Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394852.1
Sequence Length
2325 nt
GC Content
0.5389
AUUUUCGGCGGCGGGAGCGGCGCAGGCGGCCGAGCGGGACUGGCUGGGUCGGCUGGGCUGCUGGUGCGAGGAGCCGCGGGGCUGUGCUCGGCGGCCAAGGGGACAGCGCGUGGGUGGCCGAGGAUGCUGCGGGGCGGUAGCUCCGGCGCCCCUAGCUGGUGACUGCUGCGCCGUGCCUCACACAGCCGAGGCGGGCUCGGCGCACAGUCGCUGCUCCGCGCGCGCGCCCGGCGGCGCUCCAGGUGCUGACAGCGCGAGAGAGCGCGGCCCUCAGGAGCAAGGCGAAUGUAUGACAACAUGUCCACAAUGGUGUACAUAAAGGAAGACAAGUUGGAGAAGCUUACACAGGAUGAAAUUAUUUCUAAGACAAAGCAAGUAAUUCAGGGGCUGGAAGCUUUGAAGAAUGAGCACAAUUCCAUUUUACAAAGUUUGCUGGAGACACUGAAGUGUUUGAAGAAAGAUGAUGAAAGUAAUUUGGUGGAGGAGAAAUCAAACAUGAUCCGGAAGUCACUGGAGAUGUUGGAGCUCGGCCUGAGUGAGGCACAGGUUAUGAUGGCUUUGUCAAAUCACCUGAAUGCUGUGGAGUCCGAGAAGCAGAAACUGCGUGCGCAGGUUCGUCGUCUGUGCCAGGAGAAUCAGUGGCUACGGGAUGAACUGGCCAACACGCAGCAGAAACUGCAGAAGAGUGAGCAGUCUGUGGCUCAACUGGAGGAGGAGAAGAAGCAUCUGGAGUUUAUGAAUCAGCUAAAAAAAUAUGAUGACGACAUUUCCCCAUCCGAGGACAAAGACACUGAUUCUACCAAAGAGCCUCUGGAUGACCUUUUCCCCAAUGAUGAAGACGACCCAGGGCAAGGAAUCCAGCAGCAGCACAGCAGUGCAGCCGCGGCUGCCCAGCAGGGCGGCUACGAGAUCCCCGCGCGGCUGCGGACGCUCCACAACCUGGUGAUCCAGUACGCCUCGCAGGGGCGCUACGAGGUAGCUGUGCCCCUCUGCAAGCAGGCCCUGGAGGACCUGGAGAAGACUUCAGGACACGACCACCCGGACGUGGCCACCAUGCUCAACAUCCUGGCCUUGGUGUACAGGGAUCAGAAUAAAUACAAAGAUGCAGCUAACCUACUGAAUGAUGCCUUGGCUAUUCGUGAGAAAACUUUGGGCAAAGAUCAUCCUGCGGUGGCGGCGACUUUGAAUAACCUUGCAGUCCUUUAUGGUAAAAGAGGGAAGUACAAAGAAGCAGAGCCGUUGUGUAAAAGAGCUCUGGAAAUCCGAGAAAAGGUUUUGGGGAAGGAUCACCCCGAUGUUGCCAAGCAGUUAAAUAACUUGGCCUUACUGUGCCAGAACCAGGGCAAGUAUGAAGAAGUAGAAUAUUAUUAUCAAAGAGCCCUCGAGAUCUACCAGACAAAACUGGGACCUGAUGACCCCAACGUGGCUAAGACGAAAAAUAACCUGGCAUCCUGCUAUUUGAAACAAGGAAAGUUCAAGCAAGCAGAAACACUGUACAAAGAGAUUCUCACUCGUGCACAUGAAAGGGAGUUUGGUUCUGUAGAUGAUGAAAAUAAACCCAUCUGGAUGCAUGCUGAAGAAAGAGAAGAAUGCAAAGGAAAGCAAAAGGAUGGGACAUCUUUUGGAGAGUAUGGCGGCUGGUACAAAGCCUGCAAAGUUGAUAGUCCAACUGUUACAACCACUCUAAAAAACCUUGGGGCACUUUACAGACGUCAAGGCAAAUUUGAAGCUGCAGAAACGUUAGAAGAAGCUGCUAUGAGGUCUCGUAAACAGGGUCUUGACAAUGUUCACAAACAGAGGGUGGCAGAAGUGCUCAAUGACCCUGAGAACAUGGAGAAGCGCAGGAGCCGUGAGAGCCUCAACGUGGACGUGGUCAAGUACGAGAGUGGCCCUGACGGAGGGGAGGAAGGCGUCUCUGGCCGAGCCUCUUUUUGUGGAAAACGACAGCAGCAGCAGUGGCCUGGAAGACGCCACCGCUAACUGACCCCGACCUGGCCCCGCUCCAGGAUGGGACUGCCGAGUGUGGCCCGGAGCUGGCCCGGGACAGCCAGGGCGGCAGGGAGGGCCCCUGGCCGGGAGCCGCAGCGCUCACUCAUUUCUCCUGCGUCUGUGUGCAUAGGACAUGAUACUAAUAACCACACGGCUGGCGUGACCUUGGGGCUGGGGCUGGGCCUAAGCUGGUGCCCUGGUGCGGCGUGGUCUCUCCCAGGAGACCUGGGGCAUGAGCUGGGCCCACGGCUCCCUUCCCAUGUGUAACUUCCUCACGUUGUGUGCGAUAACGUAUUUUAUUGUACAUUUUUUUAAAUUAAAAGUUUAUAUGCCUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-855.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -896.21
Frequency: 0.0000
Diversity: 594.71
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......((((((((((((((((.(((((((.(((..((((.....)))).))).))))))).(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.(.(.(....).).).))).))))))((.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))))).)).)))))))...)).)))))..))))).).))))))))).))).)))(((((((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....)).))(((((..(((((.(((...((((.(((....))).))))........((((..(((.((((.(((((((......((((((((((.......)).))))))))((((((((((((((((((.((((((..........)))))).)))))))).((..((((((....))))))..)).......((.(((....))).))(.(((((((((..(((((..(((((......))))).)))))....(((((.((......(((((((((.((..((((...)))).)).)))))..))))....)).)))))..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((..........)))).)))))))))))).))...)))))))......))))....((((((((.(.(((((((((..((((.((.(((((((...((((((((((((..(((((((............((((..((....))..))))..............))))))).......))).)))))))))..)))))))))...............(((((((..(.....(((.((..(((((((...((((((((((((((((....))))))).............)))))))))(((...))).....((((....))))...((((((.((.....)).)))))).)))))))..)))))....)..)))))))....(((((((....))))))).((((.((....)).))))(((.((((((((..((..(((((((((.....))))).)))).........(((((((........((((.((((((((((..((.(((((((......((.(((((....(.(((((((((..(((((((..(((((.((..((((.....((.....)).....))))...)).)))))...((((((..((......))..))))))((((((........))))))((((........))))...))))))).)))).........((((((.....).)))))....(((((.....(((...((((......)))).)))....))))).........((((......)))).....))))))))))).)).......))))...))).)).))))))(((((.((((((.(.......)))))))..))))).....((......))((((((((..((((....))))..)))))))).)))).))))..............(((((((...(((((.((...........)).))))).............))))))).)))))))))..)))))))).))).(((.....))).....(((((......))))).......(((((((.....((((((......(((((((((.(((.((((..(((....((((......).)))..)))..)))).))).)))).)))))))))))((((((.((((((((.....((((.((((....(((((...(..((.((....)).))..))))))....))).....).))))...)))))))).))))))....)))))))((((.....))))..((..((((((((((((((.((..((..((((.(....).)))).))..))..))))).)).))))))).))...........(((.((((((((((..((((..((((.((((.....))))))))...))))..))))...)))))).)))(((((.....))))).))))))))))))))))))))))))))))))).)..(((((((..(((.........))).....))))))))))))....)))))(((..(((((((((((((.(((.((((((((.........(((((((....))))))))))))))).))))))))))..))).)))..))).))))))))))).)))..))))(((((((((......))))))))).................))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((((((((((({({({(((((.(((..{{{{.,,,.)))),})),})))))),(((((..(((((((..(((((((((((((.(((.,.(,{....).).}.))).))))))({.((.((((.((((((((.(((((.......))))).).))))))).)))})).}}.}}}}}}}...)))}}))),,))))),),))))))))).))).))){{({(((.(((((((..(((((...)))))..).)))))).)))....)).))(((((,.,{(({,{{(,.{{((({(,{.,,,}}},}))}...,....{{((||({(.((((.(((((((,,({,(((((((((({........,({{{{|,((((({..((({((((((((.((((((.,........)))))).)))))))).)})},{,|,|}}},,)))))}........,..,}|}|}}}}))),||{.((((((({((.{((((..(((((......))))).))))).},.(((((,((......((({(((((.{(..(({{...)))).}}.)))))..)))).,..}).)))))..((((...(((((((.((.((((((((..((((((((.{,...,}..)))).)))))))))))).))...)))))))......))))....((((((((.{.(((((((((..((((.((.(((((((...((((((((((((..(((((((............((((....},},||{.|,,,.,.}},........))))))).......})},}))))))))..)))))))))...............((((({{..{{..,,({(,{(..(((({{{...((((((((((((((((....)))))))..{{.,.....}})))))))))|||...}))....,||||.,.,)))),..((((({.{(|||||||,|,,})}.))})))),,}}}}},..,|,,||}}}}}.,..(((((((....))))))).((((.((....)).))))(((.((((((((..{{..(((((((((.....))))).)))).........{(((((({{{.....,,,|}|,,,((((((..((.(((((((......((.(((((....{,(({{{((((..(((((((,.(((((.,{..((((.....((.....)).....))))...,}.)))))...((((((..((......))..)))))).,{{,({.......))}}||((((........))))},.))))))).)))).........{(((({.....}.))))}....(((((...,.(((...((((.....})})).)))....))))).}.},}},.((((......))))....,)))},,))))).)).......)))),..,)).)).))))))(((((.((((((,(.......)))))))..))))).....,(.{{{,.,,((((((((..((((....))))..)))))))).,}}}})))}},}.,.........(((((((...(((,{.((...........,,..,,},..,....})}...))))))).)))))))))..)))))))).))).{{{.....)))}}}..{((((,,,,,.}})))}},,,..(((((((.....{({(((||,...(((((((((.(((.((((..(((....((((......)},}}..)))..)))).))).)))).)))))||||||((((((.{(((((((.....,((({(((({...,||||,...,}}|}||....|||||.,.,}},}.,,.})),}}.,.,))))...))))}))},}}}}}},...)))))))((((.....})))}.{,..((((((((((((((.((..((..((((.(....).)))).))..))..))))).)),,)))))).}},||..|||.,|(((.((((((((((..((((..((((.((((.....))))))))...))))..))))...)))))).))){{|{{.,,,,))))),)))))))))))))}))))))))})))))))),}{{{{((((|,,{,|,,,,,,...},......)}}}}|}..,|)}},.,}.{((((..((((((((((((,{(((.(((((((({,....{.,(({{{{,.,,,,)}))))}))))))).)))))))))),.}))))),.))))}})))))))))),))},.)}||(((((((({......)))))))))}}.,{{,,,....}}}})}}})},)))))).
Back