((.........((((((((((((((......((((({...,((((((.{(......)}.))))))))))))((((((......))).)))(((((((((((,(((((.(((..((((.(((,.(((..(((((.(((((..(((((((((((((((((((..(((((((((((.((((((...{((((.({..(((((.{(..((.(((....((((((....)))))).....)))))..)).||....,,}}.}))))..))))))....)))))).)))))))))))......(((((((({({(((.(((.((((.((((......(((((......)))))....))))...))))...{(((((((((.(((({.,{.((((((((.(((((........)))))|(((.(((.(((..(((((.......)))))..)},).))))),.,.,)))))))}))))).)))).....)))))}(((((((.((((((.(((....))).))).)))))))))).))).)))))))))))).)))))))))))),...}))))).))))).)))))..))),))))))).))),,||}||{{(((((((..(((..(((({......}))))..))))))))).))|||{.||||{{......((((((((.(((((((..((((({.((({(((((((((.(((....))).))}))))))).,}),.},.,,)))))))))))))))))..))))}))))}.}))}....,))))))))))....))))))))}})))))))))))))))))))...|.,{|||,,,...})}))}})))).....)))))......
Back