Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394834.1
Sequence Length
2598 nt
GC Content
0.5343
AUUUUCGGCGGCGGGAGCGGCGCAGGCGGCCGAGCGGGACUGGCUGGGUCGGCUGGGCUGCUGGUGCGAGGAGCCGCGGGGCUGUGCUCGGCGGCCAAGGGGACAGCGCGUGGGUGGCCGAGGAUGCUGCGGGGCGGUAGCUCCGGCGCCCCUAGCUGGUGACUGCUGCGCCGUGCCUCACACAGCCGAGGCGGGCUCGGCGCACAGUCGCUGCUCCGCGCGCGCGCCCGGCGGCGCUCCAGGUGCUGACAGCGCGAGAGAGCGCGGCCCUCAGGAGCAAGGCGAAUGUAUGACAACAUGUCCACAAUGGUGUACAUAAAGGAAGACAAGUUGGAGAAGCUUACACAGGAUGAAAUUAUUUCUAAGACAAAGCAAGUAAUUCAGGGGCUGGAAGCUUUGAAGAAUGAGCACAAUUCCAUUUUACAAAGUUUGCUGGAGACACUGAAGUGUUUGAAGAAAGAUGAUGAAAGUAAUUUGGUGGAGGAGAAAUCAAACAUGAUCCGGAAGUCACUGGAGAUGUUGGAGCUCGGCCUGAGUGAGGCACAGGUUAUGAUGGCUUUGUCAAAUCACCUGAAUGCUGUGGAGUCCGAGAAGCAGAAACUGCGUGCGCAGGUUCGUCGUCUGUGCCAGGAGAAUCAGUGGCUACGGGAUGAACUGGCCAACACGCAGCAGAAACUGCAGAAGAGUGAGCAGUCUGUGGCUCAACUGGAGGAGGAGAAGAAGCAUCUGGAGUUUAUGAAUCAGCUAAAAAAAUAUGAUGACGACAUUUCCCCAUCCGAGGACAAAGACACUGAUUCUACCAAAGAGCCUCUGGAUGACCUUUUCCCCAAUGAUGAAGACGACCCAGGGCAAGGAAUCCAGCAGCAGCACAGCAGUGCAGCCGCGGCUGCCCAGCAGGGCGGCUACGAGAUCCCCGCGCGGCUGCGGACGCUCCACAACCUGGUGAUCCAGUACGCCUCGCAGGGGCGCUACGAGGUAGCUGUGCCCCUCUGCAAGCAGGCCCUGGAGGACCUGGAGAAGACUUCAGGACACGACCACCCGGACGUGGCCACCAUGCUCAACAUCCUGGCCUUGGUGUACAGGGAUCAGAAUAAAUACAAAGAUGCAGCUAACCUACUGAAUGAUGCCUUGGCUAUUCGUGAGAAAACUUUGGGCAAAGAUCAUCCUGCGGUGGCGGCGACUUUGAAUAACCUUGCAGUCCUUUAUGGUAAAAGAGGGAAGUACAAAGAAGCAGAGCCGUUGUGUAAAAGAGCUCUGGAAAUCCGAGAAAAGGUUUUGGGGAAGGAUCACCCCGAUGUUGCCAAGCAGUUAAAUAACUUGGCCUUACUGUGCCAGAACCAGGGCAAGUAUGAAGAAGUAGAAUAUUAUUAUCAAAGAGCCCUCGAGAUCUACCAGACAAAACUGGGACCUGAUGACCCCAACGUGGCUAAGACGAAAAAUAACCUGGCAUCCUGCUAUUUGAAACAAGGAAAGUUCAAGCAAGCAGAAACACUGUACAAAGAGAUUCUCACUCGUGCACAUGAAAGGGAGUUUGGUUCUGUAGAUGAUGAAAAUAAACCCAUCUGGAUGCAUGCUGAAGAAAGAGAAGAAUGCAAAGGAAAGCAAAAGGAUGGGACAUCUUUUGGAGAGUAUGGCGGCUGGUACAAAGCCUGCAAAGUUGAUAGUCCAACUGUUACAACCACUCUAAAAAACCUUGGGGCACUUUACAGACGUCAAGGCAAAUUUGAAGCUGCAGAAACGUUAGAAGAAGCUGCUAUGAGGUCUCGUAAACAGCGAAGUAUCUCAGAAAUACCUAAGAAAAUCUUAAGUGCUAAUGGGUCAAACCAUUUUCCCCUGCCUGGCUCACAGGGUCUUGACAAUGUUCACAAACAGAGGGUGGCAGAAGUGCUCAAUGACCCUGAGAACAUGGAGAAGCGCAGGAGCCGUGAGAGCCUCAACGUGGACGUGGUCAAGUACGAGAGUGGCCCUGACGGAGGGGAGGAAGAUGGCACUGGAUCUUUAAAACGCAGUGGUUCCUUUAGCAAACUCCGGGCUUCCAUUAGACGCAGCAGUGAGAAGCUGGUUAGGAAGCUGAAGGGAGGAAGUUCACGAGAGAGUGAGCCAAAGAACCCCGGCAUGAAGCGUGCCAGCUCUCUGAAUGUCCUUAACGUGGGUGGCAAGGCUGCUGAAGAUCGCUUUCAAGGCGUCUCUGGCCGAGCCUCUUUUUGUGGAAAACGACAGCAGCAGCAGUGGCCUGGAAGACGCCACCGCUAACUGACCCCGACCUGGCCCCGCUCCAGGAUGGGACUGCCGAGUGUGGCCCGGAGCUGGCCCGGGACAGCCAGGGCGGCAGGGAGGGCCCCUGGCCGGGAGCCGCAGCGCUCACUCAUUUCUCCUGCGUCUGUGUGCAUAGGACAUGAUACUAAUAACCACACGGCUGGCGUGACCUUGGGGCUGGGGCUGGGCCUAAGCUGGUGCCCUGGUGCGGCGUGGUCUCUCCCAGGAGACCUGGGGCAUGAGCUGGGCCCACGGCUCCCUUCCCAUGUGUAACUUCCUCACGUUGUGUGCGAUAACGUAUUUUAUUGUACAUUUUUUUAAAUUAAAAGUUUAUAUGCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-943.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -991.36
Frequency: 0.0000
Diversity: 612.95
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((((((((((.(((((((.(((..((((.....)))).))).))))))).(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.(.(.(....).).).))).))))))((.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))))).)).)))))))...)).)))))..))))).).))))))))).))).)))(((((((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....)).))(((((..(((((.(((...((((.(((....))).))))........((((..(((.((((.(((((((......((((((((((.......)).))))))))((((((((((((((((((.((((((..........)))))).)))))))).((..((((((....))))))..)).......((.(((....))).))(.(((((((((..(((((..(((((......))))).)))))....(((((.((......(((((((((.((..((((...)))).)).)))))..))))....)).)))))..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((..........)))).)))))))))))).))...)))))))......))))....((((((((.(.(((((((((..((((.((.(((((((...((((((((((((..(((((((............((((..((....))..))))..............))))))).......))).)))))))))..)))))))))...............((((((.(((..((((((((((.(((((((...((((((((((((((((....))))))).............)))))))))(((...))).....((((....))))...((((((.((.....)).)))))).))))))).(((((((......))...))))).(((((((....)))))))......((((((..((((((((.((((((((..((..(((((((((.....))))).)))).........(((((((........((((.((((((((((..((.(((((((......((.(((((....(.(((((((((..(((((((..(((((.((..((((.....((.....)).....))))...)).)))))...((((((..((......))..))))))((((((........))))))((((........))))...))))))).)))).........((((((.....).)))))....(((((.....(((...((((......)))).)))....))))).........((((......)))).....))))))))))).)).......))))...))).)).))))))(((((.((((((.(.......)))))))..))))).....((......))((((((((..((((....))))..)))))))).)))).))))..............(((((((...(((((.((...........)).))))).............))))))).)))))))))..)))))))).))))(((.....))).....(((((......))))).....(((((((.........((((((((..(((((((((.(((.((((..(((....((((......).)))..)))..)))).))).)))).)))))..))((......)).......))))))...((((..(((((((((((......))))((((((((.((.(((.(((..(..((((((.((((((((.....((((.((((....(((((...(..((.((....)).))..))))))....))).....).))))...)))))))).))))))..)....)))))).....))))))))))....)))))))))))...........)))))))((((((((...((.(.((((((((((.(......))))).)))))).)..))...))))))))(((((.(((((.(((((..................((((((...))))))..)))))))))).))))).))))))))))....)))))))..)))..)))....((((((((((((((.((..((..((((.(....).)))).))..))..))))).)).))))))).((.((..(((...(((.((((((((((..((((..((((.((((.....))))))))...))))..))))...)))))).))))))..)))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)..(((((((..(((.........))).....))))))))))))....)))))(((..(((((((((((((.(((.((((((((.........(((((((....))))))))))))))).))))))))))..))).)))..))).))))))))))).)))..))))(((((((((......))))))))).................))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((((((((((((({({(((((.(((..{{{{.,,,.)))),})),})))))),(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.,.(.{....).).}.))).))))))((.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))))).)).)))))))...)))}})))..))))),),))))))))).))).))){((((((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....)).))(((((,.,{(({,{{(,.{{((({(,{.,,,}}},|))}........{{((,,{{(.((((.(((((((..({.((((((((((,........,({{{{|.((((({..((((((((((((.((((((.,........)))))).)))))))).)})),,,|,|}}}},)))))}............},}}}}}}))).}}{.((((((({((.(((((..(((((......))))).))))).},.(((((.((......(((((((((.,(..(({{...)))).}}.)))))..))))....)).)))))..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((.{,...,}..)))).)))))))))))).))...)))))))......))))....((((((((.(.(((((((((..((((.((.(((((((...((((((((((((..(((((((............((((....}}},||{.|,,,...}},........))))))).......})).)))))))))..)))))))))...........,.{{(((,(,.((({{,{,(((,((,{((.,(((..{((((((((((((((((....)))))))..{{.,.....}})))))))))|...}}}{{{{...,{{|,{,{{{{(,..(((((((((((((((|,(...}},)}.}})))))},})}..{{{{||{||||,|,.(((((((....))))))).{{{(.((,,,.)).}}}|(((.((((((((..({..(((((((((.....))))).)))).........((((((({{{.....,,,|}|...((((((..((.(((((((......((.(((((....{,(({((((((..(((((((,.(((((.,{..((((.....((.....)).....))))...,}.)))))...((((((..((......))..)))))),,{{,({.......))}}||((((........))))},,))))))).)))).........{(((((.....}.))))}....(((((...,.(((...((((.....})})).)))....))))).}.},}},.((((......)))).....)))}},))))).)).......)))),..,)).)).))))))(((((.((((((,(.......)))))))..))))).....,(.{{,,.,,((((((((..((((....))))..)))))))).,}}}}))),,,,...........(((((((...(((,{.((...........,,..},},..,....})}...))))))).)))))))))..)))))))).))),,,,.....)))}}}..,((((,,,,,.}})))}},,,,{{{{(({,.......,||||{((,,(((((((((.(((.((((..(((....({((......)},}}..)))..)))).))).)))).))))}..))|,.,..||},,.....,|,||||{...|}}}}||||||{{(((......)))|{(((((((.({.(((.(((..{{{((((((.((((((((.....{((({((((,...,||||...,.,||}|{.,..}},}}...,}}})..,.})),},..,.))))...)))))))).)))))).,)....)))))).....),)))))))},.},,))))))))))}.,........}))))||((((((((...((,(.((((((((((.{......})))).)))))),)..))...))))))))||{{,.((((({,,,,,.}}}}}}...........((((((...)))))).)))))))),}}.)))))..),)))))})}.,{|||||||.{||,{{|||....|||||||{||||{,,||}},,..{(((.{....).)))}{||.{||.{||||,.,,..,},)))}}.}||..|||...(((.((((((((((..((((..((((.((((.....))))))))...))))..))))...)))))).)))|||{{.,.,.))))),))))))))))))))))))))))})))))))),}{{({(((({,,{,|,,,,,,...},......}}||||}..,|}}},.,,.{((((..((((((((((((,{(((.(((((((({,....{.,(({{{{,.,,,,)}))))}))))))).)))))))))),.}))})),.))))}})))))))))).)))..)}||(((((((((......)))))))))}},,{{,,,....}}}})}}))},)))))).
Back