Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394775.1
Sequence Length
1760 nt
GC Content
0.6176
AGUGGACGGCACGCCGCGGCGGGGUGGGUGCAAGAUGCCGCUGCCGGUUCAGGUGUUUAACUUGCAGGGGGCCGUGGAGCCCAUGCAGAUCGACGUGGACCCCCAGGAAGACCCGCAGAAUGCACCUGACGUCAACUACGUGGUGGAGAACCCCAGCCUGGAUCUGGAACAGUACGCGGCCAGCUACAGCGGCCUGAUGCGCAUCGAACGGCUGCAGUUCAUUGCUGAUCACUGCCCCACGCUGCGGGUGGAGGCCCUGAAGAUGGCCCUCUCCUUCGUGCAGAGAACCUUUAACGUGGACAUGUACGAGGAGAUCCACCGCAAGCUCUCAGAGGCCACCAGGGAGCUGCAGAACGCACCCGACGCCAUCCCUGAGAGCGGCGUGGAGCCCCCAGCCCUGGACACGGCCUGGGUGGAGGCCACGCGGAAGAAGGCGCUGCUGAAGCUGGAGAAGCUGGACACAGACCUGAAGAACUACAAGGGCAACUCCAUCAAAGAGAGCAUCCGGCGCGGCCACGACGACCUGGGCGACCACUACCUGGACUGUGGGGACCUCAGCAACGCCCUCAAGUGCUAUUCCCGGGCCCGGGACUACUGCACCAGCGCCAAACACGUCAUCAACAUGUGCCUCAAUGUCAUCAAGGUCAGCGUCUACUUGCAGAAUUGGUCUCAUGUGCUCAGCUACGUCAGCAAGGCUGAGUCCACCCCAGAGAUUGCCGAGCAGCGAGGAGAGCGUGACAGCCAGACCCAGGCCAUCCUCACCAAGCUCAAGUGUGCCGCAGGCUUGGCAGAGCUGGCCGCCAGGAAGUACAAGCAGGCUGCCAAGUGCCUCCUGCUGGCUUCCUUUGAUCACUGUGACUUCCCUGAGCUGCUGUCCCCCAGCAACGUGGCCAUCUACGGUGGCCUGUGCGCCUUGGCUACCUUUGACCGGCAGGAGCUGCAGCGCAAUGUCAUCUCCAGCAGCUCCUUCAAGUUGUUCUUGGAGCUGGAGCCACAGGUCCGAGACAUCAUCUUCAAAUUCUACGAGUCCAAGUACGCCUCAUGUCUCAAGAUGCUGGACGAGAUGAAGUAUUUCAGCCCCUACGUGUCAGCCGACAUGCAUAGGAUGGCGGCAGCCUUCAAUACCACGGUGGCCGCCCUGGAGGACGAGCUGACGCAGCUAAUCCUGGAGGGGCUGAUCAGUGCCCGUGUGGACUCACACAGCAAGAUCCUAUACGCCCGGGACGUGGAUCAGCGCAGCACCACCUUUGAGAAGUCUCUGUUGAUGGGCAAGGAGUUCCAGCGCCGCGCCAAGGCCAUGAUGCUGCGGGCAGCUGUGCUCCGCAACCAGAUCCAUGUCAAGUCCCCGCCCAGAGAAGGGAGCCAGGGGGAGCUGACUCCAGCCAACAGCCAGUCCCGGAUGAGCACCAACAUGUGAGGGGUGAACCUUGGCCUCCAGGACAUCUGCACCCCCUCCCCACCUCCACGGACCUCGGACCUCCAGGCGGCUCAGUGCUGCCUGCGGCCCAGCUAAGGGGCCUGGCCACUGGGUGCCACCCAGCCUGUGUGCCCUCCCUGGGGCUGAGGAGGCAGGCGGCUGCUAGUUGUGGCCCUUCCUGGAAGGAGAGGCCUGCAGGGCUCGACCCUGUGGGUUUCUGUCCCCAGGGAGCAGACUGUGCGGCACCCAGGCCCAGUGGCACCAUUUCCCAGACCCCUCCUGUUCCCGCCUCAGUCAGGUGCAGACAAGUGGGCGGUGUCCAUUAAAGAGCAGACUCAGCGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-729.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -759.42
Frequency: 0.0000
Diversity: 555.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((..((..(.((.((((.(((((((.((((..((((..(((((((((((.....((((.(((..((..((.(.(((((........))))).).))..))....)))))))...)))))))((((.....))))(((((......))).))(((((((((.(((((..((((((((((.(.((((((((..((((((.....((((...(((((..((((......((.(((((((((((.((((((((........)))).((((((.((((((.....((........))...))))))))))))))))))))..((((((((.(((.....(((.((........)).)))...)))....))))))))))))))).))...))))..)))))..(((((((((...((((((((.........(((((((...(((((.(.((((((.((((((((.......((.((((((...((((......).)))...))(((((((((..((.(((..(((((.(((.....))).(((.((...)).)))...)))))....((((...(((((....))))).....))))..........(((((.......))))).......))).))..)))).)))))..)))).))....))))...)))).)))))).).)))))..(((..(((((......).))))))).)))))))......)))))...)))..)))))))))..........))))...))))))..))))))..)).))))))))))).(((((((...((((((..((.....))..)))))).)))))))......))))).........((((.((((.(((.(((((.(((((((......(((((((..........)))))))...(((..(.(((((((((..................))))))))).)..)))..(((((((.(((......))).)))))))..(((((((............(((((.((((..............).))))))))))))))).((((((((((((((.((((((....))))))........((((((.(((...........))).))))))....((((..(((((...)))))..))))..)))))))))..)))))..(((((....))))).....(((((...(((.......)))))))).((((.((.(......((.(((.(((.((((....)))).))).)))))).)).))))...))))))).))))).)))))))...)))).....))))))))).((((..(((((((((.......)).))...)))))..))))...))))..))))((.(((((.(((........))).)).))).))...(((((...))))).)))))))))))...)))).)).)..))..))..((.((..((((((((.....)))))))).))))(((...(((((.((((......((((((((...(((((.(((((.(((((((((((.((((((..(((.((........)).))))))))).)....((((((((((((((.....))))))))))))))).)))))))))(((.....)))))))).)))))...)))))))).....)))).))))).)))...((((((..(((.......)))....)))))).)))))))...(((....)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((({,{.((((((((.((((.((((((,,(((((({{{(,{({,{(((((((.....((((.(((..((.{((.(.(((((,.....,.))))).},})),))....)))))))...)))))))|{{{.....,}}|(((((,{...,||.{|,{(({(((((.,((((..{({{((((((.({((((((((,,,{(((,.{,,,{{{{{{,||||,.,||||},,,..||.((((((((({({((((((((........)))).((((({{((((((.....((........))...))))))))))))))))))))..((((((((.(((.....(((.((........)).)))...)))..,.))))))))})))))).||,,{||||{,,||,,..||||{||||||.|||{{{({,......,||||{||||.}|||||.,.,||||,.|.|}||||{,..,..,..,.,|||,..||||,,,,..}.},},.,}}|||{(({{,.....,.({(((({..((,,..,{|||...{{(((({{...{((,.{.,......}}}}}..|{((({||,}||||,,..,||,,,.||||,...{{{{{.......}))))}}|....}||,||..|}||{||||||,|||||||,.{{|{|{{{.,{|((((((((.,....,,..)))))))}.}},....)})}},|||{|||||||{{{,,.|||||.,.,,,..,,,))|))|.,,|||.|,,{|||,..|||}},,|)})))),}),.}))})))))}}.(((((((.{.{(((((..((.....))..))))))})))))))......})))).,,.,,.,,{{|||((((.{{,.||{{{.(({((((,,{...|||||||}}}}},,,..)))},,}.,||.,||||(((((((((..................))))))))).,,,{.{{.{((((((.(((......))).)))))))}},|{,{{{.....,,,.,},||{{,,{,{,,..,,.,,,....,)}))))))})}}))))).{{{{,(((((((((.((((((....))))))..,,|,..((((((.(((...........))).))))))}}..((((..(((((...)))))..))))..)))))))))..,}}))..(((((....))))).}},.|{|||,...{}}}}}}},||||||||.||{{,{{.{,,.,...({(,,.,||,||||,.}})))..|||||}}|||||||,|||...|||},}}.}))))})))),))}}.))))},,..))})))))),)},..})}|)))))|,}.,..}||.|||{||||||(,||.},,),||,....}}((.(((((.(((........))).)).))).))..}}}}})},,)),)).)))))))))))...)))).)).{,.,,,..{,.((.((..((((((((.....)))))))).))})||}...(((((.((((......((((((((...(((((.(((((,((((((((({(.((((((..(((.((........)).))))))))).}..,.((((((((((((((.....)))))))))))))).,)))))))))|{{.....}}}))))).)))))...)))))))).....)))).))))).,{(({..(((((.....)))))..)))}.))))))))))))))))...(((....)))......
Back