Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394840.1
Sequence Length
2523 nt
GC Content
0.5375
AUUUUCGGCGGCGGGAGCGGCGCAGGCGGCCGAGCGGGACUGGCUGGGUCGGCUGGGCUGCUGGUGCGAGGAGCCGCGGGGCUGUGCUCGGCGGCCAAGGGGACAGCGCGUGGGUGGCCGAGGAUGCUGCGGGGCGGUAGCUCCGGCGCCCCUAGCUGGUGACUGCUGCGCCGUGCCUCACACAGCCGAGGCGGGCUCGGCGCACAGUCGCUGCUCCGCGCGCGCGCCCGGCGGCGCUCCAGGUGCUGACAGCGCGAGAGAGCGCGGCCCUCAGGAGCAAGGCGAAUGUAUGACAACAUGUCCACAAUGGUGUACAUAAAGGAAGACAAGUUGGAGAAGCUUACACAGGAUGAAAUUAUUUCUAAGACAAAGCAAGUAAUUCAGGGGCUGGAAGCUUUGAAGAAUGAGCACAAUUCCAUUUUACAAAGUUUGCUGGAGACACUGAAGUGUUUGAAGAAAGAUGAUGAAAGUAAUUUGGUGGAGGAGAAAUCAAACAUGAUCCGGAAGUCACUGGAGAUGUUGGAGCUCGGCCUGAGUGAGGCACAGGUUAUGAUGGCUUUGUCAAAUCACCUGAAUGCUGUGGAGUCCGAGAAGCAGAAACUGCGUGCGCAGGUUCGUCGUCUGUGCCAGGAGAAUCAGUGGCUACGGGAUGAACUGGCCAACACGCAGCAGAAACUGCAGAAGAGUGAGCAGUCUGUGGCUCAACUGGAGGAGGAGAAGAAGCAUCUGGAGUUUAUGAAUCAGCUAAAAAAAUAUGAUGACGACAUUUCCCCAUCCGAGGACAAAGACACUGAUUCUACCAAAGAGCCUCUGGAUGACCUUUUCCCCAAUGAUGAAGACGACCCAGGGCAAGGAAUCCAGCAGCAGCACAGCAGUGCAGCCGCGGCUGCCCAGCAGGGCGGCUACGAGAUCCCCGCGCGGCUGCGGACGCUCCACAACCUGGUGAUCCAGUACGCCUCGCAGGGGCGCUACGAGGUAGCUGUGCCCCUCUGCAAGCAGGCCCUGGAGGACCUGGAGAAGACUUCAGGACACGACCACCCGGACGUGGCCACCAUGCUCAACAUCCUGGCCUUGGUGUACAGGGAUCAGAAUAAAUACAAAGAUGCAGCUAACCUACUGAAUGAUGCCUUGGCUAUUCGUGAGAAAACUUUGGGCAAAGAUCAUCCUGCGGUGGCGGCGACUUUGAAUAACCUUGCAGUCCUUUAUGGUAAAAGAGGGAAGUACAAAGAAGCAGAGCCGUUGUGUAAAAGAGCUCUGGAAAUCCGAGAAAAGGUUUUGGGGAAGGAUCACCCCGAUGUUGCCAAGCAGUUAAAUAACUUGGCCUUACUGUGCCAGAACCAGGGCAAGUAUGAAGAAGUAGAAUAUUAUUAUCAAAGAGCCCUCGAGAUCUACCAGACAAAACUGGGACCUGAUGACCCCAACGUGGCUAAGACGAAAAAUAACCUGGCAUCCUGCUAUUUGAAACAAGGAAAGUUCAAGCAAGCAGAAACACUGUACAAAGAGAUUCUCACUCGUGCACAUGAAAGGGAGUUUGGUUCUGUAGAUGAUGAAAAUAAACCCAUCUGGAUGCAUGCUGAAGAAAGAGAAGAAUGCAAAGGAAAGCAAAAGGAUGGGACAUCUUUUGGAGAGUAUGGCGGCUGGUACAAAGCCUGCAAAGUUGAUAGUCCAACUGUUACAACCACUCUAAAAAACCUUGGGGCACUUUACAGACGUCAAGGCAAAUUUGAAGCUGCAGAAACGUUAGAAGAAGCUGCUAUGAGGUCUCGUAAACAGGGUCUUGACAAUGUUCACAAACAGAGGGUGGCAGAAGUGCUCAAUGACCCUGAGAACAUGGAGAAGCGCAGGAGCCGUGAGAGCCUCAACGUGGACGUGGUCAAGUACGAGAGUGGCCCUGACGGAGGGGAGGAAGAUGGCACUGGAUCUUUAAAACGCAGUGGUUCCUUUAGCAAACUCCGGGCUUCCAUUAGACGCAGCAGUGAGAAGCUGGUUAGGAAGCUGAAGGGAGGAAGUUCACGAGAGAGUGAGCCAAAGAACCCCGGCAUGAAGCGUGCCAGCUCUCUGAAUGUCCUUAACGUGGGUGGCAAGGCUGCUGAAGAUCGCUUUCAAGGCGUCUCUGGCCGAGCCUCUUUUUGUGGAAAACGACAGCAGCAGCAGUGGCCUGGAAGACGCCACCGCUAACUGACCCCGACCUGGCCCCGCUCCAGGAUGGGACUGCCGAGUGUGGCCCGGAGCUGGCCCGGGACAGCCAGGGCGGCAGGGAGGGCCCCUGGCCGGGAGCCGCAGCGCUCACUCAUUUCUCCUGCGUCUGUGUGCAUAGGACAUGAUACUAAUAACCACACGGCUGGCGUGACCUUGGGGCUGGGGCUGGGCCUAAGCUGGUGCCCUGGUGCGGCGUGGUCUCUCCCAGGAGACCUGGGGCAUGAGCUGGGCCCACGGCUCCCUUCCCAUGUGUAACUUCCUCACGUUGUGUGCGAUAACGUAUUUUAUUGUACAUUUUUUUAAAUUAAAAGUUUAUAUGCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-925.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -970.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 517.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((((((((((.(((((((.(((..((((.....)))).))).))))))).(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.(.(.(....).).).))).))))))((.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))))).)).)))))))...)).)))))..))))).).))))))))).))).)))(((((((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....)).))(((((..(((((.(((...((((.(((....))).))))........((((..(((.((((.(((((((......((((((((((.......)).))))))))((((((((((((((((((.((((((..........)))))).)))))))).((..((((((....))))))..)).......((.(((....))).))(.(((((((((..(((((..(((((......))))).)))))....(((((.((......(((((((((.((..((((...)))).)).)))))..))))....)).)))))..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((..........)))).)))))))))))).))...)))))))......))))....((((((((.(.(((((((((..((((.((.(((((((...((((((((((((..(((((((............((((..((....))..))))..............))))))).......))).)))))))))..)))))))))...........(.(((((.(..(((((...(((.((.(((..(((..(((((((((((((((((....))))))).............))))))))))...)))((((........((((((((..(((((((((((((((..(......)..)))))))..)))..((((((((....)).(((((((....))))))).((((.((....)).))))(((.((((((((..((..(((((((((.....))))).)))).........(((((((........((((.((((((((((..((.(((((((......((.(((((....(.(((((((((..(((((((..(((((.((..((((.....((.....)).....))))...)).)))))...((((((..((......))..))))))((((((........))))))((((........))))...))))))).)))).........((((((.....).)))))....(((((.....(((...((((......)))).)))....))))).........((((......)))).....))))))))))).)).......))))...))).)).))))))(((((.((((((.(.......)))))))..))))).....((......))((((((((..((((....))))..)))))))).)))).))))..............(((((((...(((((.((...........)).))))).............))))))).)))))))))..)))))))).))).........))))))..(((((......))))).......(((((((.....((((((......(((((((((.(((.((((..(((....((((......).)))..)))..)))).))).)))).)))))))))))((((((.((((((((.....((((.((((....(((((...(..((.((....)).))..))))))....))).....).))))...)))))))).))))))....)))))))((((.....))))......)).)))))))))))...........))))((((((((((...((.(.((((((((((.(......))))).)))))).)..))...))))))))))....((((((......))))))...........((((((...)))))).))))))))....)))))..).))))).)..(((((((((.(((.(((((...)))))))).))))..)))))....((((.(....).))))(((.(((.(((((.........))))).)))..)))...(((.((((((((((..((((..((((.((((.....))))))))...))))..))))...)))))).)))(((((.....))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)..(((((((..(((.........))).....))))))))))))....)))))(((..(((((((((((((.(((.((((((((.........(((((((....))))))))))))))).))))))))))..))).)))..))).))))))))))).)))..))))(((((((((......))))))))).................))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((((((((((((({({(((((.(((..{{{{.,,,.)))),})),})))))),(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.,.(.{....).).}.))).))))))((.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))))).)).)))))))...)))}})))..))))),),))))))))).))).))){((((((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....)).))(((((,.,{(({,{{(,.{{((({(,{.,,,}}},|))}........{{((,,({(.((((.(((((((..({.((((((((((,........,({{({|.((((({..((((((((((((.((((((.,........)))))).)))))))).)))),,,|,|}}}},)))))}............},}}}}}}))).}}{.((((((({((.(((((..(((((......))))).))))).},.(((((.((......(((((((((.,(..(({{...)))).}}.)))))..))))....)).)))))..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((.{,...,}..)))).)))))))))))).))...)))))))......))))....((((((((.(.(((((((((..((((.((.(((((((...((((((((((((..(((((((............((((....}}},||{.|,,,...}},........))))))).......})).)))))))))..))))))))).........,.{.(((((.(..(((((,,.(((.((.(((..{((..(((((((((((((((((....)))))))..{{.,.....}}))))))))))...))}((((....{{{.((((((((..(((((((((((((((,,(...,,,),.}}))))),.}))..(((((({({{,.|,.(((((((....))))))).((((.((....)).))))(((.((((((((..({..(((((((((.....))))).)))).........((((((({{{.....,,,|}|...((((((..((.(((((((......((.(((((....{,(({((((((..(((((((,.(((((.,{..((((.....((.....)).....))))...,}.)))))...((((((..((......))..)))))),,{{,({.......))}}||((((........))))},,))))))).)))).........{(((((.....}.))))}....(((((...,.(((...((((.....})})).)))....))))).}.},}},.((((......)))).....)))}},))))).)).......)))),..,)).)).))))))(((((.((((((,(.......)))))))..))))).....,(.{{,,.,,((((((((..((((....))))..)))))))).,}},}))),,,,...........(((((((...(((,{.((...........,,..},},..,....})}...))))))).)))))))))..)))))))).))).........))))))..,({((,,,,,.}}))),},,...(((((((.....((((((,,....(((((((((.(((.((((..(((....((((......)},}}..)))..)))).))).)))).)))))}}}|}|((((((.((((((((.....,((({((((,...,||||.....,||}|{....||,|}...,,},}..,.})),},..,.))))...)))))))).))))))..,.)))))))((((.....)))),.....}}.))))))))))).......,...)})){(((((((((...((,(.((((((((((.{......})))).)))))),)..))...)))))))))},,..((((((......))))))...........((((((...)))))).)))))))).,,.)))))..).))))),)}.,{(({{{{{.{((.(((({...,))))})),||||,.,)))},,..{(((.{....).)))}{||.(((.(((((.......},))))).)))..}}}...(((.((((((((((..((((..((((.((((.....))))))))...))))..))))...)))))).)))(((((.....))))).))))))))))))))))))))))})))))))),}{{({(((({,,{,|,,,,,,...},......}}||||}..,|}}},.,,.{((((..((((((((((((,{(((.(((((((({,....{.,(({{{{,.,,,,)}))))}))))))).)))))))))),.}))})),.))))}})))))))))).)))..)}||(((((((((......)))))))))}},,{{,,,....}}}})}}))},)))))).
Back