Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394839.1
Sequence Length
2531 nt
GC Content
0.5346
AUUUUCGGCGGCGGGAGCGGCGCAGGCGGCCGAGCGGGACUGGCUGGGUCGGCUGGGCUGCUGGUGCGAGGAGCCGCGGGGCUGUGCUCGGCGGCCAAGGGGACAGCGCGUGGGUGGCCGAGGAUGCUGCGGGGCGGUAGCUCCGGCGCCCCUAGCUGGUGACUGCUGCGCCGUGCCUCACACAGCCGAGGCGGGCUCGGCGCACAGUCGCUGCUCCGCGCGCGCGCCCGGCGGCGCUCCAGGUGCUGACAGCGCGAGAGAGCGCGGCCCUCAGGAGCAAGGCGAAUGUAUGACAACAUGUCCACAAUGGUGUACAUAAAGGAAGACAAGUUGGAGAAGCUUACACAGGAUGAAAUUAUUUCUAAGACAAAGCAAGUAAUUCAGGGGCUGGAAGCUUUGAAGAAUGAGCACAAUUCCAUUUUACAAAGUUUGCUGGAGACACUGAAGUGUUUGAAGAAAGAUGAUGAAAGUAAUUUGGUGGAGGAGAAAUCAAACAUGAUCCGGAAGUCACUGGAGAUGUUGGAGCUCGGCCUGAGUGAGGCACAGGUUAUGAUGGCUUUGUCAAAUCACCUGAAUGCUGUGGAGUCCGAGAAGCAGAAACUGCGUGCGCAGGUUCGUCGUCUGUGCCAGGAGAAUCAGUGGCUACGGGAUGAACUGGCCAACACGCAGCAGAAACUGCAGAAGAGUGAGCAGUCUGUGGCUCAACUGGAGGAGGAGAAGAAGCAUCUGGAGUUUAUGAAUCAGCUAAAAAAAUAUGAUGACGACAUUUCCCCAUCCGAGGACAAAGACACUGAUUCUACCAAAGAGCCUCUGGAUGACCUUUUCCCCAAUGAUGAAGACGACCCAGGGCAAGGAAUCCAGCAGCAGCACAGCAGUGCAGCCGCGGCUGCCCAGCAGGGCGGCUACGAGAUCCCCGCGCGGCUGCGGACGCUCCACAACCUGGUGAUCCAGUACGCCUCGCAGGGGCGCUACGAGGUAGCUGUGCCCCUCUGCAAGCAGGCCCUGGAGGACCUGGAGAAGACUUCAGGACACGACCACCCGGACGUGGCCACCAUGCUCAACAUCCUGGCCUUGGUGUACAGGGAUCAGAAUAAAUACAAAGAUGCAGCUAACCUACUGAAUGAUGCCUUGGCUAUUCGUGAGAAAACUUUGGGCAAAGAUCAUCCUGCGGUGGCGGCGACUUUGAAUAACCUUGCAGUCCUUUAUGGUAAAAGAGGGAAGUACAAAGAAGCAGAGCCGUUGUGUAAAAGAGCUCUGGAAAUCCGAGAAAAGGUUUUGGGGAAGGAUCACCCCGAUGUUGCCAAGCAGUUAAAUAACUUGGCCUUACUGUGCCAGAACCAGGGCAAGUAUGAAGAAGUAGAAUAUUAUUAUCAAAGAGCCCUCGAGAUCUACCAGACAAAACUGGGACCUGAUGACCCCAACGUGGCUAAGACGAAAAAUAACCUGGCAUCCUGCUAUUUGAAACAAGGAAAGUUCAAGCAAGCAGAAACACUGUACAAAGAGAUUCUCACUCGUGCACAUGAAAGGGAGUUUGGUUCUGUAGAUGAUGAAAAUAAACCCAUCUGGAUGCAUGCUGAAGAAAGAGAAGAAUGCAAAGGAAAGCAAAAGGAUGGGACAUCUUUUGGAGAGUAUGGCGGCUGGUACAAAGCCUGCAAAGUUGAUAGUCCAACUGUUACAACCACUCUAAAAAACCUUGGGGCACUUUACAGACGUCAAGGCAAAUUUGAAGCUGCAGAAACGUUAGAAGAAGCUGCUAUGAGGUCUCGUAAACAGCGAAGUAUCUCAGAAAUACCUAAGAAAAUCUUAAGUGCUAAUGGGUCAAACCAUUUUCCCCUGCCUGGCUCACAGGGUCUUGACAAUGUUCACAAACAGAGGGUGGCAGAAGUGCUCAAUGACCCUGAGAACAUGGAGAAGCGCAGGAGCCGUGAGAGCCUCAACGUGGACGUGGUCAAGUACGAGAGUGGCCCUGACGGAGGGGAGGAAGAUGGCACUGGAUCUUUAAAACGCAGUGGUUCCUUUAGCAAACUCCGGGCUUCCAUUAGACGCAGCAGUGAGAAGCUGGUUAGGAAGCUGAAGGGAGGAAGUUCACGAGAGAGUGAGCCAAAGAACCCCGGGGCGUCUCUGGCCGAGCCUCUUUUUGUGGAAAACGACAGCAGCAGCAGUGGCCUGGAAGACGCCACCGCUAACUGACCCCGACCUGGCCCCGCUCCAGGAUGGGACUGCCGAGUGUGGCCCGGAGCUGGCCCGGGACAGCCAGGGCGGCAGGGAGGGCCCCUGGCCGGGAGCCGCAGCGCUCACUCAUUUCUCCUGCGUCUGUGUGCAUAGGACAUGAUACUAAUAACCACACGGCUGGCGUGACCUUGGGGCUGGGGCUGGGCCUAAGCUGGUGCCCUGGUGCGGCGUGGUCUCUCCCAGGAGACCUGGGGCAUGAGCUGGGCCCACGGCUCCCUUCCCAUGUGUAACUUCCUCACGUUGUGUGCGAUAACGUAUUUUAUUGUACAUUUUUUUAAAUUAAAAGUUUAUAUGCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-922.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -967.43
Frequency: 0.0000
Diversity: 617.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((((((((((.(((((((.(((..((((.....)))).))).))))))).(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.(.(.(....).).).))).))))))((.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))))).)).)))))))...)).)))))..))))).).))))))))).))).)))(((((((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....)).))(((((..(((((.(((...((((.(((....))).))))........((((..(((.((((.(((((((......((((((((((.......)).))))))))((((((((((((((((((.((((((..........)))))).)))))))).((..((((((....))))))..)).......((.(((....))).))(.(((((((((..(((((..(((((......))))).)))))....(((((.((......(((((((((.((..((((...)))).)).)))))..))))....)).)))))..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((..........)))).)))))))))))).))...)))))))......))))....((((((((.(.(((((((((..((((.((.(((((((...((((((((((((..(((((((............((((..((....))..))))..............))))))).......))).)))))))))..)))))))))............((((((.((((.((...)).((.((.((((....)))).)).))((((((((....))))))))..((((((((((((.(((((((((((((.........)))).))).))).))).))).)))).(((((...))))).(((((((.......((((((((....)).(((((((....))))))).((((.((....)).))))(((.((((((((..((..(((((((((.....))))).)))).........(((((((........((((.((((((((((..((.(((((((......((.(((((....(.(((((((((..(((((((..(((((.((..((((.....((.....)).....))))...)).)))))...((((((..((......))..))))))((((((........))))))((((........))))...))))))).)))).........((((((.....).)))))....(((((.....(((...((((......)))).)))....))))).........((((......)))).....))))))))))).)).......))))...))).)).))))))(((((.((((((.(.......)))))))..))))).....((......))((((((((..((((....))))..)))))))).)))).))))..............(((((((...(((((.((...........)).))))).............))))))).)))))))))..)))))))).))).........))))))..(((((......)))))........................)))))))(((((((((.(((.((((..(((....((((......).)))..)))..)))).))).)))).))))).........))))).........(((((...)))))..))))..))))))...((((((((((((..(((((.(((..(..((((((.((((((((.....((((.((((....(((((...(..((.((....)).))..))))))....))).....).))))...)))))))).))))))..)....)))))).....))..))).)))))))))(((((.............))))).((((((((((...((.(.((((((((((.(......))))).)))))).)..))...))))))))))....((((((......))))))..........(((((((((((((((((.((..((..((((.(....).)))).))..))..))))).)).))))))).)))..........(((.((((((((((..((((..((((.((((.....))))))))...))))..))))...)))))).)))(((((.....))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)..(((((((..(((.........))).....))))))))))))....)))))(((..(((((((((((((.(((.((((((((.........(((((((....))))))))))))))).))))))))))..))).)))..))).))))))))))).)))..))))(((((((((......))))))))).................))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((((((((((((({({(((((.(((..{{{{.,,,.)))),})),})))))),(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.,.(.{....).).}.))).))))))((.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))))).)).)))))))...)))}})))..))))),),))))))))).))).))){((((((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....)).))(((((,.,{(({,{{(,.{{((({(,{.,,,}}},|))}........{{((|,{{(.((((.(((((((,.{{,(((((((((({........,({{{{|,((((({..((({((((((((.((((((.,........)))))).)))))))).)})),,,|,|}}}},}))))}........,..,}|}|}}}}))).}|{.((((((({((.{((((..(((((......))))).))))).},.(((((,((......((({(((((.{(..(({{...)))).}}.)))))..)))).,..)).)))))..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((.{,...,}..)))).)))))))))))).))...)))))))......))))....((((((((.(.(((((((((..((((.((.(((((((...((((((((((((..(((((((............((((....}}},||{.|,,,.,.}},........))))))).......})}.)))))))))..)))))))))............,,{((({(((..{{...,|{({(({.(((({{{..,((((((((((((((((....))))))),.{{.,....,}}}))))))))(({..,}}}.....{{||,,.,))}),..((((({,{||}},||},|,,})).))})))),,||||||..{{{{|||||||.|..(((((((....))))))).((((.((....)).))))(((.((((((((..{{..(((((((((.....))))).)))).........(((((((({{.....,,,|}|,..((((((..((.(((((((......((.(((((....{,(({((((((..(((((((,.(((((.,{..((((.....((.....)).....))))...,}.)))))...((((((..((......))..)))))),,{{,({.......))}}||((((........))))},,))))))).)))).........{(((((.....}.))))}....(((((...,.(((...((((.....})})).)))....))))).}.},}},.((((......)))).....)))}},))))).)).......)))),..,)).)).))))))(((((.((((((,(.......)))))))..))))).....,{.{,,,.,,((((((((..((((....))))..)))))))).,}}}})))},,,...........(((((((...(((,{.((...........,,..},},..,....})}...))))))).)))))))})..)))))))).))).,,,.....)))}}}..,(((({{{{,.,,)))}},.,.,,..,,,,,,....,,||||}|{.,{{{{{{(((.({{.{(((..{{{....{|||......}},,}..}}},,)))).|||,||||,||},,..))},.}.}}}}}}.....,{.(((({...})))).}))}}..}|||||...((((((((((((.((,(((.({(..({{((((((.((((((((.....{(((,((((,...{||||...,.,||}|{.,..}},}}...,}}})....})),},..,.))))...)))))))).)))))).,)....)))))).....)}}}))),))}})))))(((((.............))))).{(((((((((...(({(,((((((((((.{......})))).))))))})..})...)))))))))}....((((((......))))))..........(((((((((((((((((.((..((..((((.(....).)))).))..))..))))).)),})))))).))),,..,}},}}{((.((((((((((..((((..((((.((((.....))))))))...))))..))))...)))))).}}}(((((.....))))),)))})))))))))}))))))))})))))))),|{{({(((({.,{{|,,,,,,...},......}}|}|}}...|}}},.,,.{((((..((((((((((((,{(((.(((((((({,....{.,(({{{{,.,,,,)}))))}))))))).)))))))))),.}))})),.))))}})))))))))).)))..)}||(((((((((......)))))))))}}.,{{,,,....}}}})}}))},)))))).
Back