Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394935.1
Sequence Length
2089 nt
GC Content
0.5237
ACUGAGGACUCAUCCAUCUGCACAGCUGGGGCCCCUGGGAGGAGACGCCAUGAUCCCCACCUUCACGGCUCUGCUCUGCCUCGGGCUGAGUCUGGGCCCCAGGACCCACAUGCAGGCAGGGCCCCUCCCCAAACCCACCCUCUGGGCUGAGCCAGGCUCUGUGAUCAGCUGGGGGAACUCUGUGACCAUCUGGUGUCAGGGGACCCUGGAGGCUCGGGAGUACCGUCUGGAUAAAGAGGAAAGCCCAGCACCCUGGGACAGACAGAACCCACUGGAGCCCAAGAACAAGGCCAGAUUCUCCAUCCCAUCCAUGACAGAGGACUAUGCAGGGAGAUACCGCUGUUACUAUCGCAGCCCUGUAGGCUGGUCACAGCCCAGUGACCCCCUGGAGCUGGUGAUGACAGGAGCCUACAGUAAACCCACCCUUUCAGCCCUGCCGAGUCCUCUUGUGACCUCAGGAAAGAGCGUGACCCUGCUGUGUCAGUCACGGAGCCCAAUGGACACUUUUCUUCUGAUCAAGGAGCGGGCAGCCCAUCCCCUACUGCAUCUGAGAUCAGAGCACGGAGCUCAGCAGCACCAGGCUGAAUUCCCCAUGAGUCCUGUGACCUCAGUGCACGGGGGGACCUACAGGUGCUUCAGCUCACACGGCUUCUCCCACUACCUGCUGUCACACCCCAGUGACCCCCUGGAGCUCAUAGUCUCAGGAUCCUUGGAGGGUCCCAGGCCCUCACCCACAAGGUCCGUCUCAACAGCUGGCCCUGAGGACCAGCCCCUCAUGCCUACAGGGUCAGUCCCCCACAGUGGUCUGAGAAGGCACUGGGAGGUACUGAUCGGGGUCUUGGUGGUCUCCAUCCUGCUUCUCUCCCUCCUCCUCUUCCUCCUCCUCCAACACUGGCGUCAGGGAAAACACAGGACAUUGGCCCAGAGACAGGCUGAUUUCCAACGUCCUCCAGGGGCUGCCGAGCCAGAGCCCAAGGACGGGGGCCUACAGAGGAGGUCCAGCCCAGCUGCUGACGUCCAGGGAGAAAACUUCUGUGCUGCCGUGAAGAACACACAGCCUGAGGACGGGGUGGAAAUGGACACUCGGAGCCCACACGAUGAAGACCCCCAGGCAGUGACGUAUGCCAAGGUGAAACACUCCAGACCUAGGAGAGAAAUGGCCUCUCCUCCCUCCCCACUGUCUGGGGAAUUCCUGGACACAAAGGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGAUGGACACUGAGGCUGCUGCAUCUGAAGCCCCCCAGGAUGUGACCUACGCCCGGCUGCACAGCUUUACCCUCAGACAGAAGGCAACUGAGCCUCCUCCAUCCCAGGAAGGGGCCUCUCCAGCUGAGCCCAGUGUCUAUGCCACUCUGGCCAUCCACUAAUCCAGGGGGGACCCAGACCCCACAAGCCAUGGAGACUCAGGACCCCAGAAGGCAUGGAAGCUGCCUCCAGUAGACAUCACUGAACCCCAGCCAGCCCAGACCCCUGACACAGACCACUAGAAGAUUCCGGGAACGUUGGGAGUCACCUGAUUCUGCAAAGAUAAAUAAUAUCCCUGCAUUAUCAAAAUAAAGUAGCAGACCUCUCAAUUCACAAUGAGUUAACUGAUAAAACAAAACAGAAGUCAGACAAUGUUUUAAAUUGAAUGAUCAUGUAAAUAUUACACAUCAAACCAAUGACAUGGGAAAAUGGGAGCUUCUAAUGAGGACAAACAAAAAAUAGAGAAAAAUUAAUAAAGUCAAAAUGUUUAUUCUUGAAAACAUUAAUGAUACAUGAAUCUUGGCCACAAUGAGAAAAAUAAAAAUGAAAAAAGAGCAGGCAUCCAUUUCCAUACAGGAACAAAAUAGGAGGCAGCACUACAGACCCUACACACAGCUUUACAGAGGUGAAAGAAAACUGUCAGCAAUUCUAUGCUGACAUAACAGAAAAUGUAGAUGAGAUAGAUGAAAUACGAAAAAUUACAGUUUACUUAAUGAACAUAAGGAUAAAUAGAAAAACUGAAUCAUCAUACAUAAACAUAUAUAAAAUGCAUUGAUCCUGUAAUCAAAAAUGUUCCCACAAAGUAAAUGCCACUUCAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-697.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -731.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 497.47
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((((((((...((((((.....(((((((((.(((.(((.........))).))))))(((((((((...((((....((((((...)).)))))).))))))))))).))))))....)))..(((((((((((....(((.((((((........((((..(((((..(((....)))..)))))..))))((..(((.(((..(.((.(((......))))).)..))))))..))((((.....(((......)))...)))).......((((((((((....(((((((((((..((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.(....))))).))))....))))...))))))))).................))))))..)))))))).((.(((((......))).)).))...(((((((.(((...(((((((..(((........(((((.....))))).(((...))).((((((..((((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).)))))))))..)))))).)))..)).))))).))).)))))))..((((((.........(((((......)))))..(((((((((..((((....(((.((((((((((((...))))))).....))))))))((((.....((((((...((((..((((..(.(((((((....(((((((((.((.(((((.(((....)))))))))).)).)))))))(((((((((..(((((((((...((((((.(((((((((((((((..(((.((((....((((((((((..........(((.(((((((........))))))).))).((.(((((...(((((.(((..((.........)).))).)))))...))))).)).((((...)))))))))).))))))))....((((.(.((((..(((.....))).))))).)))).(.(((((........))))).)............(((...((((((((((((..........((((............))))(((((((.......))))))).......))))))))))))..)))(((..(.....)..)))..)))..)))))))........((((((((((.((((((((.....((.(((((((.(((((.((.....((.(((.(((.(..((............))..)))).))).))....)))))))..))..))))).))..))))..))))))))))))))((((...)))).............))))))))...))).......))).))))))))))))))))))...))))))))..))))))))((((.......)))).......))))))..))))..(((...)))...))))..)).))))))).....)))))).....((((..((((..((((.....))))..))))..))))...........(((....((((........))))....)))..........(((...((((..((((.......))))..))))..)))............(((......))))))))....)))))).((((....))))..............................((((.(((((((........)))))))..))))....))))).))))).............................((..((.(((((((((.....)))....))).))).)).))..)))))).))).....)))))...))))))...........((((((((......))))))))...)))....)))))))).....)))))................((((((((...((((((...(((...(((.....))).)))...........................(((((......)))))..)))))).....))))))))....))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..(((((((((((((,,{(((((({{{{{(((((((((.(((.(((.........))).))))))(((((((((,{.(,({.{{{(((,,,}}})),),}},.}},))))))))).))))))....|||,.,,{{{||({({.,{,(((,((((((,((((({(((((..(((((..(((....)))..)))))..))},(({(((({((,.{{.{{,((({,.,..,||||,,.,|||||,..,)||||.....,,{......|||{.{{(,........)))}}}.,,}||,.|},,,|||,,|||((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.{....})))).)))),,,.)}))...))))))))).................))))))..)))))))).|{.((({(.,,...})}.}}.}},}.||||,|.,,|})}})}}||}...}||.,.,.,{{(((((((,,..(((((,{((((((,,,,,.....{(((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).))))))))}.((((((..{(.(((((((..(((((({.,,(((..............))}|((((......))))}..(((((,(({...})).}))))...(((((((((((...))))))).....})))((((((((.....(((((((....)).))))).((((.(((((....((((((({({((.(((({,(((....)))))))))).)).)))))))(((.(((.((((,{(((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((,.....(((((.{{.((.{.......(((.(((((((........))))))).)))...{((((,..}|||||.}}},}}}}}.,....}))).))))).....)))))))),.((((......)))),,....)))))))...{....|.((((..(((.....))).)))),.)))).)))))))))...}}})))).))).))).......,,,...((((((((((((..........((((............))))(((((((.......))))))).......))))))))))))...||(((..{.....),.}})..)))))...))))......))))))))..))}}})))..))))))).}))))))).||}||||.....,},},)))))).}.)))}}....))))},)))}|}|..}}}}))))}}{{{..,,,.))}}))))}}.,.)))))))},,...,.,((((((((..(((((...(((.....((((((((((.......)))).....)).))))......)))..))))).)))))))).(((((((((.(((((.((((.(((.,((((((...(((.((...((,...........,.,.,}..)).)))...)))))).,)))..)))))))))...((((.....)))).((((.{({{....,,},.}},)|||....((((,,,,....)))),...|||,,.........,....||||,.{{((,,,....}}||..||||..((((,...,)))}.}}}}..,||.,,,.||||{,,,{((((.((((({...,.,,..............................((((.(((((((........)))))))..)))).......{((((....}},.}},....................}}.}))).))))))|||.....}},........)))))))))..,,}},,.,}}...,.|}}||,..}})}})}).........((((((((......))))))))...,,,....)))))))).}}}.))}},................((((((((...((((((...(((..{({(......|{,,,{{|,,,..,,.....,.,.....}}}.,,}|}}.}}}}.)))....)))))).....))))))))....))))))...
Back