Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394777.1
Sequence Length
1718 nt
GC Content
0.6176
AGUGGACGGCACGCCGCGGCGGGGUGGGUGCAAGAUGCCGCUGCCGGUUCAGGUGUUUAACUUGCAGGGGGCCGUGGAGCCCAUGCAGAUCGACGUGGACCCCCAGGAAGACCCGCAGAAUGCACCUGACGUCAACUACGUGGUGGAGAACCCCAGCCUGGAUCUGGAACAGUACGCGGCCAGCUACAGCGGCCUGAUGCGCAUCGAACGGCUGCAGUUCAUUGCUGAUCACUGCCCCACGCUGCGGGUGGAGGCCCUGAAGAUGGCCCUCUCCUUCGUGCAGAGAACCUUUAACGUGGACAUGUACGAGGAGAUCCACCGCAAGCUCUCAGAGGCCACCAGGUCCUCUCUCAGGGAGCUGCAGAACGCACCCGACGCCAUCCCUGAGAGCGGCGUGGAGCCCCCAGCCCUGGACACGGCCUGGGUGGAGGCCACGCGGAAGAAGGCGCUGCUGAAGCUGGAGAAGCUGGACACAGACCUGAAGAACUACAAGGGCAACUCCAUCAAAGAGAGCAUCCGGCGCGGCCACGACGACCUGGGCGACCACUACCUGGACUGUGGGGACCUCAGCAACGCCCUCAAGUGCUAUUCCCGGGCCCGGGACUACUGCACCAGCGCCAAACACGUCAUCAACAUGUGCCUCAAUGUCAUCAAGGUCAGCGUCUACUUGCAGAAUUGGUCUCAUGUGCUCAGCUACGUCAGCAAGGCUGAGUCCACCCCAGAGAUUGCCGAGCAGCGAGGAGAGCGUGACAGCCAGACCCAGGCCAUCCUCACCAAGCUCAAGUGUGCCGCAGGCUUGGCAGAGCUGGCCGCCAGGAAGUACAAGCAGGCUGCCAAGUGCCUCCUGCUGGCUUCCUUUGAUCACUGUGACUUCCCUGAGCUGCUGUCCCCCAGCAACGUGGCCAUCUACGGUGGCCUGUGCGCCUUGGCUACCUUUGACCGGCAGGAGCUGCAGCGCAAUGUCAUCUCCAGCAGCUCCUUCAAGUUGUUCUUGGAGCUGGAGCCACAGGUCCGAGACAUCAUCUUCAAAUUCUACGAGUCCAAGUACGCCUCAUGUCUCAAGAUGCUGGACGAGAUGAAGGACAACCUGCUCCUGGACAUGUAUCUGGCCCCCCAUGUCAGGACCCUGUACACCCAGAUUCGCAACCGUGCCCUCAUCCAGUAUUUCAGCCCCUACGUGUCAGCCGACAUGCAUAGGAUGGCGGCAGCCUUCAAUACCACGGUGGCCGCCCUGGAGGACGAGCUGACGCAGCUAAUCCUGGAGGGGCUGAUCAGUGCCCGUGUGGACUCACACAGCAAGUCCCCGCCCAGAGAAGGGAGCCAGGGGGAGCUGACUCCAGCCAACAGCCAGUCCCGGAUGAGCACCAACAUGUGAGGGGUGAACCUUGGCCUCCAGGACAUCUGCACCCCCUCCCCACCUCCACGGACCUCGGACCUCCAGGCGGCUCAGUGCUGCCUGCGGCCCAGCUAAGGGGCCUGGCCACUGGGUGCCACCCAGCCUGUGUGCCCUCCCUGGGGCUGAGGAGGCAGGCGGCUGCUAGUUGUGGCCCUUCCUGGAAGGAGAGGCCUGCAGGGCUCGACCCUGUGGGUUUCUGUCCCCAGGGAGCAGACUGUGCGGCACCCAGGCCCAGUGGCACCAUUUCCCAGACCCCUCCUGUUCCCGCCUCAGUCAGGUGCAGACAAGUGGGCGGUGUCCAUUAAAGAGCAGACUCAGCGUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-707.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -736.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 529.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((..((..(.((.((((.(((((((.((((((...(((((((((((..........((.(((((((((((.((...(((.(.((..(.(((....))).)..)).).)))....)).))..)))........((((((((.....((((.......))))..........(((((.((.(((.(((((.((.((((.((...((..((((((((....)))..))))).)).)).)))).))..)))))))).)).))))).((((((.((((((.....((........))...))))))))))))))))))))..(((......)))..(((.(.((.(((((((((((((((.....)))......))..)))))))))).))).))).)))))).))))))))).))))((((((((.(((((((.((..((((((((((((...(((((((..((((((......(((...........)))((..(((.......))).))....(((((((...(((....(((((.(((.....((((.((.((((((...........((.((...((((...(((((....))))).....)))).)).)).......((((...((((((.((......(((((..(..(((((((((((((.((((((((((((.((.((((((((..........)))))))).)).....))))))((((((((((.(((.(((.((.((((.........(((((..(((.(((((((...(((...))).)))))))..))).)))))...(((((((...((((((..((.....))..)))))).))))))).......)))).))))))))..))))))(((.....(((.((.(((((((...)))))))))))).....)))..........))))(((((((((..................)))))))))..(((.((.(((((((.(((......))).)))))))...)).)))..)))))).))))).....................))))))))..)..)))))((((........))))))))))))...)))).)))))))))))).....)).).)))))..)))...)))))))....)))))).))))))).((((((((((....))))))..))))..)))))).))))))....)).).))))))(((((..((((..(((((...)))))..))))...))))).(((...(((..(((((....))))).))).))).)))))))).....((((((((((((((....)))).((.....))((.(((((.(((........))).)).))).))..)))))).)))).)).)))))))))))...)))).)).)..))..))..((.((..((((((((.....)))))))).))))(((...(((((.((((......((((((((...(((((.(((((.(((((((((((.((((((..(((.((........)).))))))))).)....((((((((((((((.....))))))))))))))).)))))))))(((.....)))))))).)))))...)))))))).....)))).))))).)))...((((((..(((.......)))....)))))).)))))))...(((....)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((({,{.((((({((.((((.((((((,,((((((.,{((((((((((((((.....((((.(((..((.{((.(.(((((,.....,.))))).},}))}))....)))))))...)))))))},{,...{{{{(((,(((.{.,{..(((({.((,.,,(,.{{{{(..((((((((((.(,((((((((,,,((((,,{...{{{{{{,(({{{..||||,..,..||.(((((((((,((((({((((.,......)))).((((({{((((((.....((........))...)))))))))))))))))),}...,....{((((((....)).)))){(((((((({{{((.....}},......))..))))))))))}))))))).}|{.{||||{,,||},..||||{|||{||.|(|{{{({,...,,.{{(((((((,..(((({,,.,{{((({{.{,{{(((,,.,..,....,||({..((({......),)})...,,(((((((,,..{,.,.{((((({{.({,...,,|||,{,||{(((.....|{{,.{,|,,,...||||}..||||{.,,,))))}.....}},),.)})}}...,,,{{,....,|||}}}}}}....}}|.||..))}},||||||,|||||||..{{|{||{{.,{|((((((((.,....,,..)))))))},}},....)})}},|}}||||}|}}{{,...|}}||.,.,}}..},}))}))}.,}}}}.|,.{|||,..|||||},|)|)))},,}}.}))})))))}}.(((((((.{.{(((((..((.....))..))))))})))))))......}))))..).}}),.}.)))),,|}.,.})),)},})))),,,.|...|||||||,,,,,,,,..))))}}}...}))))))|((((((((..................))))))))|..,{(.((.{((((((.(((......))).)))))))}}.}..,,........,.,({(,((((((({.(((((({{,,..,{{{{|||{{.{{|,,},{((....},}|,||{|||||{||}...,||..,,,)))))))))}..{||,.}.,})))..,||{{...}))),}}}.))))))}))|{{{{{(((.((((((....))))))..|||}..{(((((.(((...........))).))))))}},,{(((..(((((...)))))..)))},,})))))}}}...,{||.,(((((....}}))).||...{(((({(((......})).}},.})))||{||{....)}||.....}},|,|||,},})}.)}}}....}))))))),)))...))))),))),,)).)))))))))))...)))).)).{,.,,,..{,.((.((..((((((((.....)))))))).))})|||...(((((.((((......((((((((...(((((.(((((,((((((((({(.((((((..(((.((........)).))))))))).}..,.((((((((((((((.....)))))))))))))).,)))))))))|{{.....}}}))))).)))))...)))))))).....)))).))))).,((((..(((((.....)))))..)))}.))))))))))))))))...(((....)))......
Back