Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394925.1
Sequence Length
4865 nt
GC Content
0.4606
AGAGACACCACUGAAUACAGAGCAGCGAGCACUGAAGGCUUCCCUCUUUCCUUAAACCUGUCGGGUUGUGGGCUCUCUCUUUUCCCCUCUUGCUCCUUUCUUUUCUUUUUUUCUGUUUUUUUAAACCUUCCAAGGCAAGUUCAUGGAUACUAAGCUGAUGUGUUUGUUGUUCUUUUUCUCCCUGCCUCCGCUCCUAGUGAGUAACCACACUGGCCGCAUCAAGGUGGUCUUUACUCCGAGCAUCUGUAAAGUGACCUGCACCAAGGGCAGCUGUCAGAACAGCUGUGAGAAGGGGAACACCACCACUCUCAUUAGUGAGAAUGGUCAUGCUGCCGACACCCUGACGGCCACGAACUUCCGAGUGGUAAUUUGCCAUCUUCCAUGUAUGAAUGGUGGCCAGUGCAGUUCAAGGGACAAAUGUCAGUGCCCUCCAAAUUUCACAGGAAAACUUUGUCAGAUCCCAGUCCAUGGUGCCAGCGUGCCUAAACUUUAUCAGCAUUCCCAGCAGCCAGGCAAGGCGUUGGGGACGCAUGUCAUCCAUUCAACACAUACCUUGCCUCUGACCGUGACUAGCCAGCAAGGAGUCAAAGUGAAAUUUCCUCCUAACAUAGUCAAUAUCCAUGUGAAACAUCCUCCUGAAGCUUCCGUCCAGAUACAUCAGGUUUCAAGAAUUGAUGGCCCAACAGGCCAGAAGACAAAAGAAGCUCAACCAGGCCAAUCCCAAGUCUCGUACCAAGGGCUUCCUGUCCAGAAGACCCAGACCAUACAUUCCACAUACUCCCACCAGCAGGUCAUUCCUCACGUCUACCCCGUGGCUGCUAAGACACAGCUUGGCCGGUGCUUCCAGGAAACCAUUGGGUCACAGUGUGGCAAAGCGCUCCCUGGCCUUUCAAAGCAAGAGGACUGCUGUGGAACUGUGGGUACCUCCUGGGGCUUUAACAAAUGCCAGAAAUGCCCCAAGAAACCAUCUUAUCAUGGAUACAACCAAAUGAUGGAAUGCCUACCGGGUUAUAAGCGGGUUAACAACACCUUUUGCCAAGAUAUUAAUGAAUGUCAGCUACAAGGUGUAUGCCCUAAUGGUGAGUGUUUGAAUACCAUGGGCAGCUAUCGAUGUACCUGCAAAAUAGGAUUUGGGCCGGAUCCUACCUUUUCAAGUUGUGUUCCUGAUCCCCCUGUGAUCUCGGAAGAGAAAGGGCCCUGUUACCGACUUGUCAGUUCUGGAAGACAGUGUAUGCACCCUCUGUCUGUUCACCUCACCAAGCAGCUCUGCUGUUGUAGUGUGGGCAAGGCCUGGGGCCCACACUGUGAGAAAUGUCCCCUUCCAGGCACAGCCAAGGAAGAGCCAGUGGAGGCCCUGACCUUCUCCCGGGAACACGGGCCAGGAGUGGCGGAGCCAGAAGUGGCAACUGCACCCCCUGAAAAGGAAAUACCUUCAUUGGAUCAAGAGAAAACCAAACUUGAGCCUGGUCAACCCCAGCUGUCUCCAGGCAUUUCCACUAUUCAUCUGCAUCCACAGUUUCCAGUAGUGAUUGAAAAAACAUCACCUCCUGUGCCUGUUGAAGUAGCUCCUGAAGCUUCUACGUCUAGUGCCAGCCAAGUGAUUGCUCCUACUCAAGUGACAGAAAUCAAUGAAUGUACUGUGAACCCUGAUAUCUGUGGAGCAGGACACUGCAUUAACCUACCAGUGAGAUAUACCUGUAUAUGCUACGAGGGCUACAGGUUCAGUGAACAACAGAGGAAAUGUGUGGAUAUUGAUGAGUGUACUCAGGUCCAACACCUCUGCUCCCAGGGCCGCUGUGAAAACACCGAGGGAAGUUUCUUGUGCAUUUGCCCAGCAGGAUUUAUGGCCAGUGAGGAGGGUACUAACUGCAUAGAUGUUGACGAAUGCCUGAGGCCGGACGUCUGUGGGGAGGGGCACUGUGUCAAUACUGUGGGGGCCUUCCGGUGUGAAUACUGUGACAGCGGGUACCGCAUGACUCAGAGAGGCCGUUGUGAGGAUAUUGAUGAAUGUUUGAAUCCAAGCACUUGUCCAGAUGAGCAGUGUGUGAAUUCUCCUGGAUCUUACCAGUGCGUUCCCUGCACAGAAGGAUUCCGAGGCUGGAAUGGACAGUGCCUUGAUGUGGACGAGUGCCUGGAACCAAACGUCUGCGCAAAUGGUGAUUGUUCCAACCUUGAAGGCUCCUACAUGUGUUCAUGCCACAAAGGCUAUACCCGGACUCCGGACCACAAGCACUGUAGAGAUAUUGAUGAAUGUCAGCAAGGGAAUCUAUGUGUAAACGGGCAGUGCAAAAAUACCGAGGGCUCCUUCAGGUGCACCUGUGGACAGGGGUACCAGCUGUCGGCAGCUAAAGACCAGUGUGAAGACAUUGAUGAAUGCCAGCACCGUCAUCUCUGUGCUCAUGGGCAGUGCAGGAACACUGAGGGCUCUUUUCAAUGUGUGUGUGACCAGGGUUACAGAGCAUCUGGGCUUGGAGACCACUGUGAAGAUAUCAAUGAAUGCUUGGAGGACAAGAGUGUUUGCCAGAGAGGAGACUGCAUUAAUACUGCAGGGUCCUAUGAUUGUACUUGUCCGGAUGGAUUUCAGCUAGAUGACAAUAAAACAUGUCAAGAUAUUAAUGAAUGUGAACAUCCAGGGCUCUGUGGUCCGCAAGGGGAGUGCCUAAACACAGAGGGUUCUUUCCAUUGUGUCUGCCAGCAGGGUUUCUCAAUCUCUGCAGAUGGCCGUACGUGUGAAGAUUUAGAUGUAGAUGUAGAUCAACCCAAAGAAGAAAAGAAAGAAUGCUACUAUAAUCUCAAUGACGCCAGUCUCUGUGAUAAUGUGUUGGCCCCCAAUGUCACGAAACAAGAAUGCUGCUGUACAUCAGGCGUGGGAUGGGGAGAUAACUGCGAAAUCUUCCCCUGCCCGGUCUUGGGAACUGCUGAGUUCACUGAAAUGUGUCCCAAAGGGAAAGGUUUUGUGCCUGCUGGAGAAUCAUCUUCUGAAGCUGGUGGUGAGAACUAUAAAGAUGCAGAUGAAUGCCUACUUUUUGGACAAGAAAUCUGCAAAAAUGGUUUCUGUUUGAACACUCGGCCUGGGUAUGAAUGCUACUGUAAGCAAGGGACGUACUAUGAUCCUGUGAAACUGCAGUGCUUUGAUAUGGAUGAAUGUCAAGACCCCAGUAGUUGUAUUGAUGGCCAGUGUGUUAAUACAGAGGGCUCUUACAACUGCUUCUGUACUCACCCCAUGGUCCUGGAUGCGUCAGAAAAAAGAUGUAUACGACCGGCUGAGUCAAACGAACAAAUAGAAGAAACUGAUGUCUACCAAGAUUUGUGCUGGGAACAUCUGAGUGAUGAAUACGUGUGUAGCCGGCCUCUUGUGGGCAAGCAGACAACGUACACUGAGUGCUGCUGUCUGUAUGGAGAGGCCUGGGGCAUGCAGUGUGCCCUCUGCCCCCUGAAGGAUUCAGAUGACUAUGCUCAGCUGUGUAACAUCCCCGUGACGGGACGCCGGCAGCCAUAUGGACGGGACGCCUUGGUUGACUUCAGUGAACAGUAUACUCCAGAAGCCGAUCCCUACUUCAUCCAAGACCGUUUUCUAAAUAGCUUUGAGGAGUUACAGGCUGAGGAAUGCGGCAUCCUCAAUGGAUGUGAAAAUGGUCGCUGUGUGAGGGUCCAGGAAGGUUACACCUGCGAUUGCUUUGAUGGGUAUCACUUGGAUACGGCCAAGAUGACCUGUGUCGAUGUAAAUGAAUGCGAUGAGUUGAACAACCGGAUGUCUCUCUGCAAGAAUGCCAAGUGCAUUAACACCGAUGGUUCCUACAAGUGUUUGUGUCUGCCAGGCUACGUGCCUUCUGACAAGCCAAACUACUGCACUCCGUUGAAUACCGCCUUGAAUUUAGAGAAAGACAGUGACCUGGAGUGAAACAGAAUCUACAUAACCUAAGCCCAUAUACUCUGCACUGUGUAAAGGAAAAGGGAGAAAUGUAUUAUACUUGAGACAUUGCACCUACCCCGGAAGGCUGGAAAUACAGAAACAGCAUGGAAUUGCAAGUCCUCUGAAGACAAUGAGAGGAUUUAGGAUGAGCCCGAUAGGUGUGGCAGACCAAAUGGACAUUUCUCUAAAAAACCAGUAUAUAUAGUCUGUUCAUAUGUAAAAUUCAAUGGAAGAGAGGUGGAACAGUGCUGUUAUUUUAAACAGAAGGUUGUAUUAUUAUGUUGUUUUGUUUUUUUACUAUUGCUUGAUUAAAUUUGGCAUUUAAAUAGUGGUGGAAAUAUUUUAUAUAAUUUUCAUUUUUUGGUUGUGCAGUUCCUUGGCUACUGUUUUUCUUUUACUUCAGUUUUUUAAAAAUCUCAAAUGAAAAAGUCUUCGAUACAAUAUUGUUAAGCUGUAUUAUAAGUAUUGUUACACAGGGUUAUGCAAUUCCCGGCCUGGAGCAUUUUUGAAAUUCAAAUUGUCUGUCCUGUGGAGCAGGCAGUGAUUUUGUUCCAAAACUUUGUAUACACAUUUGGAGAAAAGUACUUUAUAUUUUCAGUGUUUUGUCUGAUUUUAAUGUCCGUUCUUAGCCAAGCUGCUAGCAGGUGUUAAUUGGAUCCCUUUCCUUCACUGAAAUGGAAGAGUUUAUAAGCUUACGUUAGUAUUGUAAUAUGUAAAGUAAGCCCAACAAAAAUUUUUAAAAAUUUGAUGAUCCCCAAUAUAUCUACCAUUGUAUGUUAAAUAAAUCACCAUUUUUGUAGAAAAAAUUCUACCUGAGAGUAAUUGUCAAUGAGUACAUGUGUAUAAGUUGUAUCCCACUCUCCCCACUUUUAUCUUUUCCAGUGGUCUUCUGUUAAUGUAGUGUCUUUUACAAGUUAAUCAUUAAAUUUGUUAGAUCUUGUUAUGGGCUAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1499.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1591.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 1083.13
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((.((.....((((((.(((.(((((((....((.(((((((((.....(((((((((((((((((.((((((((((((....(((((((................((((((((((........((((((..(((((((((......(((((((.(((((.(((((((((((((.((((((..((..((((((........))))))..))....)))))).((((((...........))))))...(((......)))((((((((....)))))))))))))))))))))..((((.(((((....))))).))))(((((((..(.(((((((((((((((.(((....((((((((...))))).)))....)).....).)))))).(((.((((..((((((........)).))))...)))).)))...........)))))............))))))))))))..)))))..))))))).((((((((.(((......)))))))))))......(((((((((((.......(((((((..((((((((((((.......(((((..(((......))).)))))....))))).((((((((......((((.((.((((((((..((......))...)))))))).))...))))((((((((((((((.........(((((...(((.((((((..................(((((((.......)))).))).((((..........................))))......((((.......))))((((........))))))))))))))))))..((...))...((((((.(((((......)))))...))))))..........(((((((((((.((((((((((((...((.((((((...................)))))).))..((((......)))).......((.(((((((((((((((((((((.....((((((..((((((((((..((...((((((....)))))).))...))))))).(((((..((((((..........)))))))))))........)))))))))....(((((((((...))))))))).....(((((((((.((((((((((.((((((.((((((..((((((((((((((((.....((((.(.(((((((((((((((((..((.(((...((((((((((((.((..((((((...)))))))))).)))))).))))..)))))..)))))))((......))..)))))))).)).).))))....)))....)).))))))....))))))))))).)))))).((((.(..((((.((((....))))..))))..).))))..((((.....))))....))))).)).))).))..)))))))))))))).................))))).)))))....)))).)).)))))))))))))))))))(((.(......)))).))))))).))))))))..((((((((((((((((((((..(((((..(((..((((((((.((((........(.(((((.((((...................)))).))))).)((((((.(((......(((((.((..((.((((((((((((...(((.....)))))))))((((((((((..((((((...(((.(((((.....((((....)))).)))))))))))))).(((((((((((..(((....)))((((((....)))))).((...((..((((((.((((.((....((((.(.(((..(((((.(((((((.(((((.(((..((((.(((.(((((.(.((((((((((.(.((((((.((((((((((((((((((.(((..(((((((.(((((((((...)))).))..))).))..(((((((((.((((..........(((((..((((.(((((((((((.((.((((.(((....(((((((((((((((....(((((.....)))))...)))).))).)))..)))))..))).)))..).)).))))))))))).))))..))))))))).))).))))))...)))))..)))..))))))))))))).)))))..........((((....(((......((((((((((((.(((.....(((((.((.(((((((((...(((((((((.......((((((((((((.......((((((.((((..(((((.((((....)))).)))))(((((....)))))......((((((....))))))......((((((((.(......).)))))....)))((((......))))))))))))))((((.((.((((.(...(((((((...((((......))))...)))).)))...).)))))).))))...((((.(((((....))))).))))..((((..(((((.......)))))..))))....)))))).)))))).))))))))).)))...(((((........))))).)))))).)).))))).......))).))).)))))))))...)))....))))..))))))..).)))))))))).)))))))))..))))..)))))))).))).((.(((......))).))..((((((.((....)).)))))).................................(((.((..(((....)))..)).))).)))))))))..)))..).))))....)).)))).))))))..))....))..((.(.((((((((.........)))))))).).)))))))))))))........)))))))))).)))))).))..))...)))))..)))))))))))))))))).))))))..)))))..)).)))..........(((((((...((((........)).))....)))))))((((((((((.((..((((...((((((((((((((...((.((((((..((.(((((((...))).)))).))....))))))))((((((((......)))))))).....((((((((((..((.(.((..((((....))))..)).))).))))))))))((((((((((.((...((((....(((((((........)))))))..)))))).)))))...........)))))....(((((.(((.((((((...(((.(((....((((.....))))....((((((..((((((.((((..(((...(((((....((((((((.(((((.(.((((........))))..).))))).))))))))..))))).)))..)))).....((((..(((((......))))).))))((((...))))..))))))...))))))..))).))).)))))).))).)))))......))))).))))..))))).......))))..))))))))))))......)))))).))))))))).)))((((((........))))))))))))))....)))))))..).))))))(((((((.........)))).)))(((.(((((((((....(((((......)))))...))))..))))).)))..)))))).)))))((.((((...(((((((..((..(((....)))..)).)))).....)))...))))..)).((((((((((((....((((.....))))...))))...))))).)))....)))).)))))...)))))).......))))))))))......)))))))..........................(((((........)))))..))))))))))))(((((.(((....))).)))))...))))).((....))(((......))).....(((......)))(((((((((.(......).)))))))))......))))))))))))(((((((((...(((.((.................)).)))...))))).))))..............))))))).)).))..)))))))))).....((((((((.(.((((....)))).).)))))))).............(((((..(((((((((....(((((((((((.(((((((((..((((((.(..((((.((((.(((((.........)))))..((((((((.((((((.(((((((((((((....(((......)))...((((((((..(((......)))..))))))))....((((................))))))).)))))))))).....(((((((((((...))).)))))))).(((((.(((((((....(((....)))))))))).)))))...........((((........))))..((((((.(((((..((((...))))..))).))))))))..(((......)))...)))))).)))))))).......((((((....((((....)))).....)))))).)))).))))..)...))))))..)))).....))))).)))))))))))))))))))).)))))........((((((....))))))..((((((......((((..((((....))))..))))......)))))).(((((............)))))..))))))....)).)))))))..(((((((........)))))))(((.(((......))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((((.((.....((((((.(((.(((((((....((.((((((((((....(((((((((((((((((.((((((((((((....{{(((((..,,.........,,.((((((((((.....,{.((((((..(((((((((......(((((((.(((((.(((((((((((((..,{{....((((..((((({..{((((.|{||...,.,},,}))))),}}))))..))))..,.}},.,,...(((......)))((((((((....)))))))))))))))))))))..((((.(((((....))))).))))(((((((..(.(((({((((((((((.,......{{(((((,...,)))},|}},,{,....,.})})))))).(((.((({..(((({(........}),))))...}))}.))).{|,...,,..}}})}.,,,..,,,...))))})))))))..}))))..))))))).((((((((.(((......))))))))))),{{{,.(((({((((({{(((({,.{{{(({,{{{.,,{((((((...,...((((({{,.,,||,..,}||)}|||..,.}}}}}}.{{((((.((({.,,((((,({{(({({.{,.,,...},..,.||}||{{{{,.,..,|,.(((((.....)))))..........((((.((((((((((.........(((((((.{{,.(((((((.......)))).))).,,,({{.,,,{,......{((((({({(((((,,...}}}((((.......)))){(((...,,,,,||||(((((,((({{{,((((({..{{{{.(((((({((({{,,{..,|||}|,{{|}||},.,....||{,|{|||{{((((.(({{((((((((...((.((((((.,,.............,..)))))).))..{{{(,.....||||......,}|.{||||||{(((((({{{((({.....((((((..{{,(((((((..((...((((((....)))))).)).,.))))))).(((((..((((({..,......,)))))))))))........})}))))))....(((((((((...))))))))).....((((((({{.((((((((((.((((((.((((((.{(((,,((((((((({{.....((((.(.(((((((((((((((((..((.(((...((((((((((((.({..{(((((...))))))),)).)))))),,)))..)))))..))))))){,......}}..)))))))).)).).))))...,,},,}}.,,.))))))....)))),)))))).)))))).((((.(.{((((.((((....))))..)))).},.))))..((((.....))))....)))))},).))}.}}..)))))))||||||,..........,,...},))))},,,}}}.,||||||,||,|||}}}||}}}}}}|}}||(({{{......}}))})}}},}}}}},|{|.({(((..(....)..)))}).}},.,,|}|}||{||}||((((((.((((.,,....,|,(((((.((((...................)))).))))).}((((((.(((......(((((.((..((.((((((((((((...(((.....)))))))))|(((((((((..((((((...(((.(((((.,{{{,(,,....)))),)))))))))))))).((((((((((,.,((,...,))}((((({....}))))),|{...{(,,((((((.((((.((....((((.(.(((..,,,.(((((.(((.{((((.(((..((((.((,{(((((.(.((((((((((.(.((((((.{(((((((((((((((((.(((,.(((((((,{({((((((...)))).))..})),}}..(((((((((.((({.........,(((((..((((.(((((((((((.((,((((.(((.,..(((((((((((((((....(((((.....))))).}.))))}})).)))..))))),.))).))).,).)).))))))))))).))))..))))))))).)))}}}))))...))))),.)))..))))))))))))).))))}..........((((..{.(((......((((((((((((.(((.....(((((.((.{((((((((...(((((((((.......((((((((((((.......((((((.(({,,,(((((.((((....}})}.})})){{||{,,.,)))}}......((((((....)))))).....{((((((((.(......).)))))....)))}|||},....),)))))))))))}((((.{(.((((.(..{(((({({.(,(({{.,,,,.})))}}.}))),)}},},).}}}}}}.}}},..,((((.{((((....))))}.)))}.,((((..(((((.......)))))..)))).,..))))))}}))))).))))))))).)))...(((((........))))).)))))}.)).))))).......))).))).)))))))))...}))},..))))..))))))..).)))))))))).)))))))))..))))..))))))))})}))))).|({{{{{{(({.{{..((((((.{{,,,.}}.}}}))).........................}|,,,,,.(((.((..(((....)))..)).))).}))))}))))})))..}.))))....)).)))).))))))..,,...,)),.(((,.((((((((.........))))))))},.)))))))))))))........)))))))))}.}))))).))..))...)))))..))))))))))))))))))}},,,,,..)))))))},})).,|,,....,,|||||||,,,|{((........)).}}.,,.}}))))}...,,)))|||||||||,,.||||||{{|{|||||{,..((.((((((..((.(((((((...))).)))).))....)))))))){(((((((......)))))))}.....((((((((((..((.(.((..((((....})))..)).))).))))))))))...}}},}}),}},},(((|.,|,(((((((........)))))))..)))))))))))),...,,..,...,.,.,,..,}}|,|||||..,,,|}},}}}||)))},.{{||.,,}}))))....,|{||||.((((((.{(((,,(((...(((((....((((((((.{((((.(.((((.,....,.))))..).))))).))))))))..))))).))),,|}},..,},({((..{((((......))))}.}}}}(({{...)))),.)))))).}}))),)))))))))})))}})))))))))).,,.....,,,,||||,.|||||}||{,,...{{((({.{{.((((((((((...,,.,|,{{({{{||||.|{.,{....|..}).}}}.))))))}.)}})}}))))))))))..)).)))))),...|)),||||..,})))}.)}},)))))}.,))}),)))).))))}},)),}))).,}...})))).}}}),..,)))))),)}}}}{{.((((...((({(((..{{..(({....}}}..}}.)))}..,,,)))...))))..}}.((((((((((((.,..((((.....))))...))))...))))).)))....)))),}))))...))))))}}.....)))))))))).},...)))))))...,,....,,,,,,......,....,,{{|,......,)))))..))))))))))))(((((.(((....))).)))))...))))).((,,..}}(((......}}}.....(((......)))(((((((((.(......).)))))))))......))))))))))))(((((((((...,((,,,..............,,,,,.,,,...)))))}})))..............)))))))})).))..)))))))}}}.....((((((((.(.((((....)))).).)))))))).........,,..(((((..(((((((((....(((((((((((.(((((((((..((((((.{.{((({.((((.(((((..{..{{{{||||,..,,{,,,,,.,,|||{.{{{{{{{{{{{{{....{{{......,}}|..((((((((..(((......)))..))))))))....{{(({..........,,,,,))})))),}}}}}|||}}.,},.(((((((((((...))},)))))))).{((((.{((((((....(({....)))))))))}.)))}},{,,,,.....((((........))))..,{{{{|,{{,,...{|||,,,}}})}}))).})}}}}}}..|||,.....}}}..,)))))),})))))},.......((((((.,,,{(((....}})).}),.)))))).}}}),}))}......})))))..)))).....))))).)))))))))))))))))))).)))))........((((({....})))))..((((((......((((..((((....))))..))))......)))))).(((((............)))))..})))))....)).))))))),.{((((((........))))))}(((.(((......))))))..
Back