Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394934.1
Sequence Length
2092 nt
GC Content
0.5239
ACUGAGGACUCAUCCAUCUGCACAGCUGGGGCCCCUGGGAGGAGACGCCAUGAUCCCCACCUUCACGGCUCUGCUCUGCCUCGGGCUGAGUCUGGGCCCCAGGACCCACAUGCAGGCAGGGCCCCUCCCCAAACCCACCCUCUGGGCUGAGCCAGGCUCUGUGAUCAGCUGGGGGAACUCUGUGACCAUCUGGUGUCAGGGGACCCUGGAGGCUCGGGAGUACCGUCUGGAUAAAGAGGAAAGCCCAGCACCCUGGGACAGACAGAACCCACUGGAGCCCAAGAACAAGGCCAGAUUCUCCAUCCCAUCCAUGACAGAGGACUAUGCAGGGAGAUACCGCUGUUACUAUCGCAGCCCUGUAGGCUGGUCACAGCCCAGUGACCCCCUGGAGCUGGUGAUGACAGGAGCCUACAGUAAACCCACCCUUUCAGCCCUGCCGAGUCCUCUUGUGACCUCAGGAAAGAGCGUGACCCUGCUGUGUCAGUCACGGAGCCCAAUGGACACUUUUCUUCUGAUCAAGGAGCGGGCAGCCCAUCCCCUACUGCAUCUGAGAUCAGAGCACGGAGCUCAGCAGCACCAGGCUGAAUUCCCCAUGAGUCCUGUGACCUCAGUGCACGGGGGGACCUACAGGUGCUUCAGCUCACACGGCUUCUCCCACUACCUGCUGUCACACCCCAGUGACCCCCUGGAGCUCAUAGUCUCAGGAUCCUUGGAGGGUCCCAGGCCCUCACCCACAAGGUCCGUCUCAACAGCUGGCCCUGAGGACCAGCCCCUCAUGCCUACAGGGUCAGUCCCCCACAGUGGUCUGAGAAGGCACUGGGAGGUACUGAUCGGGGUCUUGGUGGUCUCCAUCCUGCUUCUCUCCCUCCUCCUCUUCCUCCUCCUCCAACACUGGCGUCAGGGAAAACACAGGACAUUGGCCCAGAGACAGGCUGAUUUCCAACGUCCUCCAGGGGCUGCCGAGCCAGAGCCCAAGGACGGGGGCCUACAGAGGAGGUCCAGCCCAGCUGCUGACGUCCAGGGAGAAAACUUCUGUGCUGCCGUGAAGAACACACAGCCUGAGGACGGGGUGGAAAUGGACACUCGGCAGAGCCCACACGAUGAAGACCCCCAGGCAGUGACGUAUGCCAAGGUGAAACACUCCAGACCUAGGAGAGAAAUGGCCUCUCCUCCCUCCCCACUGUCUGGGGAAUUCCUGGACACAAAGGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGAUGGACACUGAGGCUGCUGCAUCUGAAGCCCCCCAGGAUGUGACCUACGCCCGGCUGCACAGCUUUACCCUCAGACAGAAGGCAACUGAGCCUCCUCCAUCCCAGGAAGGGGCCUCUCCAGCUGAGCCCAGUGUCUAUGCCACUCUGGCCAUCCACUAAUCCAGGGGGGACCCAGACCCCACAAGCCAUGGAGACUCAGGACCCCAGAAGGCAUGGAAGCUGCCUCCAGUAGACAUCACUGAACCCCAGCCAGCCCAGACCCCUGACACAGACCACUAGAAGAUUCCGGGAACGUUGGGAGUCACCUGAUUCUGCAAAGAUAAAUAAUAUCCCUGCAUUAUCAAAAUAAAGUAGCAGACCUCUCAAUUCACAAUGAGUUAACUGAUAAAACAAAACAGAAGUCAGACAAUGUUUUAAAUUGAAUGAUCAUGUAAAUAUUACACAUCAAACCAAUGACAUGGGAAAAUGGGAGCUUCUAAUGAGGACAAACAAAAAAUAGAGAAAAAUUAAUAAAGUCAAAAUGUUUAUUCUUGAAAACAUUAAUGAUACAUGAAUCUUGGCCACAAUGAGAAAAAUAAAAAUGAAAAAAGAGCAGGCAUCCAUUUCCAUACAGGAACAAAAUAGGAGGCAGCACUACAGACCCUACACACAGCUUUACAGAGGUGAAAGAAAACUGUCAGCAAUUCUAUGCUGACAUAACAGAAAAUGUAGAUGAGAUAGAUGAAAUACGAAAAAUUACAGUUUACUUAAUGAACAUAAGGAUAAAUAGAAAAACUGAAUCAUCAUACAUAAACAUAUAUAAAAUGCAUUGAUCCUGUAAUCAAAAAUGUUCCCACAAAGUAAAUGCCACUUCAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-699.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -732.88
Frequency: 0.0000
Diversity: 621.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((((((((...((((((.....(((((((((.(((.(((.........))).))))))(((((((((...((((....((((((...)).)))))).))))))))))).))))))....)))..(((((((((((....(((.((((((........((((..(((((..(((....)))..)))))..))))((..(((.(((..(.((.(((......))))).)..))))))..))((((.....(((......)))...)))).......((((((((((....(((((((((((..((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.(....))))).))))....))))...))))))))).................))))))..)))))))).((.(((((......))).)).))...(((((((.(((...(((((((..(((........(((((.....))))).(((...))).((((((..((((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).)))))))))..)))))).)))..)).))))).))).)))))))..((((((.........(((((......)))))..(((((((((..((((....(((.((((((((((((...))))))).....))))))))((((.....((((((...((((..((((..(.(((((((....(((((((((.((.(((((.(((....)))))))))).)).)))))))(((((((((..(((((((((...((((((.(((((((((((((((..(((.((((....((((((((((..........(((.(((((((........))))))).))).((.(((((...(((((.(((..((.........)).))).)))))...))))).)).((((...)))))))))).))))))))....((((.(.((((..(((.....))).))))).))))...(((((........)))))(((...)))........(((...((((((((((((..........((((............))))(((((((.......))))))).......))))))))))))..)))(((..(.....)..)))..)))..)))))))........((((((((((.((((((((.....((.(((((((.(((((.((.....((.(((.(((.(..((............))..)))).))).))....)))))))..))..))))).))..))))..))))))))))))))((((...)))).............))))))))...))).......))).))))))))))))))))))...))))))))..))))))))((((.......)))).......))))))..))))..(((...)))...))))..)).))))))).....)))))).....((((..((((..((((.....))))..))))..))))...........(((....((((........))))....)))..........(((...((((..((((.......))))..))))..)))............(((......))))))))....)))))).((((....))))..............................((((.(((((((........)))))))..))))....))))).))))).............................((..((.(((((((((.....)))....))).))).)).))..)))))).))).....)))))...))))))...........((((((((......))))))))...)))....)))))))).....)))))................((((((((...((((((...(((...(((.....))).)))...........................(((((......)))))..)))))).....))))))))....))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..(((((((((((((..,((((((,,,,,(((((((((.(((.(((.........))).))))))(((((((((,{.(,({.{{{(((,,,}}})),),)},.}},))))))))).))))))....}}|..,,{(((({{{{.,||{({{((((((,{{((({(((((..(((((,.(({...,}}},,}}}||,.}}||((,{(((,(({.,{.,{,((({,,,..,||||,..,|||||,..,)||||.,...,{{......|||{.{|(,........)))}|}.|||}},.||,,}||||,|||((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.{....})))).)))),,,.)}))...))))))))).................))))))..)))))))),{({((,,(,{{...}}|.|},|,.,.|{{|{{{.{||},,||||||,..|||......,{((((({{...,||||{{((,{{|||.{{{,,,..{(((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).))))))))}.{|||||..|{.{{||{||,,|{|||,|,}||||......,....,,,)},|||||,.....||||}..((((({({{...|||.}}}||,.,(((((((((((...))))))).....))))||||((({.....(((((((....)).))))).{(((,(((((....((((((({({((.(((({,(((....)))))))))).)).)))))))((((((((,({,((,(((((,{{(((({({((((((((((((({({{((({(({{....((((({(({({.........(((.(((((((........))))))).))).,{{(((({..,||||{.|||.,||,,......,))}}))}))}}}..,)))))})}.((((...}}}))))}}}.}})))))),...{,{{.{|((((,,(((.....}}}.||}||,|}}}.))))}))}}..||{...|,|}}},),}.}}},)}.}},)))}}|||,,((((,,,.....}}}}.((((............))))(((((((.......)))))))...{{{{||,,,,,))))),..{{(({..{....,)},,}}..)))}},,,))))......}}||||||,{||,|||||,,|}}}}}|,,|||||||.|||{|,{......|,,|||}|}}.,.))}},....}}}},.})}||}|..}}},)))},}|||,}}}..)),.))))),}}.}))))}}}}},,,}}}|||||(((..{{|||,..{{{.....{{{{|((((|.......))))...,,),,)))),,,,,,))),,))})},)))))))}.||||{|||(,(({{{.{{||,||,.,{{{{||,..{{{,|{,.,|||...,,}.....,,,..|.,}},)))...}))))).}))}..||||}}|||,..((((.....)))).{|||},,||,....,,..}},}{|{...,(({(,,,,....)))),,..|||,,.........,,...||||,.{{((,,,....}|||..||||..((((,...,)))).}}}}...|,.,,,,|}}|{,,,{((({.((((({...,,},..............................((((.(((((((........)))))))..)))).......{{{({....,,,.}}.....................,}.}))).))))}||||.....}},........))))))}))..}}}}}}.}}}...,.)}))},,,}))))}}}.........((((((((......))))))))...}}}....)))))))).}}}.))}},................((((((((...((((((...(((..{({(......|{,,,{{|,,,..,,.....,.,.....}}}.,,}|}}.}}}}.)))....)))))).....))))))))....))))))...
Back