Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394933.1
Sequence Length
2098 nt
GC Content
0.5243
ACUGAGGACUCAUCCAUCUGCACAGCUGGGGCCCCUGGGAGGAGACGCCAUGAUCCCCACCUUCACGGCUCUGCUCUGCCUCGGGCUGAGUCUGGGCCCCAGGACCCACAUGCAGGCAGGGCCCCUCCCCAAACCCACCCUCUGGGCUGAGCCAGGCUCUGUGAUCAGCUGGGGGAACUCUGUGACCAUCUGGUGUCAGGGGACCCUGGAGGCUCGGGAGUACCGUCUGGAUAAAGAGGAAAGCCCAGCACCCUGGGACAGACAGAACCCACUGGAGCCCAAGAACAAGGCCAGAUUCUCCAUCCCAUCCAUGACAGAGGACUAUGCAGGGAGAUACCGCUGUUACUAUCGCAGCCCUGUAGGCUGGUCACAGCCCAGUGACCCCCUGGAGCUGGUGAUGACAGGAGCCUACAGUAAACCCACCCUUUCAGCCCUGCCGAGUCCUCUUGUGACCUCAGGAAAGAGCGUGACCCUGCUGUGUCAGUCACGGAGCCCAAUGGACACUUUUCUUCUGAUCAAGGAGCGGGCAGCCCAUCCCCUACUGCAUCUGAGAUCAGAGCACGGAGCUCAGCAGCACCAGGCUGAAUUCCCCAUGAGUCCUGUGACCUCAGUGCACGGGGGGACCUACAGGUGCUUCAGCUCACACGGCUUCUCCCACUACCUGCUGUCACACCCCAGUGACCCCCUGGAGCUCAUAGUCUCAGGAUCCUUGGAGGGUCCCAGGCCCUCACCCACAAGGUCCGUCUCAACAGCUGCAGGCCCUGAGGACCAGCCCCUCAUGCCUACAGGGUCAGUCCCCCACAGUGGUCUGAGAAGGCACUGGGAGGUACUGAUCGGGGUCUUGGUGGUCUCCAUCCUGCUUCUCUCCCUCCUCCUCUUCCUCCUCCUCCAACACUGGCGUCAGGGAAAACACAGGACAUUGGCCCAGAGACAGGCUGAUUUCCAACGUCCUCCAGGGGCUGCCGAGCCAGAGCCCAAGGACGGGGGCCUACAGAGGAGGUCCAGCCCAGCUGCUGACGUCCAGGGAGAAAACUUCUCAGGUGCUGCCGUGAAGAACACACAGCCUGAGGACGGGGUGGAAAUGGACACUCGGCAGAGCCCACACGAUGAAGACCCCCAGGCAGUGACGUAUGCCAAGGUGAAACACUCCAGACCUAGGAGAGAAAUGGCCUCUCCUCCCUCCCCACUGUCUGGGGAAUUCCUGGACACAAAGGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGAUGGACACUGAGGCUGCUGCAUCUGAAGCCCCCCAGGAUGUGACCUACGCCCGGCUGCACAGCUUUACCCUCAGACAGAAGGCAACUGAGCCUCCUCCAUCCCAGGAAGGGGCCUCUCCAGCUGAGCCCAGUGUCUAUGCCACUCUGGCCAUCCACUAAUCCAGGGGGGACCCAGACCCCACAAGCCAUGGAGACUCAGGACCCCAGAAGGCAUGGAAGCUGCCUCCAGUAGACAUCACUGAACCCCAGCCAGCCCAGACCCCUGACACAGACCACUAGAAGAUUCCGGGAACGUUGGGAGUCACCUGAUUCUGCAAAGAUAAAUAAUAUCCCUGCAUUAUCAAAAUAAAGUAGCAGACCUCUCAAUUCACAAUGAGUUAACUGAUAAAACAAAACAGAAGUCAGACAAUGUUUUAAAUUGAAUGAUCAUGUAAAUAUUACACAUCAAACCAAUGACAUGGGAAAAUGGGAGCUUCUAAUGAGGACAAACAAAAAAUAGAGAAAAAUUAAUAAAGUCAAAAUGUUUAUUCUUGAAAACAUUAAUGAUACAUGAAUCUUGGCCACAAUGAGAAAAAUAAAAAUGAAAAAAGAGCAGGCAUCCAUUUCCAUACAGGAACAAAAUAGGAGGCAGCACUACAGACCCUACACACAGCUUUACAGAGGUGAAAGAAAACUGUCAGCAAUUCUAUGCUGACAUAACAGAAAAUGUAGAUGAGAUAGAUGAAAUACGAAAAAUUACAGUUUACUUAAUGAACAUAAGGAUAAAUAGAAAAACUGAAUCAUCAUACAUAAACAUAUAUAAAAUGCAUUGAUCCUGUAAUCAAAAAUGUUCCCACAAAGUAAAUGCCACUUCAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-703.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -737.69
Frequency: 0.0000
Diversity: 603.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((((((((...((((((.....(((((((((.(((.(((.........))).))))))(((((((((...((((....((((((...)).)))))).))))))))))).))))))....)))..(((((((((((....(((.((((((....((((((((..(((((..(((....)))..)))))..)))((((((....((((....((((((............((((((.....((((..........)))))))).))............)))))).))))...)).))))(.((((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.(....))))).))))....))))...))))))))).................))))))..))))))).))).)(((((((....((((((.....(((((((.(((...(((((((..(((........(((((.....))))).(((...))).((((((..((((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).)))))))))..)))))).)))..)).))))).))).)))))))......))).....)))(((((......)))))..((((.((((..........(((.((((((((((((...))))))).....))))))))........)))).)))).))))))).)))))...((((((((....(((((((((.((.(((((.(((....)))))))))).)).)))))))(((((((((..(((((((((...((((((.(((((((((((((((..(((.((((....((((((((((..........(((.(((((((........))))))).))).((.(((((...(((((.(((..((.........)).))).)))))...))))).)).((((...)))))))))).)))))))).....(((((((..((((..(((.....))).)))))))))))..(((((........)))))(((...)))........(((...((((((((((((..........((((............))))(((((((.......))))))).......))))))))))))..)))(((..(.....)..)))..)))..)))))))........((((((((((.((((((((.....((.(((((((.(((((.((.....((.(((.(((.(..((............))..)))).))).))....)))))))..))..))))).))..))))..))))))))))))))((((...)))).............))))))))...))).......))).))))))))))))))))))...))))))))..(((((((((.(((((.((((.(((..((((((...(((.((...((................))..)).)))...))))))..)))..)))))))))...((((.....)))).((((.((((....)))).))))(((....((((........))))....)))..........(((...((((..((((.......))))..))))..)))........((..(((......)))..))(((((.((((.((((((.....................................((((.(((((((........)))))))..)))).......(((((....))).)).....................)).)))).)))))))))................)))))))))..)))))).))).....)))))...))))))...........((((((((......))))))))...)))....)))))))).....)))))................((((((((...((((((...(((...(((.....))).)))...........................(((((......)))))..)))))).....))))))))....))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..(((((((((((((.,,((((((,,,,,(((((((((.(((.(((.........))).))))))(((((((((,{.(,({.{{{(((,,,}}})),),)},.}},))))))))).))))))....}}|..,,{(((({,{{.,||||{{(((((({{{((({(((((..{((((,.{{{..,,}}|,,|||||,.}}|{((,((((,(({.{{.,,{(((({{{..,||{|,..,(({{{....)||||.....,,{......|||{.{{(,........)))}}}.,,})}}.}},.}}}}}.}||((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.{....})))).)))),,,.)}))...))))))))).................))))))..)))))))),{({(({,({{{...}}|.|},|,,,.||||{{{.{||}},||||||,..|||......,{((((({{...,||||{,{({{{||,.{(((({..((((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).))))))))).|})))}},||...||.|||||{|||.|||||||,,,...,.||,,|||{{|||,,|{{{(((,(({{{({((,((((...||.,,}.(((.((((((((((((...))))))).....))))))))........}}||{,|||{.,(((((..,,,,.}}}||,||||.}}}((((((({({((.(((({,(((....)))))))))).)).)))))))|||||||||}.}||((({{(.{{(((({({({((((((((((({({{(((((({{....(((((,((,({.,.......(((.(((((((........))))))).))).,,{((((,..,||||{.|||.,||,}......,))},))})),,,..,)))))})}.((((...,}}))))}}|{||||||||.....{{((({(({.(((,,({{.....}}}.||}||||}}}},)||{||.....,..},}})|||,,.)))........,.....((((((((((((..........((((............))))(((((((.......))))))).......))))))))))))..,})||}}}}....,)),,)),.)))}}),,))))}}}}.,,}||||{,,,{|}|||||,||.,.}}||}|||||||.||,{(,{.....,},,,||}|}}.,.))}}}....}}}}}.})}||||..}}},)))}}}|||,,}}..)),,))))),}}.}))))}}}}},,,}}}|||||(((..{{{|{...{{{.....{{{{{(((({.......))))....,),,)))),,,,,,))),,))})},))))))),.||||{{{{(.(({{{.{{{|,||{.|((((({...(((,|{,,,|||.,.,,,.......,..|.,||,)))...}))))).}))}..}|||}}|||,..((((.....)))).{|||,,,||,....,,..}},}{|{.,,,(({(,{{{....))))},..|||,{..............||||,.{{((,,,....}|||..||||..((((,...,)))).}}}}..,||.,,,.|}||{,,,{((((.((((({...,.,...............................((((.(((((((........)))))))..)))).......{((((....}},.}},....................}}.}))).))))))|||.....}},........))))))}))..}}}}}}.}}}...,.}}))}|,,}))))}}}.........((((((((......))))))))...}}}....)))))))).}}}.))}},................((((((((...((((((...(((..{({(......|{,,,{{|,,,..,,.....,.,.....}}}.,,}|}}.}}}}.)))....)))))).....))))))))....))))))...
Back