Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001394946.1
Sequence Length
2356 nt
GC Content
0.6150
AGAAUAUUUGUGAAGCACGGCGUGUAAGAAGUUGUCUGUGUGAGUGACUGUGAAUAGAGGCUGUCAAUGCGUGAAAGAUGGUUAGGAGACUAAGUGCACUUGAGACUGUGACUGGGUGCGAAGGACUGCGGAUUGUUGUGGAAGCCUGUGCCCAACAGGCCUGUGACACCGUGUCUGUGUGUGAGGUGGACUGGAAGAUUAUGGAAAGAAGGAACGCGGACCCACGUGACGGCUGAGACUGCGGCUGCAUGUGGGAAAGGUCUUGUGGGUGUUAGGGAGACUGUAUUGUGUGCGAGAAGGUCGCCUGCGAGGCCGCUGGCCAGGCCUGAGCCUCUGCCACCAUGGCCAUUGUGCAGACUCUGCCAGUGCCACUGGAGCCUGCUCCUGAAGCUGCCACUGCCCCACAAGCUCCAGUCAUGGGUAGUGUGAGCAGCCUUAUCUCAGGCCGGCCCUGUCCCGGGGGGCCAGCUCCUCCCCGCCACCACGGCCCUCCUGGGCCCACCUUCUUCCGCCAGCAGGAUGGCCUGCUACGGGGUGGCUAUGAGGCACAGGAGCCGCUGUGCCCAGCUGUGCCCCCUAGGAAGGCUGUCCCUGUCACCAGCUUCACCUACAUCAAUGAGGACUUCCGGACAGAGUCACCCCCCAGCCCAAGCAGUGAUGUUGAGGAUGCCCGAGAGCAGCGGGCACACAAUGCCCACCUCCGCGGCCCACCACCAAAGCUCAUCCCUGUCUCUGGAAAGCUGGAGAAGGCAUACGAGGAGCGGCAGCGGCACUGGCAGCGAGAGCGUGAGGCCCUGCGAGAGGACUGUGCGGCCCAGGCACAGCGGGCACAGCGGGCCCAACAGCUGCUGCAGCUGCAGGUGUUCCAGCUGCAGCAGGAGAAGCGGCAAUUGCAGGACGACUUCGCACAGCUGCUGCAGGAGCGCGAACAGCUGGAGCGGCGCUGCGCCACCUUGGAGCGGGAGCAGCGGGAGCUCGGGCCGAGGCUUGAGGAGACCAAGUGGGAGGUGUGCCAGAAAUCAGGCGAGAUCUCCCUGCUGAAGCAGCAGCUGAAAGAGUCUCAGGCAGAGCUGGUGCAGAAGGGCAGCGAGCUGGUGGCUCUGCGGGUGGCGCUGCGGGAGGCCCGUGCUACGCUGCGGGUCAGUGAGGGCCGUGCGCGGGGUCUACAGGAGGCCGCCCGAGCUCGGGAGCUGGAGCUGGAAGCCUGUUCCCAGGAGCUGCAGCGACACCGCCAGGAAGCUGAGCAGCUGCGGGAGAAAGCUGGGCAGUUGGAUGCUGAGGCGGCCGGACUCCGGGAGCCCCCUGUGCCACCUGCCACCGCUGACCCAUUCCUCCUGGCAGAGAGUGAUGAGGCCAAAGUGCAGCGGGCAGCAGCCGGGGUUGGGGGCAGCUUGCGGGCCCAGGUGGAGCGAUUGCGGGUGGAGCUGCAGCGGGAGCGGCGGCGGGGUGAGGAGCAGCGGGACAGCUUUGAGGGGGAGCGGCUGGCCUGGCAGGCAGAGAAGGAGCAGGUGAUCCGCUACCAGAAGCAGCUGCAGCACAACUACAUCCAGAUGUACCGGCGCAACCGGCAGCUAGAGCAGGAGCUGCAGCAGCUCAGCCUGGAGCUGGAGGCCCGGGAGCUCGCUGACCUGGGCCUGGCCGAGCAGGCCCCCUGCAUCUGCCUGGAGGAGAUCACUGCUACUGAGAUCUAGGGCCCUCAGCAACCAGCUCUGUAGGGAGCUCUGCCAGAGGGGCAGCAGCUGCAGAUCCACUUAGGCCCCAGGGUCCACGGAUGGCCCCAAAGGCUGAGGGCCCCAAAGCCACUUGUCUCCUAGGAUCCAGGCCUCUGGGCUUCUGCCAAGAACUCAGGGUGGCCCUAUGACUUGGAGGAGCAAGAUCAGACCGCUCAAAGGUCCCCGUGUUCACUGUUACCCAGAGGCUCUUGUUACUACCCACUUCAUUCCCCACCGCUGCCAGUGCCACUGCCAACCCUGUUCACAGGCGCUUCCAGCCCACUCCAGCCAGGGGAGCAGGGAAGAAGAAGGGGCUCCCUCCUCUUCACAUUCCCCCCGACCCCAAAGCCAGAGAAAGCCAGAUGGCACCAGCUGCUCCGGAUGUGCCUGCCCACAUUGGGGGACAGGGCCGGGCCUGGGCUCGGUUCCCAGGUUUGAGCUCUGCAGCCUCUCUCCUGGAGUGAGGGGGCUGAAGUCAGACCAAAGGAAGAACUCAGAAAUGUCUUGUUUAUUUGUGUUUGUGACCAAGCAGCCUCUCCCUUCACCCAGGUUUAUGGCCUCGUUUUCACUUGUAUAUUUUUCACACUGUAAAUUUCUUGUACAAACCCAAAGAAAAAAUUAAAAAAAAUUUUUUUGUUUAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1056.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1097.37
Frequency: 0.0000
Diversity: 448.82
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((...))))).((((((((((((..(.(((((((..((.(((((..((((((((..............(((((.((((....(((.(((........))))))((((..(((((((.((((..((((((((..((((((.....)))))))))))))))))))))(((.(((((((((((((((.((.....((((.((((((((((((.((((((((.((((((......))))))))))))))..((((((...((((.(((((.((((......(((.((((.....))((((((.(((((..((((.((((....))))..))))(((((((.((((.((((...)))))))))))).)))((((.(((((((((((((((.(((((((((.(((((((((...((((.((.((((.(......))))).))..))))..(((((((((((...(((((((((((...((((((((((((((.(((.((((((..(((((((.......((((((.(((((((((.....(((...((..(((((((((((.((((((((.....((..((.((.(.(((((...(((((((..........))))).))....))))).).))))..)).(((...(((((..(.((((((.((((((.......))))))......((((((((((((.(((..((.(....((((.(((((.(((((((....)))))))))).....)).))))....).))....))).))).))).))).)))))).))).)..)))))..)))...)))))))))))))))))))..))....((((((.((((((...(((((((.((.(((((.(..((((((............)).))))...).))))).)).)))))))...)))))).)))))))))..))))))))).))))))..((((((...(((((((....)))))))....))....(((((((.((((........))).).)))))))(((((...))))))))).....(((...)))...))))))).))))))((((((((((((.(.((((((((......)))).)))).)))).))).))))))))))))).)))))))))).)))))).....)))))...))))...)))))))))))))))).(..(((.((((((....((((((((..(((((((.(.((((((..(((((.(((......(((((((((.(((.(((.(.(((..((((...))))..))).)..)))))).))))).((((((((.....((((.(.((.....)).).)))).....)).)))))).))))..))).)))))....)))))).).)))((....)).((....)).))))..)))))))))))))))))..)...))).)).))))..)).)))))))....))))))))))))))).))))))(((...(((((((.(((((..((.((((..((((.(((((......(((((....)))))((((.((..(((((..((((.((..((((((...)))))).)))))).)))))..))))))..............(((((((......))))))).))))).))))))))))..)))))))))).))....))).(((((((((((....((((((....))))))........(((((...((.((......))))...))))).(((.(((....))).)))....)))))))))))....)))))..))))))))).))))))))))((..((((((.(((((..(..((((...))))..).))))))))))).))....((((.......)))).)))))))).(((.....))).(((....)))........)))).))))......)).))))).)))))...........))))).)))))))..)))).)))))))))((((.(..(((((...(((((((......)))))))...)))))..)..))))......(((((..(((....)))....((((((((.((((((......)))))).)))).((((((((((((((((.......)))))))))).)))))))))).)))))(((((.((((((((((((..(((((((((((.(((.((..((....))..)).))).)))).)))..))))....))))....)))))))))))))...))))))))...)))))..))......))))))).)..)))))))))))).........(((((((((......))))))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
........,(((...)))||.((((((((((((..(.((((((({{((.(((((..((((((((,,,...(({..,..{((((....}})))..}.))},,|{{,,.((((((..((.(((((..(((((({{{(,((({{..((((((.....)))))),).},))),}},}}}}}}((((,(((((((((((.......,(({{((((((...((((.((((((((.((((((......))))))))))))))...((((((((((((({{..(.(.((......)).).)..},....)))))))))))))(((((((.((((((((.....{{,....{((|{((((.((((...)))))))))))}..((((....)))),{{.(((((((((((((.((........))...))))))))...))))).}},.))))))))..(((((...))))))))))))......))))......(((((....)))))..))))))))),...((((((((((((.(((.((((((((,.{(.(((((((......)))))))))))}..))))).)))..)))))))))))))..)))).))))))))))),....))..))),}).))..))))))((((((,((,.((((....))))..))....(((.((((((((((((.....)))))......,.({....}}.,....((.((((.((.(((((((...(((((((..(((....{.((((((((((.(((((((((((((...,,,((.((((.,((,,{....}}|}}|))))},{||.{(({((((.{....}))))....((((((.((((((...(((((((.((.(((((.(,.((((((,{....,.....)).)))).,.}.))))).)).)))))))...)))))).)))))))))).)))....(((((.(((((.(((((((((((((((((((((((((((((({,(((((((((((.((((........))),}.)))))}((((((...))))))(((..((((((((..(((((((((((((.({,(((({{(((((({(.(,({{{((((,,,,,.}}}}|||}}.)))),))),)}))))(((((((((..(((.((((((((((.((.,.(((((((((((.(((((.{....,.}}|||.}.(((...(((((.(.(((((({((....{|,,,,|}..})),.)))))).))))))...))).{{||,,....}))),.)))))))...,))).,.)).}))),)))},))..)))..)))))))))..{(((((.((((((..{{...,.{(({....(((..{{(,(,{,.||{.{{{({(({(({{((((,((((((({({{..{((,.,{.(((((.(((((((..(((..(((.((({.(((((((..((.((((....(((((...{{..(((((.(.(((((.,..............))))).).))))).)).)))))..)))).))....)).))))).,.....))).)))..)))((((((........)))))).))))))).))))).}))),,.}))))).))))))})),))))})))))).))),)),,))))}},)).)))))).)))))|((((.,.......}.))))}...}))))).)),,)))))))))).}))}}))))..))).(((((.,{{||||}....{{.{{,.({((...{||}|{..,,.)})|}},...))))).}}))))}....}))))))))))))......)))))))).))((((((.(((((..{,,((((...)))}..}.)))))))))))..,....((((.......))))....}}.}}...,...))).)))})))))))).)).))).)))))........))))))))))))).)))))...((((....)))).)))))}.)))..)))))))..((((.(..(((((...(((((((......)))))))...)))))..)..))))....))))))).))...))))))....))))))))))(((((......))))))))))).((((((((((((((((.......)))))))))).)))))).,,.,}},,.(((((.((((((((((((..(((((((((((.{((.((..((....))..)).))}.)))).)))..))))....))))}...}))))))))))))...}}))))))...)))))..)).,,...,)))))).)..))))))))))))...},.,,.(((((((((......))))))))),}},.....
Back