Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394936.1
Sequence Length
2059 nt
GC Content
0.5211
ACUGAGGACUCAUCCAUCUGCACAGCUGGGGCCCCUGGGAGGAGACGCCAUGAUCCCCACCUUCACGGCUCUGCUCUGCCUCGGGCCCCUCCCCAAACCCACCCUCUGGGCUGAGCCAGGCUCUGUGAUCAGCUGGGGGAACUCUGUGACCAUCUGGUGUCAGGGGACCCUGGAGGCUCGGGAGUACCGUCUGGAUAAAGAGGAAAGCCCAGCACCCUGGGACAGACAGAACCCACUGGAGCCCAAGAACAAGGCCAGAUUCUCCAUCCCAUCCAUGACAGAGGACUAUGCAGGGAGAUACCGCUGUUACUAUCGCAGCCCUGUAGGCUGGUCACAGCCCAGUGACCCCCUGGAGCUGGUGAUGACAGGAGCCUACAGUAAACCCACCCUUUCAGCCCUGCCGAGUCCUCUUGUGACCUCAGGAAAGAGCGUGACCCUGCUGUGUCAGUCACGGAGCCCAAUGGACACUUUUCUUCUGAUCAAGGAGCGGGCAGCCCAUCCCCUACUGCAUCUGAGAUCAGAGCACGGAGCUCAGCAGCACCAGGCUGAAUUCCCCAUGAGUCCUGUGACCUCAGUGCACGGGGGGACCUACAGGUGCUUCAGCUCACACGGCUUCUCCCACUACCUGCUGUCACACCCCAGUGACCCCCUGGAGCUCAUAGUCUCAGGAUCCUUGGAGGGUCCCAGGCCCUCACCCACAAGGUCCGUCUCAACAGCUGCAGGCCCUGAGGACCAGCCCCUCAUGCCUACAGGGUCAGUCCCCCACAGUGGUCUGAGAAGGCACUGGGAGGUACUGAUCGGGGUCUUGGUGGUCUCCAUCCUGCUUCUCUCCCUCCUCCUCUUCCUCCUCCUCCAACACUGGCGUCAGGGAAAACACAGGACAUUGGCCCAGAGACAGGCUGAUUUCCAACGUCCUCCAGGGGCUGCCGAGCCAGAGCCCAAGGACGGGGGCCUACAGAGGAGGUCCAGCCCAGCUGCUGACGUCCAGGGAGAAAACUUCUGUGCUGCCGUGAAGAACACACAGCCUGAGGACGGGGUGGAAAUGGACACUCGGCAGAGCCCACACGAUGAAGACCCCCAGGCAGUGACGUAUGCCAAGGUGAAACACUCCAGACCUAGGAGAGAAAUGGCCUCUCCUCCCUCCCCACUGUCUGGGGAAUUCCUGGACACAAAGGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGAUGGACACUGAGGCUGCUGCAUCUGAAGCCCCCCAGGAUGUGACCUACGCCCGGCUGCACAGCUUUACCCUCAGACAGAAGGCAACUGAGCCUCCUCCAUCCCAGGAAGGGGCCUCUCCAGCUGAGCCCAGUGUCUAUGCCACUCUGGCCAUCCACUAAUCCAGGGGGGACCCAGACCCCACAAGCCAUGGAGACUCAGGACCCCAGAAGGCAUGGAAGCUGCCUCCAGUAGACAUCACUGAACCCCAGCCAGCCCAGACCCCUGACACAGACCACUAGAAGAUUCCGGGAACGUUGGGAGUCACCUGAUUCUGCAAAGAUAAAUAAUAUCCCUGCAUUAUCAAAAUAAAGUAGCAGACCUCUCAAUUCACAAUGAGUUAACUGAUAAAACAAAACAGAAGUCAGACAAUGUUUUAAAUUGAAUGAUCAUGUAAAUAUUACACAUCAAACCAAUGACAUGGGAAAAUGGGAGCUUCUAAUGAGGACAAACAAAAAAUAGAGAAAAAUUAAUAAAGUCAAAAUGUUUAUUCUUGAAAACAUUAAUGAUACAUGAAUCUUGGCCACAAUGAGAAAAAUAAAAAUGAAAAAAGAGCAGGCAUCCAUUUCCAUACAGGAACAAAAUAGGAGGCAGCACUACAGACCCUACACACAGCUUUACAGAGGUGAAAGAAAACUGUCAGCAAUUCUAUGCUGACAUAACAGAAAAUGUAGAUGAGAUAGAUGAAAUACGAAAAAUUACAGUUUACUUAAUGAACAUAAGGAUAAAUAGAAAAACUGAAUCAUCAUACAUAAACAUAUAUAAAAUGCAUUGAUCCUGUAAUCAAAAAUGUUCCCACAAAGUAAAUGCCACUUCAGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-686.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -719.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 562.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((..(((((((((((((.....(((((((..(((((.(((.(((.(((.........))).)))))).)))..))..)))))))..........((((.(((((((((....(((.((((((....((((((((..(((((..(((....)))..)))))..)))((((((....((((....((((((............((((((.....((((..........)))))))).))............)))))).))))...)).))))(.((((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.(....))))).))))....))))...))))))))).................))))))..))))))).))).)(((((((....((((((.....(((((((.(((...(((((((..(((........(((((.....))))).(((...))).((((((..((((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).)))))))))..)))))).)))..)).))))).))).)))))))......))).....)))(((((......)))))..((((.((((..........(((.((((((((((((...))))))).....))))))))........)))).)))).))))))).)))))...((((((((....(((((((((.((.(((((.(((....)))))))))).)).)))))))(((((((((..(((((((((...((((((.(((((((((((((((..(((.((((....((((((((((..........(((.(((((((........))))))).))).((.(((((...(((((.(((..((.........)).))).)))))...))))).)).((((...)))))))))).))))))))....((((.(.((((..(((.....))).))))).))))...(((((........)))))(((...)))........(((...((((((((((((..........((((............))))(((((((.......))))))).......))))))))))))..)))(((..(.....)..)))..)))..)))))))........((((((((((.((((((((.....((.(((((((.(((((.((.....((.(((.(((.(..((............))..)))).))).))....)))))))..))..))))).))..))))..))))))))))))))((((...)))).............))))))))...))).......))).))))))))))))))))))...))))))))..(((((((((.(((((.((((.(((..((((((...(((.((...((................))..)).)))...))))))..)))..)))))))))...((((.....)))).((((.((((....)))).))))(((....((((........))))....)))..........(((...((((..((((.......))))..))))..)))........((..(((......)))..))(((((.((((.((((((.....................................((((.(((((((........)))))))..)))).......(((((....))).)).....................)).)))).)))))))))................)))))))))..)))))).))).....)))))...)))))))).........((((((((......))))))))..........)))))))).....)))))................((((((((...((((((...(((...(((.....))).)))...........................(((((......)))))..)))))).....))))))))....))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((..(((((((((((((...,,(((((((..(((((.(((.(((.(((.........))).)))))).)))..))..)))))))..........(({{{(((((((((....(((.((((((.{{(((((((((..(((((..(((....)))..))}||,.}}|{(({(((({((,.{{.,,{(((({{{..,{{(({..,(((((....))))).,...,,{......|||{.{{(,........)))}}}.,,,}||.|}..}|||},|||((((((((..((((((.......(((((.......))))).(((((((((.((((((((((((.{....})))).)))),,,.)}))...))))))))).................))))))..)))))))),|{{{({,({{{...,||.||{|....{{{{{{|,{||},.|||{{{{..|||.....,,|(((((,,...,||||{{((,{{||,.{(((({..((((.(((((.(((.((.((((((.(((((........))))).))))......)).)).))).))))))))).|})))}},||...||.|||||{|||.|}|||||,,,...,.||..|||||||{,||{{{(((,(({{{({((,((((...,|.,,}.(((.((((((((((((...))))))).....))))))))........}}||,}|||{.,(((((..,,,,.}}}||,||||.}}}((((((({({((.(((({,(((....)))))))))).)).)))))))|||||||||}.|||(((({(.{{(((({({({((((((((((({({{((({(({{....((((({(({({.........(((.(((((((........))))))).))).,{{(((({..,||||{.|||.,||,}......,))}}))}))}},..,)))))})}.((((...}}}))))}}|,|||||||}....(((({(((((((((,{.....||,.((.((({....)))).))....}}..,.}.))))))....}}))....}}}}..((((((((((((..........((((............))))(((((((.......))))))).......))))))))))))..,}}|||,,|....,)),,}),.))),}),,))))}}}}.,,}||||{,,,{|}|||||,||,,.}}||,|||||||.|||{(,{.....,||,,||}|}}.,.))}},....}},},,})},}))..)))}))))}}|||,}||..))..))))}.}).}))))}}),,,,,,,,|||||(((..{{{||,..{{{.....{{{{|((((|.......))))...,,),,)))),,,,,,))),,))})},)))))))}.(((((((((.(((((.{(({.{{{.|((((((...(((.{{,.,|{|...,,,.......,..|..}}.)))...)))))).}))}..}))})))))...((((.....)))).((({,,{||.....,,,.}},}|||..,,(({(,{,,....)))),,..|||,{.........,....||||,.{{((,,,....}|||..||||..((((,...,)))}.}}}}..,||.,,,.,}||{,,,{((((.((((({...,.,,..............................((((.(((((((........)))))))..)))).......{((((....}},.}},....................}}.}))).))))))|||.....}},........)))))))))..)))))).))).....)))))...)))))))).........((((((((......))))))))....,,....)))))))).}}}.))}},................((((((((...((((((...(((..{({(......|{,,,{{|,,,..,,.....,.,.....}}}.,,}|}}.})}}.)))....)))))).....))))))))....))))))...
Back