Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394761.1
Sequence Length
2035 nt
GC Content
0.6236
GUGGGGCUCGCCGUCGGGGUCGGGGUCCGGCGCACCUGCUGGCGGGCCCGGGAGAUCCAGCAGCCAGCCAGCUCUGUGUCAGGGUCGGGGGGUGCAGAAAGUCAGGACAGAAUGAGGGAUAGCUCGGCCCCCAGCUCGGCCUCCUCGUCAGUGACAGAUCUGUACUGCACCCCUCACAGCAGUAGGUCAGACCUCGUCCUGCCCGGCACGGCCGGGGACUUCAGCCUGAGCGCCAGCCUGUCGGCCUGUACGCUGCUCUACGAGGGGGCCGUGGAGCCCAUGCAGAUCGACGUGGACCCCCAGGAAGACCCGCAGAAUGCACCUGACGUCAACUACGUGGUGGAGAACCCCAGCCUGGAUCUGGAACAGUACGCGGCCAGCUACAGCGGCCUGAUGCGCAUCGAACGGCUGCAGUUCAUUGCUGAUCACUGCCCCACGCUGCGGGUGGAGGCCCUGAAGAUGGCCCUCUCCUUCGUGCAGAGAACCUUUAACGUGGACAUGUACGAGGAGAUCCACCGCAAGCUCUCAGAGGCCACCAGGGAGCUGCAGAACGCACCCGACGCCAUCCCUGAGAGCGGCGUGGAGCCCCCAGCCCUGGACACGGCCUGGGUGGAGGCCACGCGGAAGAAGGCGCUGCUGAAGCUGGAGAAGCUGGACACAGACCUGAAGAACUACAAGGGCAACUCCAUCAAAGAGAGCAUCCGGCGCGGCCACGACGACCUGGGCGACCACUACCUGGACUGUGGGGACCUCAGCAACGCCCUCAAGUGCUAUUCCCGGGCCCGGGACUACUGCACCAGCGCCAAACACGUCAUCAACAUGUGCCUCAAUGUCAUCAAGGUCAGCGUCUACUUGCAGAAUUGGUCUCAUGUGCUCAGCUACGUCAGCAAGGCUGAGUCCACCCCAGAGAUUGCCGAGCGAGGAGAGCGUGACAGCCAGACCCAGGCCAUCCUCACCAAGCUCAAGUGUGCCGCAGGCUUGGCAGAGCUGGCCGCCAGGAAGUACAAGCAGGCUGCCAAGUGCCUCCUGCUGGCUUCCUUUGAUCACUGUGACUUCCCUGAGCUGCUGUCCCCCAGCAACGUGGCCAUCUACGGUGGCCUGUGCGCCUUGGCUACCUUUGACCGGCAGGAGCUGCAGCGCAAUGUCAUCUCCAGCAGCUCCUUCAAGUUGUUCUUGGAGCUGGAGCCACAGGUCCGAGACAUCAUCUUCAAAUUCUACGAGUCCAAGUACGCCUCAUGUCUCAAGAUGCUGGACGAGAUGAAGGACAACCUGCUCCUGGACAUGUAUCUGGCCCCCCAUGUCAGGACCCUGUACACCCAGAUUCGCAACCGUGCCCUCAUCCAGUAUUUCAGCCCCUACGUGUCAGCCGACAUGCAUAGGAUGGCGGCAGCCUUCAAUACCACGGUGGCCGCCCUGGAGGACGAGCUGACGCAGCUAAUCCUGGAGGGGCUGAUCAGUGCCCGUGUGGACUCACACAGCAAGAUCCUAUACGCCCGGGACGUGGAUCAGCGCAGCACCACCUUUGAGAAGUCUCUGUUGAUGGGCAAGGAGUUCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAUGAUGCUGCGGGCAGCUGUGCUCCGCAACCAGAUCCAUGUCAAGUCCCCGCCCAGAGAAGGGAGCCAGGGGGAGCUGACUCCAGCCAACAGCCAGUCCCGGAUGAGCACCAACAUGUGAGGGGUGAACCUUGGCCUCCAGGACAUCUGCACCCCCUCCCCACCUCCACGGACCUCGGACCUCCAGGCGGCUCAGUGCUGCCUGCGGCCCAGCUAAGGGGCCUGGCCACUGGGUGCCACCCAGCCUGUGUGCCCUCCCUGGGGCUGAGGAGGCAGGCGGCUGCUAGUUGUGGCCCUUCCUGGAAGGAGAGGCCUGCAGGGCUCGACCCUGUGGGUUUCUGUCCCCAGGGAGCAGACUGUGCGGCACCCAGGCCCAGUGGCACCAUUUCCCAGACCCCUCCUGUUCCCGCCUCAGUCAGGUGCAGACAAGUGGGCGGUGUCCAUUAAAGAGCAGACUCAGCGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-854.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -889.40
Frequency: 0.0000
Diversity: 488.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((.(((....(((((((((((((((((((...((((((.(((...((....))....))).))))))..)))))).(((..((((((((((((....(((.((((((((((((...(((.(((.....))).))).)))))))..........))))).)))(((((((((((...((.(((.....(((((((....((((...))))((((((....((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.(....)))))))))...(((((...(((((.((((.....((.(((..(((..(((....((((((......(((((((.((..(((..((((((.....(((.(((((..(((((.((.(((.(((((.((.((((.((...((..((((((((....)))..))))).)).)).)))).))..)))))))).)).))))).((((((.((((((.....((........))...))))))))))))(((((.((..((((((((.(((.....(((.((........)).)))...)))....)))))))).)))))))(((.(((.(((.((......)).)))))).))).........((.((((.((((((.((((((....(((....))).(((...........)))((..(((.......))).)).))))))..((((.(.(((..(((((.........)))))..))).))).)))))))).)))).))..))))).)))))))))..)))....)).))))).))......))))))....))).)))......))).))..)))).)))))...))))).....((((((.((.((((((((..........)))))))).)).....))))))...((((..((.(((.(((...(((.......)))))).))).))..)))).)))))...)))))).)))))).))))).)))))))...........(((((...(((..(((((.((((((((((((.........(((((....((((.((((.(((.(((((.(((((((......(((((((..........))))))).(((.(((((.((((((((..................))))))))((((((.....))))))((((((((..(..(((((.((((....((((......(((........)))(((.(((((((((..(((((((((.(((....(((....)))..(((((.(((((............))))))))))..(((......)))....(((....))).))).)))))))))(((((((((.((((((....))))))........((((((.(((...........))).))))))....((((..(((((...)))))..))))..)))))))))....(((..(((((....))))).)))...............)))))))))....)))...............))))....))))..)))))..)..)))))))))))).).)))))))))).))))).)))))))...))))........(((....))))))))..........)))))))))))).)))))...))).))))).......))))))))))))).))).)).)))))))))))...(((((...)))))...)))))))))))).)))........))))))).)))))).(((((((.....)))))))))))))).(((.(((((.((((......((((((((...(((((.(((((.(((((((((((.((((((..(((.((........)).))))))))).)....((((((((((((((.....))))))))))))))).)))))))))(((.....)))))))).)))))...)))))))).....)))).)))))..((((..(((((.....)))))..))))(((((((...)))))))...(((....))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,{,((((,((({{..(((((((((((((((((((...((((((.(((...((....))....))).))))))..)))))}.(((..((((((((((((..{{({(,{({({(((((((...(({.(((.....))}.))).))))))){,,,,,{,..,}))),)))(((((((((((...((.(((.....(((((((..{(((((...)))))|{(((,...((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.(....})))))))).,.(((((.,.(((((.((((.....({.{{{..(((...{{,...((((((......(((((((.((..{((,.((((({....{(((.((((({.(((((.((.(((.(((((.((.((((.((...((..((((({{,..,,}))..}}})),}}.)).)))).)).}}))))))).)).))))).((((({{((((((.....((........))...))))))))))))(((({{((..((((((((.(((.....(((.((........)).)))...)))..,.)))))))).))))))}(((.(({{(((.((......)).)))})).))),.,,,,...((.((((.((((((.((((((...{(((,,..},}.(((...........))),,..{||}......},},)}.)))))).{({((,{,,,,.,{|||,,|.{,,,..|},}}..,))})}}.,,)))))).)))).))..))))).)))))))))..)))....)).))))},))......))))))....}}},)))......})}.}}..)))).))))).,.}))))....,((((((.,(,((((((((..........)))))))}.))}....)))))},..((((,,((.{{(,{((...{{{.....,,)))}}),))).}}..)))).))))),..})))))},))))).)))))}})))))),,||....|,.(((((...{{{,.{((((.((((((((((((..,....{.(((({....((((.((((.(({.(((((.(((((((......((((({({{{{{,,...|||||||,{,({((({,(((((((((..................))))))))).|{{(.{{.,|{{|{{,(((,.,,..))),))}|}||||.,..,,,.........}},}}}.},}}}.}}}{{{{{{{{{.,(((((((((.(((..,.(((....))),.{{(({{{{{((,....{{...,,)))))))))}..{{|..,..,)))....(({....))).))).)))))))))|((((((((.((((((....))))))..,,{,..((((((.(((...........))).))))))||..((((..(((((...)))))..))))..))))))))|,,..(((..(((((....))))).))}.}}||,....,,...)))}))))),,,.)}}}}|,.}}}}}..,{.|||,{||.||||..,}))),.)},})))))|||}}}})},..))))))).))))).)))))))...)))).,......{{{....)}}})))).,.,......)))))))))))).))))),..})}.)))))....,,.,}}},.))))))).))).)).)))))))))))...{{{{{...))}}),,.)))))))))))).))).......,)))))))}})))))|(((((((.....))))))))})))}|.||..(((((.((((......((((((((...(((((.(((((,((((((((({(.((((((..(((.((........)).))))))))).}..,.((((((((((((((.....)))))))))))))).,)))))))))|{{.....}}}))))).)))))...)))))))).....)))).))))).{(((({,(((((..,,,}}}}}..))).,{{||||}}.}}}}}},...}})),}.}}},,,...
Back