Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394850.1
Sequence Length
2622 nt
GC Content
0.5130
AUUUUCGGCGGCGGGAGCGGCGCAGGCGGCCGAGCGGGACUGGCUGGGUCGGCUGGGCUGCUGGUGCGAGGAGCCGCGGGGCUGUGCUCGGCGGCCAAGGGGACAGCGCGUGGGUGGCCGAGGAUGCUGCGGGGCGGUAGCUCCGGCGCCCCUAGCUGGUGACUGCUGCGCCGUGCCUCACACAGCCGAGGCGGGCUCGGCGCACAGUCGCUGCUCCGCGCGCGCGCCCGGCGGCGCUCCAGGUGCUGACAGCGCGAGAGAGCGCGGCCCUCAGGAGCAAGGCGAAUGUAUGACAACAUGUCCACAAUGGUGUACAUAAAGGAAGACAAGUUGGAGAAGCUUACACAGGAUGAAAUUAUUUCUAAGACAAAGCAAGUAAUUCAGGGGCUGGAAGCUUUGAAGAAUGAGCACAAUUCCAUUUUACAAAGUUUGCUGGAGACACUGAAGUGUUUGAAGAAAGAUGAUGAAAGUAAUUUGGUGGAGGAGAAAUCAAACAUGAUCCGGAAGUCACUGGAGAUGUUGGAGCUCGGCCUGAGUGAGGCACAGGUUAUGAUGGCUUUGUCAAAUCACCUGAAUGCUGUGGAGUCCGAGAAGCAGAAACUGCGUGCGCAGGUUCGUCGUCUGUGCCAGGAGAAUCAGUGGCUACGGGAUGAACUGGCCAACACGCAGCAGAAACUGCAGAAGAGUGAGCAGUCUGUGGCUCAACUGGAGGAGGAGAAGAAGCAUCUGGAGUUUAUGAAUCAGCUAAAAAAAUAUGAUGACGACAUUUCCCCAUCCGAGGACAAAGACACUGAUUCUACCAAAGAGCCUCUGGAUGACCUUUUCCCCAAUGAUGAAGACGACCCAGGGCAAGGAAUCCAGCAGCAGCACAGCAGUGCAGCCGCGGCUGCCCAGCAGGGCGGCUACGAGAUCCCCGCGCGGCUGCGGACGCUCCACAACCUGGUGAUCCAGUACGCCUCGCAGGGGCGCUACGAGGUAGCUGUGCCCCUCUGCAAGCAGGCCCUGGAGGACCUGGAGAAGACUUCAGGACACGACCACCCGGACGUGGCCACCAUGCUCAACAUCCUGGCCUUGGUGUACAGGGAUCAGAAUAAAUACAAAGAUGCAGCUAACCUACUGAAUGAUGCCUUGGCUAUUCGUGAGAAAACUUUGGGCAAAGAUCAUCCUGCGGUGGCGGCGACUUUGAAUAACCUUGCAGUCCUUUAUGGUAAAAGAGGGAAGUACAAAGAAGCAGAGCCGUUGUGUAAAAGAGCUCUGGAAAUCCGAGAAAAGGUUUUGGGGAAGGAUCACCCCGAUGUUGCCAAGCAGUUAAAUAACUUGGCCUUACUGUGCCAGAACCAGGGCAAGUAUGAAGAAGUAGAAUAUUAUUAUCAAAGAGCCCUCGAGAUCUACCAGACAAAACUGGGACCUGAUGACCCCAACGUGGCUAAGACGAAAAAUAACCUGGCAUCCUGCUAUUUGAAACAAGGAAAGUUCAAGCAAGCAGAAACACUGUACAAAGAGAUUCUCACUCGUGCACAUGAAAGGGAGUUUGGUUCUGUAGAUGAUGAAAAUAAACCCAUCUGGAUGCAUGCUGAAGAAAGAGAAGAAUGCAAAGGAAAGCAAAAGGAUGGGACAUCUUUUGGAGAGUAUGGCGGCUGGUACAAAGCCUGCAAAGUUGAUAGUCCAACUGUUACAACCACUCUAAAAAACCUUGGGGCACUUUACAGACGUCAAGGCAAAUUUGAAGCUGCAGAAACGUUAGAAGAAGCUGCUAUGAGGUCUCGUAAACAGCGAAGUAUCUCAGAAAUACCUAAGAAAAUCUUAAGUGCUAAUGGGUCAAACCAUUUUCCCCUGCCUGGCUCACAGGGUCUUGACAAUGUUCACAAACAGAGGGUGGCAGAAGUGCUCAAUGACCCUGAGAACAUGGAGAAGCGCAGGAGCCGUGAGAGCCUCAACGUGGACGUGGUCAAGUACGAGAGUGGCCCUGACGGAGGGGAGGAAAUGAGGAAAAUGAAGCUCGGGCUGGUUAACUGACUUGCUCAGCGUCCCAUGGCCUAGCCGCCCGUGACUCUCACACUGUCUCCUGCAUGACGGGUGGCGCCUCCCGCAGCUUCCCUUCUCUCUCCAGUGCUGCCCGCUGUGUCUAGCAGCCUCUAGGAUCUUGUCAGAGCUGCACCUCUCUGUGAACUGGCCAUUCCUUUCGGUGCUGCUGUCCUUUUUGGGGGGGUUCCUGAUUUCUGUAUACAUGUAGCUUUGCCAGAUAUGUACUUAGUAAUAUAAACUGUAUUAAUAAAAUCCAUUUACUGUGUAAUACACGAGUUUAAAAAUUAAGAGCGAUUAGCUGUUCACUUUGGUAACAGGUAGUUAAGUGUCACACAAGGUGUUGUUGCAAUGGCAUGACGGUGACCUGUUGACGUAACUAAGCCUUACAGCAAGGCAUGUGCCGCACGUGCUCCGUGGUACUUAGAGCCCUGGGGGCCCCGCUCGGACUCCGGGUCUCCCUAGGAUAUGCCCCAGUAGCAUUUGCUGUGUAGUCUGUGUGUGAAAUUUGGGCAUUCUGCUUUUCUCUACUAAUCUUGAAGUGCUCAGUGAUUUGUGUAUUUGUGUCUUUCUAACUUCUAAUAAACUCACUCCGACUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-898.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -947.18
Frequency: 0.0000
Diversity: 675.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((.(((((((((.(((.(((((.(((.......))).))))).))).)))))).(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.(.(.(....).).).))).))))))((.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))))).)).)))))))...)).)))))..)))))..(((((((((((((....)))..(((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....)))))..)))))...(((((((.(((.......))).))).)))).((((((((((((.((((((((......((((((.....(((((..((((..(((((((....(.(((((.(.((((((((.((((((..........)))))).)))))))).)...((((((....)))))).................(((.(((((.(((((((...((.(((((..(((((......))))).))))).)).))).((((.....)))).(((((.((..((((...)))).)).)))))...(((.(((((((((((..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((..........)))).)))))))))))).))...)))))))......))))...((((((((((((..((.((((...((((((.(((((((...((((((((((((..(((((((............((((..((....))..))))..............))))))).......))).)))))))))..)))))))))................(((((..((((((((.((((((((((.....(((((((((((((((((....))))))).............))))))))))((.(((((((..((((((..((((((..(((..(((((((.(((((...))))).(((((((.......((((((((....)).(((((((....))))))).((((.((....)).))))(((.((((((((..((..(((((((((.....))))).)))).........(((((((........((((.((((((((((..((.(((((((......((.(((((....(.(((((((((..(((((((..(((((.((..((((.....((.....)).....))))...)).)))))...((((((..((......))..))))))((((((........))))))((((........))))...))))))).)))).........((((((.....).)))))....(((((.....(((...((((......)))).)))....))))).........((((......)))).....))))))))))).)).......))))...))).)).))))))(((((.((((((.(.......)))))))..))))).....((......))((((((((..((((....))))..)))))))).)))).))))..............(((((((...(((((.((...........)).))))).............))))))).)))))))))..)))))))).))).........))))))..(((((......)))))........................)))))))(((((((((.(((.((((..(((....((((......).)))..)))..)))).))).)))).))))).(((((((..(((.((......)).)))....)))...))))(((((......)))))..)))))))..)))((.(((((((((((((....((((.........))))......)).)))).))))))).)))).))))...)).))))....))).)))).))..((.(((.(((((((..((((((((((((.(((((((((((((((...((.(((....((.(((.((((.((((....)))).))))))).))....(((...(((((((((((...))))...(((........))))))))))))))))))...))))))))))...(((((.(((((............)))))..)).)))....))))).)))))...)))).)))...))))))))))...))))))))))))(((....))).))))))))...)))))..(((((((.((...))...))))))).(((.(((((((...))))))).)))..))))...(((((((...)))).)))...........)))).))..))))))))))))(((..((((...(((((((((((..(((((...(((((((((((((....))).)).)))...)))))...))))).......((((((((...))))))))..)))))))))))...))))...)))...))))))))))))))))))))))).)))))))).)....))))))).....))))......))))).....))))))))))))))..))).......((((((.(((....))).)))))).))))))))).............)))...))).))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((.(((((((((.(((.(((((.(((.......))).))))).))).)))))).(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.,.(.{....).).}.))).))))))((.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))))).)).)))))))...)))}})))..)))))..{((((((((((({....)))..(((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....))))),.,)))},{{(,,,{{,.|{{{{.,,,.,}},})},)))..,{{{((({{(((((((((|{{.{((((((,.((,{{((((((({.......}}.}))))}}}}},...({({((((((((.((((((.,........)))))).)))))))).)}}},,,(((((,,((|{((.{(({.................((((((((((((,..{(.(((((..(((((......))))).))))).}|,{||.((((.....}|||,(((((.{(.,((((...)))).}}.)))))..,|||.,((((((((((..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((.{,...,}..)))).)))))))))))).))...)))))))......))))...((((((((((({,,((.((((...{(({((.(((((((..,((((((((((((..(((((((............((((....},}}||{,|,,,.,.}}|........))))))).......})},}))))))))..)))))))))...............,(((({,.((((((((.((((((((((.,...(((((((((((((((((....))))))),.((.,.....}}}))))))))|((,(((((((..{(((((..{{({{,..(((..(((((((.(((((...))))).(((((((.......(((((({{{{,,|,.(((((((....))))))).((((.((....)).))))(((.((((((((..({..(((((((((.....))))).)))).........((((((({{{.....,,,|}|.,.((((((..((.(((((((......((.(((((....{,(({((((((..(((((((,.(((((.,{..((((.....((.....)).....))))...,}.)))))...((((((..((......))..)))))),,{{,({.......))}}||((((........))))},,))))))).)))).........{(((((.....}.))))}....(((((...,.(((...((((.....})})).)))....))))).}.},}},.((((......)))).....)))}},))))).)).......)))),..,)).)).))))))(((((.((((((,(.......)))))))..))))).....,(.{{,,.,,((((((((..((((....))))..)))))))).,}},}))),,,,...........(((((((...(((,{.((...........,,..},},..,....})}...))))))).)))))))))..)))))))).))).........))))))..,(((({{{{,.,,)))}},,,..,................))))))){((((((((.(((.((((..(((....({((......)},}}..)))..)))).))).)))).))))}.,{,{,.{..|||,,,...,{{.{((({...})))}.})),,(((((......)))))..)))))))..))){{.((((((((((({..({((({{......,{,|||{{{....))})}}}.})))))}.},,}.))))...}}.))))..,,})).})}),))..,|,|||,||{|||,,|{{((((((((((,{({((((((((({((....(,(({....(({((({(((,.(({,..,,||,,.},))))}.,,,,,.(((...(((((((((((...,},}...{{{........})))))))))))).)))).)}))))}})))})}}|||{(|{||{,.,|},},,....||||},,||.}}},..,))))),))))).}}))))}))...,})))))))))..,))))))))))))(({....))),))))))))...}))))..(((((((.({...})...))))))).{{{.(((((({...})))))).}},..}}}}...{{(((((...)))).}))..,........)))).)).,)))))))))))),,{,.,{((((((((..(((((.(({{(((.{(({(((....))),,))}}..))))))))))}))))),.|||||,,..,},|||{{(((,,,|}}}}}}}..|}|||}|{,,{.{{{|}||)|})}.,,))))))))))||||}}))}}}}},.,,||||,{||,.|||}}}}}},,,,}})})))}}})..}}},))}))}})))})))))))))))}})))).))}|))))))))..)))))))....)))}))))),,}},........})).},))).)))}
Back