Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394919.1
Sequence Length
5021 nt
GC Content
0.4609
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUUCCUUAAACCUGUCGGGUUGUGGGCUCUCUCUUUUCCCCUCUUGCUCCUUUCUUUUCUUUUUUUCUGUUUUUUUAAACCUUCCAAGGCAAGUUCAUGGAUACUAAGCUGAUGUGUUUGUUGUUCUUUUUCUCCCUGCCUCCGCUCCUAGUGAGUAACCACACUGGCCGCAUCAAGGUGGUCUUUACUCCGAGCAUCUGUAAAGUGACCUGCACCAAGGGCAGCUGUCAGAACAGCUGUGAGAAGGGGAACACCACCACUCUCAUUAGUGAGAAUGGUCAUGCUGCCGACACCCUGACGGCCACGAACUUCCGAGUGGUAAUUUGCCAUCUUCCAUGUAUGAAUGGUGGCCAGUGCAGUUCAAGGGACAAAUGUCAGUGCCCUCCAAAUUUCACAGGAAAACUUUGUCAGAUCCCAGUCCAUGGUGCCAGCGUGCCUAAACUUUAUCAGCAUUCCCAGCAGCCAGGCAAGGCGUUGGGGACGCAUGUCAUCCAUUCAACACAUACCUUGCCUCUGACCGUGACUAGCCAGCAAGGAGUCAAAGUGAAAUUUCCUCCUAACAUAGUCAAUAUCCAUGUGAAACAUCCUCCUGAAGCUUCCGUCCAGAUACAUCAGGUUUCAAGAAUUGAUGGCCCAACAGGCCAGAAGACAAAAGAAGCUCAACCAGGCCAAUCCCAAGUCUCGUACCAAGGGCUUCCUGUCCAGAAGACCCAGACCAUACAUUCCACAUACUCCCACCAGCAGGUCAUUCCUCACGUCUACCCCGUGGCUGCUAAGACACAGCUUGGCCGGUGCUUCCAGGAAACCAUUGGGUCACAGUGUGGCAAAGCGCUCCCUGGCCUUUCAAAGCAAGAGGACUGCUGUGGAACUGUGGGUACCUCCUGGGGCUUUAACAAAUGCCAGAAAUGCCCCAAGAAACCAUCUUAUCAUGGAUACAACCAAAUGAUGGAAUGCCUACCGGGUUAUAAGCGGGUUAACAACACCUUUUGCCAAGAUAUUAAUGAAUGUCAGCUACAAGGUGUAUGCCCUAAUGGUGAGUGUUUGAAUACCAUGGGCAGCUAUCGAUGUACCUGCAAAAUAGGAUUUGGGCCGGAUCCUACCUUUUCAAGUUGUGUUCCUGAUCCCCCUGUGAUCUCGGAAGAGAAAGGGCCCUGUUACCGACUUGUCAGUUCUGGAAGACAGUGUAUGCACCCUCUGUCUGUUCACCUCACCAAGCAGCUCUGCUGUUGUAGUGUGGGCAAGGCCUGGGGCCCACACUGUGAGAAAUGUCCCCUUCCAGGCACAGCUGCUUUUAAGGAAAUCUGUCCUGGUGGAAUGGGUUAUACGGUUUCUGGCGUUCAUAGACGCAGGCCAAUCCAUCACCAUGUAGGUAAAGGACCUGUAUUUGUCAAGCCAAAGAACACUCAACCUGUUGCUAAAAGUACUCAUCCUCCACCUCUCCCAGCCAAGGAAGAGCCAGUGGAGGCCCUGACCUUCUCCCGGGAACACGGGCCAGGAGUGGCGGAGCCAGAAGUGGCAACUGCACCCCCUGAAAAGGAAAUACCUUCAUUGGAUCAAGAGAAAACCAAACUUGAGCCUGGUCAACCCCAGCUGUCUCCAGGCAUUUCCACUAUUCAUCUGCAUCCACAGUUUCCAGUGAUUGAAAAAACAUCACCUCCUGUGCCUGUUGAAGUAGCUCCUGAAGCUUCUACGUCUAGUGCCAGCCAAGUGAUUGCUCCUACUCAAGUGACAGAAAUCAAUGAAUGUACUGUGAACCCUGAUAUCUGUGGAGCAGGACACUGCAUUAACCUACCAGUGAGAUAUACCUGUAUAUGCUACGAGGGCUACAGGUUCAGUGAACAACAGAGGAAAUGUGUGGAUAUUGAUGAGUGUACUCAGGUCCAACACCUCUGCUCCCAGGGCCGCUGUGAAAACACCGAGGGAAGUUUCUUGUGCAUUUGCCCAGCAGGAUUUAUGGCCAGUGAGGAGGGUACUAACUGCAUAGAUGUUGACGAAUGCCUGAGGCCGGACGUCUGUGGGGAGGGGCACUGUGUCAAUACUGUGGGGGCCUUCCGGUGUGAAUACUGUGACAGCGGGUACCGCAUGACUCAGAGAGGCCGUUGUGAGGAUAUUGAUGAAUGUUUGAAUCCAAGCACUUGUCCAGAUGAGCAGUGUGUGAAUUCUCCUGGAUCUUACCAGUGCGUUCCCUGCACAGAAGGAUUCCGAGGCUGGAAUGGACAGUGCCUUGAUGUGGACGAGUGCCUGGAACCAAACGUCUGCGCAAAUGGUGAUUGUUCCAACCUUGAAGGCUCCUACAUGUGUUCAUGCCACAAAGGCUAUACCCGGACUCCGGACCACAAGCACUGUAGAGAUAUUGAUGAAUGUCAGCAAGGGAAUCUAUGUGUAAACGGGCAGUGCAAAAAUACCGAGGGCUCCUUCAGGUGCACCUGUGGACAGGGGUACCAGCUGUCGGCAGCUAAAGACCAGUGUGAAGACAUUGAUGAAUGCCAGCACCGUCAUCUCUGUGCUCAUGGGCAGUGCAGGAACACUGAGGGCUCUUUUCAAUGUGUGUGUGACCAGGGUUACAGAGCAUCUGGGCUUGGAGACCACUGUGAAGAUAUCAAUGAAUGCUUGGAGGACAAGAGUGUUUGCCAGAGAGGAGACUGCAUUAAUACUGCAGGGUCCUAUGAUUGUACUUGUCCGGAUGGAUUUCAGCUAGAUGACAAUAAAACAUGUCAAGAUAUUAAUGAAUGUGAACAUCCAGGGCUCUGUGGUCCGCAAGGGGAGUGCCUAAACACAGAGGGUUCUUUCCAUUGUGUCUGCCAGCAGGGUUUCUCAAUCUCUGCAGAUGGCCGUACGUGUGAAGAUUUAGAUGUAGAUGUAGAUCAACCCAAAGAAGAAAAGAAAGAAUGCUACUAUAAUCUCAAUGACGCCAGUCUCUGUGAUAAUGUGUUGGCCCCCAAUGUCACGAAACAAGAAUGCUGCUGUACAUCAGGCGUGGGAUGGGGAGAUAACUGCGAAAUCUUCCCCUGCCCGGUCUUGGGAACUGCUGAGUUCACUGAAAUGUGUCCCAAAGGGAAAGGUUUUGUGCCUGCUGGAGAAUCAUCUUCUGAAGCUGGUGGUGAGAACUAUAAAGAUGCAGAUGAAUGCCUACUUUUUGGACAAGAAAUCUGCAAAAAUGGUUUCUGUUUGAACACUCGGCCUGGGUAUGAAUGCUACUGUAAGCAAGGGACGUACUAUGAUCCUGUGAAACUGCAGUGCUUUGAUAUGGAUGAAUGUCAAGACCCCAGUAGUUGUAUUGAUGGCCAGUGUGUUAAUACAGAGGGCUCUUACAACUGCUUCUGUACUCACCCCAUGGUCCUGGAUGCGUCAGAAAAAAGAUGUAUACGACCGGCUGAGUCAAACGAACAAAUAGAAGAAACUGAUGUCUACCAAGAUUUGUGCUGGGAACAUCUGAGUGAUGAAUACGUGUGUAGCCGGCCUCUUGUGGGCAAGCAGACAACGUACACUGAGUGCUGCUGUCUGUAUGGAGAGGCCUGGGGCAUGCAGUGUGCCCUCUGCCCCCUGAAGGAUUCAGAUGACUAUGCUCAGCUGUGUAACAUCCCCGUGACGGGACGCCGGCAGCCAUAUGGACGGGACGCCUUGGUUGACUUCAGUGAACAGUAUACUCCAGAAGCCGAUCCCUACUUCAUCCAAGACCGUUUUCUAAAUAGCUUUGAGGAGUUACAGGCUGAGGAAUGCGGCAUCCUCAAUGGAUGUGAAAAUGGUCGCUGUGUGAGGGUCCAGGAAGGUUACACCUGCGAUUGCUUUGAUGGGUAUCACUUGGAUACGGCCAAGAUGACCUGUGUCGAUGUAAAUGAAUGCGAUGAGUUGAACAACCGGAUGUCUCUCUGCAAGAAUGCCAAGUGCAUUAACACCGAUGGUUCCUACAAGUGUUUGUGUCUGCCAGGCUACGUGCCUUCUGACAAGCCAAACUACUGCACUCCGUUGAAUACCGCCUUGAAUUUAGAGAAAGACAGUGACCUGGAGUGAAACAGAAUCUACAUAACCUAAGCCCAUAUACUCUGCACUGUGUAAAGGAAAAGGGAGAAAUGUAUUAUACUUGAGACAUUGCACCUACCCCGGAAGGCUGGAAAUACAGAAACAGCAUGGAAUUGCAAGUCCUCUGAAGACAAUGAGAGGAUUUAGGAUGAGCCCGAUAGGUGUGGCAGACCAAAUGGACAUUUCUCUAAAAAACCAGUAUAUAUAGUCUGUUCAUAUGUAAAAUUCAAUGGAAGAGAGGUGGAACAGUGCUGUUAUUUUAAACAGAAGGUUGUAUUAUUAUGUUGUUUUGUUUUUUUACUAUUGCUUGAUUAAAUUUGGCAUUUAAAUAGUGGUGGAAAUAUUUUAUAUAAUUUUCAUUUUUUGGUUGUGCAGUUCCUUGGCUACUGUUUUUCUUUUACUUCAGUUUUUUAAAAAUCUCAAAUGAAAAAGUCUUCGAUACAAUAUUGUUAAGCUGUAUUAUAAGUAUUGUUACACAGGGUUAUGCAAUUCCCGGCCUGGAGCAUUUUUGAAAUUCAAAUUGUCUGUCCUGUGGAGCAGGCAGUGAUUUUGUUCCAAAACUUUGUAUACACAUUUGGAGAAAAGUACUUUAUAUUUUCAGUGUUUUGUCUGAUUUUAAUGUCCGUUCUUAGCCAAGCUGCUAGCAGGUGUUAAUUGGAUCCCUUUCCUUCACUGAAAUGGAAGAGUUUAUAAGCUUACGUUAGUAUUGUAAUAUGUAAAGUAAGCCCAACAAAAAUUUUUAAAAAUUUGAUGAUCCCCAAUAUAUCUACCAUUGUAUGUUAAAUAAAUCACCAUUUUUGUAGAAAAAAUUCUACCUGAGAGUAAUUGUCAAUGAGUACAUGUGUAUAAGUUGUAUCCCACUCUCCCCACUUUUAUCUUUUCCAGUGGUCUUCUGUUAAUGUAGUGUCUUUUACAAGUUAAUCAUUAAAUUUGUUAGAUCUUGUUAUGGGCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1541.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1637.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 1028.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((.....((((((.(((.(((((((....((.(((((((((.....(((((((((((((((((.((((((((((((....(((((((................((((((((((........((((((..(((((((((......(((((((.(((((.(((((((((((((.((((((..((..((((((........))))))..))....)))))).((((((...........))))))...(((......)))((((((((....)))))))))))))))))))))..((((.(((((....))))).))))(((((((..(.(((((((((((((((.(((....((((((((...))))).)))....)).....).)))))).(((.((((..((((((........)).))))...)))).)))...........)))))............))))))))))))..)))))..))))))).((((((((.(((......)))))))))))......((((((((((((((((((.(((((((((((..((((.((.(((.(((((((((...(((((.(((((((((.(((((((......((((.....(((((((((((((((..(((.((((........((((((.........(((((.....)))))..........))))))..((.((((.........)))).)).....(((((((.......)))).))).((((..........................))))......((((.......))))((((........)))))))).))).)))).))))).......((((((.(((((......)))))...))))))..........(((((.((((((((((((((((((...((.((((((...................)))))).))..((((......)))).......((.(((((((((((((((((((((.....((((((..((((((((((..((...((((((....)))))).))...))))))).(((((..((((((..........)))))))))))........)))))))))....(((((((((...))))))))).....(((((((((.((((((((((.((((((.((((((..((((((((((((((............))).(((((((((((((((..((.(((...((((((((((((.((..((((((...)))))))))).)))))).))))..)))))..)))))))((......))..))))))))...((.((((((((((((......))))...(.((((((((.....((((.((((....(((((.(((((....(((...(((.....)))...)))))))).)))))...))))..))))....)))))))).))))))))))).....(((((((((.((......)).))))...)))))))))))....))))))))))).)))))).((((.(..((((.((((....))))..))))..).))))..((((.....))))....))))).)).))).))..)))))))))))))).................))))).)))))....)))).)).))))))))))))..(((((.(......)))))).((((..((((((......((((((((((((((((((..(((((..(((..((((((((.((((........(.(((((.((((...................)))).))))).)((((((.(((......(((((.((..((.((((((((((((...(((.....)))))))))((((((((((..((((((...(((.(((((.....((((....)))).)))))))))))))).(((((((((((..(((....)))((((((....)))))).((...((..((((((.((((.((....((((.(.(((..(((((.(((((((.(((((.(((..((((.(((.(((((.(.((((((((((.(.((((((.((((((((((((((((((.(((..(((((((.(((((((((...)))).))..))).))..(((((((((.((((..........(((((..((((.(((((((((((.((.((((.(((....(((((((((((((((....(((((.....)))))...)))).))).)))..)))))..))).)))..).)).))))))))))).))))..))))))))).))).))))))...)))))..)))..))))))))))))).)))))..........((((....(((......((((((((((((.(((.....(((((.((.(((((((((...(((((((((.......((((((((((((.......((((((.((((..(((((.((((....)))).)))))(((((....)))))......((((((....))))))......((((((((.(......).)))))....)))((((......))))))))))))))((((.((.((((.(...(((((((...((((......))))...)))).)))...).)))))).))))...((((.(((((....))))).))))..((((..(((((.......)))))..))))....)))))).)))))).))))))))).)))...(((((........))))).)))))).)).))))).......))).))).)))))))))...)))....))))..))))))..).)))))))))).)))))))))..))))..)))))))).))).((.(((......))).))..((((((.((....)).)))))).................................(((.((..(((....)))..)).))).)))))))))..)))..).))))....)).)))).))))))..))....))..((.(.((((((((.........)))))))).).)))))))))))))........)))))))))).)))))).))..))...)))))..)))))))))))))))))).))))))..)))))..)).)))..........(((((((...((((........)).))....)))))))((((((((((.((..((((...((((((((((((((...((.((((((..((.(((((((...))).)))).))....))))))))((((((((......)))))))).....((((((((((..((.(.((..((((....))))..)).))).))))))))))((((((((((.((...((((....(((((((........)))))))..)))))).)))))...........)))))....(((((.(((.((((((...(((.(((....((((.....))))....((((((..((((((.((((..(((...(((((....((((((((.(((((.(.((((........))))..).))))).))))))))..))))).)))..)))).....((((..(((((......))))).))))((((...))))..))))))...))))))..))).))).)))))).))).)))))......))))).))))..))))).......))))..))))))))))))......)))))).)))))))))))))..))))..)))))))))))...))))))....))))..))))))).)))....)))))).)).)))....)))).))))).))).)))))))))))...)).)))).))...))))).........)))))).)))))((.((((...(((((((..((..(((....)))..)).)))).....)))...))))..)).((((((((((((....((((.....))))...))))...))))).)))....)))).)))))...)))))).......))))))))))......)))))))..........................(((((........)))))..))))))))))))(((((.(((....))).)))))...))))).((....))(((......))).....(((......)))(((((((((.(......).)))))))))......))))))))))))(((((((((...(((.((.................)).)))...))))).))))..............))))))).)).))..)))))))))).....((((((((.(.((((....)))).).)))))))).............(((((..(((((((((....(((((((((((.(((((((((..((((((.(..((((.((((.(((((.........)))))..((((((((.((((((.(((((((((((((....(((......)))...((((((((..(((......)))..))))))))....((((................))))))).)))))))))).....(((((((((((...))).)))))))).(((((.(((((((....(((....)))))))))).)))))...........((((........))))..((((((.(((((..((((...))))..))).))))))))..(((......)))...)))))).)))))))).......((((((....((((....)))).....)))))).)))).))))..)...))))))..)))).....))))).)))))))))))))))))))).)))))........((((((....))))))..((((((......((((..((((....))))..))))......)))))).(((((............)))))..))))))....)).)))))))..(((((((........)))))))(((.(((......))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((.((.....((((((.(((.(((((((....((.((((((((((....(((((((((((((((((.((((((((((((....{{(((((..,,.........,,.((((((((((.....,{.((((((..(((((((((......(((((((.(((((.(((((((((((((..,{{....((((..((((({..{((((.|{||.....,},,}))))),}}))))..))))..,.}},.,,...(((......)))((((((((....)))))))))))))))))))))..((((.(((((....))))).))))(((((((..(.(((({((((((((((.,......{{(((((,...,)))},}}},,{,......})})))))).(((.((({..(((({(........}),))))...}))}.))).{|,...,,..}}})}.,.,..,,....))))})))))))..}))))..))))))).((((((((.(((......))))))))))),{{{,.(((({((((({((((({,.{{{(({,,{{.,,{((((((.......((((({{,.,,||,..,}}|))|||..,.}))))}.{(((((.((({.,,((((,{{{(({({.{,.,,...,,..,.||}||{{{{,.,..,|,.(((((.....)))))..........((((.((((((((((.........(((((((.{{,.(((((((.......)))).)))....{{{.{{{{{.,.,,..(((((.,.{((((((.....,{(((.......}}})|,{,...{{(({{{(((((((((((...,((((({.,((((.((((((((((.,.{({.{(((.(((((.((........)).)).))).))))}),,.))))))(((,..((.((((((.,,.............,..)))))).)).,||,((,,{{{{(((......))}..}))))),{{(((({{{{({{.....((((((..,,,(((((((..((...((((((....)))))).)).,.))))))).(((((..{(((((.,{.....,,}))))}))))|,.......}}}))))))....(((((((((...))))))))).....((((((({{.((((((((((.((((((.((((((.{(((,,((((((,,.,,,,,,{{....,|||{((((((((((((((..((.(((...((((((((((((.({..{(((((...))))))),)).)))))),,)))..)))))..))))))){,......}}..)))))))|.,,{|.||{{,,,.{(({......))))||,(,{(((((((....,((((.((((.{{.(((((.(((((,,..|((.,,{||.....))).,.))}))))).)))))..|)))}.,})}}....}))))))),)},,}))))}.....{(((((((((.((......)).))))...)))))))))))....)))),)))))).)))))).((((.(.{((((.((((....))))..)))).},.))))..((((.....))))....)))))},).))}.}}..)))))))((((((.,,........}}...))))))........{((((((((((((((((((......(((({,{......})))))...)))))..,((.(((((..(....)..))))).))}{(((.(((((((.{(((((((.((((..,.....|.(((((.((((...................)))).))))).,((((((.(((......(((((.((..((.((((((((((((...(((.....)))))))))|(((((((((..((((((...(((.(((((.,{{{,(,,....)))),)))))))))))))).((((((((((,.,((,...,))}((((({....}))))),{{...{(,,((((((.((((.((....((((.(.(((..,,,.(((((.(((.{((((.(((..((((.((,{(((((.(.((((((((((.(.((((((.{(((((((((((((((((.(((,.(((((((,{({((((((...)))).))..})),}}..(((((((((.((({.........,(((((..((((.(((((((((((.((,((((.(((.,..(((((((((((((((....(((((.....))))).}.))))}})).)))..))))),.))).))).,).)).))))))))))).))))..))))))))).)))}}}))))...))))),.)))..))))))))))))).))))}..........((((..{.(((......((((((((((((.(((.....(((((.((.{((((((((...(((((((((.......((((((((((((.......((((((.(({,,,(((((.((((....}})}.})))){{||{,,.,)))}}......((((((....)))))).....{((((((((.(......).)))))....)))}|||},....),)))))))))))}((((.{(.((((.(..{(((({({.(,(({{.,,,,.})))}}.}))),)}},},).}}}}}}.}}},..,((((.{((((....))))}.)))}.,((((..(((((.......)))))..)))).,..))))))}}))))).))))))))).)))...(((((........))))).)))))}.)).))))).......))).))).)))))))))...}))},..))))..))))))..).)))))))))).)))))))))..))))..))))))))})}))))).|({{{{{{(({.{{..((((((.{{,,,.}}.}}}))).........................}|,,,,,.(((.((..(((....)))..)).))).}))))}))))})))..}.))))....)).)))).))))))..,,...,)),.(((,.((((((((.........))))))))},.)))))))))))))........)))))))))}.}))))).))..))...)))))..)))))))))))))))))).}},,}}..))))))|,|.,},,},.....)))))))))))))),,.....,{{||{{,,((((((.........)))))))))))))).)))))),.}))))))....((.((((((..((.(((((((...))).)))).))....)))))))),(((((((......)))))))},,...((((((((((..((.(.((..((((....})))..)).))).))))))))))...}},,,.)))).))))))))))|((((((........))))))}...))))))))))|,....................})).)))}}.....)))))))}.))))).,||..}}}}))))....,|{||||.((((((.{(((,,(((...(((((....((((((((.(((((.(.((((.,....,.))))..).))))).))))))))..))))).))),,|}}}..,,,({((..{((((......))))).))))(({{...)))),.)))))).}})}),)))))))))))))}})))))))))).,,.....,,.,||||,.||||||||{,,...({((((.{{.((((((((((...,,..{,{((({{{|||.{{.,{....|..}).}}).))))))}.)},)}}))))))))))..)).)))))),,..|)),||||..,})))}.)}},)))))}.,))}),)))).)))))},)),}))).,}...})))).}}}),..,)))))),)}}}}{{.((((...((({(((..{{..(({....}))..}}.)))}..,,,)))...))))..}}.((((((((((((.,..((((.....))))...))))...))))).)))....)))),}))))...))))))}}.....)))))))))).},...)))))))...,,....,,,,,,......,....,,{{|,......,)))))..))))))))))))(((((.(((....))).)))))...))))).((,,..}}(((......}}}.....(((......)))(((((((((.(......).)))))))))......))))))))))))(((((((((...,((,,,..............,,,,,.,,,...)))))}})))..............)))))))})).))..)))))))}}}.....((((((((.(.((((....)))).).)))))))).........,,..(((((..(((((((((....(((((((((((.(((((((((..((((((.{.{((({.((((.(((((..{..{{{{||||,..,,{,,,,,.,,|||{.{{{{{{{{{{{{{....{{{......,}}|..((((((((..(((......)))..))))))))....{{(({..........,,,,,))})))),}}}}}|||}}.,},.(((((((((((...))},)))))))).{((((.{((((((....(({....)))))))))}.)))}},{,,,,.....((((........))))..,{{{{|,{{,,...{|||,,,}}})}}))).})}}}}}}..|||,.....}}}..,)))))),})))))},.......((((((.,,,{(((....}})).}),.)))))).}}}),}))}......})))))..)))).....))))).)))))))))))))))))))).)))))........((((({....})))))..((((((......((((..((((....))))..))))......)))))).(((((............)))))..})))))....)).))))))),.{((((((........))))))}(((.(((......))))))..
Back